Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F3 I160 R1
|
220 |
104.1 |
6051714 |
95.9% |
5803593 |
84.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
NZ_CP009273 |
1,659,576 |
T→C |
F14S (TTC→TCC) |
clcB → |
voltage‑gated ClC‑type chloride channel ClcB |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | NZ_CP009273 | 1,659,576 | 0 | T | C | 100.0%
| 215.8
/ NA
| 58 | F14S (TTC→TCC) | clcB | voltage‑gated ClC‑type chloride channel ClcB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (35/23); total (35/23) |
CTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGT > NZ_CP009273/1659489‑1659662
|
ctTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTccc < 1:2156005/90‑1 (MQ=255)
gCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGt > 1:2095841/1‑90 (MQ=255)
ccGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTc < 2:918887/90‑1 (MQ=255)
ccGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTc < 2:2323735/90‑1 (MQ=255)
cAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCTATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGc < 2:2709437/90‑1 (MQ=255)
aaaaTAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCt > 2:617110/1‑90 (MQ=255)
aaaTAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCtt < 2:77077/90‑1 (MQ=255)
cGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCaa < 2:1836148/90‑1 (MQ=255)
gCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAAc < 2:912132/90‑1 (MQ=255)
gCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAAc < 1:15797/90‑1 (MQ=255)
ccGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAg > 1:2539298/1‑90 (MQ=255)
gtgtTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAgtc < 2:679450/90‑1 (MQ=255)
gtgtTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAgtc > 1:2353312/1‑90 (MQ=255)
aTTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTa > 2:287483/1‑90 (MQ=255)
gCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATtc > 1:2655918/1‑90 (MQ=255)
cATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTcg < 1:1017799/90‑1 (MQ=255)
gCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCtt > 2:607205/1‑90 (MQ=255)
gCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCtt > 2:1666741/1‑90 (MQ=255)
gCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCtt > 2:1533420/1‑90 (MQ=255)
gCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCtt > 1:135965/1‑90 (MQ=255)
tGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAgtcg > 2:171765/1‑66 (MQ=255)
tGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAgtcg < 1:171765/66‑1 (MQ=255)
tGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTttgccg > 2:912903/1‑90 (MQ=255)
gCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTttgccgt < 1:1653412/90‑1 (MQ=255)
catcTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTttgccgttgcc > 1:2636499/1‑90 (MQ=255)
cTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCggg > 2:872012/1‑90 (MQ=255)
cacaTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGttt < 1:234235/90‑1 (MQ=255)
cacaTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGttt < 2:1086562/90‑1 (MQ=255)
acaTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGGATTCTCGCGTCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTc > 2:2807282/1‑90 (MQ=255)
caTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCg > 1:1505830/1‑90 (MQ=255)
caTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCg > 2:674001/1‑90 (MQ=255)
caTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCg > 1:1431030/1‑90 (MQ=255)
aTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAAc > 2:478064/1‑47 (MQ=255)
aTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAAc < 1:478064/47‑1 (MQ=255)
aTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGt > 2:836698/1‑90 (MQ=255)
aTCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGt > 2:119382/1‑90 (MQ=255)
tCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTc > 1:2700649/1‑90 (MQ=255)
tCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTc > 1:905314/1‑90 (MQ=255)
tCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTc > 1:702679/1‑90 (MQ=255)
cTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCa > 2:2649063/1‑90 (MQ=255)
tATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACC‑TCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATg > 2:2917722/1‑90 (MQ=255)
aTCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATg > 1:153136/1‑90 (MQ=255)
aTCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATg > 1:2145283/1‑90 (MQ=255)
gATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGAtg > 1:2745964/1‑90 (MQ=255)
gATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGAtg < 1:2584690/90‑1 (MQ=255)
tCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGAtgct < 2:407822/90‑1 (MQ=255)
tCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGAtgct < 1:2209402/90‑1 (MQ=255)
tCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGAtgct < 1:674001/90‑1 (MQ=255)
gcgcACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCggg < 2:1604698/70‑1 (MQ=255)
gcgcACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCggg > 1:1604698/1‑70 (MQ=255)
gcgcACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATgctgct > 2:1274260/1‑90 (MQ=255)
gcgcACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATgctgct > 1:2902849/1‑90 (MQ=255)
gcgcACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGCATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATgctgct > 1:2056902/1‑90 (MQ=255)
cACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACt < 2:856529/90‑1 (MQ=255)
cACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACt < 1:2994148/90‑1 (MQ=255)
aTGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAg < 2:2700649/90‑1 (MQ=255)
aTGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAg > 2:2113151/1‑90 (MQ=255)
aTGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAg > 1:642326/1‑90 (MQ=255)
tGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGt < 1:887502/90‑1 (MQ=255)
|
CTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGT > NZ_CP009273/1659489‑1659662
