Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9101112 F55 I0 R1
|
156 |
414.6 |
11700970 |
99.6% |
11654166 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
1,669,467 |
C→T |
13.0% |
R204* (CGA→TGA) |
U712_08600 → |
Flagellar biosynthetic protein fliR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 1,669,467 | 0 | C | T | 13.0%
| 1269.6
/ 113.0
| 400 | R204* (CGA→TGA) | U712_08600 | Flagellar biosynthetic protein fliR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (177/170); new base T (31/21); total (209/191) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
TTGATCAGGCATTTCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGAATCTTTTA > CP006881/1669318‑1669616
|
cAGGCATTTCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACt > 2:4703884/1‑150 (MQ=255)
aTTTCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTcc > 1:5723536/1‑150 (MQ=255)
aTTTCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGCCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTcc < 2:1015255/150‑1 (MQ=255)
tttCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCg > 1:377253/1‑150 (MQ=255)
ttCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGc > 2:2790373/1‑150 (MQ=255)
cGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCNTTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGt > 1:1397684/1‑150 (MQ=255)
gAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGtt > 1:2050946/1‑150 (MQ=255)
aaTTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTa > 2:884247/1‑150 (MQ=255)
tttCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTaaa > 2:5719343/1‑150 (MQ=255)
ggCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTa > 1:2662347/1‑150 (MQ=255)
ggCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTa < 2:1561495/150‑1 (MQ=255)
gCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTAt < 2:2125474/150‑1 (MQ=255)
gATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTAttt > 1:352820/1‑150 (MQ=255)
gATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTAttt > 1:1017018/1‑150 (MQ=255)
aTGAAAAGTTTGCCTCTTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTtg < 1:2830916/150‑1 (MQ=255)
aTGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTtg > 2:2007853/1‑150 (MQ=255)
gAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTtgtg > 1:387856/1‑150 (MQ=255)
aaaaGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTgg > 2:5229189/1‑150 (MQ=255)
aaaaGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTgg > 1:4803543/1‑150 (MQ=255)
aaaGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTggt > 2:4136218/1‑150 (MQ=255)
aaaGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTggt < 2:2730733/150‑1 (MQ=255)
tttGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTggtcggt < 2:2650528/150‑1 (MQ=255)
tGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCt < 1:5139625/150‑1 (MQ=255)
ccTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGc > 2:5198058/1‑150 (MQ=255)
cTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGcc < 2:4274513/150‑1 (MQ=255)
aTTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCtt > 2:3175362/1‑150 (MQ=255)
ttttATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCttt < 1:590855/150‑1 (MQ=255)
ttttATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCttt > 1:1985904/1‑150 (MQ=255)
tttATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTa < 1:5655944/150‑1 (MQ=255)
tATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTaaa > 2:14537/1‑150 (MQ=255)
tGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGAt < 2:2408617/150‑1 (MQ=255)
gCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATc > 1:4904031/1‑150 (MQ=255)
cGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCg > 2:1821707/1‑150 (MQ=255)
cGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCg > 2:2298873/1‑150 (MQ=255)
cGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCg < 2:3829841/150‑1 (MQ=255)
cGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCg > 1:2487629/1‑150 (MQ=255)
gAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGc > 1:3962098/1‑150 (MQ=255)
aataGNTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCt > 1:5810344/4‑150 (MQ=255)
aaaaGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAAATGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCTGTCTGCCTTTAAAGATCGCt > 2:4928200/1‑150 (MQ=255)
aaaGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTg > 1:2881513/1‑150 (MQ=255)
aaaGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTg < 1:2173988/150‑1 (MQ=255)
aaGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGt > 2:3412705/1‑150 (MQ=255)
aGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTc < 2:4867185/150‑1 (MQ=255)
cTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAg < 2:4508537/150‑1 (MQ=255)
tAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGttt > 2:5496262/1‑150 (MQ=255)
cAATGTTTATTATCACTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGTCTCGAAGTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTa > 1:3997955/1‑150 (MQ=255)
aTGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATg > 2:1600988/1‑150 (MQ=255)
tattatCGCTTTTCAAGTGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCAt < 1:127976/150‑1 (MQ=255)
tattatCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCACAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCAt > 2:3313778/1‑150 (MQ=255)
ttatCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATtg > 2:366257/1‑150 (MQ=255)
cTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATtgtatgta > 1:1116463/1‑150 (MQ=255)
cTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATtgtatgta > 1:4170568/1‑150 (MQ=255)
ttttGAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTgtatgtat > 1:462806/1‑150 (MQ=255)
ttttCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTgtatgtat < 2:748199/150‑1 (MQ=255)
tttCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGtatgtatg < 2:5360656/150‑1 (MQ=255)
ttCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTatgtatgt > 2:4213802/1‑150 (MQ=255)
ttCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTatgtatgt > 2:1734749/1‑150 (MQ=255)
aaaTGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCg > 1:2371339/1‑150 (MQ=255)
aaTGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGt > 1:4058463/1‑150 (MQ=255)
tGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTa > 2:5023667/1‑150 (MQ=255)
tGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTa > 2:3973641/1‑150 (MQ=255)
gTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTAt > 1:4354699/1‑150 (MQ=255)
tCAGCGNCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATc < 1:3229508/150‑1 (MQ=255)
gcgcCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTtc < 2:1373657/150‑1 (MQ=255)
cgcCGGTTGTGGCCAGTTTGTTCCTAGTTGATCTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTtcg < 2:3113178/150‑1 (MQ=255)
gcCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTACCATTATGTATCGTGGCACGAACTGTTCCGCAGTTAAATCTATTTGTGGTCGGTCTCCCTTTAAAGATGGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTACGTTATCTtcgt < 1:2986545/150‑1 (MQ=255)
ccGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTtcgtc < 2:5847423/150‑1 (MQ=255)
ccGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTtcgtc < 1:2264807/150‑1 (MQ=255)
cGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTtcgtcg < 2:4593022/150‑1 (MQ=255)
gTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGtt > 1:3367300/1‑150 (MQ=255)
gTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGtt < 2:633008/150‑1 (MQ=255)
tgtgGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGt < 2:1161140/150‑1 (MQ=255)
gtgGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTc < 2:5593600/150‑1 (MQ=255)
tgGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTcc < 2:832352/150‑1 (MQ=255)
gCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTATCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCgg > 2:2528418/1‑150 (MQ=255)
aGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAAt < 1:4220719/150‑1 (MQ=255)
tgtttTTAGTTGTTTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCCCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGttt < 1:3198501/150‑1 (MQ=255)
gtttCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCACAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGtttt > 2:4762000/1‑150 (MQ=255)
tCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAg > 1:1711665/1‑150 (MQ=255)
cTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGt > 2:511897/1‑150 (MQ=255)
aGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGttt < 1:1859241/150‑1 (MQ=255)
gTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTa < 2:4969666/150‑1 (MQ=255)
tGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTTAGTTTAAc > 1:5061979/1‑150 (MQ=255)
gATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACg < 1:1548941/150‑1 (MQ=255)
gATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACg > 1:1310426/1‑150 (MQ=255)
tttAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGAt > 2:4391396/1‑150 (MQ=255)
aGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGa < 1:3070484/150‑1 (MQ=255)
gCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGaa > 2:2199294/1‑150 (MQ=255)
aTTAGGTATCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAAc < 1:3642886/150‑1 (MQ=255)
ttAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACg < 1:837664/150‑1 (MQ=255)
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gTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGc < 2:352820/150‑1 (MQ=255)
aTCGTGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCTGTTTAACGATTGAAACGATGCgg > 2:1896795/1‑150 (MQ=255)
tCGTGCCCCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTTTTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGa < 1:741518/150‑1 (MQ=255)
gTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGAAt > 2:4021518/1‑150 (MQ=255)
tGGCTTGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGAATc < 1:5229189/150‑1 (MQ=255)
cTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGAATCttt > 1:1505593/1‑150 (MQ=255)
cTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGAATCttt > 1:5514962/1‑150 (MQ=255)
cTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGAATCttt < 2:3885238/150‑1 (MQ=255)
tCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGAATCtttt < 2:2962340/150‑1 (MQ=255)
|
TTGATCAGGCATTTCCGAATTTCGGCGATGAAAAGTTTGCCTATTTTATTGCGAAAAGCTTTAATGCAATGTTTATTATCGCTTTTCAAATGTCAGCGCCGGTTGTGGCCAGTTTGTTTCTAGTTGATTTAGCATTAGGTATCGTGGCTCGAACTGTTCCGCAGTTAAATGTATTTGTGGTCGGTCTGCCTTTAAAGATCGCTGTCAGTTTCATTATGCTCATTGTATGTATGTCCGTTATCTTCGTCGTTGTCCGGAATGTTTTCAGTTTAACGATTGAAACGATGCGGAATCTTTTA > CP006881/1669318‑1669616
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
