Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F13 I0 R1
|
203 |
11425.2 |
8793538 |
98.4% |
8652841 |
135.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,504,373 |
G→C |
19.8% |
K270N (AAG→AAC) |
CIW80_RS07520 → |
YgcG family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,504,373 | 0 | G | C | 19.8%
| 221.4
/ 29.8
| 132 | K270N (AAG→AAC) | CIW80_RS07520 | YgcG family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/56); new base C (2/24); total (52/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GGTGTCGGTCGTTTGTTTTAGTTTATTTTTCGCAGCAATCTGCTGGCAGCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTCAACAATTATTGGGTTAATTGATCAT > NZ_CP022686/1504238‑1504511
|
ggTGTGGGTCGTTTGTTTTATTTTATTTTTCGCAGCAATCTGCTGGCAGCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAAAAAaagaa < 4:1088011/138‑1 (MQ=255)
ggTGTCGGTCGTTTGTTTTAGTTTATTTTTCGCAGCAATCGGCTGGCAGCGTCTCGCTGTAGTTTTTATTATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CTCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAagaaga < 7:250175/140‑1 (MQ=255)
gtcggtcgTGTGTTTTAGTTTATTTTTCGCAGCAATATGCGGGCAGCGTCTCGCCGTAGTTTTTAATATGTGCCGCGTTTTTGCTATGAGGCTGGCCCCCAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑ATGGAAAAAACAAAATAAGAc > 3:1030814/1‑138 (MQ=255)
tcggtcgTTTTTTTTATTTTATTTTTAGCAGCAAAAATCTGGCCGCGTAGCCCACTAGTTTTTAATATTTGGCCCGGTTTTACTATTGTGAGTGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AATTAAAAAAAAAAACAAGAATcc > 5:128372/1‑140 (MQ=255)
tttgtttTAGTTTATTTTTAGCATAAATATTCTGGCAGCGTATAGCACTATTTTTTAATATTTTCCGCGTATTTAATATTGTTCTGGCCACAAAAAATAAA‑AA‑CGAT‑AA‑AATGAAAAAAAAACAGAAGCATCCGCAAttt > 2:650962/1‑140 (MQ=255)
ttttttAGTTTATTTTTCGCAGCAATCTGGTGGATGCGTCTCGAATTATTTTTTAATATGTGCCGCTTATTTCATATGTTGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑GGAT‑AA‑ATTTAAAAAAAAAAAGAAGACTCCGCAATTTCg < 2:427550/138‑1 (MQ=255)
tATTTTTCGCAGCACTCTGCTGGCAGCGGCTCGCAGTAGTTTATAATATGTGCCGGGTATTTCCTATGATGCTGGCCCAAAAAAATAAA‑AC‑CGCT‑AA‑AGTTAAAAAACAAACGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAg < 3:820036/138‑1 (MQ=255)
aTTTTGCCCAGCAATCTGCGGGCAGCGTCGCGCTGTAGTTTTTATTATGGCCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AC‑CCCT‑AA‑AGTCAAAAAACAAACCAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGAc < 1:325382/140‑1 (MQ=255)
tttttCGCAGCAATCTGCTGGCAGCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACg > 2:1220/1‑140 (MQ=255)
tttCGCATCAATCAGCGGGCAGCGTAGCACTGTAGTTTTAAATATGTGCCGCGTATTTCCTATTATGCTGCCCACAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑CGTTAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGaa < 2:150366/140‑1 (MQ=255)
tttCGCAGCAATCTGCTGGCAGCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACg > 3:913271/1‑138 (MQ=255)
ccaccaATCTGCTGGCAGGGTCTCTCTGTTGTTTTAAATATGGGCCGCGTATTACATTTGAGGCTGCCCCAAAAAAATAAA‑AC‑CGAA‑AA‑CGTTAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAAt < 3:156169/134‑1 (MQ=255)
cagaaAGCTGCTGGCAGCGTCTCGCATTATTTTTTAATTTGTGCCGCTTATATCCTATTCTGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AC‑CGCA‑AA‑AGTTAAAAAACAAACCAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCa < 5:699714/140‑1 (MQ=255)
attCTGCTGGATGCGTCTAGATTTTGTTTTTAATATGTGCCGCTTATTTCATATGTGGGTGTCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGAT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCAttgt < 2:754734/138‑1 (MQ=255)
aaTCTGAGGGCAGCGTCTCGAAGTATTTTTTAATATGTGCCGCTTATTTCCTATGATGCTGCCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑ATTCAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCAttgt < 2:436223/140‑1 (MQ=255)
ctgctgGCAGCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTCCCGCGTATTACCTATGAGGCTGCCCCAAAAAAAAAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTCAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCAttgtt < 3:948786/138‑1 (MQ=255)
cgggCAGCGTCTCGCAGTTGTTTTTAATTGGTGCCGCTTATTACCTATGATGCTGCCCCCAAAAAAAAAA‑AC‑CCCT‑AC‑TGTTAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCAttgtttgt < 3:116228/136‑1 (MQ=255)
gctgCGTCTCGCAGTAGTTTTTATTATGTGCCGAGTATTTCCTATTATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑CA‑CTCT‑AA‑TGATAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGt < 4:8336/135‑1 (MQ=255)
cAGCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AC‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGCATCAGCAATTTCGGGAAGCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGAt > 6:256545/1‑140 (MQ=255)
cgCGTCTCGCATTATTTTTTAATATGTGCCGCTAATTTCCTTTGAGGCGGGCCCAAAAAAATAAA‑AC‑CGCA‑AA‑TTTCAAAAAAAAAACGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGa < 3:374092/137‑1 (MQ=255)
aGCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGCTTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGa < 4:1058411/138‑1 (MQ=255)
gCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGc > 2:621758/1‑140 (MQ=255)
gCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGCGGATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATgg > 2:100522/1‑139 (MQ=255)
ggTCTCGCTGTATTTTTTAATATGGGCCGCGTATTTCCTATGATGGTTGCCCCAAAAAATAAA‑AC‑CGCT‑AA‑ATTCAAAAAACAAACGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCt < 6:184853/139‑1 (MQ=255)
ggTCTCGCAGTTGTTTTTAATATGTGCCGCTTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATg < 4:1086139/137‑1 (MQ=255)
cGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGAGTATTTCCTATGATGATGGCCCAAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAAAAGACACCGCAATTGCGTGAATCAGGACGATATTCATTGTTTGTCGTGATGcg > 8:632105/1‑139 (MQ=255)
tctcGCAGTAGTTTTTAATATGTTCCGCCTATTTCCTATGATGCTGCCCACAAAAAATAAA‑AA‑CGCA‑AA‑ATAGAAAAAACAAAAGAAGACTCCTCAATTTAGTGAATCATGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATggt > 4:250201/1‑136 (MQ=255)
ctcGCATTAGTTTTTAATATGGGCCCCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAACAAATAAA‑CA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGAt < 2:1105274/140‑1 (MQ=255)
cttattttttAATATGTGCCGCGTATTTACTATGATGCTGGCCCCAAAAAAAAAA‑AA‑CGCA‑AA‑AGTTAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAat < 4:208550/133‑1 (MQ=255)
gtTTTTAATTGGTGCCGCGTATTTCCTATTATGCGGCCCCAAAAAAAAAAA‑AA‑CTCT‑AA‑AGTCAAAAAACAACCGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATtgt < 1:193675/140‑1 (MQ=255)
tttAATATGTGCCTCGTATTTCATATGAGGCTGCCCAAAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTTAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTggg < 1:654357/140‑1 (MQ=255)
tttAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAAAAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAATGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCAGTGTTTGTCGTGATGCTGAGAATAATTGTggg > 2:502298/1‑140 (MQ=255)
ttAATTTGGGCCGCGTTTTTCCTATGATGGTCGCCCAAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAAAAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGa < 7:845924/140‑1 (MQ=255)
tAATTTGTGCGGCTTATTACCTATGTTGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑TGTGAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAt < 6:508786/140‑1 (MQ=255)
tAATTTGTGCCGCTTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTTAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAt < 2:801914/140‑1 (MQ=255)
tAATATGTGCCGCTTATTTCCTTTGATGCTGGCACCAAAAAATAAA‑AA‑CGAT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAt < 8:319768/140‑1 (MQ=255)
tAATATGTGCCGCTTATTTCCTATGATGCTGCCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTggg < 4:285808/138‑1 (MQ=255)
tAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGTTGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AC‑CGCT‑AA‑AGTTAAAAAACAAAAGAAGTCTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAt < 8:410785/140‑1 (MQ=255)
tAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTTAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAt < 1:948992/140‑1 (MQ=255)
tAAAATGTGCCCCTTATTTCCTATGATGATGGCCCCAAAAAATAAA‑AC‑CGAT‑AA‑CGTTAAAAAACAAACCAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAt < 7:278583/140‑1 (MQ=255)
aaaTATGTGCCGCTTATTTCCTATGATGCTGCCCCCAAAAAAAAAA‑AA‑CTCA‑AA‑CGACAAAAAAAAAACCAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAt < 1:608360/139‑1 (MQ=255)
aaaTATGTGCCGCGTATTTCATATGATGCTGGCCAAAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑ATTTAAAAAACAAACCAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAt < 7:774227/139‑1 (MQ=255)
aaTATGTGCCGCGTATTTCATATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATAAGGACGAAATTCATAGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATg > 5:917072/1‑140 (MQ=255)
tgtgCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGAGGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGc > 8:763132/1‑140 (MQ=255)
gtgCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AC‑CGCT‑AA‑ACTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGTACGAAATTCAGTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGcc > 7:53024/1‑140 (MQ=255)
gtgCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCAAAAAAATAAA‑AC‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTg < 4:915525/138‑1 (MQ=255)
gtgCCGCGTATTTCCTATGATGCGGCCCACAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑CGTCAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGcc < 5:735724/140‑1 (MQ=255)
gtgCCGCGTATTTCCTATGATCCTGCCCCAAAAAAATAAA‑AA‑CCCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGcc < 6:705284/140‑1 (MQ=255)
gtgCCGCGTATTTCCAATGTAGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTTAAAACACAAAAGAAGACTCCGCAAATACGTGAATCAGGACTAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAGGGTGcc < 6:810291/140‑1 (MQ=255)
gggCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCAAAAAAAAAAA‑AC‑CGCT‑AA‑AGTTAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTg < 4:476208/136‑1 (MQ=255)
tgCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGc > 3:743000/1‑138 (MQ=255)
cgTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGgtgt > 1:80602/1‑140 (MQ=255)
cgTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCA‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGATATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGgtgt > 1:472462/1‑140 (MQ=255)
tATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATAGTTTGTCGTGCTGCTGTTAATTATTGTGGGATGGGGCCTGGGGTTc > 8:522191/1‑140 (MQ=255)
tttCATATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑AGAT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGc < 2:772567/140‑1 (MQ=255)
tttCATATGATGCGGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGAT‑AA‑AGTTAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGc < 8:714194/140‑1 (MQ=255)
tttCATATCATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCA‑AA‑AGTTAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGc < 7:907102/140‑1 (MQ=255)
tCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTTAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTTTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGTATGGTGCCTGGTGTTCGCCa < 2:904946/140‑1 (MQ=255)
atgatgCTGGCCCCAAAAAATAAA‑TA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGtaa > 2:1054091/1‑140 (MQ=255)
atgatgCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAGATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGCTAATTATTGTGGGATGGTCCCTGGTGTTCGCCAGtaa > 8:576906/1‑140 (MQ=255)
atgatgCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGtaa > 5:412115/1‑140 (MQ=255)
atgatgCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAAACAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGtaa > 6:449373/1‑140 (MQ=255)
attgcggCCCGAAAATATAAA‑AA‑TGCT‑TA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACTAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCTCCAGtaataa < 6:543168/135‑1 (MQ=255)
atgCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGtaataa > 1:668047/1‑140 (MQ=255)
atgCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGtaataa > 5:516743/1‑140 (MQ=255)
atgCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGtaat < 4:156362/138‑1 (MQ=255)
atgCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACACCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGtaataa < 6:1044621/140‑1 (MQ=255)
gcgggCCCAAAAAAATAAA‑AC‑CGCT‑AA‑AGTCAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAg < 1:584690/137‑1 (MQ=255)
tGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATATCGTGAATCACGACGAAATACATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATAGTGCCTGGTGTTCGCCAGTATTAAAGat > 1:849056/1‑140 (MQ=255)
ggCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTTTTTCTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGata > 5:390310/1‑140 (MQ=255)
cgaccaaaaaaaaaaa‑aa‑CGCT‑AA‑AGGGAAAAAACACACGAAGACCCCGCAATTTCGTTAAGCAGGAAGAAATTCATTGTTTGGCGTGATGCTGATAATTATTGGGGGATCGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGata < 7:1007251/134‑1 (MQ=255)
gCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTTTTTGTCTTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGAGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGatat > 5:699708/1‑140 (MQ=255)
gCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGatat > 1:309283/1‑140 (MQ=255)
gCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGAGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGatat > 5:857266/1‑140 (MQ=255)
cgcccAAAAAATAAA‑AATCTCT‑AA‑AGTTAAAAACAAAAACAAGACTGCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTTATAAAGa < 3:328566/136‑1 (MQ=255)
ccccAAAAAATAAACAA‑CGAT‑AT‑GTTCAAACAACTAAACAAGACTCCCCAATTGAGTGAATCAGTACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGTAGGGAGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGatat < 5:147060/140‑1 (MQ=255)
ccccAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGATGTTCGCCAGTAATAAAGata > 4:377958/1‑138 (MQ=255)
cccAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATTGTGCCTGGTGGTCGCCAGTAATAAAGatat > 3:982057/1‑138 (MQ=255)
cccAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGatat > 3:489971/1‑138 (MQ=255)
cAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑CGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTg < 4:605325/138‑1 (MQ=255)
aaaaaaaaaaa‑aa‑CTCT‑AA‑TCTCAAAAAACAAAACAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCa < 5:1052612/139‑1 (MQ=255)
aaaaaaaTAAA‑AA‑CTCT‑AA‑TGTTAAAAAAAAACAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCa < 5:500638/139‑1 (MQ=255)
caaaaTAAA‑AA‑CCCTCAATAGTGAAAAACCAACAGAAGACTCCCCAATTTCGTGAATCAGGACGAACTTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTg < 3:838950/137‑1 (MQ=255)
aaaaTAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCAt > 4:605870/1‑138 (MQ=255)
aaTAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCAt < 8:973718/140‑1 (MQ=255)
aaaa‑aa‑CCCA‑AA‑ACTCAAAAAACAAACGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAAGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCAtct < 8:479237/139‑1 (MQ=255)
a‑aa‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCAtctc < 4:522550/138‑1 (MQ=255)
ccccGCA‑AA‑AGTCAAAAACCAACAGAAGACTCCGCAATTTCGTGACTCAGCACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGAAGGTGCCTGGTGTTCGCCATTAATAAAGATATTGCATTCAtctc < 3:624145/135‑1 (MQ=255)
aacctcT‑AA‑AGGTAAAAAACAAAAGAAGACTCCTCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTcaa < 6:723286/135‑1 (MQ=255)
accGCT‑AA‑CGTGAAAAAACAAAAGCAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTcaac < 6:75886/138‑1 (MQ=255)
cT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCCTTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGGGCCTGGTGTTCGGCTGTAATAAAGATATTGCAGTCATCTCAACAatt > 5:440190/1‑140 (MQ=255)
aa‑aGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCTTTCATCTCAACAattat < 6:412115/140‑1 (MQ=255)
aa‑aGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTCAACAatt > 3:366321/1‑138 (MQ=255)
aatgTGAAAAAACAAACCAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTCAACAattat < 2:702385/137‑1 (MQ=255)
aaaaaCAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTCAACAATTATTGGGTTa > 7:714832/1‑140 (MQ=255)
aaaaaCAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGAGAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTCAACAATTATTGGGttt > 7:572229/1‑139 (MQ=255)
aaaCAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCAGCTCAACAATTATTGGGttt > 4:884829/1‑137 (MQ=255)
aaaGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGACTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTCAACAATTATTGGGTTAATTGATc > 1:654810/1‑140 (MQ=255)
agaagaCTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTCAACAATTATTGGGTTAATTGATCAt < 8:721741/140‑1 (MQ=255)
agaagaCTCCGCAATTTCGTGAAACAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTCACTGGAGTTCGCAAGGAATAAAGATATTGCATTCATCTCAACAATTATTGGGTTAATTGaaa > 4:279352/1‑136 (MQ=255)
|
GGTGTCGGTCGTTTGTTTTAGTTTATTTTTCGCAGCAATCTGCTGGCAGCGTCTCGCAGTAGTTTTTAATATGTGCCGCGTATTTCCTATGATGCTGGCCCCAAAAAATAAA‑AA‑CGCT‑AA‑AGTGAAAAAACAAAAGAAGACTCCGCAATTTCGTGAATCAGGACGAAATTCATTGTTTGTCGTGATGCTGATAATTATTGTGGGATGGTGCCTGGTGTTCGCCAGTAATAAAGATATTGCATTCATCTCAACAATTATTGGGTTAATTGATCAT > NZ_CP022686/1504238‑1504511
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
