Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F17 I0 R1
|
49 |
108.0 |
2318666 |
92.3% |
2140128 |
226.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,206,438 |
G→A |
19.1% |
intergenic (‑182/‑25) |
ttdR ← / → ttdA |
transcriptional activator of ttdABT/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,206,438 | 0 | G | A | 19.1%
| 130.2
/ 10.4
| 68 | intergenic (‑182/‑25) | ttdR/ttdA | transcriptional activator of ttdABT/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/37); new base A (5/8); total (21/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTG > NC_000913/3206204‑3206670
|
aCGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACa < 2:26708/238‑1 (MQ=255)
tttCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATAc < 2:665510/239‑1 (MQ=255)
aCCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGAGGATTTTTTCC‑AACAAATaacaaa > 2:53372/1‑234 (MQ=255)
tACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCC‑GAAAAATACAAAAAATggg > 1:586948/1‑238 (MQ=255)
aCCTGGAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAg < 2:596603/239‑1 (MQ=255)
aCCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTTCTCTGGCGCAAGATTCATTCTTATTTACGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATACAAAACCACATGT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑TGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAg < 2:137795/239‑1 (MQ=255)
aCCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAg < 1:923934/239‑1 (MQ=255)
aCCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAg < 1:553889/239‑1 (MQ=255)
cAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGAGAATTTTTCCC‑GACAAATACAAAAACTGGAgattc > 1:756761/1‑234 (MQ=255)
tCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCA‑GACAAATAAAAAAACTTGAGTTGTCctga > 1:497370/1‑239 (MQ=255)
tttGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCatgatg > 1:312911/1‑239 (MQ=255)
cTAAAGGCCAGCTATTCAACATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCTGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCg < 2:863546/238‑1 (MQ=255)
tAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGa < 1:457267/238‑1 (MQ=255)
tAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGa < 2:312911/238‑1 (MQ=255)
tAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGa < 2:129307/238‑1 (MQ=255)
tAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGa < 1:1050312/238‑1 (MQ=255)
tAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACAGTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGa < 1:256212/238‑1 (MQ=255)
cAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGtaat < 1:468824/238‑1 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 2:24839/236‑1 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 2:1116517/236‑1 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACAATT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 1:9159/236‑1 (MQ=255)
tCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTTA‑GACAAATACAAAAAATGGGGTTGCCATGATTAAGGGAAGGAATAAACAAAAGGCAGt > 1:184062/1‑239 (MQ=255)
tCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGGTAAGTTTTCTC‑GTCAAAAAAAAAAAATGGAGGTGGCATGAGAGGCGGAAATAATAAACaaaacagaag > 2:943734/1‑231 (MQ=255)
ttAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTTGATTTTTTCC‑GACAAAAACAAAAAATAGAGGTGCCATTGTTGGCGGAAATAAAAAACAACAAGCacggga > 1:1095243/1‑234 (MQ=255)
aGCGCAGTGTATTACGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGCCGCATTATTCATTCTTATTTTCGTTTTGATTCACGAACTGTTAATTAAATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGGGGC‑GGGGAATTTTTCCA‑GACAAAGACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGAGTGTCGCt < 2:302195/239‑1 (MQ=255)
tATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑aa < 1:331930/208‑1 (MQ=255)
ttCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCC‑GACAAATACAAAAAATGGAGTTGTCCTGATGAGAGAAAGGAAAAAACAACAAGCAGGG‑AATAAGTTTACAGAGATTGTTGCTAACTTTAACGc > 1:906499/1‑238 (MQ=255)
gccaaaaaatttGCCATTCCATTCTGTGGCGAAAAATTCATTTTTAGTCTGGTGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCCCTATT‑TTAGTGAAAGTTAGTGGG‑GGGAAATTTTCCAA‑TACAAATACAAAATGTGTAGTTGCGTAAATGGGCAAAAGTAATAAGAAACAGGAGGAT‑TCTAAGTTGTGAGGATTTTTCGTTAACTTTACCGCCa < 2:586948/229‑1 (MQ=255)
tGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGGGAAATTTTTCA‑GAAAAAAAAAAAAAAATGAGGTTGCATGATTAGGGAAAGTAATAAACAACACACAGAG‑AAAAAAGTTACAGAGATTTTTTCTTACCTTTCCGCCATGAttttcta > 2:60242/1‑234 (MQ=255)
gCCATCCCCTGCCCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCTTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGTTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATAAAAAAACGGGAGTTGCAATGATGAGAGAAAGTAATAAGAAACAGGCAGTA‑AATAAGTTGAAAGAGATTGTCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTAccc < 1:1142186/239‑1 (MQ=255)
tcccttGCTCTGGCGCATTATTCAGTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGACCTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCATATTT‑TTAGTGGTTTGTTTTGGC‑GGTGATTTTTTCAA‑GAAAAATACAAAACTGGGAGTTGCCATGAGGTGCAAAATTAATAAGCAACAGGAAGTG‑AATAAGTGGACAGAGATTTCCGATAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAAt < 2:1106716/234‑1 (MQ=255)
cccTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCA‑GACAAATAAAAAAAATGGAGGTGACATTATTGGCGGAAGGAATAAGGAAACAGCAGGG‑AATAAGTTGAGAAAGGTTGTTGCCTACTTTATCGCCCCGAttttttacccaatg > 1:1109367/1‑227 (MQ=255)
ccggCTCTGGCTAAAATTTCATTCTTATTTCCGATTTAATTAACGAAGTTTTAATTAAATATTCACGGTGGAAAAAAATAAAAAACCACATTT‑TTAGTGGTATTTTGTGGT‑GTTAAATTTTTCAA‑GACAAATAAAAAAACGGGAGTTGCCATGATGGGCTAAAGTAATAAGCAACAGCCATTG‑AATAAGTTAACAGGGATTGTCGTTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGcc < 2:497370/236‑1 (MQ=255)
tatTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGG‑GGTGAATTTTTCCA‑GAAAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGAGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 1:943734/239‑1 (MQ=255)
cattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCA‑AACAAATACAAAAAAAAGAGGTGCCATGATGAGCGAAAGGAATAAAAAACAGGCAGAG‑AATAAGTTGAAAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCAATATTTCTAACCCAATGCCTGATGACGCGGGGGGTaaa > 1:719784/1‑239 (MQ=255)
ttATTTTCGCGTTGATTCACGAACTTTTAATTACATATTCACGGTGGAAAAAAATAAAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GAAAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaa < 1:60242/239‑1 (MQ=255)
ttATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTCCCA‑GACAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaa < 1:353221/239‑1 (MQ=255)
tATTTTCGCGTTGATTCACGAATTTTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATAAAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAAAAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTTTCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 1:87828/239‑1 (MQ=255)
tATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCA‑GACAAATAAAAAAAATGGAGGTGGCATGATGAGCGGAAGGAATAAGCAAAAAGGAGAG‑AATAAGATGAAAGAGATTTTGGCTAAATTTTACGCCCTGATTTCTTACCCAAAGCCTGAGTAAGGGGGGGGAAAACTaaaa > 1:964194/1‑239 (MQ=255)
tATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGAGAATTTTTTCA‑AGCAAAAATAAAAACTGGAGTTGCCGTGATGGGGGAAAGGAATAAACAAAAAGAAGGGAAATAAATGGA‑AGAAATTTTCGCTTAATTTACCCCCCTGATTTTTTCCCGGAAGACTGATTACGTTGGGGGTAAACAaaaa > 1:142788/1‑239 (MQ=255)
