Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F44 I0 R1
|
115 |
55.9 |
2109214 |
91.7% |
1934149 |
142.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,764,427 |
G→A |
33.2% |
intergenic (‑41/+286) |
sufA ← / ← rydB |
iron‑sulfur cluster insertion protein SufA/small regulatory RNA RydB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,764,427 | 0 | G | A | 33.2%
| 48.0
/ 36.4
| 51 | intergenic (‑41/+286) | sufA/rydB | iron‑sulfur cluster insertion protein SufA/small regulatory RNA RydB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/14); new base A (9/8); total (29/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.69e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 |
TTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATT > NC_000913/1764286‑1764561
|
tttGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGt > 1:37234/1‑143 (MQ=255)
gCCACCAGCGCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAg < 1:959891/143‑1 (MQ=255)
tCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGa < 2:602967/143‑1 (MQ=255)
tCACGGAGGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCGTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGa < 2:606253/143‑1 (MQ=255)
aCGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGAtt < 1:608185/143‑1 (MQ=255)
gATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTGAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATc > 1:990934/1‑143 (MQ=255)
aTGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATACTGATTATCa > 2:780749/1‑143 (MQ=255)
gtgtATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCACTTTACCTCACTCCGTCCCTTTCAGCGTAGAACAGCATGTCAGTCATAATGATTacaagt > 2:298817/1‑138 (MQ=255)
tgtATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGtt < 1:601282/143‑1 (MQ=255)
tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTAATCGCTTTCAGCGTATAACAGCCTGTTAGTGATCATGAGTATCGGTTAAAc > 2:202037/1‑143 (MQ=255)
ccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCGTTCAGCGTATAACAGCACATCAGGCATAATGATTATCAGGTCAccccc > 2:394860/1‑142 (MQ=255)
acgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTCTAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCa > 2:80847/2‑143 (MQ=255)
gggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCCCTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGATAGTGATAATGATTATCAGTTTCACCCAGCAAACg > 2:415576/1‑143 (MQ=255)
gggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACACCATGTTAGTTATAATGATTATAAGTTCAACCCAACAAACg > 1:177691/1‑143 (MQ=255)
tgtCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAg < 1:808751/143‑1 (MQ=255)
tCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAggg > 1:134212/1‑143 (MQ=255)
ttAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTa < 1:417212/143‑1 (MQ=255)
tAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTAc > 2:853717/1‑143 (MQ=255)
gaaGCGTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTCAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTAc < 2:433160/142‑1 (MQ=255)
ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGACTGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCCGCAAACGCAGGCGCTTTACTGTa > 2:793364/1‑143 (MQ=255)
cGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCtt < 1:501773/143‑1 (MQ=255)
aTCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACGGTAAAACATGCTTTTTg > 1:176800/1‑143 (MQ=255)
tCTTGTGGTTTTATGGTTTCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGc < 1:93702/143‑1 (MQ=255)
cgtgtgGGTTCAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGcc < 2:409070/141‑1 (MQ=255)
tgtgGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTg < 1:623930/143‑1 (MQ=255)
ggTTAAAGGTTCCTGAATGAATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCttt < 1:969492/143‑1 (MQ=255)
gTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCtttt > 2:375641/1‑143 (MQ=255)
gTTAAAGGTGCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCtttt < 1:357224/143‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTACTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGCCTTTACCGTACAACATGCTTTTTGCCTGCTTTta > 2:90034/1‑143 (MQ=255)
tAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTtaa < 1:121469/143‑1 (MQ=255)
ggtCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCGGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCGGTGCAACCCAGCCAACGCAGGGGCTTTACCGTCACACATGATCTTCGCCTGCTTTgaacagcc > 2:1038472/3‑138 (MQ=255)
gTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGc > 2:924564/1‑143 (MQ=255)
gTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAACCATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGc > 1:789466/1‑143 (MQ=255)
gTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGATTTACAGTAAAACATGCTTATTGCCTGCTTTTAATAAGc > 2:153586/1‑143 (MQ=255)
cTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAg > 2:911174/1‑143 (MQ=255)
gAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGCCTTTACCGTATCACCTGCCTTTTGCCTGCTTCTCATCCGCATAGAc > 1:262079/1‑143 (MQ=255)
aTGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGAt < 2:757128/143‑1 (MQ=255)
gTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGAtgt < 1:809364/143‑1 (MQ=255)
ccATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCCGAtgtgt < 2:37234/143‑1 (MQ=255)
aTCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTCCAACCCCGGAAACGCAGGGGCTTAACCATTCAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCGGGTGTGTgg > 2:317106/1‑143 (MQ=255)
cTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGc > 1:193601/1‑143 (MQ=255)
ttCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAATATGTGATGGATGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCt > 1:1043769/1‑143 (MQ=255)
cATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTACCAGGCACGCTaa > 2:590641/1‑143 (MQ=255)
cATCGCTTCCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCGTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTaa < 2:344558/143‑1 (MQ=255)
aTCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTacg > 1:645827/1‑141 (MQ=255)
tCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACGTGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGGGGGGTAACAGGCACGCTCAGa > 1:529173/1‑143 (MQ=255)
tCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGa > 2:805570/1‑143 (MQ=255)
tCGCTTTCAGCGTATAACAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTCAGa > 2:457551/1‑143 (MQ=255)
ttCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAg < 1:924564/143‑1 (MQ=255)
gCGTATAACAGCATGTTACTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTAt < 1:325411/143‑1 (MQ=255)
aaCAGCATATTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCAtt < 1:379004/143‑1 (MQ=255)
|
TTTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCGTATAACAGCATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATT > NC_000913/1764286‑1764561
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
