Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F52 I1 R1
|
23 |
44.3 |
1856968 |
90.0% |
1671271 |
142.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,287,424 |
+T |
intergenic (‑53/‑340) |
acs ← / → nrfA |
acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,287,423 | 1 | . | T | 95.9%
| 288.5
/ 4.9
| 98 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base T (49/44); total (52/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGC > NC_000913/4287281‑4287559
|
aTTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGAATAAGCGTTA‑AAT‑g > 2:142432/1‑143 (MQ=255)
tgttgAGACAGGGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑G‑tt < 2:126906/143‑2 (MQ=255)
gttgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑G‑tta < 1:44542/143‑3 (MQ=255)
gttcttACGTCGCCTCGTGCTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑G‑tta < 2:824540/138‑3 (MQ=255)
gggtACATCGCCTCGTACGGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑G‑ttagg < 1:60505/140‑5 (MQ=255)
gATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATGTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑G‑ttaggg < 1:222704/143‑6 (MQ=255)
aTACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑CAT‑GTT‑Agggg > 1:855542/1‑143 (MQ=255)
aTACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑Agggg > 1:345451/1‑143 (MQ=255)
aCATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTa < 1:141681/143‑1 (MQ=255)
cATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTAt < 1:503175/143‑1 (MQ=255)
aTCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACAGTCGGCGAGGGGGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTAtt > 1:635969/1‑143 (MQ=255)
cTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAg > 1:326458/1‑143 (MQ=255)
cTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTGGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGCTACTAATATGTGGCATAAGGGTTA‑AAC‑GAT‑AGGGGGATGGGCAg > 2:683680/1‑143 (MQ=255)
agTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGtt < 2:179642/142‑1 (MQ=255)
tgctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGtt > 2:918313/1‑143 (MQ=255)
tgctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGtt < 1:563423/143‑1 (MQ=255)
gctgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAGTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTCGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGGTA‑AAT‑G‑TCAGGGGTATTGGCCGTGTTGttt > 1:767790/1‑143 (MQ=255)
tgAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCGCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AATGG‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTCTGTGTAg > 2:573416/1‑143 (MQ=255)
gAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGt > 1:535175/1‑143 (MQ=255)
gTTTAGCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGGGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAttt < 1:144772/143‑1 (MQ=255)
ttATCAGGCAACTGTCTGCGATGTTGGCATGAATGGTTTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTgg < 1:836516/143‑1 (MQ=255)
ttATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTgg < 2:864661/143‑1 (MQ=255)
aTCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGc < 1:500314/143‑1 (MQ=255)
aTCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGc < 2:384596/143‑1 (MQ=255)
aTCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCGTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGc > 2:218073/1‑143 (MQ=255)
tCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCg > 2:15970/1‑143 (MQ=255)
aGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGAc > 1:227602/1‑143 (MQ=255)
aGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGAc > 2:76073/1‑143 (MQ=255)
ggaaCGGGCTGCGATGGTGGCAGGACTGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTACTTGCAGCATGTTAATATTATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAg < 2:500701/141‑1 (MQ=255)
gCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑ACT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAg > 2:630789/1‑143 (MQ=255)
cGGGCTGCGATGTTGGCATGTATGGTGTGTTTGTGAATTTTGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCa < 2:848508/143‑1 (MQ=255)
tgtgtGCGATGTTGGTAGGTAGGGTGGGTTTGTGAATTTCGCTCATGCTTGTGTGCTCCTTGTATGATGTTAATAATACGTGGCATACGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGTGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGTGCGACAGATCAc < 2:605259/139‑1 (MQ=255)
ggTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCAc < 1:804803/143‑1 (MQ=255)
gTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACg > 1:904923/1‑143 (MQ=255)
tCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGAGACAGATCACGc > 1:203900/1‑143 (MQ=255)
tGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaa > 1:821022/1‑143 (MQ=255)
gCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaaa > 1:894426/1‑143 (MQ=255)
ggATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTTAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaaaa < 1:663122/142‑1 (MQ=255)
cGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaaaa > 1:247322/1‑143 (MQ=255)
aTGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGATA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAACGt > 2:612301/1‑143 (MQ=255)
tGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTC‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCACAAGTa > 1:851926/1‑143 (MQ=255)
ttGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGa > 2:755117/1‑143 (MQ=255)
tGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTACTAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGGATTGGCAGTTTTGTGTAGTATTTGGGCGACAGATCACGAAAAAGTAGaa > 2:120550/1‑143 (MQ=255)
tGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGAGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGaa < 2:749984/143‑1 (MQ=255)
gCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAtt > 1:535277/1‑143 (MQ=255)
gCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTAATGATTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCGTTAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGACAGTGTTGTAGAGTAGTTGAGCGACAGAACACGCAAAAGTAGCAtt > 2:275493/1‑143 (MQ=255)
cAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTggg > 1:596927/1‑117 (MQ=255)
cAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTggg < 2:596927/117‑1 (MQ=255)
aGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATtgt > 1:160570/1‑143 (MQ=255)
ggAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATtgtg < 2:535277/143‑1 (MQ=255)
ggAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATtgtg < 1:801770/143‑1 (MQ=255)
ggAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATtgtg < 2:272444/143‑1 (MQ=255)
tGGTGTGTTGGGGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCaaa > 2:663235/1‑143 (MQ=255)
tgtgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCATTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGATA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaa > 1:277748/1‑143 (MQ=255)
gtgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaaa > 1:751230/1‑143 (MQ=255)
gtgtTGGTGAGTTTGGTTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATaaa < 2:374842/143‑1 (MQ=255)
tgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCGCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAAc < 1:653284/143‑1 (MQ=255)
tgtgAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAGACGGCa > 2:627891/1‑143 (MQ=255)
gtgAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAg > 1:296681/1‑143 (MQ=255)
tgAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑ACT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAACAGTAGCATTGTGCAAATAAACGGCAgg > 2:256043/1‑143 (MQ=255)
aaTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGt < 1:217292/143‑1 (MQ=255)
tCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAAttgttg > 1:642760/1‑143 (MQ=255)
tCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTg > 2:26525/1‑143 (MQ=255)
tGCTTTTGTTTTCCTTGAAAGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAg < 1:148179/143‑1 (MQ=255)
tGCTTTTGGTCTCTTTGTAGGATGTTAATTATATGTGGCATAAGCGTTT‑AAT‑GTT‑AGGTGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCTGTTTAATTTTTGAAg < 2:812756/143‑1 (MQ=255)
cTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAAGATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTGTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGt < 2:214241/143‑1 (MQ=255)
ttttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTc > 1:912407/1‑143 (MQ=255)
tttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAGGGTCa > 1:815/1‑143 (MQ=255)
ttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAGTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAg < 1:281570/143‑1 (MQ=255)
ttGGTCTGCTGGTAGGAGGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTG‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAAGAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAg < 2:547564/143‑1 (MQ=255)
tttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑ATGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAACTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGca < 1:683051/142‑1 (MQ=255)
ttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaa < 1:284289/143‑1 (MQ=255)
ttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaa < 1:280064/143‑1 (MQ=255)
ttCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaa > 1:497529/1‑143 (MQ=255)
tggtcCTTGTGGGATGTTAATAAGATGTGGCAGATGGGTTA‑AAT‑G‑TCAGGGGCATGGGCGGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGAGCACGCAAAAGTAGATTGGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGcaa < 2:852507/140‑1 (MQ=255)
ttGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGAAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAg > 2:360487/1‑143 (MQ=255)
gTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGtt < 1:433989/143‑1 (MQ=255)
tAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAACAGTTg > 1:19953/1‑143 (MQ=255)
tAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTg > 2:19667/1‑143 (MQ=255)
tAGGATGTTAATAATATGTGGAATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTg < 1:229524/143‑1 (MQ=255)
aGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGCATTTTCCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGa < 2:904923/143‑1 (MQ=255)
gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAt < 2:894426/143‑1 (MQ=255)
gtaagaaTATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGGAGAATTGGGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAtt < 2:390936/142‑1 (MQ=255)
taataaTATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTc > 1:113204/1‑143 (MQ=255)
gtggtatGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCtt < 2:535175/139‑1 (MQ=255)
tagtctgtgGCATAGGCGTTA‑TAT‑GTT‑AGGTGTATTGGTAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTTTGCAAATAATCGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 2:894583/138‑1 (MQ=255)
aaataTGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCttt < 1:814665/142‑1 (MQ=255)
agagggggCATAAGCGTGAGAGG‑G‑G‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAAGAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGa < 1:102143/137‑1 (MQ=255)
tcgttgGCATATGCGTTA‑AGT‑GTT‑AGGGTCATTGGCAGTTTTGTTTAGTATGTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAATGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAg < 2:11084/139‑1 (MQ=255)
atGTGGGATAGGTTTTA‑AGT‑GTT‑AGGAGTATTTGCATTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATGACGCAATAGTAGAATTGTGCAAATATACGGCTGGGTTATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAgg < 2:755503/143‑1 (MQ=255)
gtgGCATTAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGaa < 1:666899/143‑1 (MQ=255)
gCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACAt > 2:842880/1‑143 (MQ=255)
gCATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAACTCTTTGAGGAACAt < 2:201056/143‑1 (MQ=255)
cATAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCATGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATg > 1:13113/1‑143 (MQ=255)
tAAGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTGAGTATGTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa > 2:18078/1‑143 (MQ=255)
aGCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGCTGATTAATTCTTTGAGGAACACGCacg > 2:645893/1‑141 (MQ=255)
gCGTTA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGtt > 1:133667/1‑143 (MQ=255)
ttA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAGGTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCACCAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatg > 2:629773/1‑143 (MQ=255)
ttA‑AAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGACCATGCCGTTatg > 1:310588/1‑143 (MQ=255)
tA‑AAT‑GTT‑AGGTGTATTGGCAGGTTTGTTTTGTATGTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTGTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgc < 2:242613/143‑1 (MQ=255)
|
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTA‑AAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGC > NC_000913/4287281‑4287559
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
