Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
748 |
32.0 |
1685426 |
92.6% |
1560704 |
103.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,759,680 |
(C)5→6 |
coding (844/1221 nt) |
sufS ← |
cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,759,675 | 1 | . | C | 100.0%
| 119.2
/ NA
| 33 | G283G (GGC→GGG) | sufS | cysteine desulfurase, stimulated by SufE, selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (17/16); total (17/16) |
GTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTT > NC_000913/1759539‑1759805
|
gtgGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑cc < 2:128332/139‑1 (MQ=255)
tgGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATAATCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑ccc > 1:484207/1‑139 (MQ=255)
ggCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATAATCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCGAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑ccccc < 2:484207/139‑1 (MQ=255)
ccATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑ccccccg < 1:170367/139‑3 (MQ=255)
aTCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTAcc > 2:779442/1‑139 (MQ=255)
gATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAAc > 1:257269/1‑139 (MQ=255)
gATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:241462/139‑1 (MQ=255)
cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 1:320440/1‑134 (MQ=255)
cgcATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:320440/134‑1 (MQ=255)
cATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc > 1:255140/1‑138 (MQ=255)
cATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 2:255140/138‑1 (MQ=255)
ttCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 2:53635/1‑113 (MQ=255)
ttCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:53635/113‑1 (MQ=255)
ggCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGt < 2:257269/139‑1 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCTGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTg > 1:210320/1‑139 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCa < 1:149558/88‑1 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCa > 2:149558/1‑88 (MQ=255)
gCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTg > 2:409808/1‑139 (MQ=255)
tATGTTATTAAGCCCCAGCGCTGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 2:210320/139‑1 (MQ=255)
tATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCACCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:779442/139‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCttt < 2:207216/91‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCttt > 1:207216/1‑91 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 2:208319/89‑1 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 1:208319/1‑89 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 1:39702/1‑139 (MQ=255)
ccccAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAAcc > 2:465576/1‑139 (MQ=255)
gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt < 1:530777/84‑1 (MQ=255)
gcgcCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCACGGTGCt > 2:530777/1‑84 (MQ=255)
tCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACggcggc > 2:52308/1‑139 (MQ=255)
cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATg < 2:789523/63‑1 (MQ=255)
cAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATg > 1:789523/1‑63 (MQ=255)
aGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc > 2:608236/1‑73 (MQ=255)
aGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTc < 1:608236/73‑1 (MQ=255)
gccgcgccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTcc < 2:396424/139‑1 (MQ=255)
cgcgccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTcc > 2:448923/1‑137 (MQ=255)
cgcgccAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTcc < 1:448923/137‑1 (MQ=255)
cAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGctt < 2:39702/139‑1 (MQ=255)
atgatgcCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc > 2:417506/1‑87 (MQ=255)
atgatgcCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGc < 1:417506/87‑1 (MQ=255)
|
GTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATG‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTT > NC_000913/1759539‑1759805
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
