Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F2 I0 R1
|
122 |
5985.5 |
7364544 |
98.3% |
7239346 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
3,265,096 |
G→T |
14.9% |
A73E (GCA→GAA) |
ytfJ ← |
YtfJ family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 3,265,096 | 0 | G | T | 14.9%
| 350.9
/ 9.3
| 159 | A73E (GCA→GAA) | ytfJ | YtfJ family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/79); new base T (27/2); total (78/81) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
ACTCTCCAGACTGCTGCGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGCACCAACTCGCCACGATCGGTGATGCCAATCGGCGGCACTCGCT > NZ_CP022686/3264957‑3265234
|
aCTCTCCAGACTGCTGCGCACAAACATCCCTGAACCCTGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTg < 3:47252/140‑1 (MQ=255)
tctcCAGACTGCTGCGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCa < 2:675541/140‑1 (MQ=255)
tctcCAGACTGCTGCGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCa < 1:424117/140‑1 (MQ=255)
tcCAGACTGCTGCGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCaga > 3:699210/1‑140 (MQ=255)
ccAGACTGCTGCGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCTTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTTGTCTTGTAACGATCGTGCGGTAACTTAGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCagag < 1:888746/140‑1 (MQ=255)
aGACTGCTGCGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGt < 1:107337/140‑1 (MQ=255)
gcctgctgCGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTATCTTTTGCAAAgg > 5:382657/3‑138 (MQ=255)
ctgctgAGCACAACCATCCCTGAACCCGTAAGCGCGTCGTCGGTGTTCACAATGGTTGTCGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCTTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTg < 6:186866/138‑1 (MQ=255)
tgctgcGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTGTCTTTTTCAGAGGTGGGa > 8:240756/1‑140 (MQ=255)
gctgcGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGAc < 3:208037/140‑1 (MQ=255)
ctgcGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTATTTTGCATAGGTGCGccc > 4:34298/1‑140 (MQ=255)
tgcGCACAAACATCCCTGAACCCGGATTCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTACAATCAGAGTCGAGTTTTTATAGTTTTCAGAGGTGCgcgcc > 3:649763/1‑136 (MQ=255)
tgcGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTTCAGAGGTGCGAccc > 1:46604/1‑139 (MQ=255)
tgcGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTTCAGAGGTGCGACCa > 4:93839/1‑140 (MQ=255)
tgcGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCa > 4:550851/1‑140 (MQ=255)
tgcGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTTTCTTTTGGAGAGGTGGGGCCa > 4:748654/1‑140 (MQ=255)
tgcGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTCTCTTTTGAAGGGGTGCGAccc > 1:667586/1‑139 (MQ=255)
gcgcACAAACATCCCTGCACACGGAATCTAGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCTATGATTTAATCTCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTATGTTTTTCAGAGGtaggcac > 5:699025/1‑132 (MQ=255)
gcgcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGGCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAg < 1:130179/140‑1 (MQ=255)
gcgcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGGCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAg < 8:598240/140‑1 (MQ=255)
cgcACAAACATCCCTGACCCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTGTGTTTTTCCGAGGTGAGGCCa > 6:24130/1‑138 (MQ=255)
cgcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTGTTTATATTTTTGATAGGTGCGACCa > 5:730691/1‑138 (MQ=255)
cgcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTATATTTTTGAGAGGTGGGACCAGc > 3:800777/1‑140 (MQ=255)
cgcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTAGCTTTTGCAGAGGTGCGGccc > 6:61275/1‑137 (MQ=255)
gcACAAACATGCCTGAACCCGGAATCGCGTAGTCGGGGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATGGTGCGGTAACTTAGCTGATTTAATCGATTCTATCAGCGTCTCGTTTTTCTCTATTTCAGAGGTGCGACCAg < 6:663819/138‑1 (MQ=255)
gcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGTTAACGATCGTGCGTTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCa < 2:234975/140‑1 (MQ=255)
gcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAg < 5:541886/138‑1 (MQ=255)
gcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCa < 1:856326/140‑1 (MQ=255)
gcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCa < 3:748654/140‑1 (MQ=255)
gcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCa < 4:794948/140‑1 (MQ=255)
gcACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGGGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAg < 5:141894/138‑1 (MQ=255)
ccacaAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAg < 6:352034/137‑1 (MQ=255)
aaaCCTCCCTGAACCCGGAATCGCGGCGTCGGTGATAACAAGGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCGTCAATCAGCGTCGCGTTTATCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAatat < 3:124548/140‑1 (MQ=255)
aaaCATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTATCTTTTTCATAGGTGCGACCACCaaaaa > 3:178341/1‑137 (MQ=255)
aCATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGTTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCACTCATCGTCGCGTTTTTCTCTGTTGCATGTGTGAGCACAGCAATATGt > 1:716446/1‑140 (MQ=255)
aCAACCCTGAACCCGGAATCGCGTCTTAGATCATAACAATGGTGGTGGGCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTGTGGGTTGCAGAGGGTGGCCCCGCAATATGt > 2:277752/1‑140 (MQ=255)
tCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGtt < 5:141620/138‑1 (MQ=255)
ccTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCa < 1:653407/129‑1 (MQ=255)
ccTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCa > 2:653407/1‑129 (MQ=255)
ccTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTATATTTTTCAGATGTTCGACCAGCAATATTTTGc > 5:438238/1‑138 (MQ=255)
aaCCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCTGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACt < 7:640220/140‑1 (MQ=255)
aCCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTAc < 5:845998/138‑1 (MQ=255)
aCCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTc < 1:466678/140‑1 (MQ=255)
ccGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTATTTTGCAGAGGTGCGTCCACCAATATGTTGCCGTACACGc > 4:29453/1‑140 (MQ=255)
ccGGAATCGCGGCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTc < 5:157227/138‑1 (MQ=255)
gtcaTCTCGTCGGCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGAGCGTGCGGGAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGAGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCAc < 2:827587/137‑1 (MQ=255)
acgcgcgGCGTCGGGGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGGAAAGCTCGGGCGGTAACTTCGCTGAGTTAATCGCTGCAATCAGCGTCGCGTTTTGCTGTTTTGCAGAGGTGCGCCCAGCTATATGGGGCAGGAATCGccc < 6:215286/135‑3 (MQ=255)
tCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACtttt < 1:642838/140‑1 (MQ=255)
ccgcgTCGTAGGTGTTAACAAAGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACtttt < 8:412176/139‑1 (MQ=255)
cgtcgtCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTCTATTTTTCAGAGGTGCGACCCGCAATATTTTGCAGTAAACGCACATTTgcc > 4:425143/1‑140 (MQ=255)
tcgtcgGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGAGTCGCGTTTTTGTATTTTGAATAGGTGCCGCCAACAAAATGTTGCAGTACTAGCCCATTTacc > 5:205758/1‑138 (MQ=255)
ttatgaaTTGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTgcg‑c < 3:165814/135‑1 (MQ=255)
ttAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTgcg‑c < 2:390215/140‑1 (MQ=255)
tAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTgcg‑cg < 1:332607/140‑1 (MQ=255)
tAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTgcg‑cg < 1:793882/140‑1 (MQ=255)
tAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTgcg < 5:294875/138‑1 (MQ=255)
tAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTgcg < 5:182838/138‑1 (MQ=255)
tAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTATTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTACCTgcg < 5:182839/138‑1 (MQ=255)
tAACAATGGTGGGGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTgcg‑cg < 1:327666/140‑1 (MQ=255)
ggtggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCTATCAGCGTCGCGTTTTTATGTTTTTGAGTCGTGCGACCAGCAATATTTTGCATGAATCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTcc > 7:89095/1‑140 (MQ=255)
ggtggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTGTCTTTTTGAGAGGTGCGACCCGCAATATGTTTCCGTACTGGCCCTTTTCCCCCTAACGGCG‑CGCTggtgc > 3:26213/1‑136 (MQ=255)
ggtggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTTCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTAGGACTTTTACCACTAACTGCG‑CGCTGTTcc > 7:437880/1‑140 (MQ=255)
ggtggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTcc > 8:535396/1‑140 (MQ=255)
ggtggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCGTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACGTTTACCACAAACTGCG‑CGCTGTTcc > 2:412638/1‑140 (MQ=255)
ggtggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTATCTTTTTCAGAGGTGCGACCCGCAATATGTTGCAGTAAACGCACTTTTACCACAAACTGCG‑CGCTTTTcc > 3:692825/1‑140 (MQ=255)
ggtggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTCTATTTTGCAGAGGTGCGACCCGCAAAATTTTGCAGTACTCGCACATTTACACCAAACATCG‑CGCTGTTca > 7:719061/1‑139 (MQ=255)
ggtggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTATCTTTTGCAGAGGTTCGACCAACAATATGTTGCAGTACTACCACTTTTACCAATAAATTCG‑CGCTGTTcc > 2:686796/1‑140 (MQ=255)
ggtggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTATCTTTTGAAGCGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTAGCACATTTCCCACTAACAGAG‑CGCAGTTcc > 4:265198/1‑140 (MQ=255)
tggtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTAATCTTTTTCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACAGGCACATTAACAACAAAATGCG‑CGCTGttac > 5:32604/1‑136 (MQ=255)
gtggtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTATGTTTTTCATAGGTGCGACCAGAAATATGTTGCAGTACTCGCACTTCTCCCACTAACAGCC‑CGCTGTTCCAg > 6:665967/1‑138 (MQ=255)
gtCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTGTCTTTTGCAGAGGTGCGCCCAGCAATATTTTGCAGTACTCGCACTTTTACCACTAACTGCG‑CGCTGTTACAGGgttt > 3:939007/1‑140 (MQ=255)
gcTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGAACAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTg < 4:83536/139‑1 (MQ=255)
cTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGt > 2:916389/1‑140 (MQ=255)
ggTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGAATTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTATTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGGTTTGTAg < 3:598289/140‑1 (MQ=255)
gTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTCTGTTTTTCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTGCGAAAAACTGCG‑AGCGGTTACAGGTTTTGTAgg > 3:547096/1‑139 (MQ=255)
cGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTaaa < 8:460777/140‑1 (MQ=255)
aTCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGCCCAGCAATATGTTGCAGTTCTCGCACTTTTACCACTAACTGCG‑CGCTGGTCCAGGTTTTGTAGCGAAACt > 8:78719/1‑140 (MQ=255)
tCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATTTTGGAGTACTCGCACTTTTCCCCCTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTaaaa > 6:433880/1‑137 (MQ=255)
cGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTATCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTAATCGCACTTTTCCCAATAACTGCG‑CGCTGTTACAGGTTTTGTAGCTAAACTGa > 4:382803/1‑140 (MQ=255)
tGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGCCCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCCCTTTTCCCCCTAACTGCG‑CGCTGTTCCCGGTTTTGTAGCTAAACTGAta > 3:712341/1‑139 (MQ=255)
tGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGAc < 3:791141/67‑1 (MQ=255)
tGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTCTCGTTTGCAGAGGTGCGCCCCGCAAATTGTTGCCGTTCTCGCCCGTTTCCCCCTAACAGCG‑CGCGGTTGCGGGTTTTGTAGCTAAACTGTTc > 8:391712/1‑140 (MQ=255)
gCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCt < 2:363032/140‑1 (MQ=255)
cGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTGTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGGAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCGGTTACAGGTTTTGTAGCTAAAATGAta > 6:410162/1‑137 (MQ=255)
cGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGGTTTTATATATTGCACAGGAGCGACCAGCCAGATGTTTCAGTACTCGCACATATCCCACTAAAAGCG‑CGCTGGTCCAGGTTTTTATGCTaaaaggata > 6:89126/1‑132 (MQ=255)
tAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTAt < 2:139270/140‑1 (MQ=255)
tAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGAGTCGCGTTTTTCTCATTTTGAGAGGGTCGCAAAGCAATATGTTTCCTTAGAGGCCCTTTTGGGACTAACGGCG‑GGGTGTTAGAGGGTTTGTGTCTAAAGGGTTCTTTAt > 8:355552/1‑140 (MQ=255)
aaCTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTa < 5:623821/138‑1 (MQ=255)
aaCTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATc < 2:67085/140‑1 (MQ=255)
gCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTAGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGGGCGACCAGCAATATGTTTCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGc < 5:618039/138‑1 (MQ=255)
cTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTGTGTTTTGTTGTTGTGCGGCCACCACAATTTTGCATTAATCGCACATTTTCCACAAAAAGCGCCGGGGTTCCTGTTTTTTTTG‑TAAAATGATCTTTATAAAgaa > 6:256176/1‑136 (MQ=255)
ttCAATCAGCGTCGCGTTTTTGTGGTTTGGAGGGGTGCGCCCAGCAATATGTTGCAGTGCTCGCACTTTTCGCACTTACGGCG‑CGGTGTTCCCGGGTTTGTAGCGAAAAGGATCGTTATCAAGCACCAACTCGCCACGaa > 2:543292/1‑139 (MQ=255)
aTCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGCACCAACTCGCCACGATCGGt < 4:454658/140‑1 (MQ=255)
gCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGCACCAACTCGCCACGATCGGTGATg < 7:26333/140‑1 (MQ=255)
cGTCGCGGTTTTCTGTTTTGGAGAGGTGCGCCCAGCAATATGTTGCAGTTCACGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCACGTTTTTTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGCACCAACAAGCCCCGAACGGTGATGc > 4:432338/1‑140 (MQ=255)
gTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGCCCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCCCTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCGGGTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGCCCCCACACGCCACGATCGGGGATGcc > 4:755406/1‑140 (MQ=255)
ctctTTTGCAGAGGAGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTCACTGCG‑CGCTGTTCCAGGGTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGCACCAACTCGCCACGATCGGTGATGCCAATCGGCGGCa < 3:508897/140‑1 (MQ=255)
tGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGCACCAACTCGCCACGATCGGTGATGCCAATCGGCGGCACTCGCt > 7:78133/1‑140 (MQ=255)
tGCAGAGGTGCGACCAGAAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCAACTAACTTCG‑CGCTCTTCCAGGTTTTGTATATAAACTGATATTTATCAAGCACCAACTCGCCAAGATCGGTGATGCCAATCGGCGGCACTCGcg > 4:518687/1‑139 (MQ=255)
gCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGCACCAACTCGCCACGATCGGTGATGCCAATCGGCGGCACTCGc > 6:859580/1‑138 (MQ=255)
|
ACTCTCCAGACTGCTGCGCACAAACATCCCTGAACCCGGAATCGCGTCGTCGGTGTTAACAATGGTGGTGGTCTGGTAACGATCGTGCGGTAACTTCGCTGATTTAATCGCTTCAATCAGCGTCGCGTTTTTCTCTTTTGCAGAGGTGCGACCAGCAATATGTTGCAGTACTCGCACTTTTCCCACTAACTGCG‑CGCTGTTCCAGGTTTTGTAGCTAAACTGATCTTTATCAAGCACCAACTCGCCACGATCGGTGATGCCAATCGGCGGCACTCGCT > NZ_CP022686/3264957‑3265234
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
