Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,812,547 |
6 bp→CGATGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,812,547 | 0 | G | C | 98.7%
| 522.4
/ ‑5.6
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base C (103/117); total (107/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | CP042583 | 1,812,548 | 0 | C | G | 98.2%
| 511.7
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (102/117); total (107/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,812,549 | 0 | T | A | 98.7%
| 517.6
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base A (103/117); total (107/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,812,550 | 0 | A | T | 98.6%
| 520.7
/ ‑3.7
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (102/116); minor base G (2/1); total (107/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,812,551 | 0 | C | G | 99.6%
| 519.8
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (105/117); total (107/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,812,552 | 0 | T | A | 99.6%
| 528.8
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (104/116); total (107/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
GCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CGCTACT‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTC‑ATGACCAGAATACGGTCTGTT > CP042583/1812277‑1812817
||||||
cGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACtt > 1:44726/1‑289 (MQ=255)
gTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTAATTAAGt > 1:2083337/1‑289 (MQ=255)
tGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCaa < 1:274701/289‑1 (MQ=255)
gAACGGGATCACGTTGAGATAGGCGAAAATCCGACCTGTGATCAGACCGATCACCGAACCAAGTGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTGCCGGGAACGCTTTGTGGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGGCGCAGCCCCCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAAc < 2:1453079/289‑1 (MQ=255)
cGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACtt > 1:1348042/1‑289 (MQ=255)
cGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACCGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGGTACAATGAAACCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑C‑CGATTACCGGGGGGGACTATTACTTAAGTCGAACAGAcat > 2:1647439/1‑287 (MQ=255)
tCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTaa > 1:1510050/1‑289 (MQ=255)
cACGTTAGGATAAGCGATAATCAGAACGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTaaa < 2:2191629/289‑1 (MQ=255)
gagaAAAGGGATAATCAGACAGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGtt < 2:1348042/289‑1 (MQ=255)
gaTAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTg < 1:838934/288‑1 (MQ=255)
aGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGt > 1:1650071/1‑287 (MQ=255)
tAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGaa < 1:1809175/289‑1 (MQ=255)
aTCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATCATAATACGCACCGCT‑GA‑CGGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTaaaa > 2:1207492/1‑271 (MQ=255)
gACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAaataat > 2:2068802/1‑289 (MQ=255)
gATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGcc > 1:1216785/1‑289 (MQ=255)
cACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCCGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACAGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTAAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCTCAAGCAAAACTAAAAGatc > 2:683496/1‑287 (MQ=255)
ccacatagCACAGACAATAAGAATAACCAGCGCAAACGGCATCGGCGCCATTTCCTGGAACACTTTGTTGGCGTTCTCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCGCTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGTGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGTGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac < 2:1705732/281‑1 (MQ=255)
aCCAATGGGACAGGTAATCAGAATAACCAGAGCAATCGGAATCTTCGGCATTTCAGGGAAAACTTTGTTGGCGTTATCAATGGTCTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTACCGCCAGCCCTACCGGACGACCAGCGGAAAGATCGGTCCCCTGGGTTACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac < 2:1159442/288‑1 (MQ=255)
aCCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGTTCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac < 1:1742572/288‑1 (MQ=255)
aCCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac < 1:1290700/288‑1 (MQ=255)
cAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTTGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAacga > 2:1952066/1‑288 (MQ=255)
gACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATAcc > 2:380078/1‑288 (MQ=255)
gACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATAcc > 1:112924/1‑288 (MQ=255)
cAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGcc < 2:501087/289‑1 (MQ=255)
cAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTACAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGcc < 1:606069/289‑1 (MQ=255)
cAATCAGAATAACCAGCGCAAGCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATAc < 1:21335/285‑1 (MQ=255)
tCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac < 2:2090843/271‑1 (MQ=255)
tAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCGACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTTAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGGCCTGGGAAATAATAATCGCCAGCAAAAATAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAg > 1:1002207/1‑289 (MQ=255)
ccAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgta < 2:832012/289‑1 (MQ=255)
cAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAAACGCCAGCAAAACTAAAAAAACAACGTAAAAACCGCCCTCTTTAAGataa > 2:231612/1‑289 (MQ=255)
cgcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagta > 1:579946/1‑289 (MQ=255)
gcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAGAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTc < 2:273621/279‑1 (MQ=255)
cgCCATTTCCGAGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACa < 1:751312/188‑1 (MQ=255)
aTTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAAAGACGTAAATACCGCCCACTTTCAGGTACGTAAGAAAACGTTTCTTATTTa > 2:1029640/1‑289 (MQ=255)
tcagggAACACGTTGTTGGCCTTATCCATGGACTGCAATAAATTCGCCGCCCACACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATAGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTGAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAGACTTTTCTTATTTAACg < 2:2073577/286‑1 (MQ=255)
tcaggaaagccTTTGTTGGCGATAGCCATGGACGGCAATAACATCGCATCCACCCCTGCCGCCAGCCCGACCAGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCGCGGGGGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACg < 2:1144653/279‑1 (MQ=255)
tCCGGGACCACATTGTTGGCGGTATCCATGGACTGCAATAACGGCGCAGCCACCACTACCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTTGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGCGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACg < 2:1610857/289‑1 (MQ=255)
tCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACg < 2:1765145/289‑1 (MQ=255)
cGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCa < 1:1866415/289‑1 (MQ=255)
cGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCa < 1:1198494/289‑1 (MQ=255)
acTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATgg < 1:1907801/289‑1 (MQ=255)
atttGTTGGCGTTATCCATTGACTGCAATAATGACGCAGCCACCACGGACGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATggg < 2:1620573/288‑1 (MQ=255)
ttttgtgGGGTTATCCATGGAATGCAATAATGCCGCCGCCACCACTGCCGCCAGCCCGACCGGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACAGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGa < 2:1490308/284‑1 (MQ=255)
tttgtttgCGTTATCCATGGACTGCAATACAGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGa < 2:2149136/289‑1 (MQ=255)
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ataataataCGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGcc < 2:567007/119‑1 (MQ=255)
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GCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CGCTACT‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTC‑ATGACCAGAATACGGTCTGTT > CP042583/1812277‑1812817
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
