Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,812,547 |
6 bp→CGATGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,812,547 | 0 | G | C | 97.4%
| 519.5
/ ‑3.7
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base C (107/114); total (115/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,812,548 | 0 | C | G | 97.0%
| 522.3
/ ‑0.6
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (109/115); minor base A (5/2); total (115/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,812,549 | 0 | T | A | 97.4%
| 520.4
/ ‑4.3
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/2); new base A (109/115); total (115/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,812,550 | 0 | A | T | 98.2%
| 530.7
/ NA
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/0); major base T (107/115); minor base G (4/0); total (115/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.66e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,812,551 | 0 | C | G | 97.8%
| 528.7
/ NA
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/0); new base G (109/117); total (115/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,812,552 | 0 | T | A | 98.7%
| 546.0
/ ‑2.1
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (111/117); minor base . (3/0); total (115/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TGCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACGCTAC‑TCTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTAT > CP042583/1812276‑1812819
|||||||
tGCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑AC‑CGACGACTGGGTGAG‑Aat > 2:1622746/1‑289 (MQ=255)
gCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑Aat < 1:397057/288‑1 (MQ=255)
cGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑ATTCC‑GC‑ACCAATG‑ACTGGGGGAG‑AATAtt > 1:547990/1‑289 (MQ=255)
gCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTAc < 1:1275862/288‑1 (MQ=255)
gCGTGGTAATGAACGACGTCACGTTGCGATAAGCGATAATCCGACCGTGGATCAAACCGATCACCGCACCCATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTAc < 2:1651746/288‑1 (MQ=255)
gTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACtt < 1:1450605/288‑1 (MQ=255)
gTGGGAATGAACGGCGTCACGGTGAGATAAGCGATAATCAAACCGGTGACCAAACCGATCACCGAACCAATGGCACAGACAATCAGAAGAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACtt < 2:1860308/288‑1 (MQ=255)
gAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAAc < 1:51927/289‑1 (MQ=255)
gAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAAc < 2:554811/289‑1 (MQ=255)
aaCGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACa > 1:1576407/1‑289 (MQ=255)
cGTCACGTTGAGATAAGCGCTAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACCCTTTGTTGGCGTTATCCATGGCATGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGACAGAACGGTCCCCTGGGTGACAAGTAACCCTGCCACTCCGAGCGCCATAAT‑AATAC‑GC‑CCTGATG‑ACT‑GGTGAGAAATATTACTTACGTTCAACaaccct > 2:1285255/1‑284 (MQ=255)
cGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATTTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGAACAGCAGAAAGAACGGTCCCCTGGTTGACAATTAACCCTTCAACACCGACCGCTATAAT‑AATAC‑GC‑ACTGCAC‑ACACGTCGAG‑AAAATTACTTAAGtgtataagacc > 2:1542679/1‑278 (MQ=255)
cGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCAACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGATCGCGATACT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGCGAG‑AATATTACTCAAGTTCAACAgcatt > 1:1645692/1‑285 (MQ=255)
aGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGt > 1:1549566/1‑287 (MQ=255)
aGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGAGG‑ACGGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTTGGt > 2:65373/1‑287 (MQ=255)
aGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGGGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATCC‑GCAACGAT‑G‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGt > 2:49872/1‑287 (MQ=255)
gCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTTGGt > 1:100709/1‑286 (MQ=255)
cGATAATCAGACCGTTGAACAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACAAGCGCAATCGGCATCGCCGCCATATCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACGGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCATCCCTACCTCCGGACCAGACAAAACATCGGTCACCCGGGTGACAAGTAACCCTTCCACACCGACCGCGAAAAT‑ACTACGGC‑CCGATGC‑‑ATGGGCGAG‑AATATTACTTAAGTTCAAAAGACCTAAAAACGTTAGGTCCTg > 2:686340/1‑289 (MQ=255)
aGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAaataa > 2:195202/1‑289 (MQ=255)
cAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGc < 1:1661521/289‑1 (MQ=255)
aTCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAACACTa > 1:1826006/1‑289 (MQ=255)
tCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTaa > 2:1105026/1‑289 (MQ=255)
cACCAATGCACCAAACAATCAGAATAACCGGCAGAAACGGCATCGTCGCCATGTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCAGGGACTGAAATAATGTCGCCGCCACCGCGGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGGTCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac < 2:1305741/289‑1 (MQ=255)
gCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGAAGTaac > 2:1198903/1‑288 (MQ=255)
gACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATAcc > 2:528794/1‑288 (MQ=255)
aCAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCg > 1:1140865/1‑288 (MQ=255)
cAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGcc < 1:1509547/289‑1 (MQ=255)
cAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGc < 1:454932/288‑1 (MQ=255)
aaaTCAGAATGACAACGGCAATCGGGATCGTGGCCATTTCCGGGACCACTTTGTTGGCGTTATCCATGGGCTGCAATGATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGcc < 2:1826006/288‑1 (MQ=255)
gcgcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagt > 1:1724685/1‑289 (MQ=255)
gcgcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagt > 1:221462/1‑289 (MQ=255)
cgcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagta > 1:669311/1‑289 (MQ=255)
cgcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagta > 2:1506598/1‑289 (MQ=255)
gcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGGCTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCCCTTTAAGgtaagtaa > 2:1755298/1‑289 (MQ=255)
gcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagtaa > 2:939663/1‑289 (MQ=255)
gcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagtaa > 2:102033/1‑289 (MQ=255)
gcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagtaa > 2:381593/1‑289 (MQ=255)
aTCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac > 1:728351/1‑248 (MQ=255)
ttCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGACAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCC‑GCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACg < 1:835962/289‑1 (MQ=255)
tCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATGCACGCGCTGCAATTATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACg < 2:713054/289‑1 (MQ=255)
tCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACg < 1:201501/289‑1 (MQ=255)
tCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACg < 2:1576407/289‑1 (MQ=255)
tCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACg < 1:1310069/289‑1 (MQ=255)
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aGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTg > 2:1324210/1‑289 (MQ=255)
aGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTg > 2:1567757/1‑289 (MQ=255)
aGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCAGTAAACGACACCATTGCTAATGACCAGAATACgg > 2:829616/1‑285 (MQ=255)
aGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGCTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACgg > 1:706642/1‑285 (MQ=255)
gcgcGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTg < 1:731306/288‑1 (MQ=255)
|||||||
TGCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACGCTAC‑TCTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTAT > CP042583/1812276‑1812819
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
