Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F1 I1 R1
|
770 |
51.4 |
2439994 |
93.8% |
2288714 |
110.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,759,680 |
(C)5→6 |
coding (844/1221 nt) |
sufS ← |
cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,759,675 | 1 | . | C | 100.0%
| 125.2
/ NA
| 36 | G283G (GGC→GGG) | sufS | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (21/15); total (21/15) |
GGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCA > NC_000913/1759541‑1759796
|
gggCCTTAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑cccc < 1:430418/139‑1 (MQ=255)
tGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGgtg > 1:229142/1‑139 (MQ=255)
ccGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCgg > 1:183670/1‑139 (MQ=255)
tCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGc > 2:178751/1‑139 (MQ=255)
cAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCa > 2:1154185/1‑139 (MQ=255)
tAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCttt < 2:1124360/139‑1 (MQ=255)
cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGt > 2:248553/1‑139 (MQ=255)
aTGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc > 1:490570/1‑127 (MQ=255)
aTGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc < 2:490570/127‑1 (MQ=255)
tGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTa < 2:183670/139‑1 (MQ=255)
tGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:116968/115‑1 (MQ=255)
tGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:116968/1‑115 (MQ=255)
cATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGc < 1:248553/139‑1 (MQ=255)
aCTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGa > 2:423481/1‑139 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:19331/103‑1 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:19331/1‑103 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGATATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTg > 1:712506/1‑139 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 2:485694/1‑139 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 1:1132529/1‑139 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 2:374089/1‑139 (MQ=255)
aGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGcc > 2:972016/1‑77 (MQ=255)
aGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGcc < 1:972016/77‑1 (MQ=255)
gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATg > 1:1056661/1‑79 (MQ=255)
gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATg < 2:1056661/79‑1 (MQ=255)
gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑cccc > 2:858351/1‑45 (MQ=255)
gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑cccc < 1:858351/45‑1 (MQ=255)
tACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 2:1059385/111‑1 (MQ=255)
tACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 1:1059385/1‑111 (MQ=255)
tACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCAcggc > 2:171730/1‑139 (MQ=255)
tCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACggcggc < 1:485694/139‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCa > 2:15771/1‑139 (MQ=255)
cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCAc < 2:373947/131‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCAc > 1:373947/1‑131 (MQ=255)
cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCAt < 2:1132529/139‑1 (MQ=255)
aGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCa < 1:609326/137‑1 (MQ=255)
aGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCa > 2:609326/1‑137 (MQ=255)
gccgcgccAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTcc < 2:229142/139‑1 (MQ=255)
gccgcgccAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTcc < 2:629506/139‑1 (MQ=255)
cgccAAGACCAATGATGC‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGca > 1:269723/1‑139 (MQ=255)
|
GGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCA > NC_000913/1759541‑1759796
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
