Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F36 I0 R1
|
179 |
8076.5 |
8499890 |
98.3% |
8355391 |
135.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,014,291 |
G→T |
24.0% |
intergenic (+137/‑207) |
bolA → / → tig |
transcriptional regulator BolA/trigger factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,014,291 | 0 | G | T | 24.0%
| 117.2
/ 13.5
| 109 | intergenic (+137/‑207) | bolA/tig | transcriptional regulator BolA/trigger factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/47); new base T (2/26); total (29/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AAACGCATTTGCAACTGTCGGCGCTTTTCCAGTATGTTGCTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCC > NZ_CP022686/4014155‑4014429
|
aaaCGCATTTGCAACTGTCGGCGCTTTTCCAGTATGTTGCTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTGTTGTTTTGTGTGGATTTTTCGCTTTTTGCCCAGCATTAAGACCAAAAAAGCCCGGGAATTTTTaaa > 5:55281/1‑140 (MQ=255)
aaaCGCATTTGAAACTGTGGGCGCTTTTCCTTTTTGTTGCTAAAGATTTTATTAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGAATTCAGACTAAAATCGCCCGGTAATTGTGaaa < 3:853623/140‑1 (MQ=255)
cATTTGCAACTGTCGGCGCTTTTCCAGTATGTTGCTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTTCGCTTTTTGCCCAGCATTCCGACGAAAATCGCCAGGGAATTGTGAAAAAATa > 2:94231/1‑140 (MQ=255)
cATTTGCAACTGTCGGCGCTTTTCCAGTATGTTGCTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTGTTGTTTTGTCGGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGCCGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATa > 3:83886/1‑140 (MQ=255)
aCTTTCGCCGCTTTACCAGTATGTTGATAAAGATTTTATCAAAACCGGCGTGGGGGCTGTTTTTTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTTTGAAAAAATACGCGACAg < 4:229578/140‑1 (MQ=255)
aCTGTCGGCGCTTTTCCAGTATGTTGCTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAg < 4:30179/140‑1 (MQ=255)
tGTCGGGGCTTTACCATTATGTGGCTAAAGATTTTATTAAAACCGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGTAGTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATAGCCCGGGAATTGTTAAAAAATACGCGACAgcg < 2:811570/140‑1 (MQ=255)
tGTCGGCGCTTTTCCAGTATGTTGCTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCGGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAg < 8:871650/138‑1 (MQ=255)
tGTCGGCGCTTTTCCAGTATGTTGATAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAg < 8:183137/138‑1 (MQ=255)
ggCGCTTTTCCAGTATGTTGCTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTATGGATTTTGCGCTTTTTGACCAGCATTCAGACGAAAATAGCCCGGGAATTGTGATAAAATAAGCGACAgcgcgcc > 6:656985/1‑139 (MQ=255)
tttttCCATTTTTTTTATAAACATTTTATGAAAAACGGCCGGCGGGCGGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGATTTTTGCCCAGAATTCAGACTAAAATCGCCCGGGATTTGTCAAAAAATACGCGACAGCGCGCAAt < 7:518214/137‑1 (MQ=255)
tacgTTGATAAATATTAAATTAAACAGGGCATTCGGGCCTTTTTGTTTTGACTGGATTTTGCTCTTTTTGCCCTTCATTCAGACTAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCg < 3:823239/137‑1 (MQ=255)
tATGTTGATAAATATTTTATTAAAAAGGGCCTGGGGGCGGTTTTGTTTTGTCTGTATTTTGCTCTTTTTGCCCAGCTTGCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTtct < 7:134005/138‑1 (MQ=255)
tATGGTGCTAAAGATTTTTTGAAAACCGGCCTGCGGGCCTTTTTGGTTTGTCTTTATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGTAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCg < 3:256564/140‑1 (MQ=255)
tGTTGCTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGAc > 2:750503/1‑140 (MQ=255)
gtttGCTAAATTTTTATTCAAACCCGGCCTGCGGGGGGTTTTGTTTTGGCTGCATTTGCCGCTTTTGGCCCAGAATTCAGACTAAACTCGCCCGGTAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCg < 7:316855/136‑1 (MQ=255)
cTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTTCGCTTTTTGCCCAGCATTAAGACGAAAATGGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATa > 5:80860/1‑140 (MQ=255)
aaGATTTTAAGAAAAACGGCCTCCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGAGTTTGCGCTTTGTGCCCCGCATTCCCACGAAAATCGCCCCGGAAATGTGATAAAATACGCGACAGCGCGCAATTACCGATCACGCCTCATaaaa > 6:828914/1‑140 (MQ=255)
ttttATTAAAAACGGCCGGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGTATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACTAAAATCGCCCGGGAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGa < 2:290923/140‑1 (MQ=255)
ttttATGAAAAACGTCCTGCTGGCCGTTTTGTTTTTTCTGCATTTTGCGCTTTTTGCCCAGAATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGa < 2:985967/140‑1 (MQ=255)
ttttATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTGTTGGTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCCGCCGCAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGCCAGCGCGCAATAACCGTTCGCGACTCATAAAAgggg > 6:909544/1‑137 (MQ=255)
tttGAACAACGTCCGGCGGGCCGTTTTTTTTTGGCTGTTTTTTGCGGTTTTTGCCCCGCTTTCTTCCCTAATTCGCCCGGGATTTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGAt < 8:122461/136‑1 (MQ=255)
tttGAAAACCGGCCTGCGGGCCGTTTTTTTTTGTCTGTATTTTGCGCGTTTTGCCCAGCATTCACCCGAAATTCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGc < 4:134275/138‑1 (MQ=255)
tataAAAAACGGCCTGCGGGCGGTTTTGTTTTGTCTGGTTTTTGCGCGTTTTGCCCAGCATTCATACTAAAATCGCCCGGTAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGc < 1:870636/140‑1 (MQ=255)
tATTAATAACTGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGTATTTTGCGCTTTTTCCACAGCATTCTGAGTAAAATCGCCCGTTAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGAt < 8:290576/138‑1 (MQ=255)
tATTAAAACCGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATCCGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGc < 6:524489/140‑1 (MQ=255)
tATTAAAACCGGCCGTCGGGCTTTTTTGTTTTGACTGGATTTTGCGATTTTTGCCCAGCATTCAGACTAAAATCGCCCGGGAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGc < 3:358888/140‑1 (MQ=255)
tATTAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACTAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGc < 1:885750/140‑1 (MQ=255)
tATGAATAACGTCCTGCGGTCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGATTTTTTTGCCCAGCATTCATCAGAAAATCGACCGGGAATTGTTAAAATATTCGCGACAGAGCGGAATAACAGTTCTCGACTCATAAAATTGAt < 8:420265/138‑1 (MQ=255)
tATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGc < 4:620301/140‑1 (MQ=255)
tATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTGTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGGTCTCGCCTCATAAAAGTGATGc > 1:665008/1‑140 (MQ=255)
tATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGGGTTGTTTTGTATGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGAAATCAGAAGAAAATCGCCCGGGAATTGTTCAAAAATACGCGACAGCGCCCAATAACCGTTCTCGCCTCATAAAAGTGAt > 8:1002169/1‑138 (MQ=255)
aattaaaaaCGGCCTGCGGGGCGTTTTGTTTTGTCTGTATTTTGCGCTTTTTGCCAAGCATTATTACGAAAATCGCCGGGGATTTTTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGc < 5:868613/136‑1 (MQ=255)
aaTGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCATCCGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAAAACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGc < 5:167379/139‑1 (MQ=255)
ttaaaacCGGCCTGCGGGCCTTTTTGTTTTGTCTGGATTTGCCGCTTTTTGCCCAGAATTCAGACTAAAATCGCCCGGGAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCg < 6:295269/138‑1 (MQ=255)
ttaaaaaCGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCg < 3:681849/138‑1 (MQ=255)
tGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCg < 2:75285/140‑1 (MQ=255)
tGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGGCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCACAATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCg < 2:690711/140‑1 (MQ=255)
gccagggggCGGTTTTGTTGTGTTTGTTTTTGGCCCTTTTTCCCCCGCATCCAGACCAAAACCGCCCGGCAATTGTGAAAAAAAACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGc < 6:564771/134‑1 (MQ=255)
gcgggcggTTTTTTTTTTTATGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATACAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCcgcg < 5:971720/140‑1 (MQ=255)
gCGGTCAGTTTTGTTTTGTCGGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGAAGAAAATCGCCCGGGAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCcgcg < 4:246217/140‑1 (MQ=255)
gCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGTATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGTAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCcgcg < 1:941261/140‑1 (MQ=255)
gCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGTAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCcgcg < 5:607992/140‑1 (MQ=255)
cGTGTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATTCCGCGTCCTAt > 3:588228/1‑140 (MQ=255)
tgttttgtCTGGATTTTGCGCTTTTTGCACACCATTCAGACGAAACTCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTg < 8:748677/138‑1 (MQ=255)
ttttgtCGTGATTTTGCTCTTGTGCCCCTTCTTACAGAGTAATATAGCCCGGTAATTGTAAAAAAATACGCGACTGGGGGAAATAACCTTTCTCTAATTATAAATGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCATATTTGAATg < 4:981267/140‑1 (MQ=255)
gtCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGTTAATTTTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCttt < 4:796068/140‑1 (MQ=255)
gtCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCttt < 4:473281/140‑1 (MQ=255)
gtCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCttt < 6:416270/140‑1 (MQ=255)
ggtttttGCTTTTTTTGACCAGCATTCAGACTAAAATCGCCCGGGAATTTTTAAAAAATACGCGACAGGGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCggg < 3:285057/137‑1 (MQ=255)
ggATTTTGCGATTTTTGCCCAGAATTCTGACTATAATCGCCCGGGAATTGTTAAAAAATCCGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAATGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCggg < 3:289976/140‑1 (MQ=255)
tttttgGCGCTTTTTGCCAAGAATTCTGAGGAAAATCGCCCGTGAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATATAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGga < 3:825664/138‑1 (MQ=255)
aTTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGgat > 5:549042/1‑140 (MQ=255)
tttGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGATTGCTTTCGGgat > 8:834922/1‑138 (MQ=255)
tGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGAtt > 1:1033550/1‑140 (MQ=255)
tGCGCTTTTTGCCAAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGACTTTTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGAtt < 6:70375/140‑1 (MQ=255)
gcgcTTTTTGCCCAGCATTCAGACTAAAATCGCCCGGTATTTTTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTc < 5:339281/140‑1 (MQ=255)
gcgcTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTc > 1:65366/1‑140 (MQ=255)
gcgaTTTTGTCCAAGAATTGAGATTAAATTAGCCGGGTATTTGTAAAAAAATACGCGACTGCGCGAAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTTAATGCTTTCGGGATGATTc < 5:339285/140‑1 (MQ=255)
gcTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTc > 7:809163/1‑138 (MQ=255)
ttttGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCcgcg < 4:935867/107‑1 (MQ=255)
ttttGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCcgcg > 3:935867/1‑107 (MQ=255)
ttGCCCAGCATTCACACTAAAATCGCCGGGTATTTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAAc < 5:262350/140‑1 (MQ=255)
tGCCTATCATTCACACGAATATCGCACGGGATTTGTGAAAAAATCCGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACa < 6:196866/140‑1 (MQ=255)
tGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGTAATTGTTAAAAAATCCGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACa < 6:479674/140‑1 (MQ=255)
aaGCCTTCCGCCGAAAATCGCCCTGTTCTGGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAACAGTGATGCCGCTATAATGACGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGTGATGATGCTGGTACCAGGGa < 2:899228/139‑1 (MQ=255)
gCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAAt > 2:710751/1‑140 (MQ=255)
tCAGACTAAACTCGCCCGGTAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGtga < 2:1103797/140‑1 (MQ=255)
tCAGACTAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAAtgt < 8:738252/138‑1 (MQ=255)
tCAGACGAAAATCGCCCGGTAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAAtgt < 8:877139/138‑1 (MQ=255)
tCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAAACCGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAAtgt < 8:43237/138‑1 (MQ=255)