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGTGGTTGTTCCT > NZ_CP009273/1659479‑1659672
|
CGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCC < SRR3722030.1378197/100‑1 (MQ=60)
CGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGCCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCCTCATCTCCCCATCTCTCCGCATCTGCGCACTACGTCCC < SRR3722030.2951182/100‑1 (MQ=60)
GCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCAC < SRR3722030.1917494/100‑1 (MQ=60)
GCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCAC < SRR3722030.2675281/100‑1 (MQ=60)
caccgagatctacactggccatgtcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacaGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCG < SRR3722030.2687909/45‑1 (MQ=60)
TGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCG < SRR3722030.1213831/100‑1 (MQ=60)
GGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGT > SRR3722030.2133171/1‑100 (MQ=60)
TCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGC < SRR3722030.3050523/100‑1 (MQ=60)
CTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCT < SRR3722030.2194628/100‑1 (MQ=60)
AAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAG > SRR3722030.2585808/1‑100 (MQ=60)
ATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTC > SRR3722030.2396085/1‑100 (MQ=60)
tcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagTCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGT < SRR3722030.485352/67‑1 (MQ=60)
GCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGT < SRR3722030.16061/100‑1 (MQ=60)
GGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGctgtctcttatacacatctgacgctgcc > SRR3722030.733882/1‑72 (MQ=60)
GTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTC > SRR3722030.2704827/1‑100 (MQ=60)
tgtataagagacagTTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCT < SRR3722030.174248/86‑1 (MQ=60)
gatctacactggccatgtcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagCTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCC < SRR3722030.165317/50‑1 (MQ=60)
GCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgacatggc > SRR3722030.1244810/1‑61 (MQ=60)
GCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTT > SRR3722030.137932/1‑100 (MQ=60)
CATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGC < SRR3722030.1033177/100‑1 (MQ=60)
GCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCC > SRR3722030.2685027/1‑100 (MQ=60)
GCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTT < SRR3722030.1680250/100‑1 (MQ=60)
ATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCG > SRR3722030.1530044/1‑100 (MQ=60)
ATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCG > SRR3722030.1453705/1‑100 (MQ=60)
CATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTC > SRR3722030.919212/1‑100 (MQ=60)
CATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTC > SRR3722030.2750514/1‑100 (MQ=60)
CATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTC > SRR3722030.713536/1‑100 (MQ=60)
TCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCtgtctcttatacacatctgacgctgccgacgacatggccagtgtagatctcggtggtcgccg > SRR3722030.1619064/1‑38 (MQ=60)
CTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCtgtctcttatacacatctgacgctgccgacgacatggccagtgtagatctcggtggtcgccgt > SRR3722030.384590/1‑37 (MQ=60)
CTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATG > SRR3722030.2183654/1‑100 (MQ=60)
CTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATG > SRR3722030.155344/1‑100 (MQ=60)
CACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGA < SRR3722030.237586/100‑1 (MQ=60)
CATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATG > SRR3722030.2796667/1‑100 (MQ=60)
ATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCtgtctctta > SRR3722030.1630720/1‑91 (MQ=60)
ATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCT > SRR3722030.2956385/1‑100 (MQ=60)
ATCCGGATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGCATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCT > SRR3722030.2093374/1‑100 (MQ=60)
GATCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGG < SRR3722030.2632101/100‑1 (MQ=60)
gacagGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAG < SRR3722030.475964/95‑1 (MQ=60)
TCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAG < SRR3722030.2249160/100‑1 (MQ=60)
TCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAG < SRR3722030.684436/100‑1 (MQ=60)
TCTGCGCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAG > SRR3722030.652286/1‑100 (MQ=60)
GCTCACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCTCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTACCGTTCCCGGGTTTCGTCCTGCGATGCTGCTACTGGAGTGG > SRR3722030.2501457/1‑100 (MQ=60)
CACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGTGGTTG < SRR3722030.3049296/100‑1 (MQ=60)
CACTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATACGATGCTGCTACTGGAGTGGTTG > SRR3722030.1003865/1‑100 (MQ=60)
CTATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGTGGTTGTT > SRR3722030.1144993/1‑100 (MQ=60)
ATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCctgtctcttatacacatctgacgctgccgacga > SRR3722030.647660/1‑67 (MQ=60)
ATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGGGATGCTGCTACTGGAGTGGTTGTTCC > SRR3722030.3013134/1‑100 (MQ=60)
ATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGctgtctcttata > SRR3722030.2784197/1‑88 (MQ=60)
ATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGTGGctgtctc > SRR3722030.2134879/1‑93 (MQ=60)
ATGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGTGGTTGTTCC > SRR3722030.2965313/1‑100 (MQ=60)
TGTCCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGTGGTTGTTCCT < SRR3722030.901114/100‑1 (MQ=60)
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CGGCTGGCCTCTTTTGCCGCAAAATAGTCGCCCGTGTTTCATTGCCCATTTCTGCTCATGCATCATCTACACATCTATCCGGATCTGCGCACTATGTTCCACCGTCTGCTTATCGCAACAGTCGTCGGTATTCTCGCGGCCTTTGCCGTTGCCGGGTTTCGTCATGCGATGCTGCTACTGGAGTGGTTGTTCCT > NZ_CP009273/1659479‑1659672
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |