Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
748 |
32.0 |
1685426 |
92.6% |
1560704 |
103.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,781,964 |
C→G |
G190G (GGC→GGG) |
ydiS → |
putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,781,964 | 0 | C | G | 97.0%
| 110.9
/ ‑3.1
| 33 | G190G (GGC→GGG) | ydiS | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (18/14); total (18/15) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 |
TGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATT > NC_000913/1781838‑1782088
|
tgatATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGaa < 2:627442/139‑1 (MQ=255)
tctcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt > 2:527974/1‑123 (MQ=255)
tctcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt > 2:279250/1‑123 (MQ=255)
tctcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATc > 2:88719/1‑139 (MQ=255)
ggtgATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGTTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt < 2:514621/108‑1 (MQ=255)
ggtgATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGTTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt > 1:514621/1‑108 (MQ=255)
aTTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTa < 1:391070/139‑1 (MQ=255)
ggCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGc < 1:88719/139‑1 (MQ=255)
tGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATc > 1:529924/1‑116 (MQ=255)
tGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATc < 2:529924/116‑1 (MQ=255)
ttAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTa < 1:158237/123‑1 (MQ=255)
ttAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTa > 2:158237/1‑123 (MQ=255)
tGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGttt > 2:727591/1‑139 (MQ=255)
ataagagacaggAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGGTAAAAAGGGTATTGGGGTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATAGTACGGGCGAGGAAAGTGCCGCCTGGCTGTTTGcc < 1:342072/129‑1 (MQ=255)
ctcgctGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTcaca > 1:624493/1‑73 (MQ=255)
ctcgctGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTcaca < 2:624493/73‑1 (MQ=255)
gTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACg > 2:108875/1‑139 (MQ=255)
gTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACg < 1:108875/139‑1 (MQ=255)
gCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt > 1:801671/1‑50 (MQ=255)
gCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCt < 2:801671/50‑1 (MQ=255)
gCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCATTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTCCCCCTTccgttctcttat > 2:342072/1‑128 (MQ=255)
cGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTgg < 2:530965/103‑1 (MQ=255)
cGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTgg < 2:149856/103‑1 (MQ=255)
cGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTgg > 1:530965/1‑103 (MQ=255)
cGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTgg > 1:149856/1‑103 (MQ=255)
tACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCacac > 2:2796/1‑37 (MQ=255)
tACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCacac < 1:2796/37‑1 (MQ=255)
cGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGaa > 1:797050/1‑40 (MQ=255)
cGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGaa < 2:797050/40‑1 (MQ=39)
ttGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACg < 2:191024/45‑1 (MQ=255)
ttGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACg > 1:191024/1‑45 (MQ=255)
ggTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACcaaca > 2:693386/1‑139 (MQ=255)
aaaGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGAtt > 1:606511/1‑139 (MQ=255)
|
TGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATT > NC_000913/1781838‑1782088
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
