Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A16 F95 I1 R1
|
24 |
144.1 |
5354220 |
94.2% |
5043675 |
133.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_pae_tpiA |
4,158,703 |
A→G |
T100A (ACA→GCA) |
oxyR → |
oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,158,703 | 0 | A | G | 91.6%
| 390.3
/ 18.6
| 131 | T100A (ACA→GCA) | oxyR | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/7); new base G (64/56); total (68/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGC > NC_000913_3_pae_tpiA/4158557‑4158845
|
gTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCNCGCAGTTGGAc < 1:257889/150‑1 (MQ=255)
gTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGAc > 1:1180275/1‑150 (MQ=255)
tAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGAcc > 3:579520/1‑150 (MQ=255)
aaGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGt > 1:617131/1‑150 (MQ=255)
aGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTa > 2:79801/1‑150 (MQ=255)
tgttgtTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTAcc < 4:913705/150‑1 (MQ=255)
tgttgtTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACACTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTAcc > 2:1040610/1‑150 (MQ=255)
ttgttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTg > 4:351501/1‑150 (MQ=255)
gttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCt > 1:1102000/1‑150 (MQ=255)
ttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTa > 2:380326/1‑150 (MQ=255)
cACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTAcc < 1:1014994/150‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCa < 1:79801/150‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCa > 4:526416/1‑150 (MQ=255)
aGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCata < 3:351501/150‑1 (MQ=255)
aGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCata < 1:380326/150‑1 (MQ=255)
ggCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCatag < 1:875271/150‑2 (MQ=255)
gCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtatt > 1:1003408/1‑150 (MQ=255)
gCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtatt > 4:962897/1‑150 (MQ=255)
gggAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtattat < 1:1381842/150‑1 (MQ=255)
ggAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATc < 1:662612/150‑1 (MQ=255)
gAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc > 3:184328/1‑150 (MQ=255)
aTGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCt < 1:1376116/150‑1 (MQ=255)
aTGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTACCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCt < 3:753546/150‑1 (MQ=255)
tggtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtgctgc < 2:314381/150‑1 (MQ=255)
gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAc < 3:526416/150‑1 (MQ=255)
tCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc < 2:218451/150‑1 (MQ=255)
tCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc > 2:968539/1‑150 (MQ=255)
tCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGGGAAAGGCCTTAAAGAGATTGCAAGCCAGCAGTGCGTGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc < 1:1480596/150‑1 (MQ=255)
aGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCt < 1:196844/150‑1 (MQ=255)
gcgcGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATc > 1:950731/1‑129 (MQ=255)
gcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTcc > 3:584888/1‑150 (MQ=255)
ccGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTGGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGc < 1:968539/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 2:181548/150‑1 (MQ=255)
tgctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTgg < 1:1040610/150‑1 (MQ=255)
tgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaaa > 3:160560/1‑150 (MQ=255)
gTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTATCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGt < 2:1102000/150‑1 (MQ=255)
gTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGt < 4:160560/150‑1 (MQ=255)
aGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATc < 3:761187/150‑1 (MQ=255)
gTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTg < 2:836802/150‑1 (MQ=255)
tGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGc < 2:617131/150‑1 (MQ=255)
tGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGc > 2:196613/1‑150 (MQ=255)
aaaGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCAt > 1:1040815/1‑150 (MQ=255)
gTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGaa < 2:13642/150‑1 (MQ=255)
tCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCa > 3:950759/1‑94 (MQ=255)
tCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCa < 4:950759/94‑1 (MQ=255)
tCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAg > 1:1487190/1‑150 (MQ=255)
ccTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGc > 1:705549/1‑150 (MQ=255)
cTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTAc < 3:575648/81‑1 (MQ=255)
cTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTAc > 4:575648/1‑81 (MQ=255)
cTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGca > 1:692933/1‑150 (MQ=255)
ttAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTa < 2:664459/102‑1 (MQ=255)
ttAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtgctg > 2:150520/1‑107 (MQ=255)
ttAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGcac > 4:310251/1‑150 (MQ=255)
ttAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGcac < 1:565689/150‑1 (MQ=255)
ttAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATCCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGcaa > 3:371017/1‑149 (MQ=255)
tAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATc < 1:1465801/97‑1 (MQ=255)
aaaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCGGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa > 1:563047/1‑129 (MQ=255)
aaaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCGGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa < 2:563047/129‑1 (MQ=255)
aaaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAACACAg > 1:867972/1‑150 (MQ=255)
aaaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAg > 1:690126/1‑150 (MQ=255)
aaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGa > 3:731675/1‑150 (MQ=255)
aaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGa < 2:1468038/150‑1 (MQ=255)
gagaGGGCAAGCAAGCTGGGCGAGACGATGACCGGACCGCTGCACATTGGCTGGATTCCCGCAGTTGGAACGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCACACATTTCCAACGCAAGAAACGGACATGCATGACGCACCGAcc > 2:862945/1‑150 (MQ=255)
ggCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGCCCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccacca < 3:920523/150‑1 (MQ=255)
ggCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccacca < 3:506752/150‑1 (MQ=255)
cAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGt > 2:1386113/1‑150 (MQ=255)
aGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTa < 2:357920/150‑1 (MQ=255)
gCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTAc < 4:432657/150‑1 (MQ=255)
gCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTAc > 2:98234/1‑150 (MQ=255)
gcagGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGGACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGgc > 1:659009/1‑150 (MQ=255)
cagGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGgcg < 1:98234/150‑1 (MQ=255)
agGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGgcgc < 2:990159/150‑1 (MQ=255)
ggCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCaa > 1:539508/1‑150 (MQ=255)
cGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACAGTACCTCCAAACAAATATTATACATATGCTGCAGCACACGTCTGCAAAGCGGTAAAGGTATCTTCATGTAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAAca > 3:200507/1‑149 (MQ=255)
gagaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTgg < 4:687625/103‑1 (MQ=255)
gagaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTgg > 3:687625/1‑103 (MQ=255)
gagaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTg > 2:1520560/1‑150 (MQ=255)
gaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTg < 1:683397/55‑1 (MQ=255)
gaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTg > 2:683397/1‑55 (MQ=255)
gATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCttt > 2:616592/1‑88 (MQ=255)
cGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGTAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTAc < 2:10865/128‑1 (MQ=255)
cGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCaa > 1:1471822/1‑150 (MQ=255)
gACCGCTACACATTAGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAACCTTCCAAAGCCGGCAACGAATCCGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGCCGCAACTGGACAGCGGCaccc > 4:54132/1‑147 (MQ=255)
aCCGCTGCGCATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACt < 2:1461815/150‑1 (MQ=255)
aCCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACt > 2:942968/1‑150 (MQ=255)
gCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGa > 4:207164/1‑150 (MQ=255)
gCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc < 1:731995/72‑1 (MQ=255)
gCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc > 2:731995/1‑72 (MQ=255)
cTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGt < 1:872409/118‑1 (MQ=255)
cTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGt > 2:872409/1‑118 (MQ=255)
cTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGAt < 4:630985/150‑1 (MQ=255)
cTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGAt > 1:1127243/1‑150 (MQ=255)
tGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGAtt > 1:736628/1‑150 (MQ=255)
cacaTTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGc > 2:670898/1‑150 (MQ=255)
acaTTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCg < 2:659009/150‑1 (MQ=255)
tGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGAt < 4:584888/150‑1 (MQ=255)
tttGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCaaa > 1:1597269/1‑69 (MQ=255)
tttGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAAt > 4:156273/1‑78 (MQ=255)
gATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTcgc > 3:999687/1‑150 (MQ=255)
gATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTcgc > 2:1509489/1‑150 (MQ=255)
|
CCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGC > NC_000913_3_pae_tpiA/4158557‑4158845
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
