Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A12 F1 I1 R1 | 760 | 58.2 | 3022526 | 90.8% | 2744453 | 102.0 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,468,106 | T→C | A84A (GCT→GCC) | gtrA → | CPS‑53 (KpLE1) prophage, bactoprenol‑linked glucose translocase/flippase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,468,106 | 0 | T | C | 100.0% | 177.2 / NA | 49 | A84A (GCT→GCC) | gtrA | CPS‑53 (KpLE1) prophage, bactoprenol‑linked glucose translocase/flippase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (23/26); total (23/26) | |||||||||||
CAGGTTTCGTTGTGGCTGTGAGCTTTAGCTTCTTCGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCTGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCATTGTCTTTAGGGATGCGAAATGAAGATATCTCTTGTAGTTCCT > NC_000913/2467973‑2468237 | cAGGTTTCGTTGTGGCTGTGAGCTTTAGCTTCTTCGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGa < 2:150297/139‑1 (MQ=255) aGGTTTCGTTGTGGCTGTGAGCTTTAGCTTCTTCGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGAt < 2:1025788/139‑1 (MQ=255) gTTTCGTTGTGGCTGTGAGCTTTAGCTTCTTCGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAg < 2:480934/139‑1 (MQ=255) ggCTGTGAGCTTTAGCTTCTTCGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACtt > 2:904113/1‑139 (MQ=255) gtgAGCTTTAGCTTCTTCGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTcccc < 2:126989/139‑1 (MQ=255) ttAGCTTCTTCGCGAATGCAAAATTCACTTTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCgatgat < 1:904113/139‑1 (MQ=255) tAGCTTCTTCGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATa > 2:1032061/1‑139 (MQ=255) ttcGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTccccc > 2:217486/1‑125 (MQ=255) ttcGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTccccc < 1:217486/125‑1 (MQ=255) tcGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGt > 2:1417458/1‑139 (MQ=255) cAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTtctc < 2:955893/139‑1 (MQ=255) caTTCAAGGCATCGACTACAACGATGCACTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCT‑CTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGc < 2:1199852/139‑1 (MQ=255) aGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGgt > 1:607444/1‑139 (MQ=255) tCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATa < 1:634495/102‑1 (MQ=255) tCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATa < 1:650722/102‑1 (MQ=255) tCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATa > 2:650722/1‑102 (MQ=255) tCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATa > 2:634495/1‑102 (MQ=255) gcgcTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGa < 2:7809/63‑1 (MQ=255) gcgcTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGa > 1:7809/1‑63 (MQ=255) aTGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCa < 2:607444/139‑1 (MQ=255) aTGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCa < 1:1032061/139‑1 (MQ=255) gCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCAtt < 1:1417458/139‑1 (MQ=255) tGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCAt > 2:240854/1‑129 (MQ=255) tGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCAt < 1:240854/129‑1 (MQ=255) gggTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCa < 1:140021/91‑1 (MQ=255) gggTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCa > 2:140021/1‑91 (MQ=255) ggTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATg < 1:4281/49‑1 (MQ=255) ggTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATg > 2:4281/1‑49 (MQ=255) ggTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATaa > 1:625979/1‑69 (MQ=255) ggTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATaa < 2:625979/69‑1 (MQ=255) aTGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCgatgat < 2:470183/62‑1 (MQ=255) aTGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCgatgat > 1:470183/1‑62 (MQ=255) aTGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCATTGTCTTTAGGGATGCGa > 2:297801/1‑139 (MQ=255) aTGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCATTGTCTTTAGGGATGCGa > 1:38306/1‑139 (MQ=255) aGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGcc < 2:888380/79‑1 (MQ=255) aGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGcc > 1:888380/1‑79 (MQ=255) aGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCATTGTCTTTa < 1:292181/118‑1 (MQ=255) aGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCATTGTCTTTa > 2:292181/1‑118 (MQ=255) aGTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCATTGTCTTTAGGGATGCGAAATGAAGATAtc > 2:90942/1‑139 (MQ=255) gTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAActc < 1:1340253/54‑1 (MQ=255) gTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAActc > 2:1340253/1‑54 (MQ=255) gTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCAt > 1:1372617/1‑109 (MQ=255) gTGCTACTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCAt < 2:1372617/109‑1 (MQ=255) cTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCa < 1:653057/102‑1 (MQ=255) cTGTTGGATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGAGGTTTCGTCTCTTCAAAGTTCa > 2:653057/1‑102 (MQ=255) ggATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCATTGTCTTTAGGGATGCGAAATGAAGATATCTCTTGTAGTTcc > 1:38327/1‑139 (MQ=255) gATGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCATTGTCTTTAGGGATGCGAAATGAAGATATCTCTTGTAGTTCCt < 1:90942/139‑1 (MQ=255) tGGGCCGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCa < 1:873497/94‑1 (MQ=255) tGGGCCGCTGAAAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTACGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCa > 2:873497/1‑94 (MQ=255) | CAGGTTTCGTTGTGGCTGTGAGCTTTAGCTTCTTCGCGAATGCAAAATTCACATTCAAGGCATCGACTACAACGATGCGCTACATGCTATATGTTGGGTTCATGGGGACACTGAGTGCTACTGTTGGATGGGCTGCTGATAGATGCGCACTTCCCCCGATGATAACTCTTGTCACCTTCTCCGCCATCAGCCTGGTGTGCGGTTTCGTCTATTCAAAGTTCATTGTCTTTAGGGATGCGAAATGAAGATATCTCTTGTAGTTCCT > NC_000913/2467973‑2468237 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |