Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F13 I0 R1
|
235 |
6960.4 |
9135780 |
98.4% |
8989607 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,705,974 |
T→G |
15.8% |
intergenic (‑584/‑71) |
yqgB ← / → metK |
acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,705,974 | 0 | T | G | 15.8%
| 330.2
/ 14.2
| 190 | intergenic (‑584/‑71) | yqgB/metK | acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/91); new base G (32/3); total (96/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TTTTTAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAA > NZ_CP022686/1705836‑1706110
|
tttttAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTa < 2:103928/140‑1 (MQ=255)
ttAACATAATGAGACACCATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGACGAACTGACATCAAATATCCAAACAGATTGTAATCCATCAATACCGATTAACACTCAGACTGCCATTGTTTTTAACCTTCAGAGTCGTGGTAGGa < 5:972975/140‑1 (MQ=255)
cAGAATGAGACACGATTCAACAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCg < 2:303285/140‑1 (MQ=255)
gAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTACCACTACGACTGCCAGGGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGCTCCGCt > 8:658684/1‑140 (MQ=255)
gAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATGCGCt > 5:654452/1‑140 (MQ=255)
aaTGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCGAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGATGATCCGCTa > 2:923890/1‑140 (MQ=255)
cGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACAGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGa < 4:18254/138‑1 (MQ=255)
gATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATCCGCTACCACAGcaaa > 1:379343/1‑140 (MQ=255)
gATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCTACCACCTaaaa > 6:159027/1‑140 (MQ=255)
gATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACAGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGTTAAGTTCCGCGACCACAGaaaa > 7:116642/1‑140 (MQ=255)
gATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGAGAAGACCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTACCCTGCAGAGTCGTGGGAGGACACGCGACcccaacaaa > 1:525005/1‑135 (MQ=255)
aTTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAAt < 5:306048/140‑1 (MQ=255)
ttCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGaaaa > 3:715944/1‑138 (MQ=255)
ttCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGGTCCGCTACCACAGaaaa > 3:1046555/1‑138 (MQ=255)
cAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGACGACCTGACCTAAAATCGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGAATCACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATc < 4:653400/138‑1 (MQ=255)
cAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCca < 5:372309/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCcacaca < 5:577525/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCcacaca < 1:596722/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGACGAGTCGTGGTAGGATGCGCTACCACAGAAAATCcacaca < 7:621572/140‑1 (MQ=255)
aTTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGc < 2:180555/140‑1 (MQ=255)
aTTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGc < 6:896767/140‑1 (MQ=255)
gTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTaa < 3:125079/138‑1 (MQ=255)
gTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGGTCCGCTCCCCCACTAAATCGACACAACAGTTTGAGCTacac > 8:261968/1‑137 (MQ=255)
gaagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCaa > 2:873566/1‑140 (MQ=255)
aggaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCaaa < 5:431961/138‑1 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACACTTTGAGCAAACCaaa > 5:165818/1‑140 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCaaa < 1:649544/140‑1 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCa < 3:447599/138‑1 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCa < 3:579025/138‑1 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACAGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCCCACAACAGTTTGAGCTAACCaaa < 2:1088363/140‑1 (MQ=255)
cgaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATCTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAAt < 2:635065/139‑1 (MQ=255)
gaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATGCGCGACCACAGAAAATCCACACAACAGGTTTGGCTAACCaaa > 3:225584/1‑138 (MQ=255)
gaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCaaa < 4:197927/138‑1 (MQ=255)
gaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCaaa < 3:745471/138‑1 (MQ=255)
gaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAAtt < 6:908941/140‑1 (MQ=255)
gaaCTGACCTAAAATAGACATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTTGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCaaa < 3:107439/138‑1 (MQ=255)
tGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATtct < 3:797719/138‑1 (MQ=255)
tGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATtct < 3:35939/138‑1 (MQ=255)
gACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTACGCGACCCCACAAAATCCACACAACAGTTTTTGCAAACCAAATTATCtt > 7:313926/1‑140 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGTTAGGATCCGCTACACCAGCTAATACACACACCAGTTTGAGCTAACCACATTCGCttt > 7:799459/1‑140 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTAACACACAAAATCCCCACCACAGTTTGAGCTAACCAAAATatctat > 6:520218/1‑138 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCATACCAAATTATCttt > 5:1038880/1‑140 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCAATCCATACCGATTAACACTCAGTCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCGACCACAGAAACTACCCACAAACGTTTGAGCTAAACAAATtatcg > 4:840890/1‑137 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTa < 3:484088/138‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTa < 3:1102263/138‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 5:882668/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 1:82634/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCAATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 5:816886/140‑1 (MQ=255)
aaaaaTAGCCATCCATATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTa < 4:639860/137‑1 (MQ=255)
aactAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTACCACTCAGACTGCCAGTGTATTTAACCTGCAGAGTCGGGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 3:261738/135‑1 (MQ=255)
aaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGGTCCGCTACCACAGCAAATCCCCACAAAAGTTTGTGCGAAACAAAATATCATTatgcg > 6:431961/1‑136 (MQ=255)
tAGCCATCCAGATGTTACTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTCACCAAATTCTCTTTAGGTGa < 4:266760/138‑1 (MQ=255)
tAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGata < 6:676655/140‑1 (MQ=255)
tAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGa < 4:793830/138‑1 (MQ=255)
tAGCCAACCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGata < 8:509447/140‑1 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGATACGCTAACAACCAAAATCAAACCAACAGGTTGAGGTAAGCAAATTATATTTTGGTGATAtt > 1:1018607/1‑140 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGTTACCCGACCACAGAAAATCCACACAACACTTTGAGCGAACAAAAATCGCTTTATGTGATAtt > 5:442484/1‑140 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGGTACGCAACCACCGAAAAAACACACCACAGTTTTAGCTAACCAAAATATAATTATGTGATAtt > 6:531730/1‑140 (MQ=255)
ccATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGCTGCGCGACCCCAGAAAATCCACACAACAGTTTTAGCTAACCAAATTATCATTAGGTGATTTTa > 1:1053593/1‑140 (MQ=255)
cATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAAACAAATTATAATTAGGTGAtaataa > 7:104606/1‑140 (MQ=255)
cATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACATGCAGAGTCGTGGTAGGATGCCCAACCACAGAAAATACACACAACCGTATGAGCGAACCAAATTAAAGTTAGGTGTTATTaa > 1:291616/1‑140 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTaaa < 3:42348/138‑1 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAata < 6:354351/140‑1 (MQ=255)
aTGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTTGATGCGCTACCACCGAAAAAACACACAACAGGTTTAGCTGACCAAATTCTATTTATGTGTTATTAAataagtg > 6:987504/1‑136 (MQ=255)
ttAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATACGCTGCCACAGAAAAAGCCCCCAACAGGTTGAGCTAACCAAATTAGGATTATGTGATATTAAATTTGGCaaa > 1:900284/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATGCGCTACCACATTAAAAACACACAACAGTTTGAGCTAAACAAATTATATTTTTGTGATTATAAATATTGCAAAACACCatt > 5:937596/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTATGTGATATTAAATATTGCAAAACACCttt > 8:533424/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGAAGCGCCACCACAGAAAATACCCACCACAGTTTGTGCGAACCAAAATATGGATTTGGGATATTAAATTAGGGAAAACAcccat > 6:319874/1‑137 (MQ=255)
ccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGATCCGCTACCACAGAAAAAACACACAACAGATTTAGCTAACCAAAATATGTTTTTGTGATAATAAATATTGCAAAaaacaattt > 1:415426/1‑135 (MQ=255)
catACCGATTAACACTCAGTCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCttt < 4:358020/138‑1 (MQ=255)
catACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCttttt < 7:749889/140‑1 (MQ=255)
catACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTATCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCttttt < 5:531730/140‑1 (MQ=255)
tACCGATTAACACTCATACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGACGTGGGTAGATACCCGACCAAAAAAAAACCCCAAAACAAATTGAGAGAAACAAATTATGTATAGGTTATTTAAAAAATTTCAAAACACCtattaaa > 6:207211/1‑137 (MQ=255)
aCCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAAAACCCACAACAGTTTGAGCTAACCAAAATATCTTTAGGTGATATTAAATATTGCAAAACACCTTTTTaag > 5:1036266/1‑138 (MQ=255)
aTTAACACTCATACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTAGTGTTAGGATACCCTAACACATAAAAAAAACACAACATTTTGAGCTAAACAAATAATCTTTATTTGATATTAAATAAGGGAAAACAACTTTTTAATTCCg > 6:567911/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGACCACAGAAAATACACACAACACTTTGAGCAAACCAAAATAGATTTAGGTGATTTTAAATATTGCAAAACACCTTTTtacgtacg > 8:238339/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCTACCACAGAAAAAACACACAACAGTTTTAGCTAAACAAAATTTCTTTAGGTGATATTAAATATTGGAAAACACCTTTTTACGTCCg > 2:804531/1‑140 (MQ=255)
ttAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGTATACGCAACCACAGAAAAAACACACAACAGTTTTAGCTAAACAAAATATCTTTATGTGATATTAAATATTGCAAAAAACCATTTTTAGTCCGa > 2:976754/1‑140 (MQ=255)
ttAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGAGACGCGACCACAGAAAATACACACCACACTTTGCGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTTAATATTGACAAACACCATTTTTAGTCCgg > 6:705171/1‑139 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGAACCGCTACCACAGAAAATACACCCCACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTATGTGATATTAAATATGGCAAAACACCATTTTAAGTccc > 4:950059/1‑137 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGGTGCGCTACCACAGAAAAAACCCACCACACTTTTAGCTAACCAAAATATGTTTAGGTGGTATTATATATTGCAAAAAACCGTTTTAAGTCCGAg > 1:1177310/1‑140 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGAACCGCTAACACAGAAAAACCCCACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTATGATTAGTGGATATTAAATATTGCAAAACACCTGTTTTCggacg > 4:10025/1‑134 (MQ=255)
aaCACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTTGATACGCTACCACACAAAAAACAACCAAAAAGTTTAGCTAACCAAAATATATGTATGTGATAATAAAAATTGCAAAACACCAATTTAAGTCCGa > 4:10876/1‑138 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTc < 2:1052907/140‑1 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCGGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAg < 4:409929/138‑1 (MQ=255)
cacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCCCACAAAATCCCCCCACCAGGTTGAGCGAACCAAATTCTCATTTGGTGATATTAAATATGGCCAAACCCCGTTTTTCGTCCGAGGcc > 2:1158084/1‑140 (MQ=255)
tCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTTCGTACGAGTCCGtc > 8:778399/1‑140 (MQ=255)
tCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGTTCCGCGACCCCAGAAAAACCACCCAACAGGTTTAGCTAACCAAAATCTGTTTTTGTGATATTTAAAATGGGAAAAAACCTTTTTAAGTCCGCGTACggg > 7:955933/1‑138 (MQ=255)
aGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGACCACAGAAAATCCACACAAAAGTTTGAGCGAACCAAATTAACTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAAAACCTTTTTACGTCCGAGTCCGtcta > 8:1078866/1‑139 (MQ=255)
aCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCTACCACAGAAAAAACACACAACAGTTTGAGGGAACCACATTATCTTTAGGTGATATTAAATATTGCAAAACACCGTTTATAGGACGAGTCCGtctgtt > 7:512823/1‑137 (MQ=255)
tGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGACCACAGACAATACACAAAACAGTTTGAGCTAACCCAATTAACTTTAGGGGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCACGTACGTCTCTGaa > 6:630313/1‑140 (MQ=255)
gCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCTACCACAAAAAAAAAAAACAACAAATTTAGCTAACAAAATTATCATTATGGTAAATTAAAAATTGCAAAAAACCTTTTTAAGTCAGCTTCATTCTCTGaaa > 2:828728/1‑139 (MQ=255)
gtTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATc < 6:1065209/140‑1 (MQ=255)
tttAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGAACACAGAAAATACCCACAAAAGTTTTAGCTAAACAAATTAGCGATAAGTGATATTAAATATTTCAAAAAACCATTTTAAGGGCGAGTCCGTCTCTCAAagggagacgt > 2:567045/1‑133 (MQ=255)
aaCCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACa < 2:74066/140‑1 (MQ=255)
cAGATTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACAAAACAGTTTGAGCTAACCAATTTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGATTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTg < 6:969441/140‑1 (MQ=255)
cAGAGTCGTGGTAGGATCAGCTACCACAGAAAATCCACAAAACTGTTTGAGGTAACCAATTTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGAAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAAt < 3:670141/138‑1 (MQ=255)
agagTCGTGGTAGGATAAGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTATGGTTAGGTGATATTTAATATGGGCAAAAACCTTTTTAAGTCCGAGTCCGTCGCTGAAGGTCCTCCTGACAAAAtt > 4:488894/1‑138 (MQ=255)
tagTCGTGGGAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACCACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTg < 3:82401/137‑1 (MQ=255)
tGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCaa < 1:873566/140‑1 (MQ=255)
|
TTTTTAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAA > NZ_CP022686/1705836‑1706110
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
