Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I227 R1
|
223 |
21.3 |
1167702 |
97.0% |
1132670 |
86.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
2,131,004 |
A→G |
intergenic (‑280/‑379) |
wza ← / → yegH |
polysaccharide export protein Wza/TerC family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 2,131,004 | 0 | A | G | 100.0%
| 51.5
/ NA
| 17 | intergenic (‑280/‑379) | wza/yegH | polysaccharide export protein Wza/TerC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (10/7); total (10/7) |
TTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGG > NZ_CP009273/2130923‑2131088
|
tttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACt < 2:316488/90‑1 (MQ=255)
tGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGAc > 1:132371/1‑90 (MQ=255)
gATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACa > 1:315410/1‑90 (MQ=255)
gATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACa > 2:403296/1‑90 (MQ=255)
aaTTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAAt > 1:520260/1‑90 (MQ=255)
cacCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTg < 1:233763/90‑1 (MQ=255)
tctcAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCttt < 2:580063/90‑1 (MQ=255)
aTGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCaataa > 1:475755/1‑90 (MQ=255)
aTGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCaataa > 1:372892/1‑90 (MQ=255)
aTGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTAAGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCaataa > 1:425951/1‑90 (MQ=255)
cAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGc < 2:3912/90‑1 (MQ=255)
tgatgaGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAggagga > 1:475228/1‑90 (MQ=255)
atgaGAAAGGGTTATTACGGGAATTACCTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAg < 2:286662/90‑1 (MQ=255)
aaGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTAc > 1:121731/1‑90 (MQ=255)
ttattaCGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTa > 1:373739/1‑90 (MQ=255)
attaCGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAAc < 2:373739/90‑1 (MQ=255)
taCGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACgg < 2:315410/90‑1 (MQ=255)
|
TTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGG > NZ_CP009273/2130923‑2131088
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTA > NZ_CP009273/2130930‑2131084
|
ACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGAC > SRR3722111.134035/1‑100 (MQ=60)
CCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACA > SRR3722111.319556/1‑100 (MQ=60)
GATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAAT > SRR3722111.528390/1‑100 (MQ=60)
CACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAAT < SRR3722111.236558/100‑1 (MQ=60)
CCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAA > SRR3722111.378185/1‑100 (MQ=60)
CCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAA > SRR3722111.483037/1‑100 (MQ=60)
CCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTAAGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAA > SRR3722111.432275/1‑100 (MQ=60)
ATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGA > SRR3722111.482498/1‑100 (MQ=60)
GTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTAC > SRR3722111.123258/1‑100 (MQ=60)
TGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTA > SRR3722111.379049/1‑100 (MQ=60)
|
ACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTA > NZ_CP009273/2130930‑2131084
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
