Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I1 R1
|
759 |
71.0 |
3673240 |
91.5% |
3361014 |
104.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,759,680 |
(C)5→6 |
coding (844/1221 nt) |
sufS ← |
cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,759,675 | 1 | . | C | 100.0%
| 194.1
/ NA
| 55 | G283G (GGC→GGG) | sufS | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (26/29); total (26/29) |
TGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCT > NC_000913/1759540‑1759807
|
tgGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑ccc > 2:723699/1‑139 (MQ=255)
tgGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑ccc > 1:235823/1‑139 (MQ=255)
gggCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cccc < 2:235823/139‑1 (MQ=255)
cGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGc > 1:1014855/1‑139 (MQ=255)
tACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTc > 2:1248420/1‑139 (MQ=255)
aGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCaaa < 1:1752959/139‑1 (MQ=255)
aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc > 1:319776/1‑139 (MQ=255)
aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc > 2:2794/1‑139 (MQ=255)
aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAcc > 2:404519/1‑139 (MQ=255)
aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cccc > 2:386740/1‑111 (MQ=255)
aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cccc < 1:1280753/111‑1 (MQ=255)
aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cccc > 2:1280753/1‑111 (MQ=255)
aTTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cccc < 1:386740/111‑1 (MQ=255)
tgATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc > 2:1702440/1‑139 (MQ=255)
gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:1767209/139‑1 (MQ=255)
gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:1014855/139‑1 (MQ=255)
gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:404519/139‑1 (MQ=255)
gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:2794/139‑1 (MQ=255)
aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCtt > 1:580084/1‑139 (MQ=255)
cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGt < 2:319776/139‑1 (MQ=255)
gcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 1:1248420/139‑1 (MQ=255)
cATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTcc > 1:867410/1‑139 (MQ=255)
tGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTa < 1:723699/139‑1 (MQ=255)
tCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:74628/1‑123 (MQ=255)
tCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:74628/123‑1 (MQ=255)
aGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGcc < 2:1019512/113‑1 (MQ=255)
aGATTCTGTTCATACTCGACTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGcc > 1:1019512/1‑113 (MQ=255)
cTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt < 2:633316/139‑1 (MQ=255)
aTACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 1:876902/1‑110 (MQ=255)
aTACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:876902/110‑1 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:973327/103‑1 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:973327/1‑103 (MQ=255)
tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 2:580084/139‑1 (MQ=255)
aTGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg < 1:1399721/113‑1 (MQ=255)
aTGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg > 2:1399721/1‑113 (MQ=255)
tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:557067/137‑1 (MQ=255)
tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 2:557067/1‑137 (MQ=255)
gTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc < 1:1190979/57‑1 (MQ=255)
gTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc > 2:1190979/1‑57 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTAcc < 2:298452/67‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTAcc > 1:298452/1‑67 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATg < 2:448338/84‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATg > 1:448338/1‑84 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg > 2:691003/1‑102 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg < 1:691003/102‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGcc < 1:601599/106‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGcc > 2:601599/1‑106 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCtt < 1:666154/108‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCtt > 2:666154/1‑108 (MQ=255)
cAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGcc > 1:487345/1‑139 (MQ=255)
aGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg > 2:1333214/1‑42 (MQ=255)
aGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 1:1333214/42‑1 (MQ=255)
gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGcccc > 2:738897/1‑139 (MQ=255)
aaaCATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTccc < 1:738897/139‑1 (MQ=255)
aCTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCAcggcg < 2:487345/139‑1 (MQ=255)
ccAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCa < 2:867410/139‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCAt > 2:14638/1‑139 (MQ=255)
aGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCAtc > 1:759291/1‑139 (MQ=255)
cgccgcgccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 2:841144/1‑103 (MQ=255)
cgccgcgccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:841144/103‑1 (MQ=255)
cgccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCa < 2:54756/45‑1 (MQ=38)
cgccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCa > 1:54756/1‑45 (MQ=38)
cgccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:1577008/60‑1 (MQ=255)
cgccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:1577008/1‑60 (MQ=255)
ccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaac < 2:628465/139‑1 (MQ=255)
ccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaac < 1:14638/139‑1 (MQ=255)
atgatgcCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttct > 2:398251/1‑139 (MQ=255)
|
TGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCT > NC_000913/1759540‑1759807
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
