Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F2 I0 R1
|
252 |
7301.5 |
9636800 |
98.5% |
9492248 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,705,974 |
T→G |
11.9% |
intergenic (‑584/‑71) |
yqgB ← / → metK |
acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,705,974 | 0 | T | G | 11.9%
| 376.6
/ 8.9
| 206 | intergenic (‑584/‑71) | yqgB/metK | acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (77/98); new base G (28/2); total (105/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GTTTTTAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAA > NZ_CP022686/1705835‑1706110
|
gTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTa < 7:1139398/140‑1 (MQ=255)
tttttAACAGACTGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTTAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTTGTa < 4:627418/140‑1 (MQ=255)
ttAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGTGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCAAACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGAAGGa < 8:916577/140‑1 (MQ=255)
catcaTGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGTGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATCCCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCg < 7:845311/136‑1 (MQ=255)
gAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCAGACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGGTgcgcg > 5:855759/1‑139 (MQ=255)
aTGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTAc < 4:569473/140‑1 (MQ=255)
aTGAGACACCATTCAAAAAAAAGTTGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTAc < 7:732824/140‑1 (MQ=255)
tGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATCCGcgg > 1:209381/1‑136 (MQ=255)
tGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGCTCCGCTa > 2:130374/1‑138 (MQ=255)
ctaTTCATAAAATAGTGGAAAATGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATACAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGaaa < 4:467844/138‑1 (MQ=255)
cGATTCAAAAAAAAGTGGGAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGa < 1:409798/138‑1 (MQ=255)
cGATTCAAAAAAAAGTGGAACTTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCCTCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGa < 1:790599/138‑1 (MQ=255)
gATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACTCTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGTTCCGCTACCACAGtaaa > 8:1019174/1‑140 (MQ=255)
gATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACACaaaa > 3:1075011/1‑140 (MQ=255)
ttCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGATTCGTGGTACGGTCCGCTACCCCAGaaaa > 2:930419/1‑138 (MQ=255)
ttCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTCACACAGaaaa > 1:1096067/1‑138 (MQ=255)
cAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATc < 1:652625/138‑1 (MQ=255)
cAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCca < 5:168666/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCcaca < 1:851488/138‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCAAAAATAGCCATCCAGATGGTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCcacaca < 5:41631/140‑1 (MQ=255)
aaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACacaa < 5:723571/140‑1 (MQ=255)
aTTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGa < 2:1135398/138‑1 (MQ=255)
tGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTa < 6:710047/140‑1 (MQ=255)
gggTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTaa < 5:102512/140‑1 (MQ=255)
gTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAAcc < 6:905005/140‑1 (MQ=255)
gTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAAACCAAACAACAGTTTGAGCGAAcc > 4:1064468/1‑140 (MQ=255)
gTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCCCACAACAGTTTGAGCTAAcc > 5:1127830/1‑140 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCAACCAAACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCaaa < 4:829519/140‑1 (MQ=255)
gaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAAtt < 3:1222729/140‑1 (MQ=255)
tGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTAACCCAGAAAATCCACACAACCGTTTTGGCTAACCAAATTatct > 8:658499/1‑140 (MQ=255)
gACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCtt < 4:1013927/140‑1 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCCGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTAAGACTGCCAGTGATTTTACCCTGCAGAGACGTGGTAGGAGCCGCGCCCACGGGTAAACCACACAACAGTTTTAGGGAACAACATTCTAttt > 6:867047/1‑140 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCCCAGAAAAAACACACAACAATTTGAGCTAACCAAATTCTCttt > 5:205450/1‑140 (MQ=255)
ccTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCtt > 2:768309/1‑138 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTa < 2:484209/138‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 5:244454/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 5:960126/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 7:582209/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 8:947726/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGAGCCATCCAGATGTGAATCCAGCCATAACGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCTTGGTAGGATCCGCTACCAAAGAAAATCCACACAACAGTTTTAGCTAACCAAATTATCTTTAgg < 8:79209/139‑1 (MQ=255)
aaaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAg < 2:856394/138‑1 (MQ=255)
aaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTATATTTTGGTg > 4:748702/1‑140 (MQ=255)
tAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGa < 2:374126/138‑1 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGCCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCGACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTTAGCTAACCAAATTATCGTTAGGTgtaatt > 7:910765/1‑135 (MQ=255)
cATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGTTACGCGTCCACAGAAAATCCACCCAACACTTTGAGCGAACCAAAGTCTCTTTTGGTGATAtt > 2:326065/1‑138 (MQ=255)
cATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGCTACGCTACCACAGCAAATACACCCAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTGTTTAGGTGataatat > 4:1114871/1‑139 (MQ=255)
cATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCAACCACAGAAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCGATTTAGGTGATAtt > 1:941672/1‑138 (MQ=255)
cATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGTTCCGCTACCACATAAAATACACACAACAGTTTGAGAGTACCAAATAGAGTTTTGGTGATAtt > 2:1215892/1‑138 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTTGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTaaa < 2:819538/138‑1 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATCCGCTACCCCAGAAAATACACACAACAAGTTTAGCTAACCAAATTATCTTTTGGTGATATTTAata > 7:378090/1‑140 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAata < 7:527870/140‑1 (MQ=255)
aTGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATACGCGGCCACAGAAAATACACACAACAGGTTGAGCTAACCAAATTCTCGTTAGGTGATATTAAATATggg > 3:948468/1‑139 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCaaa < 2:198289/138‑1 (MQ=255)
atccatccATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAaca < 8:869423/140‑1 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAacac < 7:1083378/140‑1 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAac < 1:1186281/138‑1 (MQ=255)
ccatccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGCTGCGCTACCACAGAAAATCCACACAACACTTTGTGCTAAACAAATTCTCTTTTGGTGATATTTAATATGGCAAAacc > 2:63075/1‑137 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGATACCGGACCACAGCAAATCCACAAAAAAGTTTTGTATAACCAAATTTTATTTAGTTGATATTTAATATTTGAAACCACCttt > 3:1195368/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGTTCCGCTACCCCCGAAAAACCCCACCAAAGTTTGAGCTAAACCAATTGTCTTTAGGGGTGATTAAATATTGCAAAacaacagt > 5:643670/1‑135 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGAGACCCGAACACAGAAAATCCACACAACAATTTGAGCTAAACAAATTATCTTTAGGGGATATTAAAAATGACAAAaccacgtt > 6:377043/1‑134 (MQ=255)
atACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATACGCGACCACCCAAAATCCCCACAACAGTTTGAGCTAACAAAAATCTCTTTAGGTGATAATAAATATGGCAAAACAccaatt > 1:132728/1‑134 (MQ=255)
tACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGTCCACAGAAAATCCCCACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCGTTAGGTGTTATTAAATATGTCAAAACACCTTTTTaa > 6:694440/1‑139 (MQ=255)
aCCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGCTCCGCGACCACAGAAAAACCACCCAACAGTTTGAGCTAACCAAATTATCTTTAGGTGATATTAAAAATTGCAAAACCCCAATTTACg > 4:1197509/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGGTACGCTACCACAGAAAATACACACAAAACTTTGAGCTAACCAAAATCTGTTTATGTGTTATTAAATATTGGAAAAAACCTTTTTAAGTACg > 3:113104/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCTACCACAGAAAATCCACCCAACACTTTGAGCTAACCAAAATCACTTTTGGTGATATTAAATATTGCAAAACACCATTTTAAGTccc > 3:655108/1‑139 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCGAACCCAGAAAATCCACACAACAGTTTGATCTAACCAAAATCTATTTATGTGATATTAAATATTGCAAAACCCCATTTTACGTccc > 4:248041/1‑139 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTACGATACGCTACCCCAGAAAAAACCCAAAACAGTTTGACATAACCACATAAAAATAAGGTGTTATTAAATATGCAAAAACAGCATTTTTCGTACg > 6:1184726/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGTTCCGCGACCACAGAAAATCAACACCACAGTTTGAGCTATCCAAATTAACGTTAGGTGCTATTTAATATCGCAAAACGCCTTTTTaacggcg > 3:740939/1‑134 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGCTCCGCTACCACAGAAAATCCACCCAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCATTAGGTGATATTAAAAATTGCTAAACACCATTTTACGTcac > 8:1055806/1‑138 (MQ=255)
ttAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGAACACCGAAAAACAACACAACAGTTTGAGCTAAACAAATAGACATTAAGTGATATTAAATATTGCAAAACACATTTTTAAGtaccc > 6:604499/1‑136 (MQ=255)
ttAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGCTACGGGACCACAGAAAATCCCCACCACAGGTTGGGCGCAACAAAATCACTTTACGTGATATTAAATAAGGAAAAACACCGTTTTAAGTccca > 4:324067/1‑138 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTTGATACGCGTCCACCGAAAATACACACAACAGTTTGTGCGAACCAAAATGTGTTTAGGTGATATTAAATTATGCAAAACACCTTTTTACATCCg > 1:499457/1‑138 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGCTCCGCGACCACAGCAAATACACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTATGTTATATTAAATATGGCAAAAAACCATTTTAAGTACg > 2:1172980/1‑138 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAg < 4:529249/140‑1 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGATGATCCGCTACCACAGAAAATACACACAACAGTTTTAGCTAACCAAATTATCTTTATGTGATATTTAATATTGCTAAACACCATTTTAAGTCCg > 1:1025087/1‑138 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGCTCCGCTACCACAGAAAATACACACCACAGTTTGAGCTAAACAAAATCTCTTTAGGTGATATTTAAAATGGCAAAACACCGTTTTTCGTCCg > 2:1061810/1‑138 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGCTCCGCAACCACAGAAAATACACACCACAGTTTTAGCGAAACAAATTATCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCAGTTTaactccc > 2:1146225/1‑132 (MQ=255)
aaCACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAAtt < 8:17595/92‑1 (MQ=255)
aaCACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAAtt > 7:17595/1‑92 (MQ=255)
aaCACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACACTTTTAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGt > 4:682938/1‑140 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTCCGCGTCCACACAAAATCCACACCACAAGTTGCGCTGACCAAATTATCGTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCATTTTAAGTCCGAg > 2:723337/1‑138 (MQ=255)
cacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCaaa < 2:708126/88‑1 (MQ=255)
acTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGGTCCGCGTCCACAGAAAAACCACACAACAGTTTGAGCTAAACAAATTCACTTTATGTGCTTTTAAATTTTGCAAAACACCGTTTTAAGTCCGAGGCCg > 3:874583/1‑140 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCATAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 7:1056703/140‑1 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 3:248041/140‑1 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 8:1137842/140‑1 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 3:435701/140‑1 (MQ=255)
tCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGACCACAAAAAAACCACACAACAGGTTGAGCTAACCAAATTATCATTTGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTTAGTCCGAGTcaggc > 3:922614/1‑136 (MQ=255)
aGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCTACCACAGTAAATCCACACAACATTTTGAGCAAAACAAAATATCTTTAGGTGATTTTAAATATGGGAAAAAACCTTTTTACGTCACAGTACCtctc > 8:1107302/1‑140 (MQ=255)
aGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCGACCACAGCAAATCCCCACAACAGGTTGAGCGAACCAAATTATCTTTAGTTGATATTAAATATGGCAAAACCCCATTTTACGTACGATTCCGtctc > 8:825077/1‑140 (MQ=255)
aCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGCTCCGAGACCACAAAAAATCCCCACAACAGTTTGAGCTAAACAAATACTCTTTAAGTGATATTTAATATGGCACAACCCCATTTTACCTGCGAGTACctctg > 2:827846/1‑137 (MQ=255)
aCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCGACCACAGCAAATCCACACAACAGTTTTAGCGAACCAAAATCTCTTTAGGTGATATTAAATATTGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTcccgcgc > 2:1092102/1‑133 (MQ=255)
ccAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGATCCGCGACCCCCGAAAATCCACACAACCTGTTGCGCGAACCAAATTCTCGTTAGGTGATATTTAATATGGCAAAACACCGTTTTAAGTCCCACTCCGGCTCGGATgg > 6:1073170/1‑140 (MQ=255)
ccAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACATTTTGAGCTAACCAAAATCTCTTTAGGTGATATTAAATATTGCAAAACACCTTTTTAAGTCCGAGTCCGTCTGGGAAgg > 4:494155/1‑140 (MQ=255)
tgtTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCAt < 4:295992/140‑1 (MQ=255)
tAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCTGCCCCAGAAAATCCACACAACACTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTTAATATTGCAAAAAACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCGTAAGGGCATccgg > 2:1124727/1‑136 (MQ=255)
aCCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTGCCCCAGAAAATACACCCAACACGTTGAGCTTACCAAATTCTCTTTATGTGATATTTAAAATTGGAAAAAACCATTTTACGTCCCGGGACGTGTCTGAACGGCAtgatggc > 2:746330/1‑132 (MQ=255)
cGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAcc < 3:316998/140‑1 (MQ=255)
tGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACACCAGGTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGGCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCaa < 4:724064/140‑1 (MQ=255)
tGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGAAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCaa < 4:870401/140‑1 (MQ=255)
|
GTTTTTAACAGAATGAGACACGATTCAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAA > NZ_CP022686/1705835‑1706110
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
