Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F2 I0 R1
|
122 |
5985.5 |
7364544 |
98.3% |
7239346 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,705,974 |
T→G |
8.3% |
intergenic (‑584/‑71) |
yqgB ← / → metK |
acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,705,974 | 0 | T | G | 8.3%
| 281.4
/ 3.2
| 145 | intergenic (‑584/‑71) | yqgB/metK | acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/80); new base G (14/2); total (62/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TTTTTAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAAT > NZ_CP022686/1705836‑1706112
|
tttttAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTa < 4:162263/140‑1 (MQ=255)
tttttAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGCGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTa < 2:489246/140‑1 (MQ=255)
ttAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGa < 2:246272/140‑1 (MQ=255)
aaCAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATc < 1:532924/140‑1 (MQ=255)
cAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATATCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATc < 6:254719/138‑1 (MQ=255)
cAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCg < 1:810889/140‑1 (MQ=255)
tGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGcga > 5:278007/1‑136 (MQ=255)
agaCACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACcac < 2:845707/140‑1 (MQ=255)
acacGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACcac < 5:637911/138‑1 (MQ=255)
acacGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAg < 4:848856/140‑1 (MQ=255)
cGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGaaa < 1:557419/140‑1 (MQ=255)
gATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGAAGAGTCGT‑GGTAGGAGCCGCTACAACAGaaaa > 2:521329/1‑140 (MQ=255)
aTTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAAt < 2:917800/140‑1 (MQ=255)
ttCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTATGATCAGCTACCACACAAAATc > 1:99760/1‑140 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCcacac‑a < 7:480037/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCcacac‑a < 3:415467/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCcaca < 5:248480/138‑1 (MQ=255)
aTTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGa < 6:70889/138‑1 (MQ=255)
tGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTa < 4:163179/140‑1 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCaaa < 4:260634/140‑1 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCa < 6:413372/138‑1 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTATGAGCTAACCaaa < 7:600015/140‑1 (MQ=255)
ccaCTCACCTAACATAGCCATCCAGATGATAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCATTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAAtt < 4:220528/138‑1 (MQ=255)
cTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACATGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAAT‑CACACAAACA‑GTTTTAGCTAACCAAAAtctc > 4:54315/1‑140 (MQ=255)
tGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATtct < 5:299781/138‑1 (MQ=255)
tGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTctct < 7:733424/140‑1 (MQ=255)
gACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCtt < 7:450493/140‑1 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTATGAGCCCGGACCACAAAAAATCCCCAC‑AAAA‑GTTTGTGCGAAACAAATTCTAttt > 3:890361/1‑140 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGTTCCGCAACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑CTTTGAGCGAACCAAAtaagatta > 1:720873/1‑133 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GGTTGAGCTAACCAAAAtcaagtt > 1:127963/1‑135 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACAGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCCCCGAAAATTCACCC‑CACA‑GTTTGCGCTAACACAAttatagtt > 8:7710/1‑134 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCGATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAAGCTGCAGTGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 3:778697/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACTCTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 7:101754/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTa < 6:709063/138‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTa < 5:25536/138‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 4:223317/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 4:426117/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 4:122619/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 8:485746/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAAACTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GGTTGAGCTCACCAAATTCTCTTTAgg < 4:60341/140‑1 (MQ=255)
aaaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGt < 3:773535/140‑1 (MQ=255)
aaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAAAACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCGACCACAGAAAATCCCCAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTg > 4:924701/1‑140 (MQ=255)
tAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGata < 4:125032/140‑1 (MQ=255)
tAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGata < 8:610148/140‑1 (MQ=255)
gCCATCCAGACGTTAATCCATACATCCATCATAACACTCAGACTGCCAGAGTGTTTAACCTGCAGATTCTG‑GGGAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTTAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATAtt < 2:700652/140‑1 (MQ=255)
tCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCGACCACCCCAAATCCCCAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTGTTTAGGTTATATTaaaa > 4:497317/1‑139 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGTTCCGCGACCACACAAAATGCACAC‑AACA‑GTTTGTGCTAACCAAAATCTATTTTTGTGATTTTAAata > 7:760740/1‑140 (MQ=255)
aGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTAGG‑TACGCTACCACCCAAAATACACAC‑AACA‑GTATTAGGGTACCGAAATCTCTTTAGGTGATATTAAatt > 5:67760/1‑137 (MQ=255)
tAATCCATCCATCCCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGGAGGCTGCGCATCCACAGAAAATCCACCC‑AACA‑GGTTTGGCGCACCCAATTCTAATTAGTTGATATTAAATATGGCaa > 6:735588/1‑138 (MQ=255)
tAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCaaaa < 1:131786/140‑1 (MQ=255)
tAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGGTGGCTGCGCTACAACAAAAAATACACAC‑AACA‑GTTTGAGGAAACCAAATTTTCTTTATGTGATATTAAATATgtgaa > 5:703905/1‑134 (MQ=255)
aatcaatcAATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTATGATACGCTACAACAGAAAAAACACAC‑AACA‑CTTTTAGCTAACAAAAATATATTTATGTGATTTAAAAAATTTCAAAac > 3:498272/1‑140 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGCGTCGT‑GGGAGGATAAGCTACCCCCTAAAATCCCCAC‑AAAA‑GGTTGAACTAACCACATTCTGGTTAGGTGTTATTTAATATGGAAacac > 2:74283/1‑140 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTTGGATCCGCTACCACAGAAAATCCCCAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAac > 2:379422/1‑140 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCaaa < 5:137458/106‑1 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCaaa > 6:137458/1‑106 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAac < 5:792467/138‑1 (MQ=255)
atccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGaaa < 3:14024/75‑1 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTATGATCCGCTACCACAGGAAATACACAC‑AACA‑CTTTGTCCGAACCAAAATATGATTAGGGGATATTAAATATTGGAAAACAACttt > 4:293873/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGTTCCGCTACCACACAAAATGCACAC‑AACA‑GTTTGAGGTAACCAAAATATCTTTTAGTGATATTAAATATGGGAAAACACCttt > 1:293783/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCCCAGAAAAACCACAC‑AAAA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTTAATATTGCAAAACCCCgtt > 8:282841/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCt < 6:647582/138‑1 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAAACACGAA‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAAATATATATAGGTGATATTAAAAATGTCAAAACACCatt > 2:101512/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGGAGGATCCGCTAACCCAGAAAATCCCCCA‑AACA‑CTTTGGGCTAAACAAAATAGATTTAGGGGATATTAAATATGGCCAAAGACCatt > 2:281191/1‑140 (MQ=255)
ccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTTGGATCCGCGACCACAGAAAATACCCAC‑AACA‑GTTTTAGCGAACCCAATTATCTTTAGGTGATATTAAATATTGCAAAACAccat > 5:792347/1‑136 (MQ=255)
ccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGCTCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑CACA‑GTTTGAGCTAACCAAAATCTCTTTAGGTGATTTTAAATATGGCAAAACAccgt > 6:240619/1‑136 (MQ=255)
ccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCtttt < 8:432816/140‑1 (MQ=255)
aCCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAAGTTCCGCTTCCACAGAAAAAACACAC‑AAAA‑ATTTTAGCTAACCAAATTATCTTTAGGTGATATTTAATATTGGAAAACCCCgtttttag > 8:701727/1‑137 (MQ=255)
aTTAACACTCAGCCTGCCAGTTTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGGAGGATCCCCGAACAAAGAACATCCCCCC‑CACA‑GTTGGAGCAAAACAAAGTCAATTTAGGGGATATTACATATGGCAAAACACCTTTTTAAGTCCg > 8:204615/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTTGGAAACGCCACCCCAAAAAAAACACAC‑AAAA‑TGTTTTGCTAAACAAATTCGATTTAAGTGAGATTAAATATTGCAAAACACCGATTTAccgccc > 4:606569/1‑135 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGGTACGCTACCACAGAAAATACCCAC‑AACA‑GTTTTAGCTAACCAAAATCTCTTTTGGTGTTTTTTAATATTGCAAAACACCTTTTTACGTccc > 7:788815/1‑139 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGGTGGATACGCTACCACAGAAAATACCCAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAAATTTGTTTAGGTGATTTTAAAAATGGCAAAACCCCTTTTTACGTCCg > 2:246356/1‑140 (MQ=255)
aTTAAAACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGATTCGT‑GGTAGGAGACGCTGACACAAAAAAACCAAAC‑AACA‑CTTTGAGCTAACCAAAATATAATGATGTGATAATATATATGGCAAAACCCCGTTTTACATccc > 8:516806/1‑139 (MQ=255)
aaCACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGGTACGCTACCACAGAAAAACCAAAC‑AACATGTTTGTG‑TTACCAAAATATGTTTTGGTTATTTTAATTATTGGAAAAACCCGTTTTACGTCCgc > 6:645395/1‑137 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAg < 6:143162/138‑1 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTc < 8:670758/140‑1 (MQ=255)
acTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCg < 2:311089/140‑1 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 7:308547/140‑1 (MQ=255)
aGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCGACCACAGAAAATCCACAC‑AAAC‑GTTTGAGCGAACCAAATTATCTTTATGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTAagtccgagtccggcaa > 3:681337/1‑136 (MQ=255)
gACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTctct < 3:254824/140‑1 (MQ=255)
gACTGACAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑TGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGtct < 5:256013/138‑1 (MQ=255)
aCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTTGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAAACAAATTCTCTTTAGGTGATTTTAAATATTGCAAAACCCCTATTTAAGTCCGATTCCGtctg > 5:68918/1‑137 (MQ=255)
aCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGGTGGATCCGCGACCACAGAAAATACCCCC‑AACA‑CTTTGAGCGACCCAAAATATCTTTAGGTGATATTAAATATTGCAAAACACCATTTTACGTACGAGTCCGtcgc > 6:260557/1‑136 (MQ=255)
tccAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTTAGCTAACCAAATTGTCTTTAGGTGATATTAATTATTGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAg < 8:300127/139‑1 (MQ=255)
ccAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGGTGGGTCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGTGCTAACCAAATTATATTTTTGTGATATTAAATATGGCAAAAAACCATTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGGAgg > 7:260678/1‑140 (MQ=255)
aGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑CGGAAGATCCGCTCCCACAGAAAATACAAAC‑AAAA‑GTTTGATATTAACAAATTAACATAATTTGAATTTAAAAATTGCAAAACCACCTTTTAAGGCCGTGTCCGTATATTAAgg > 6:854121/1‑138 (MQ=255)
tgtgTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGGCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCAt < 2:884164/140‑1 (MQ=255)
tgtTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCCCGACCCCAGAAAATACACAC‑CACA‑CGTTGAGCTAACCAAATTATCTGTAGGGGCTATTAAATATGTCAAAACACCGTTTTAAGTCCGCGTCCGGCTCACAACGGCac > 8:725922/1‑139 (MQ=255)
tttttAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCCCTACCACAGAAAATACACAC‑AACA‑AATTGATCAAACCAAATTATATTTTGGTGATATTAAATATTGCAAAAAACCATTTTAAGTCCGAGTCCCTGACAGAAGGGCAAcc > 8:188992/1‑140 (MQ=255)
cccagCAGAGTCGT‑GGGAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑CACA‑GATGGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACaa < 4:382764/136‑1 (MQ=255)
cAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTg < 3:181561/140‑1 (MQ=255)
cAGAGTCGT‑GGCAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCAAAC‑AACA‑GTTTGTGCTACCCAAATTCTCTTTACGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTg < 4:546518/140‑1 (MQ=255)
gagTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCt < 8:15904/140‑1 (MQ=255)
tCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAc < 7:125533/140‑1 (MQ=255)
tCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAc < 7:125535/140‑1 (MQ=255)
tCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATAAGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAc < 7:811609/140‑1 (MQ=255)
gT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCa < 8:315034/140‑1 (MQ=255)
t‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATAAGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAcc < 6:376820/138‑1 (MQ=255)
t‑GGTAGGATCCGCGACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTATCTTTATGTGATATTAAATATGGCAAAACACCGTTTTAAGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCAGACAAAAATGCTGACCaa > 8:293262/1‑140 (MQ=255)
gTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAAt < 4:752430/140‑1 (MQ=255)
|
TTTTTAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGT‑GGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAC‑AACA‑GTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAAT > NZ_CP022686/1705836‑1706112
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
