Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F20 I1 R1
|
20 |
47.4 |
1967890 |
90.0% |
1771101 |
142.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,287,424 |
+T |
intergenic (‑53/‑340) |
acs ← / → nrfA |
acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,287,423 | 1 | . | T | 94.4%
| 322.4
/ 10.4
| 107 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/3); new base T (54/47); total (57/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT > NC_000913/4287281‑4287564
|
aTTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGCTTGTGAATTTGGCTCATGCTTGTGTTCTCCTTGTAGGACGTTGATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑g > 2:946826/1‑143 (MQ=255)
gttgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCCATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑G‑tta < 1:234324/143‑3 (MQ=255)
tgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑G‑ttagg < 1:866412/143‑5 (MQ=255)
aTACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑Agggg > 1:343162/1‑143 (MQ=255)
aCATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAATGG‑T‑AGGGGTa > 1:290052/1‑143 (MQ=255)
tCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTg > 1:725940/1‑143 (MQ=255)
gcgggTACTGCTGAGGGTTTGTCAGGCAGCGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCGTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCa < 2:658269/139‑1 (MQ=255)
cTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAg > 2:122852/1‑143 (MQ=255)
ctgctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGt < 2:370908/143‑1 (MQ=255)
ctgctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGt < 1:716736/143‑1 (MQ=255)
tgctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGtt < 1:105643/143‑1 (MQ=255)
ctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGCTGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTa < 1:637652/143‑1 (MQ=255)
ctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTGTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCTTAGGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGGATTGGTAGTTTTGtagg > 2:739296/1‑140 (MQ=255)
tgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCATGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAg > 2:698802/1‑143 (MQ=255)
ggAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAg < 2:624363/142‑1 (MQ=255)
aGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGGAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTa > 2:511323/1‑143 (MQ=255)
ggTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAtt > 1:570105/1‑143 (MQ=255)
ggTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAtt < 2:787048/143‑1 (MQ=255)
gTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAttt < 1:402718/143‑1 (MQ=255)
gTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAttt > 2:670915/1‑143 (MQ=255)
gTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAttt > 1:233557/1‑143 (MQ=255)
tttATCAGGCGACGGGCTGCGATGGTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGTATAGTGCGCATGCTTTTGTTCTCTTGGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTg < 2:204837/143‑1 (MQ=255)
tgagcAGGCGACGGTGTGCGATGTTGGCAGGGGTGGTGTGTGTGGGAAGTTGGCGCATGCTTTTGTTCTCCGTGTAGGATGTGAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑GAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTgg < 1:446719/139‑1 (MQ=255)
taccAGGCAACGGACCGCGATGGTGGCAGGAATGGTGTGATTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑TAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTggg < 1:294369/140‑1 (MQ=255)
tATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGGTTTGTTTAGTATTTggg > 1:411194/1‑143 (MQ=255)
tCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTCGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTCGTTTAGTATTTGGGCg > 2:871321/1‑143 (MQ=255)
aaCGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGAt > 2:226638/1‑143 (MQ=255)
tCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGc > 1:503697/1‑143 (MQ=255)
tggttgCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTa < 1:753213/138‑1 (MQ=255)
tGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑G‑TGAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTa > 1:562000/1‑143 (MQ=255)
ggCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTGTTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAt > 2:365881/1‑143 (MQ=255)
ggCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAt > 2:446196/1‑143 (MQ=255)
ggAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGATAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAGGTAGAATtgtg > 2:370677/1‑143 (MQ=255)
gAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGGAAAAGTAGAATtgttg > 2:929182/1‑141 (MQ=255)
gtgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAACGTAGAATTGTGCAAATa > 2:761805/1‑143 (MQ=255)
gtgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATa > 1:536449/1‑143 (MQ=255)
tgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaa > 1:882273/1‑143 (MQ=255)
aaTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGATTTGTGCAAATAAACGGCAGGGt > 1:35475/1‑143 (MQ=255)
aaTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGt > 2:21370/1‑143 (MQ=255)
gCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTGGAATTGTGCAACAAAACGGCGAGGAAAtttt > 2:794714/1‑143 (MQ=255)
cttaTGCTTTTGTTCGCCGTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAAttttt < 1:308181/140‑1 (MQ=255)
ctctTGCTTTTTTTCTCCTTGTAGGATGTTTATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTCATGGCAGGGTTGTTTCGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTTTGCAAATAAACGGCAGGGTAAttttt < 2:590628/143‑1 (MQ=255)
cTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAACAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGAAGGGTAAttttt > 2:57844/1‑143 (MQ=255)
tCATTCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTGATAATGTGTGGCATAAGCGTT‑AGAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTg < 2:767226/143‑1 (MQ=255)
tCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTg > 1:261344/1‑143 (MQ=255)
cATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGa < 1:67971/143‑1 (MQ=255)
cATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAAGATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGa < 2:545125/143‑1 (MQ=255)
cATGCGTTTGTTCTCCTGGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTCCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGa < 2:933777/143‑1 (MQ=255)
atgagtttGTTCTCTTTGTAGGAGGGTCATAATATGTAGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGaa < 2:281983/138‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTGTTCTGCTTGTAGGATGTTCATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGaa < 2:373483/143‑1 (MQ=255)
tGCTTTTGTTCTCCTCGTAGGATGTTCATAATATGCTGCATAAGCGTT‑ACAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAg < 1:236409/143‑1 (MQ=255)
ttttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGTCAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAAGTc > 1:372998/1‑143 (MQ=255)
tttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCa < 2:562000/143‑1 (MQ=255)
tGTTCTCCTTGTAGTATGTTAATAATATGTGGCACAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAga < 1:170069/143‑2 (MQ=255)
tGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGc < 1:945525/143‑1 (MQ=255)
gTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAg < 1:435477/122‑1 (MQ=255)
gTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAg > 2:435477/1‑122 (MQ=255)
ttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCCGcaa > 1:776380/1‑143 (MQ=255)
ttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaa > 1:353714/1‑143 (MQ=255)
ctcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaaca > 1:818965/1‑143 (MQ=255)
tcCTTGTAGGATGTTAATAATATCTGGCATAAGCGTT‑ATATAT‑T‑AGGGTTATTGTCAGTTTTGTTTAGTATATGGCCGACAGATCAAGCAAAACTAGACATGTTCAAATACACGGCAGGCCAATAGTTGAAGATCAGcaacac > 2:581144/1‑142 (MQ=255)
cTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACaaaa > 1:484622/1‑143 (MQ=255)
cTTGGAGTATGTTAGTAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACaaaa < 2:328097/143‑1 (MQ=255)
tttAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGTGTT‑AAGT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGt < 2:924501/141‑1 (MQ=255)
tggaGGATGTTAATAATGTGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGt < 1:804332/140‑1 (MQ=255)
tGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGt < 1:39959/143‑1 (MQ=255)
ttggATGCTGATAATATGTGGCATAAGCGTTGAATT‑T‑T‑ACGGCTAGTGTGAGCTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACTCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTg < 2:639576/141‑1 (MQ=255)
tAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGCAGGTCAGCAGCAAAAGTTg > 1:17609/1‑143 (MQ=255)
tAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTg > 1:751254/1‑143 (MQ=255)
tAGGATGTTAATAATAGGTGGCATAAGCGTT‑AAAC‑GTT‑AGTGTTTTTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTg < 1:131933/143‑1 (MQ=255)
aGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGa < 1:342485/143‑1 (MQ=255)
gATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTAGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGAtc > 2:906603/1‑142 (MQ=255)
gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTGATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAt > 1:485753/1‑143 (MQ=255)
gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAt > 1:749821/1‑143 (MQ=255)
gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAt > 2:769813/1‑143 (MQ=255)
ttAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAACTTGAAGAAtt > 2:323703/1‑143 (MQ=255)
ttAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATGTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAtt > 1:661818/1‑143 (MQ=255)
aataatATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCt > 1:572641/1‑143 (MQ=255)
aataatATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGGATTGGCAGTGTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGACTAATTCt > 2:3399/1‑143 (MQ=255)
ataataTGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGTTGGGTCGCCCAAAACTAGGATTTTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCtt < 1:452509/143‑1 (MQ=255)
agagtatGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAGGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCtt < 2:854212/139‑1 (MQ=255)
tgatatGGGGCATAGGGGTT‑AAAT‑G‑TGAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 2:261344/141‑1 (MQ=255)
tactctgtgGCAGAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 1:128038/138‑1 (MQ=255)
taataTGTGGCATAAGCTTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTTGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 2:85406/143‑1 (MQ=255)
taataTGTGCGGTATGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTTTTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 2:188520/143‑1 (MQ=255)
taacaTCTGTCATAAGCGTT‑ACAT‑GTT‑AGGGGTATTGGAAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 2:674477/143‑1 (MQ=255)
gcggtgGCATAAGGGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGGTAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAg < 2:354253/140‑1 (MQ=255)
gtgGCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑GGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGaa < 1:475471/143‑1 (MQ=255)
gCATAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACAt > 1:677401/1‑143 (MQ=255)
aTAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACagga > 2:823869/1‑140 (MQ=255)
aTAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGc > 1:773059/1‑143 (MQ=255)
tAAGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa > 1:877992/1‑143 (MQ=255)
tAAGCGTG‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa < 2:30430/143‑1 (MQ=255)
aaGCGTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTGTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAg < 1:956496/143‑1 (MQ=255)
ggt‑AAAT‑GTT‑AGGGTTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGTGCGACAGATCACTCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTat < 2:559793/141‑1 (MQ=255)
gTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAACAGTTGATTAATTCCTTGAGGAACATGCCGTTat > 1:58720/1‑143 (MQ=255)
gTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTat < 1:957132/143‑1 (MQ=255)
gTT‑AAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTATCGTAAAGGTTCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAGTGTGCAAATATACGGCAGAGTAATTTTTGAATGTCAGCAACAAAAGATGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTat > 2:116752/1‑143 (MQ=255)
tt‑AAAT‑GTT‑AGGAGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatg < 1:60027/143‑1 (MQ=255)
gg‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCt < 1:881540/142‑1 (MQ=255)
|
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTT‑AAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCT > NC_000913/4287281‑4287564
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
