Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A32 F90 I0 R1
|
1898 |
316.0 |
13750914 |
96.0% |
13200877 |
148.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947 |
1,828,233 |
A→C |
100% |
V671G (GTG→GGG) |
mutS ← |
DNA mismatch repair protein MutS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947 | 1,828,233 | 0 | A | C | 84.8%
| 808.0
/ 113.2
| 289 | V671G (GTG→GGG) | mutS | DNA mismatch repair protein MutS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/23); new base C (129/116); total (150/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TAGGCACGCAGCTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAGGGCGGTCTGGCGCATG > NC_002947/1828086‑1828379
|
gaGGCACGCAGCTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTccccc > 1:640206/2‑150 (MQ=255)
ggCACGCAGCTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCAt > 2:2698305/1‑150 (MQ=255)
gCACGCAGCTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATg > 1:4071379/1‑150 (MQ=255)
cACGCAGCTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTCCCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCAGTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGa > 2:5686805/1‑150 (MQ=255)
gCAGCTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAgg > 1:6819798/1‑150 (MQ=255)
cAGCTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGt > 2:589397/1‑150 (MQ=255)
cTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGa < 2:2533417/150‑1 (MQ=255)
cTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGa < 1:2785447/150‑1 (MQ=255)
gggCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAgc < 2:1939138/150‑1 (MQ=255)
gggCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAgc < 1:5280702/150‑1 (MQ=255)
cAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGcgccc > 1:977316/1‑150 (MQ=255)
cAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGGTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGcgccc > 1:1681460/1‑150 (MQ=255)
ggCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGcgcccgc > 2:1166862/1‑150 (MQ=255)
cgcTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCccgccg < 1:4010152/150‑1 (MQ=255)
tCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGcc > 1:5679558/1‑150 (MQ=255)
aGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAg < 1:1407642/150‑1 (MQ=255)
aGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAg > 1:3480036/1‑150 (MQ=255)
gCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAgg < 1:1065165/150‑1 (MQ=255)
ggCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGgtc < 2:2108826/150‑1 (MQ=255)
gCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGgtcg > 1:6498980/1‑150 (MQ=255)
gCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGgtcg < 2:4014080/150‑1 (MQ=255)
cAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGgtcgt < 1:6543163/150‑1 (MQ=255)
cccAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGa > 1:2484213/1‑127 (MQ=255)
cAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTg > 2:3589393/1‑150 (MQ=255)
cAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTg < 2:1254957/150‑1 (MQ=255)
cAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTg > 2:2799827/1‑150 (MQ=255)
ggCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGa < 1:723801/150‑1 (MQ=255)
ggCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGa < 2:695164/150‑1 (MQ=255)
ccccAGCGACAGGCCGTCGCAGGTGCTGGGACCGCGGCCCACTTCGGCCACCACCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCACTGAGCAGGATGTTGGCGGTATCGCTCATCTCCACCATGAAGCTCGAGCCCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGa < 2:3101952/148‑1 (MQ=255)
ccAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGc > 2:2202224/1‑150 (MQ=255)
ccAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGc < 1:4871386/150‑1 (MQ=255)
aGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCg > 1:477728/1‑150 (MQ=255)
aCAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGc < 2:4331501/150‑1 (MQ=255)
aGGCCGTCGAAGGTTCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATTAAGGTCGAGCTCACGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCgg < 1:5556682/150‑1 (MQ=255)
aGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCgg < 2:4951495/150‑1 (MQ=255)
gCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGt > 2:6071990/1‑150 (MQ=255)
gCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGt < 1:4973942/150‑1 (MQ=255)
ccGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTg < 1:4171448/150‑1 (MQ=255)
cGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGa < 2:2357167/150‑1 (MQ=255)
tCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAg > 1:5618643/1‑150 (MQ=255)
aaGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATg < 2:32607/150‑1 (MQ=255)
aaGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATg < 1:4532019/150‑1 (MQ=255)
gTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCgg < 1:3822042/150‑1 (MQ=255)
tGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGt < 2:6751516/150‑1 (MQ=255)
gCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTc < 2:5781671/150‑1 (MQ=255)
gCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTc < 1:215407/150‑1 (MQ=255)
cTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCg > 2:2852218/1‑150 (MQ=255)
tGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGa < 2:679070/150‑1 (MQ=255)
ccGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGc < 2:6453759/150‑1 (MQ=255)
ccGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGc < 2:5578709/150‑1 (MQ=255)
cgcgGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCg > 2:4639612/1‑150 (MQ=255)
cgGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAc < 1:1523054/150‑1 (MQ=255)
ccACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaact > 2:450460/1‑150 (MQ=255)
ccACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCCTGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGTTGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaacg > 1:3135727/1‑149 (MQ=255)
cACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaactc < 1:2228778/150‑1 (MQ=255)
cACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaactc > 2:3659393/1‑150 (MQ=255)
aCTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaactcg > 1:3696244/1‑150 (MQ=255)
ttCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaactcgca > 1:2097958/1‑150 (MQ=255)
tCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaactcgcaa < 2:3365673/150‑1 (MQ=255)
tCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaactcgcaactc > 2:2661574/1‑150 (MQ=255)
ccATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaactcgcaactcg > 2:371552/1‑150 (MQ=255)
ccATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaactcgcaactcg > 2:1271318/1‑150 (MQ=255)
ccATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGAcaactcgcaactcg > 1:6178871/1‑150 (MQ=255)
aTCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTcgcc > 2:5078248/1‑150 (MQ=255)
aTCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTcgcc < 2:5228867/150‑1 (MQ=255)
aTCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTcgcc > 2:745729/1‑150 (MQ=255)
tCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTcgccg > 1:1274827/1‑150 (MQ=255)
tCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACTAGCGACAACTCGCAACTcgccg > 1:4223656/1‑150 (MQ=255)
cACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAgg < 1:4305727/150‑1 (MQ=255)
aCCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAggg > 2:1512385/1‑150 (MQ=255)
ccAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGa > 1:1844355/1‑150 (MQ=255)
gCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGaa < 1:2898204/150‑1 (MQ=255)
gCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGaa > 2:1428413/1‑150 (MQ=255)
gCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGaa < 2:2129478/150‑1 (MQ=255)
gCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGaa < 1:1944042/150‑1 (MQ=255)
gCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCt > 1:5105419/1‑150 (MQ=255)
ggtcggtGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGc < 2:4913916/150‑1 (MQ=255)
ggtcggtGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGc > 1:1137535/1‑150 (MQ=255)
cggtGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGa < 1:5970581/150‑1 (MQ=255)
ggCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGAtgtg < 2:6196335/150‑1 (MQ=255)
ggCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGAtgtg < 2:1623660/150‑1 (MQ=255)
gCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTgc < 2:4071379/150‑1 (MQ=255)
aTTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTgcgc < 1:6061771/150‑1 (MQ=255)
gtgCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCcag > 2:1885196/1‑150 (MQ=255)
tgCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCcagc > 1:2312613/1‑150 (MQ=255)
gCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCcagca > 2:1715417/1‑150 (MQ=255)
gATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCAc > 1:4418911/1‑150 (MQ=255)
gATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCAc > 2:5259651/1‑150 (MQ=255)
aTGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTTAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACg < 2:2989454/150‑1 (MQ=255)
gCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAgg < 1:6222943/150‑1 (MQ=255)
gCGGTTTCGCTCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAgg > 1:5478942/1‑150 (MQ=255)
tCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAGGGCGGTCTGgc < 1:1166925/150‑1 (MQ=255)
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tCATCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAGGGCGGTCTGgc > 2:2001683/1‑150 (MQ=255)
cATCTCCCCCATGACGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAGGGCGGTCTGgcg < 2:4402152/150‑1 (MQ=255)
aTCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAGGGCGGTCTGgcgc < 2:6577340/150‑1 (MQ=255)
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aTCTCCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAGGGCGGTCTGgcgc > 2:4745631/1‑150 (MQ=255)
tctcCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAGGGCGGTCTGGCGCa < 2:4238392/150‑1 (MQ=255)
tcCCCCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAGGGCGGTCTGGCGCATg > 1:3308265/1‑150 (MQ=255)
|
TAGGCACGCAGCTGGGCCAGGCGCTCAGCGGCAGCCCAGGCCAGCGACAGGCCGTCGAAGGTGCTGGTACCGCGGCCCACTTCGTCCATCAGCACCAGGCTGCGGTCGGTGGCATTGTGCAGGATGTTGGCGGTTTCGCTCATCTCCACCATGAAGGTCGAGCGCCCGCCGGCCAGGTCGTCACTGGAGCCGATGCGGGTGAAGATGCGGTCGACCAGCGACAACTCGCAACTCGCCGCAGGGACGAAGCTGCCGATGTGCGCCAGCAGCACGATCAGGGCGGTCTGGCGCATG > NC_002947/1828086‑1828379
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