acAGACTAAAATCGCCCGGTAATTTTGAAAAAATACGCGACAGAGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAAtgt < 7:175779/137‑1 (MQ=255)
aaccactaaaaTCGCCCGTGAATTGTTAAAAAATCCGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGTCTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGtga < 3:1063219/133‑1 (MQ=255)
aaaGACGAAAAGCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGtga < 3:115334/138‑1 (MQ=255)
ctcactaaaaGCGCCCGGTTATTGTCAAAAATAACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAAtgtg < 7:688572/132‑1 (MQ=255)
catactaaaaGCGCCAGGGATTTGTCAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATTACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGTTTCTGGTAACAGGGAATGtgat < 1:1015829/134‑1 (MQ=255)
cAGACTAAAATCGCCCGTGAATTGTGAAAAAATCCGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGtgat < 1:617502/140‑1 (MQ=255)
cAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGtgat < 2:797937/140‑1 (MQ=255)
aGACTAAATTCGCCCGGGAATTGTTAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGtgatt < 5:814593/140‑1 (MQ=255)
cactaaaaTCGCCCGGGAATTGGGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGtgattg < 2:225641/136‑1 (MQ=255)
aaaaTCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATAAGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATta > 4:109527/1‑140 (MQ=255)
aaaTCGCCCGGGATTTGTGAAAAAAAACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTgattgatt < 7:795884/138‑1 (MQ=255)
actCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACATCGAGAAATAACCGTTCTCGAATCATAAAATTAATGACGCTATAATCCCTCGGACTATTTGAATGATTACTGTATTATACAGGTAACAGGTAATTTGAATGATtata > 4:74315/3‑140 (MQ=255)
aTCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATaa < 4:343340/140‑1 (MQ=255)
tCGCCGGTGATTTGTTAAAAAATCCGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAg < 1:902467/140‑1 (MQ=255)
tCGCCGGTGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAg < 6:562362/140‑1 (MQ=255)
ccGCCGGGTAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAg < 1:477621/139‑1 (MQ=255)
ccGCCCGGGAATGCGTAACAAATACGAGACAGCGCTCAATAACCGTTCTCGCCTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGAGTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAg < 1:477615/139‑1 (MQ=255)
gCCCGGTAATTGTCAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAg < 7:923434/138‑1 (MQ=255)
gCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGaa < 4:964580/140‑1 (MQ=255)
ccccTGGAATTGTTAAAAAAACCGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCTCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGaa < 6:1030194/139‑1 (MQ=255)
cccGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGACGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATTTGATTGATTATAAGAAc > 5:429952/1‑140 (MQ=255)
cGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAAc > 7:959219/1‑138 (MQ=255)
cGGGAATAGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAAc > 7:472816/1‑138 (MQ=255)
ggAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATcc > 3:13405/1‑140 (MQ=255)
tttGTCAAAAAATCCGCGACATCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCgg < 4:383963/139‑1 (MQ=255)
tgtgAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGga < 2:1061251/93‑1 (MQ=255)
tgtgAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGga > 1:1061251/1‑93 (MQ=255)
tgAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGACGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTcc > 6:1032822/1‑140 (MQ=255)
tgAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTATCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTcc > 5:51817/1‑140 (MQ=255)
|
AAACGCATTTGCAACTGTCGGCGCTTTTCCAGTATGTTGCTAAAGATTTTATGAAAAACGGCCTGCGGGCCGTTTTGTTTTGTCTGGATTTTGCGCTTTTTGCCCAGCATTCAGACGAAAATCGCCCGGGAATTGTGAAAAAATACGCGACAGCGCGCAATAACCGTTCTCGACTCATAAAAGTGATGCCGCTATAATGCCGCGTCCTATTTGAATGCTTTCGGGATGATTCTGGTAACAGGGAATGTGATTGATTATAAGAACATCCCGGTTCC > NZ_CP022686/4014155‑4014429
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
