Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F1 I1 R1
|
765 |
39.6 |
1867486 |
94.4% |
1762906 |
108.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,759,680 |
(C)5→6 |
coding (844/1221 nt) |
sufS ← |
cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,759,675 | 1 | . | C | 97.8%
| 159.3
/ ‑3.5
| 46 | coding (849/1221 nt) | sufS | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (21/24); total (21/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCTT > NC_000913/1759549‑1759808
|
gagagTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTAtt < 2:380329/139‑1 (MQ=255)
aTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg > 2:802386/1‑118 (MQ=255)
aTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 1:802386/118‑1 (MQ=255)
aTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTa > 2:742705/1‑137 (MQ=255)
aTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTa < 1:742705/137‑1 (MQ=255)
ccGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccc < 2:543932/121‑1 (MQ=255)
ccGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccc > 1:543932/1‑121 (MQ=255)
aCAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCa < 1:311726/139‑1 (MQ=255)
gATTCCTACTGTGATCGCGCATAATGCAACAGGTTCTTTTCAGACTCGGCTATGTTATGAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGGCAAGTCCAATGGTGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACAGGCTTGAAAc < 2:813236/139‑1 (MQ=255)
tCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGc > 1:872512/1‑139 (MQ=255)
cAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc > 2:919375/1‑107 (MQ=255)
cAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc < 1:919375/107‑1 (MQ=255)
aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTAc > 2:761962/1‑122 (MQ=255)
aGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTAc < 1:761962/122‑1 (MQ=255)
cTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATgg < 1:788168/139‑1 (MQ=255)
gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:872512/139‑1 (MQ=255)
aTAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCtt < 2:91514/139‑1 (MQ=255)
cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTAc > 2:525581/1‑111 (MQ=255)
cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTAc < 1:525581/111‑1 (MQ=255)
gcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 1:420587/139‑1 (MQ=255)
tAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAg > 1:238293/1‑139 (MQ=255)
aaTGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAgg > 2:853058/1‑139 (MQ=255)
cATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc > 1:520174/1‑86 (MQ=255)
cATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cc < 2:520174/86‑1 (MQ=255)
tCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc > 1:530010/1‑122 (MQ=255)
tCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc < 2:530010/122‑1 (MQ=255)
cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg < 1:263009/79‑1 (MQ=255)
cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAatgatg > 2:263009/1‑79 (MQ=255)
cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 2:293887/128‑1 (MQ=255)
cAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc > 1:293887/1‑128 (MQ=255)
cTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGAc > 2:455458/1‑139 (MQ=255)
tCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACg < 1:94096/139‑1 (MQ=255)
cGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:579017/105‑1 (MQ=255)
cGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:579017/1‑105 (MQ=255)
ggCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt < 2:586109/127‑1 (MQ=255)
ggCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACt > 1:586109/1‑127 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccccg > 2:383938/1‑65 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccccg < 1:383938/67‑3 (MQ=255)
ttttttattaAGCCCCAGGGCCAGAACATACTCCAACGAGGAGCCAAGTCCAATGAGG‑CCGCCCGCTAATGGGTATACTGGCTTCAAGGCGGCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTTTCACAGGCTGACGGTgtc < 2:844017/135‑3 (MQ=255)
tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:853058/139‑1 (MQ=255)
tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGa > 1:848432/1‑139 (MQ=255)
tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccc > 1:348519/1‑61 (MQ=255)
tGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑ccc < 2:348519/61‑1 (MQ=255)
ttaAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATa > 2:93872/1‑139 (MQ=255)
aaGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGa > 2:540877/1‑139 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGaa > 2:362823/1‑137 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGaa < 1:362823/137‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGACGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAgg < 2:544869/116‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGACGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAgg > 1:544869/1‑116 (MQ=255)
ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGCCCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg < 2:671807/100‑1 (MQ=255)
ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAg > 1:671807/1‑100 (MQ=255)
ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGc > 2:204848/1‑139 (MQ=255)
ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cccc > 2:3058/1‑49 (MQ=255)
ccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc‑cccc < 1:3058/50‑2 (MQ=255)
ccAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCa < 1:93872/139‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCAt < 1:455458/139‑1 (MQ=255)
gcgccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGc > 1:872569/1‑139 (MQ=255)
cgccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGca > 1:176680/1‑139 (MQ=255)
cgccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGca > 2:872718/1‑139 (MQ=255)
ccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaac < 1:872718/139‑1 (MQ=255)
ccAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaac < 1:204848/139‑1 (MQ=255)
cAAGACCAATGATGCCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGcaaca < 2:176680/139‑1 (MQ=255)
tgatgcCC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGcttctt < 2:757776/139‑1 (MQ=255)
|
GAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CC‑CCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCTT > NC_000913/1759549‑1759808
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