aatttcggtcttGCTTCCCAAATTGTAAATTACATTTTCCGGGTGGAAAAAATAAAAAAACCACTTTT‑TTAGGGGTAGTTTGGGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATAAAAAACCGGGAGTTGCCATGATGAGCGAAATTAATAAGCAACAGGCAGTA‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCAAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 2:780063/229‑1 (MQ=255)
tGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GAAAAATACAAAAACTGGAGTTGCAATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 1:57911/218‑1 (MQ=255)
tGATTCACAAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGAAAAAAAAAAAAAACCACATTT‑TTAGTGTTATTTTGTGGC‑GGTAATTTTTTCCA‑AACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATAATGAGCAAAAGTAATAAGCAACGGGGAGTA‑AATAAGTTAACAGAGTTTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGa < 1:193005/239‑1 (MQ=255)
caaaCTGTGAATTACATATTCACGGCGGAAAAAAAAAAAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTGGTGGC‑GGGGAATTTTTCAA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAATTAATAAACAACAGGCAGTA‑AATAGGTCGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGaa < 1:859525/237‑1 (MQ=255)
cttttAATTGCATTTTCCGGGTGGAAAAAAAAAAAAACCCACATTT‑TGTGGGGTAGTGTGGGGG‑GGTGATTTTTTCCA‑GAAAAAAAAAAAAACGTGAGTGGCCATGAGGAGCGAAAGTAATAAGCAAAAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGTTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAAcgt < 2:906499/236‑1 (MQ=255)
gTTAATTACATATTCACGGGAAAAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTGTGGGTAGTTGTTGGC‑GGTTAATTTTTCAA‑AACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCAGGTGGAGCAAAAATAAAAAGCACTAGGCGTTA‑AATAAGTGGAAAGAGATTGTCGTTATCTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAAcgtcg < 2:964194/239‑1 (MQ=255)
ttAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCA‑GAAAAAAAAAAAAAATGGAGGTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAACAACAAGCAGTG‑AATAAAGTTACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTTTTACCGAATGCATGTTGACGTGGTGGGTAAAATAAAAAAACTAAAAGATGGCGCAAcgtcg > 1:925507/1‑238 (MQ=255)
aaTGACATGTTCCCGGTGGAAAAAAATAAAAAACCACATTT‑TAGGGTGTAGTTTGGGAC‑GGTGAATTTTCCCA‑AAAAAATAAAAAAACTGGAGTTCCAGTAATGCGCAAAAGTAAAAACAAACGGGCAGTA‑AATAATTGGACAGAGTTTGCCTCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGtcgtcg < 2:142788/239‑1 (MQ=255)
ttACATATTCGCGGGGGAAAAAAATAAAAAACCACATTT‑GTATTGGTGTTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑AAAAAAAAAAAAACCGGGAGTTTCAATGAAGAGAAAAAGTAAAAACAAAGGGGCAGTA‑AATAATGGGAAAGAGTTGGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGtcgtcg < 2:872854/237‑1 (MQ=255)
atatTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCA‑AACAAAAATAAAAAAATGAGTTGTCATTATGGGAGAAAATATAAAAAAACAGGAAGTG‑AAAAAAGTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACACCCCAGATTTTTACCCACACACCTGTTGACATGGGGGGTGAAATCAAAAAGCTAAAAGATGCGGGAAACTCCTAGATgggg > 2:392203/1‑239 (MQ=255)
tatTCAGGGTGGAAAAAAAAATAAACCCATTTTT‑TGAGTGGTGGTTTGGGGC‑GGTCAATTTTGCCA‑AAAAAAAAAAAAAACGGGAGTTACAATGATGGGAGAAAGTAATAAGCAAGAGGCACTG‑AAAGCGTGGAAAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGa < 1:827442/239‑1 (MQ=255)
tatTCACGGTGGCAAAAAATATAAACCCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGATTTTTACCA‑GACAAAAACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGAGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTA‑AATAAGTTGAAAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGa < 1:662820/239‑1 (MQ=255)
tatTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGa < 1:903447/239‑1 (MQ=255)
atTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGGGAATTTTTCCACAACAAAAAAAAAAAATGG‑GTTTGCATGATGAGGAGAAAAAATAAAAAACAGGCAGTG‑AATAAGATGATAGAGAATGTCGCTAACTTTAACGCCATGATTTCTACCCCAATGGCTGGTGACGGGGGGGGTAAACTCAAAAAAATAAAGGGAGCCGAAAAGGAGTCGGTgggggg > 2:183559/1‑237 (MQ=255)
gacACGGTGGCAAAAAAAAAAAAACAAAATTT‑TTATGGGTAGTGTGTGGG‑GGTGAATTTTTCAA‑GCAAAATAAAAAATCTGGAGTTGCAATGAGGAGAGAAAGTAAAAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGTTTGTCGTTAATTTTTCCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGa < 2:719784/235‑1 (MQ=255)
cACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGAAACAGGCAAGG‑AATAAGATTACAGAGAATTTCGCTTACTTTACCGCCATGATTTTTACCCGAAAGCCCGATGAGGTGGGGGATAAACTAAAAAAACTAAAAGAAGCCCGAAAGTCGTCGATGGGGGAAAt > 1:871285/1‑239 (MQ=255)
tggaaaaaaaaTAAAAAAAC‑CATTTGTTGTTGGTGGTGTGTGGG‑GGTAAATTTTTCGA‑AACAAAAACAAAAACTGGAGTTACTATGATGGGCGAAATAAATAAGCAACAGGAAGTT‑AATAAGTTCATACAGATTGTCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACTTCGTCGATGGGGAAAATTAt < 2:174226/233‑1 (MQ=255)
tGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCC‑GAAAAAAAAAAAAAATTGAGTTGCCCTGATGAGCGGAAGGAATAAACAAAAGGCCGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTTTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTTTTCCCGCAAGCCTGATGAAGGGGGGGGTAAACTAAAAAAGCTAAAGGATGCCGGAAAGTCGTCGCTGGGGGAAATTATCt > 1:832264/1‑239 (MQ=255)
gaaaaaaaaaaaaaCCCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGGGGC‑GGTGAATTTTTCAA‑GAAAAATAAAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGGA‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTa < 1:1111938/236‑1 (MQ=255)
gCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCA‑GACAAAAAAAAAAAATGGAGTTGCCATGATGAGCGGAAGTAATAAACAACAGGCAGTG‑AATAAAATTACAGAGATTGTAGCTAACTTTAACGCCATGATTTCTTCCCGCATGCCTGATGACGGGGTGGGTAAAATAAAAAAGCTAAAAGAAGGCGAAACGTCGTCGGTGGGGGAAATtatata > 1:1148268/1‑238 (MQ=255)
tataAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATggg < 1:691234/218‑1 (MQ=255)
taAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCA‑GACAAATACAAAAAATGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAACAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCCAAAGCCTGATGACGGGGGGGGTAAAATAAAAAAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGGAAAATATTTACCATACCATGt > 1:258223/1‑239 (MQ=255)
aTTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAg < 1:148343/56‑1 (MQ=255)
aGTTTGTGGG‑GGAGAATTTTTCCA‑AAAAAATAAAAAAACTGGAGTTGCAATGAGGAACGAAAGAAATAAGCAACAGGCGGTA‑AAGAAGTGGACAGATATTGTCGTAAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGa < 2:493407/239‑1 (MQ=255)
aGTTGGTGGA‑GGTAAATTTGACAA‑CAAAAATACAAAAACTGAAGTTGCCATGATGAGCGAAAGGAATAACAAACAGCCAAGA‑AATAAGTTGACTGAGATTGTCGCTACCTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGa < 2:533339/239‑1 (MQ=255)
tttGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GAAAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGAAATAAGCAACAGGCAGTA‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATa < 1:113038/210‑1 (MQ=255)
tttCCA‑GACAAATACAAAAACGGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAAAAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTcctg < 1:796851/239‑1 (MQ=255)
gtgccA‑AACAAAGAAAAAAACTGGAGTTGCCATAATGAGCGAAAGAAAAAAACAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGTAAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTcctg < 2:363770/236‑1 (MQ=255)
|
ACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTT‑TTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCA‑GACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTG > NC_000913/3206204‑3206670
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
