Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
690 |
31.8 |
1836723 |
97.1% |
1783458 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,390,209 |
G→A |
L230L (CTG→CTA) |
aaeR → |
LysR‑type transcriptional regulator AaeR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,390,209 | 0 | G | A | 100.0%
| 130.4
/ NA
| 36 | L230L (CTG→CTA) | aaeR | LysR‑type transcriptional regulator AaeR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (23/13); total (23/13) |
ACCGGAAGGGATCTCGACTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTGACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCAATCGTGGGGAGCTGG > NC_000913/3390131‑3390279
|
aCCGGAAGGGATCTCGACTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAAc > 1:577665/1‑81 (MQ=255)
ggAAGGGATCTCGACTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAAcggc < 2:577615/81‑1 (MQ=255)
ggaGGGATCTCGACTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAAcggcg > 1:577670/3‑81 (MQ=255)
aaGGGATCTCGACTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAAcggcgg > 2:577662/1‑81 (MQ=255)
gggATCTCGACTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGt > 2:577661/1‑81 (MQ=255)
ctcGACTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCgg > 2:577646/1‑81 (MQ=255)
cGACTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGa > 2:577658/1‑81 (MQ=255)
cTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCg > 1:577661/1‑81 (MQ=255)
tCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGc > 2:577655/1‑81 (MQ=255)
cTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCtcc > 2:577677/1‑79 (MQ=255)
aTCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTg > 1:577687/1‑81 (MQ=255)
ccACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGcc < 1:577617/80‑1 (MQ=255)
aGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGAt > 1:577657/1‑81 (MQ=255)
aGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCCACGTGCCGCCGAt > 2:577674/1‑81 (MQ=255)
gAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGAtgt < 2:577617/81‑1 (MQ=255)
aaGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGAtgtg > 2:577683/1‑81 (MQ=255)
aGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTgg > 1:577691/1‑81 (MQ=255)
gATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTggg < 1:577619/81‑1 (MQ=255)
aTTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGt < 2:577619/81‑1 (MQ=255)
tttGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGt > 2:577679/1‑80 (MQ=255)
ttGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGCTGTGGGTGa > 1:577671/1‑81 (MQ=255)
gtgACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGAt < 1:577621/80‑1 (MQ=255)
tgACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATc < 2:577621/80‑1 (MQ=255)
tgACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGAGTATGGATCGCCTTCGAGCCGCTCATGTGGGTGGTc > 2:577668/1‑80 (MQ=255)
gACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCaa > 1:577673/1‑81 (MQ=255)
gATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCCACGAGAt > 2:577680/1‑80 (MQ=255)
gATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGAt > 1:577679/1‑80 (MQ=255)
aTCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATc < 2:577624/80‑1 (MQ=255)
aTCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCa < 2:577622/81‑1 (MQ=255)
aTCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCa < 2:577623/81‑1 (MQ=255)
cGATGACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCAATc < 1:577626/81‑1 (MQ=255)
aCGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCAATCGTggg > 1:577686/1‑81 (MQ=255)
aCGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCAATCGTggg > 2:577688/1‑81 (MQ=255)
cTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCAATCGTGGGGAg < 1:577627/81‑1 (MQ=255)
tGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCAATCGTGGGGAGCTgg < 1:577628/81‑1 (MQ=255)
gcgcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCAATCGTGGGGAGCTg > 1:577683/1‑79 (MQ=255)
|
ACCGGAAGGGATCTCGACTCGCCTGATCCCACAAGGAAGATTTGTGACTAATGATCCGATGACGCTGGTGCGCTGGCTGACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTACGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAGATCAATCGTGGGGAGCTGG > NC_000913/3390131‑3390279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
