Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A1 F1 I1 R1 | 744 | 338.8 | 17650688 | 97.8% | 17262372 | 93.0 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,545,666 | A→G | D81G (GAC→GGC) D81G (GAC→GGC) |
b4525 → fdnG → |
hypothetical protein formate dehydrogenase‑N, nitrate‑inducible, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,545,666 | 0 | A | G | 100.0% | 937.1 / NA | 278 | D81G (GAC→GGC) D81G (GAC→GGC) | b4525 fdnG | hypothetical protein formate dehydrogenase‑N, nitrate‑inducible, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (137/141); total (137/141) | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGACCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACC > NC_000913/1545576‑1545755 | caTACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGcc > 1:8345750/1‑93 (MQ=255)caTACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGcc < 2:2601365/93‑1 (MQ=255)caTACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGcc > 1:2089690/1‑93 (MQ=255) aTACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGccc > 2:4067608/1‑93 (MQ=255) aTACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGccc > 1:6680580/1‑93 (MQ=255) tACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCg > 1:1866660/1‑93 (MQ=255) tACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCg > 2:2657137/1‑93 (MQ=255) cTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGa > 1:2336411/1‑93 (MQ=255) cTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGa > 1:2921689/1‑93 (MQ=255) tGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGat > 2:5718897/1‑93 (MQ=255) tGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGat > 2:3902754/1‑93 (MQ=255) ttCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatct > 1:4448363/1‑92 (MQ=255) ttCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatca > 2:7599089/1‑93 (MQ=255) ttCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatca < 2:8439741/93‑1 (MQ=255) ccGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatcatc > 1:2425924/1‑93 (MQ=255) ccGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatcatc > 1:641555/1‑93 (MQ=255) ccGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGatcatc < 2:7386020/93‑1 (MQ=255) cGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATcc > 2:1599381/1‑93 (MQ=255) cGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATcc < 2:1395841/93‑1 (MQ=255) tAGTTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCgg < 2:7092730/93‑1 (MQ=255) tAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCgg > 2:5309281/1‑93 (MQ=255) aGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAACAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCCTCCGGt > 1:6911356/1‑93 (MQ=255) ggTTGAGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGCGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGCACAGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCCTCCGGTa > 1:6004790/1‑93 (MQ=255) tGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGc < 1:6270419/93‑1 (MQ=255) gCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGCCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGcc < 1:8116366/93‑1 (MQ=255) gggCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGAGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgt > 1:7473457/1‑93 (MQ=255) ggCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtg < 1:7896233/93‑1 (MQ=255) ggCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtg > 1:1657653/1‑93 (MQ=255) ggCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtg < 2:2174181/93‑1 (MQ=255) gCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtgg > 2:4158974/1‑93 (MQ=255) cTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtggt < 1:6494141/93‑1 (MQ=255) cTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtggt < 1:1790860/93‑1 (MQ=255) cTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtggt < 2:304924/93‑1 (MQ=255) cTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtggt < 1:8589901/93‑1 (MQ=255) cTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCgtggt < 2:5895986/93‑1 (MQ=255) ttGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTgcg < 1:5999205/93‑1 (MQ=255) tGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTgcgc < 2:5126780/93‑1 (MQ=255) tGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTgcgc > 2:4873939/1‑93 (MQ=255) gTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCtgtg < 2:2356030/93‑1 (MQ=255) tataGCCTGTGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGc < 2:5083029/93‑1 (MQ=255) ataGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGcc > 2:4696/1‑93 (MQ=255) ataGCCTGGGTGATGGCACAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGcc < 2:371490/93‑1 (MQ=255) aGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGTCGTGGTGCGCTGTGCCCg < 2:3517877/93‑1 (MQ=255) gCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGa < 2:12398/93‑1 (MQ=255) gCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGa > 1:7968790/1‑93 (MQ=255) cTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGaaa < 2:457213/93‑1 (MQ=255) cTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGaaa > 2:6120752/1‑93 (MQ=255) cTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGaaa > 2:692988/1‑93 (MQ=255) cTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGaaa < 2:920019/93‑1 (MQ=255) tGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAg > 2:7528454/1‑93 (MQ=255) tGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAg < 2:2525302/93‑1 (MQ=255) gggTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAgg < 1:4709795/93‑1 (MQ=255) ggTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAggg > 1:4557053/1‑93 (MQ=255) gTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAgggg > 1:8685905/1‑93 (MQ=255) tGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGc < 1:8517201/93‑1 (MQ=255) aTGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCg > 2:2758057/1‑93 (MQ=255) ggCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGt > 1:5211954/1‑93 (MQ=255) ggCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGt > 1:942471/1‑93 (MQ=255) gcgcAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGtt < 1:4886455/93‑1 (MQ=255) cgcAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGttt > 1:105174/1‑93 (MQ=255) cAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTgt > 1:2783744/1‑92 (MQ=255) aaaaaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCt < 1:7734749/93‑1 (MQ=255) aaaaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTg < 1:929870/93‑1 (MQ=255) aaaaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTg > 1:3792883/1‑93 (MQ=255) aaaaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTg < 1:7375066/93‑1 (MQ=255) aaaaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTg > 1:7590114/1‑93 (MQ=255) aaaaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTg > 2:6430370/1‑93 (MQ=255) aaaaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTgg < 2:7413544/93‑1 (MQ=255) aaCGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGAt < 2:1791167/93‑1 (MQ=255) gCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTAc > 1:8150199/1‑93 (MQ=255) ccAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACg > 2:2042018/1‑93 (MQ=255) ccAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGGTTGCTGGATTACg > 1:4183714/1‑93 (MQ=255) agagAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTc > 1:3550335/1‑93 (MQ=255) gagaAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCa > 2:5414817/1‑93 (MQ=255) gaAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAAc < 2:6309547/93‑1 (MQ=255) aaGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACa < 2:863299/93‑1 (MQ=255) aaGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACa < 1:5056779/93‑1 (MQ=255) gCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAgg > 1:2241154/1‑92 (MQ=255) 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tATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAAc > 1:1231793/1‑93 (MQ=255) aTCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAAcc > 2:3417773/1‑93 (MQ=255) aTCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAAcc > 1:6557496/1‑93 (MQ=255) aTCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTCCTGGATTACGTCAACAGTGAAAAcc > 2:6766537/1‑93 (MQ=255) tCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCg > 2:841825/1‑93 (MQ=255) tCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCg < 1:3139193/93‑1 (MQ=255) cacaTTGAAGGTGGCGCGGATCATCCGGTAAGCCGTTGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGTCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGt < 2:785305/93‑1 (MQ=255) acaTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTc < 2:5041478/93‑1 (MQ=255) acaTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTc < 2:2470275/93‑1 (MQ=255) acaTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTc < 2:138441/93‑1 (MQ=255) acaTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTc > 1:7059338/1‑93 (MQ=255) gAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTgcgc > 2:1910566/1‑93 (MQ=255) gAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTgcgc > 1:7076126/1‑93 (MQ=255) gTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTAcc < 1:5634260/93‑1 (MQ=255) | CATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGACCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACC > NC_000913/1545576‑1545755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
GCACATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGACCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACCCGGA > NC_000913/1545573‑1545759 | GCACATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGG < SRR4302541.5868755/94‑1 (MQ=60)GCACATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGG > SRR4302541.6151155/1‑94 (MQ=60) CACATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGC > SRR4302541.410636/1‑94 (MQ=60) ACATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCC < SRR4302541.2789388/94‑1 (MQ=60) ACATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCC > SRR4302541.8436337/1‑94 (MQ=60) ACATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCC > SRR4302541.2109932/1‑94 (MQ=60) CATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCC > SRR4302541.6749626/1‑94 (MQ=60) CATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCC > SRR4302541.3966196/1‑94 (MQ=60) CATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCC > SRR4302541.1897845/1‑94 (MQ=60) ATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCG > SRR4302541.1884643/1‑94 (MQ=60) ACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGA > SRR4302541.2359100/1‑94 (MQ=60) ACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGA > SRR4302541.2951065/1‑94 (MQ=60) TGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATC > SRR4302541.1789978/1‑94 (MQ=60) GTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCT > SRR4302541.4493106/1‑94 (MQ=60) GTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCA > SRR4302541.467681/1‑94 (MQ=60) TTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGTAGGTGGCCCGGATCAT > SRR4302541.7924424/1‑94 (MQ=60) TCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATC > SRR4302541.647611/1‑94 (MQ=60) TCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATC > SRR4302541.2449900/1‑94 (MQ=60) CCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCC < SRR4302541.5233459/94‑1 (MQ=60) CCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCC > SRR4302541.7145876/1‑94 (MQ=60) CGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCG > SRR4302541.6697064/1‑94 (MQ=60) CGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCG > SRR4302541.8388418/1‑94 (MQ=60) CGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCG < SRR4302541.3624959/94‑1 (MQ=60) CGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCG < SRR4302541.3821368/94‑1 (MQ=60) CGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCG < SRR4302541.2360456/94‑1 (MQ=60) GTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGG > SRR4302541.8105330/1‑94 (MQ=60) TAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAACAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCCTCCGGT > SRR4302541.6985107/1‑94 (MQ=60) TAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGT > SRR4302541.6985108/1‑94 (MQ=60) AGGTTGCGGGCTATTGGTGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTA > SRR4302541.6066309/1‑94 (MQ=60) AGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTA > SRR4302541.581713/1‑94 (MQ=60) AGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTA > SRR4302541.6066317/1‑94 (MQ=60) AGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTA < SRR4302541.300877/94‑1 (MQ=60) AGGTTGAGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGCGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGCACAGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCCTCCGGTA > SRR4302541.6066316/1‑94 (MQ=60) GGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAA < SRR4302541.7561916/94‑1 (MQ=60) TGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCC < SRR4302541.6334440/94‑1 (MQ=60) GCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCTCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCG < SRR4302541.2439287/94‑1 (MQ=60) GCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCG < SRR4302541.5709085/94‑1 (MQ=60) GCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGCCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCG < SRR4302541.8205275/94‑1 (MQ=60) CGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGAGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGT > SRR4302541.7553391/1‑94 (MQ=60) GGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTG > SRR4302541.1674013/1‑94 (MQ=60) GGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTG > SRR4302541.7090092/1‑94 (MQ=60) GGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTG < SRR4302541.8026862/94‑1 (MQ=60) GGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGG < SRR4302541.2242221/94‑1 (MQ=60) GGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGG < SRR4302541.7983066/94‑1 (MQ=60) GGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGG < SRR4302541.7457010/94‑1 (MQ=60) GGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGG > SRR4302541.8274964/1‑94 (MQ=60) GCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGG > SRR4302541.2294961/1‑94 (MQ=60) GTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTG < SRR4302541.6611257/94‑1 (MQ=60) CTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTG < SRR4302541.8682088/94‑1 (MQ=60) CTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTG < SRR4302541.6560345/94‑1 (MQ=60) CTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTG < SRR4302541.1808253/94‑1 (MQ=60) TTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGC < SRR4302541.6060659/94‑1 (MQ=60) TGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTG < SRR4302541.532762/94‑1 (MQ=60) GTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAAAGCCCGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGC > SRR4302541.3871291/1‑94 (MQ=60) ATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCC < SRR4302541.4845707/94‑1 (MQ=60) ATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCC > SRR4302541.8506481/1‑94 (MQ=60) TAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCG < SRR4302541.946390/94‑1 (MQ=60) TAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCG > SRR4302541.8147179/1‑94 (MQ=60) AGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGA > SRR4302541.8056617/1‑94 (MQ=60) CCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAA > SRR4302541.8684517/1‑94 (MQ=60) CTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAG < SRR4302541.6554560/94‑1 (MQ=60) CTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAG > SRR4302541.8480808/1‑94 (MQ=60) CTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAG < SRR4302541.641627/94‑1 (MQ=60) TGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGG < SRR4302541.8714162/94‑1 (MQ=60) GGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGG > SRR4302541.4603173/1‑94 (MQ=60) GGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGG < SRR4302541.4757810/94‑1 (MQ=60) GGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGG > SRR4302541.8778852/1‑94 (MQ=60) GGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGG < SRR4302541.8784881/94‑1 (MQ=60) GGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGG > SRR4302541.458801/1‑94 (MQ=60) GGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGG < SRR4302541.8001100/94‑1 (MQ=60) TGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCC < SRR4302541.8608871/94‑1 (MQ=60) TGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCC > SRR4302541.6712544/1‑94 (MQ=60) GATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCG > SRR4302541.8213239/1‑94 (MQ=60) GATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCG < SRR4302541.7477001/94‑1 (MQ=60) ATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGG < SRR4302541.4325602/94‑1 (MQ=60) ATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGG > SRR4302541.4712147/1‑94 (MQ=60) ATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGGGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCGGG > SRR4302541.947851/1‑94 (MQ=60) TGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGT > SRR4302541.951451/1‑94 (MQ=60) TGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGT > SRR4302541.5265652/1‑94 (MQ=60) GCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTT > SRR4302541.106054/1‑94 (MQ=60) GCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTT < SRR4302541.7375491/94‑1 (MQ=60) GCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTT < SRR4302541.4936321/94‑1 (MQ=60) GCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTT < SRR4302541.6518907/94‑1 (MQ=60) GCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTT < SRR4302541.4962016/94‑1 (MQ=60) CGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTG > SRR4302541.2759848/1‑94 (MQ=60) GCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGT > SRR4302541.2811820/1‑94 (MQ=60) CAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCT > SRR4302541.772516/1‑94 (MQ=60) AAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTG < SRR4302541.2974645/94‑1 (MQ=60) AAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTG < SRR4302541.7817044/94‑1 (MQ=60) AAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTG > SRR4302541.7671199/1‑94 (MQ=60) AAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTG > SRR4302541.3831032/1‑94 (MQ=60) AAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGG < SRR4302541.7453900/94‑1 (MQ=60) AAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGG < SRR4302541.938642/94‑1 (MQ=60) AACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATT < SRR4302541.1825067/94‑1 (MQ=60) ACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTA < SRR4302541.7446018/94‑1 (MQ=60) CGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTAC > SRR4302541.8239301/1‑94 (MQ=60) GCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACG > SRR4302541.8859244/1‑94 (MQ=60) GCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACG < SRR4302541.202583/94‑1 (MQ=60) GCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGGTTGCTGGATTACG > SRR4302541.4225215/1‑94 (MQ=60) CCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACG < SRR4302541.2607784/94‑1 (MQ=60) CAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTC > SRR4302541.3586232/1‑94 (MQ=60) CAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGAGACCAGCTGTGCCCGAAAGGGGCACGTTTGGTGGATTACGTC > SRR4302541.3586231/1‑94 (MQ=53) AGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCA > SRR4302541.2949620/1‑94 (MQ=60) AGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCA < SRR4302541.7787473/94‑1 (MQ=60) AAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAG < SRR4302541.630960/94‑1 (MQ=60) AAGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAG < SRR4302541.5108795/94‑1 (MQ=60) AGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGT < SRR4302541.6060686/94‑1 (MQ=60) AGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGT < SRR4302541.2841820/94‑1 (MQ=60) AGCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGG > SRR4302541.2262855/1‑94 (MQ=60) GCGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTG < SRR4302541.4494275/94‑1 (MQ=60) CGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGA > SRR4302541.2525931/1‑94 (MQ=60) CGATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGA > SRR4302541.5534244/1‑94 (MQ=60) GATTTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAA > SRR4302541.6156084/1‑94 (MQ=60) TTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGACAAC > SRR4302541.1243908/1‑94 (MQ=60) TTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAAC < SRR4302541.8639675/94‑1 (MQ=60) TTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAAC < SRR4302541.1847325/94‑1 (MQ=60) TTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAAC < SRR4302541.4042674/94‑1 (MQ=60) TTATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAAC > SRR4302541.1243909/1‑94 (MQ=60) TATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACC < SRR4302541.6469527/94‑1 (MQ=60) TATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACC > SRR4302541.6624538/1‑94 (MQ=60) TATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACC > SRR4302541.229225/1‑94 (MQ=60) TATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACC > SRR4302541.688459/1‑94 (MQ=60) TATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACC > SRR4302541.4107201/1‑94 (MQ=60) TATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACC < SRR4302541.408062/94‑1 (MQ=60) ATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCG > SRR4302541.1756619/1‑94 (MQ=60) ATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCG < SRR4302541.134688/94‑1 (MQ=60) ATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCG > SRR4302541.2164935/1‑94 (MQ=60) ATCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCG < SRR4302541.2466721/94‑1 (MQ=60) acggcTTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTTGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGT < SRR4302541.2142101/89‑1 (MQ=60) TCACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGT < SRR4302541.3170904/94‑1 (MQ=60) CACATTGAAGGTGTCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTC < SRR4302541.4780550/94‑1 (MQ=60) CACATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTC > SRR4302541.7134416/1‑94 (MQ=60) CATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTG > SRR4302541.7595171/1‑94 (MQ=60) CATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTG > SRR4302541.794843/1‑94 (MQ=60) ATTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGC > SRR4302541.6973388/1‑94 (MQ=60) TTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCG < SRR4302541.6294002/94‑1 (MQ=60) TTGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCG > SRR4302541.8630759/1‑94 (MQ=60) TGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGC < SRR4302541.5068644/94‑1 (MQ=60) TGAAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGC > SRR4302541.7151385/1‑94 (MQ=60) AAGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTA > SRR4302541.3297288/1‑94 (MQ=60) AGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTAC < SRR4302541.660430/94‑1 (MQ=60) AGGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTAC > SRR4302541.5237923/1‑94 (MQ=60) GGTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACC < SRR4302541.1354734/94‑1 (MQ=60) GTGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACCC < SRR4302541.5691876/94‑1 (MQ=60) TGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCTCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACCCG < SRR4302541.3982881/94‑1 (MQ=60) TGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACCCG > SRR4302541.5161240/1‑94 (MQ=60) TGGCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACCCG > SRR4302541.1240818/1‑94 (MQ=60) GCCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGTCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACCCGGA < SRR4302541.4641465/94‑1 (MQ=60) | GCACATACTGTTCCGTAGGTTGCGGGCTATTGATGTATAGCCTGGGTGATGGCGCAAAAAACGCCAGAGAAGCGATTTATCACATTGAAGGTGACCCGGATCATCCGGTAAGCCGTGGTGCGCTGTGCCCGAAAGGGGCCGGTTTGCTGGATTACGTCAACAGTGAAAACCGTCTGCGCTACCCGGA > NC_000913/1545573‑1545759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |