Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,015,850 |
T→C |
Q558R (CAG→CGG) |
b0955 ← |
putative ATP‑dependent protease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,015,850 | 0 | T | C | 99.3%
| 929.5
/ ‑3.8
| 271 | Q558R (CAG→CGG) | b0955 | putative ATP‑dependent protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base C (121/147); minor base A (1/1); total (122/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.56e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCC > NC_000913/1015760‑1015939
|
gATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCgg > 1:1513701/1‑93 (MQ=255)
gATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCgg > 2:1754303/1‑93 (MQ=255)
tCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGAt < 2:3256990/93‑1 (MQ=255)
tCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGAt > 2:3595144/1‑93 (MQ=255)
cAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATg < 2:7485506/93‑1 (MQ=255)
gTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGt < 1:7175031/93‑1 (MQ=255)
gTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGt > 1:6603486/1‑93 (MQ=255)
gTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGt > 1:4616522/1‑93 (MQ=255)
tCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGttt < 1:3191988/93‑1 (MQ=255)
ggAATAAACCAGTTGAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGc > 1:401365/1‑93 (MQ=255)
aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAt > 1:6252233/1‑93 (MQ=255)
aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAt < 2:6288588/93‑1 (MQ=255)
aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAt < 1:5135434/93‑1 (MQ=255)
aTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATc > 1:537633/1‑93 (MQ=255)
tAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCa < 2:4201973/93‑1 (MQ=255)
tAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCa > 2:8158148/1‑93 (MQ=255)
aaaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAg < 1:3547228/93‑1 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGc < 1:976376/93‑1 (MQ=255)
aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGc < 2:4359612/93‑1 (MQ=255)
ccAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgt > 2:4009295/1‑93 (MQ=255)
cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtc > 1:3689572/1‑93 (MQ=255)
cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtc < 2:7069750/93‑1 (MQ=255)
cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtc < 1:5859874/93‑1 (MQ=255)
cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtc < 1:5244418/93‑1 (MQ=255)
cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCACGGATGGTTTGCATCAGcgtc > 2:4481708/1‑93 (MQ=255)
gTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt > 2:5520822/1‑93 (MQ=255)
gTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt > 2:8808301/1‑93 (MQ=255)
cAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTg < 1:1304345/93‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGc < 2:1853067/93‑1 (MQ=255)
gCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACATCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGc < 2:5395616/93‑1 (MQ=255)
ccAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGcc < 2:6111924/93‑1 (MQ=255)
cAACGTAATGGCCATGGAAAAAGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCt < 2:263498/93‑1 (MQ=255)
aaCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCtt > 2:5856588/1‑93 (MQ=255)
aaCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCtt < 2:3522074/93‑1 (MQ=255)
aCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTc > 2:162831/1‑93 (MQ=255)
aCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCAGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTc > 2:520055/1‑93 (MQ=255)
aaTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCa < 1:7902780/93‑1 (MQ=255)
aTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCAt > 1:7676474/1‑93 (MQ=255)
aTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCAt > 2:19495/1‑93 (MQ=255)
tGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATc < 1:300489/93‑1 (MQ=255)
tGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATc < 2:6892049/93‑1 (MQ=255)
ccATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCca > 1:4137682/1‑93 (MQ=255)
cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCcac < 1:5044082/93‑1 (MQ=255)
aTGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCcgca < 2:2282047/93‑1 (MQ=255)
tGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCacac > 1:2581514/1‑93 (MQ=255)
ggAAAACTGTGACGCCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACAcc < 2:4608002/93‑1 (MQ=255)
ggAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATATGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACAcc < 2:5784356/93‑1 (MQ=255)
gAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCa < 1:7356751/93‑1 (MQ=255)
aaaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAgt > 1:2906979/1‑92 (MQ=255)
aaaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGa < 2:8425025/93‑1 (MQ=255)
aaCGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGAt > 2:8656804/1‑93 (MQ=255)
cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGAttt > 2:7959694/1‑93 (MQ=255)
ggTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTta > 2:3338262/1‑93 (MQ=255)
ggTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTta > 2:3182716/1‑93 (MQ=255)
gACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaata < 1:8182496/93‑1 (MQ=255)
aCGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaataa < 2:8244757/93‑1 (MQ=255)
cGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGGCTGCGCCATTCCACACCAGATTtaataat > 2:279399/1‑93 (MQ=255)
cGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaataat > 2:4899854/1‑93 (MQ=255)
gTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTtaataata > 2:2137733/1‑93 (MQ=255)
tccttcctGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaataataa > 1:210850/1‑93 (MQ=255)
ccttcgtGTTGTGAGTCTTGCGCGATACGTTCTCGGATGGTTTGCATCAGCGGCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAAc < 2:3023949/93‑1 (MQ=255)
ccttcctGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCGTCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAAc < 1:1062237/93‑1 (MQ=255)
cttcctGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACg > 2:3858223/1‑93 (MQ=255)
ttcctGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACgg > 2:2499307/1‑93 (MQ=255)
tcctGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGc < 1:381966/93‑1 (MQ=255)
tcctGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGc > 1:1947439/1‑93 (MQ=255)
cctGTTGCGATGCTTTCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCa < 2:6427327/93‑1 (MQ=255)
ctGTTGCGATTCTTGCGCGATACCTTCCCGGATGGTCTCCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAg < 1:870262/93‑1 (MQ=255)
ctGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAg < 1:3413306/93‑1 (MQ=255)
ctGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCATTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGACAg > 1:6466435/1‑93 (MQ=255)
tGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGt < 2:5187442/93‑1 (MQ=255)
ttGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGc < 1:6901338/93‑1 (MQ=255)
gATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCgtca > 1:5626944/1‑93 (MQ=255)
gATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCgtca > 1:592800/1‑93 (MQ=255)
aTGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCgtcag < 1:2751955/93‑1 (MQ=255)
cTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCgtcagtca > 1:6959559/1‑93 (MQ=255)
tGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTcaca < 2:5614516/93‑1 (MQ=255)
tGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTcaca < 1:7092741/93‑1 (MQ=255)
tGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTcaca < 1:8030963/93‑1 (MQ=255)
gcgcGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACAt < 2:5284782/93‑1 (MQ=255)
cgcgATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATc < 1:5814201/93‑1 (MQ=255)
cgcgATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATc > 1:1374919/1‑93 (MQ=255)
cgATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGt < 1:8337089/93‑1 (MQ=255)
cgATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGt > 2:4116226/1‑93 (MQ=255)
gATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTc < 2:8521071/93‑1 (MQ=255)
aTACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCAGATCGTCt > 2:3673673/1‑93 (MQ=255)
aTACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCt > 2:2237873/1‑93 (MQ=255)
tACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTa < 1:8570745/93‑1 (MQ=255)
tACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTa > 1:2237570/1‑93 (MQ=255)
aCGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTAc < 1:1821169/93‑1 (MQ=255)
aCGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTAc < 2:5944206/93‑1 (MQ=255)
aCGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTAc < 1:7944951/93‑1 (MQ=255)
cGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 1:3757018/93‑1 (MQ=255)
cGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 2:5729151/93‑1 (MQ=255)
cGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 2:6706735/93‑1 (MQ=255)
cGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 1:7417131/93‑1 (MQ=255)
cGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCATCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 2:1209827/93‑1 (MQ=255)
cGTGCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACt < 2:4943144/93‑1 (MQ=255)
ttCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGc > 1:378881/1‑93 (MQ=255)
tCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGcc < 1:1038076/93‑1 (MQ=255)
|
GATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCC > NC_000913/1015760‑1015939
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAGA > NC_000913/1015757‑1015943
|
TCCGATCAGTTCGGAATTACCCCGTTCCGCCCACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCC < SRR4302541.6782683/94‑1 (MQ=60)
TCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCC < SRR4302541.8160643/94‑1 (MQ=60)
CCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCG < SRR4302541.8466994/94‑1 (MQ=60)
CGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGG > SRR4302541.1528776/1‑94 (MQ=60)
CGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGG > SRR4302541.1488636/1‑94 (MQ=60)
ATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGAT < SRR4302541.5219664/94‑1 (MQ=60)
TCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAAAGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATG > SRR4302541.3025148/1‑94 (MQ=60)
CAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGG < SRR4302541.1316041/94‑1 (MQ=60)
AGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGT > SRR4302541.6671130/1‑94 (MQ=60)
AGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGT > SRR4302541.4663437/1‑94 (MQ=60)
GTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTT < SRR4302541.7251545/94‑1 (MQ=60)
GTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGAGGCTTGCACGATACGTTCCCGGAGGGTT > SRR4302541.303271/1‑94 (MQ=60)
TCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTG > SRR4302541.7281955/1‑94 (MQ=60)
TCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTG > SRR4302541.8012415/1‑94 (MQ=60)
TCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTG < SRR4302541.3224232/94‑1 (MQ=60)
CGGAATAAACCAGTTGAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGC > SRR4302541.405081/1‑94 (MQ=60)
GGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCA > SRR4302541.3105073/1‑94 (MQ=60)
GAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAT > SRR4302541.6316099/1‑94 (MQ=60)
GAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGCCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAT < SRR4302541.3732332/94‑1 (MQ=60)
AATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATC > SRR4302541.542672/1‑94 (MQ=60)
AATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATC < SRR4302541.5188234/94‑1 (MQ=60)
ATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCA > SRR4302541.720796/1‑94 (MQ=60)
ATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCA < SRR4302541.5149345/94‑1 (MQ=60)
ATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCA < SRR4302541.7289136/94‑1 (MQ=60)
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AATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCAT > SRR4302541.7758083/1‑94 (MQ=60)
AATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCAT < SRR4302541.7989698/94‑1 (MQ=60)
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GGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCC > SRR4302541.5198303/1‑94 (MQ=60)
GCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCA > SRR4302541.4178560/1‑94 (MQ=60)
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CATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACA < SRR4302541.5095983/94‑1 (MQ=60)
ATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACAC > SRR4302541.2607389/1‑94 (MQ=60)
ATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCCGCATCCCACAC > SRR4302541.2607630/1‑94 (MQ=60)
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AAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGT > SRR4302541.2936203/1‑94 (MQ=60)
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GTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAA > SRR4302541.6527770/1‑94 (MQ=60)
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GTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAA > SRR4302541.212460/1‑94 (MQ=60)
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CTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGCCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGG < SRR4302541.4249452/94‑1 (MQ=60)
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TCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCA < SRR4302541.385485/94‑1 (MQ=60)
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CCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCAGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAG < SRR4302541.5704071/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGCGATTCTTGCGCGATACCTTCCCGGATGGTCTCCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGT < SRR4302541.878186/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGT < SRR4302541.3447383/94‑1 (MQ=60)
TGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTG > SRR4302541.4930510/1‑94 (MQ=60)
GTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGC < SRR4302541.7237924/94‑1 (MQ=60)
TTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCG < SRR4302541.6974981/94‑1 (MQ=60)
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CGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCA > SRR4302541.8270648/1‑94 (MQ=60)
CGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCA < SRR4302541.8555473/94‑1 (MQ=60)
CGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCA > SRR4302541.5684509/1‑94 (MQ=60)
CGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCA < SRR4302541.2854159/94‑1 (MQ=60)
CGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCA > SRR4302541.598384/1‑94 (MQ=60)
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ATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGT < SRR4302541.7469538/94‑1 (MQ=60)
ATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGT < SRR4302541.7469539/94‑1 (MQ=60)
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GCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCA > SRR4302541.3433155/1‑94 (MQ=60)
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CGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTC > SRR4302541.4056668/1‑94 (MQ=60)
GATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCT > SRR4302541.3838435/1‑94 (MQ=60)
ATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTA > SRR4302541.2259241/1‑94 (MQ=60)
ATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTA > SRR4302541.1775878/1‑94 (MQ=60)
TACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTAC < SRR4302541.8662796/94‑1 (MQ=60)
TACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTAC < SRR4302541.6569968/94‑1 (MQ=60)
TACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTAC < SRR4302541.351737/94‑1 (MQ=60)
ACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACT < SRR4302541.1838854/94‑1 (MQ=60)
ACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACT < SRR4302541.8032468/94‑1 (MQ=60)
ACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACT < SRR4302541.5817125/94‑1 (MQ=60)
ACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTCGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACT < SRR4302541.110133/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTG < SRR4302541.3794781/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTG < SRR4302541.7496446/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTG > SRR4302541.3240114/1‑94 (MQ=60)
GTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGC > SRR4302541.382372/1‑94 (MQ=60)
TTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCC < SRR4302541.778286/94‑1 (MQ=60)
TTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCC > SRR4302541.4060737/1‑94 (MQ=60)
TTCCCGGATGGTTGGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCC < SRR4302541.7021075/94‑1 (MQ=60)
TCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCC < SRR4302541.1047692/94‑1 (MQ=60)
CCGGATGTTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAG < SRR4302541.8006413/94‑1 (MQ=60)
CCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAG > SRR4302541.4182749/1‑94 (MQ=60)
CGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCGCACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAGA > SRR4302541.4925968/1‑94 (MQ=60)
CGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAGA > SRR4302541.3782556/1‑94 (MQ=60)
CGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAGA > SRR4302541.982074/1‑94 (MQ=60)
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TCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAGA > NC_000913/1015757‑1015943
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
