Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I200 R1
|
216 |
30.8 |
1683622 |
97.2% |
1636480 |
87.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
2,131,004 |
A→G |
intergenic (‑280/‑379) |
wza ← / → yegH |
polysaccharide export protein Wza/TerC family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 2,131,004 | 0 | A | G | 89.7%
| 71.4
/ 3.0
| 29 | intergenic (‑280/‑379) | wza/yegH | polysaccharide export protein Wza/TerC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/3); new base G (11/15); total (11/18) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.82e-01 |
TGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACG > NZ_CP009273/2130917‑2131087
|
tGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGgaa > 1:809085/1‑90 (MQ=255)
tttttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTaa < 1:314914/90‑1 (MQ=255)
cAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAatat < 1:517772/90‑1 (MQ=255)
cacTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGt < 2:830810/90‑1 (MQ=255)
cacTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGt < 2:307822/90‑1 (MQ=255)
cacTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGt < 2:289304/90‑1 (MQ=255)
cacTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGt < 1:709925/90‑1 (MQ=255)
cacTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGt < 1:120098/90‑1 (MQ=255)
acTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTg < 1:397340/90‑1 (MQ=255)
gATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACa > 2:281034/1‑90 (MQ=255)
tttAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGt < 1:709466/90‑1 (MQ=255)
ttAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTa > 1:623933/1‑90 (MQ=255)
ttAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTa < 2:553120/90‑1 (MQ=255)
aaTTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAAt > 1:387566/1‑90 (MQ=255)
tttCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGaa > 1:402330/1‑90 (MQ=255)
cacCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTg < 1:435775/90‑1 (MQ=255)
tctcAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCttt < 1:657660/90‑1 (MQ=255)
tcAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTcc < 2:272394/90‑1 (MQ=255)
gCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCaat < 1:310767/90‑1 (MQ=255)
gCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCgat < 1:512455/90‑1 (MQ=255)
gCAGTCGTTGATGAGGAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATg > 1:196221/1‑90 (MQ=255)
gCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATg > 2:380766/1‑90 (MQ=255)
cAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGc > 2:534048/1‑90 (MQ=255)
tCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCagg > 2:758806/1‑90 (MQ=255)
gTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCaggag < 2:551398/90‑1 (MQ=255)
tgatgaGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCaggagca > 2:495975/1‑88 (MQ=255)
tgatgaGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAggagga > 2:791212/1‑90 (MQ=255)
atgaGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAg < 1:534048/90‑1 (MQ=255)
attaCGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTGTGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAAc < 1:319267/90‑1 (MQ=255)
ttaCGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACg > 1:178193/1‑90 (MQ=255)
|
TGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACG > NZ_CP009273/2130917‑2131087
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGA > NZ_CP009273/2130907‑2131102
|
CTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAA > SRR3722079.817767/1‑100 (MQ=60)
TTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATA < SRR3722079.317459/100‑1 (MQ=60)
CAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACAT < SRR3722079.522536/100‑1 (MQ=60)
CACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGG < SRR3722079.121084/100‑1 (MQ=60)
CACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGG < SRR3722079.717464/100‑1 (MQ=60)
ACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGT < SRR3722079.400670/100‑1 (MQ=60)
CTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTA > SRR3722079.630293/1‑100 (MQ=60)
GATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAAT > SRR3722079.390762/1‑100 (MQ=60)
TAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAA > SRR3722079.405731/1‑100 (MQ=60)
TTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATAT < SRR3722079.717000/100‑1 (MQ=60)
CACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAAT < SRR3722079.439557/100‑1 (MQ=60)
CTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGGAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATG > SRR3722079.197912/1‑100 (MQ=60)
TCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGC < SRR3722079.664483/100‑1 (MQ=60)
GCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAG < SRR3722079.313294/100‑1 (MQ=60)
GCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCGATAATGCAGGAG < SRR3722079.517131/100‑1 (MQ=60)
ATGAGAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCT < SRR3722079.539048/100‑1 (MQ=60)
GAAAGGGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACG > SRR3722079.179748/1‑100 (MQ=60)
GGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATA > SRR3722079.503316/1‑100 (MQ=60)
GGTTATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATA > SRR3722079.437473/1‑100 (MQ=60)
ATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTGTGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAG < SRR3722079.321835/100‑1 (MQ=60)
ATTACGGGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAG > SRR3722079.608287/1‑100 (MQ=60)
GGAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGA > SRR3722079.482653/1‑100 (MQ=60)
|
CTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGTAATTGAATATTGGCTTTCCAATAATGCAGGAGGAAGTGTTACAGCTAACGGAATAGCAGGCAAGA > NZ_CP009273/2130907‑2131102
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
