Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F5 I175 R1
|
328 |
64.7 |
2582366 |
96.2% |
2484236 |
120.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
484,563 |
G→A |
A858T (GCG→ACG) |
mscK → |
mechanosensitive channel MscK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 484,563 | 0 | G | A | 95.8%
| 257.6
/ 0.6
| 72 | A858T (GCG→ACG) | mscK | mechanosensitive channel MscK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (36/33); total (37/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 |
ATCACCGTGTTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGT > NZ_CP009273/484431‑484695
|
aTCACCGTGTTCAGCTATCTCGACAGAATCACGATCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGa > 1:620088/1‑139 (MQ=255)
aCCGTGTTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGAtt < 1:776793/138‑1 (MQ=255)
gtgtTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGc > 2:1263275/1‑138 (MQ=255)
gtgtTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCa < 1:565408/139‑1 (MQ=255)
ttCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAAc < 1:970214/138‑1 (MQ=255)
cTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAAcctgcct > 1:727718/1‑139 (MQ=255)
tctcGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGt > 2:1057312/1‑139 (MQ=255)
cATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTgg > 2:873450/1‑137 (MQ=255)
aTCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAg > 2:978408/1‑139 (MQ=255)
aTCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAg > 2:802892/1‑139 (MQ=255)
cGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCt > 2:1288056/1‑139 (MQ=255)
gCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTg < 1:849248/139‑1 (MQ=255)
tGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACt < 2:420245/125‑1 (MQ=255)
tGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACt > 1:420245/1‑125 (MQ=255)
tGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGc > 1:938209/1‑139 (MQ=255)
tACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTcgc > 2:313020/1‑139 (MQ=255)
tACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTcgc > 1:503833/1‑139 (MQ=255)
tACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTcgc > 1:1221537/1‑139 (MQ=255)
aCGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACt < 1:978408/139‑1 (MQ=255)
aCGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACt > 1:689051/1‑139 (MQ=255)
ggCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTg > 1:1126348/1‑138 (MQ=255)
aCTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAata < 1:873450/139‑1 (MQ=255)
aGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATgcgc < 2:144171/139‑1 (MQ=255)
ggCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAgg > 2:1112955/1‑139 (MQ=255)
ggCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAgg > 2:84287/1‑139 (MQ=255)
gcTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGgcg < 2:503833/139‑1 (MQ=255)
gcTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGgcg < 2:1221537/139‑1 (MQ=255)
cGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGcgcg < 2:620088/137‑1 (MQ=255)
ggtggtGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGcgtcg < 2:283540/139‑1 (MQ=255)
gtgAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTAt < 1:142092/138‑1 (MQ=255)
gtgAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTAt < 2:1152463/138‑1 (MQ=255)
aaaaCGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCAt < 1:1074041/139‑1 (MQ=255)
aaaaCGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCAt < 1:1263275/139‑1 (MQ=255)
aaaCGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCa < 1:768153/68‑1 (MQ=255)
aaaCGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCa > 2:768153/1‑68 (MQ=255)
aaaCGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCAt > 2:158465/1‑138 (MQ=255)
gTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATtacta < 1:84287/139‑1 (MQ=255)
gTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATtacta < 2:671675/139‑1 (MQ=255)
tCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATtactac < 1:1057312/139‑1 (MQ=255)
tCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATtactac > 1:125592/1‑139 (MQ=255)
tCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTa > 2:384261/1‑138 (MQ=255)
tCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTAc < 2:727718/139‑1 (MQ=255)
cTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTAca > 2:1184289/1‑139 (MQ=255)
ttgttTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTAcat < 1:720513/137‑1 (MQ=255)
tgttTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTAcatcat > 2:185164/1‑139 (MQ=255)
tGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCattatt > 2:1276508/1‑139 (MQ=255)
tGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCattat < 1:384261/138‑1 (MQ=255)
gCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTAcat > 2:535550/1‑131 (MQ=255)
gCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTAcat < 1:535550/131‑1 (MQ=255)
ttATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGcgcg > 2:146838/1‑95 (MQ=255)
ttATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGcgcg < 1:146838/95‑1 (MQ=255)
ttATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGt > 1:992181/1‑139 (MQ=255)
tCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTgg > 1:1183803/1‑139 (MQ=255)
aTGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGa < 2:689051/139‑1 (MQ=255)
aTGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGa < 1:1288056/139‑1 (MQ=255)
aTGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGa < 2:667551/139‑1 (MQ=255)
aTGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGa < 1:1112955/139‑1 (MQ=255)
tggtggCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGAc > 1:78700/1‑139 (MQ=255)
tggtggCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGAc > 1:35330/1‑139 (MQ=255)
gtggCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACg < 2:1183803/138‑1 (MQ=255)
tggCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGctct > 2:1149876/1‑54 (MQ=255)
tggCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGctct < 1:1149876/54‑1 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATtacta < 1:237663/94‑1 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATtacta > 2:237663/1‑94 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTAcat < 2:652224/110‑1 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTAcat > 1:652224/1‑110 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCattat > 2:1046946/1‑116 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCattat < 1:1046946/116‑1 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGa < 2:57041/133‑1 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGa > 1:57041/1‑133 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGgtgt > 2:1262768/1‑139 (MQ=255)
gCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGgtgt > 2:1113628/1‑139 (MQ=255)
|
ATCACCGTGTTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGT > NZ_CP009273/484431‑484695
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATTTGGTCCGATTTGATCACCGTGTTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGTTCGGATCGCTGGGCGTCT > NZ_CP009273/484416‑484713
|
agcagaagacggcatacgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGT < SRR3722129.822151/88‑1 (MQ=60)
GGTCCGATTTGATCACCGTGTTCAGCTATCTCGACAGAATCACGATCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGAT > SRR3722129.629304/1‑151 (MQ=60)
CACCGTGTTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCC < SRR3722129.788056/150‑1 (MQ=60)
ACCGTGTTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTG > SRR3722129.738372/1‑151 (MQ=60)
agaagacggcatacgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGT < SRR3722129.779321/90‑1 (MQ=60)
CGTGTTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGT < SRR3722129.573788/151‑1 (MQ=60)
GTTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTT < SRR3722129.983942/150‑1 (MQ=60)
GCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGctgt > SRR3722129.426367/1‑147 (MQ=60)
GCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCT > SRR3722129.951510/1‑151 (MQ=60)
CGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCG < SRR3722129.861387/151‑1 (MQ=60)
CGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCG > SRR3722129.1238544/1‑151 (MQ=60)
CGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCG > SRR3722129.511134/1‑151 (MQ=60)
CTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTG > SRR3722129.699216/1‑151 (MQ=60)
GGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGA > SRR3722129.1142045/1‑150 (MQ=60)
ttttttttcaagcagaagacggcatacgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAAT < SRR3722129.1165853/76‑1 (MQ=60)
AACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCC < SRR3722129.992249/151‑1 (MQ=60)
CACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGC < SRR3722129.885918/151‑1 (MQ=60)
gtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCAT < SRR3722129.148884/117‑1 (MQ=60)
GGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTAC < SRR3722129.144086/150‑1 (MQ=60)
GGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACC > SRR3722129.127303/1‑151 (MQ=60)
AAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCC < SRR3722129.1089092/151‑1 (MQ=60)
AAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCC < SRR3722129.1280834/151‑1 (MQ=60)
acgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCC < SRR3722129.1165924/101‑1 (MQ=60)
agtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAAC < SRR3722129.241045/117‑1 (MQ=60)
agattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAAC < SRR3722129.1301334/106‑1 (MQ=60)
CGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAAC < SRR3722129.85383/151‑1 (MQ=60)
GTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACT < SRR3722129.1072172/151‑1 (MQ=60)
GTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTT > SRR3722129.1006183/1‑151 (MQ=60)
GTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTG < SRR3722129.731077/149‑1 (MQ=60)
GTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTG < SRR3722129.543377/149‑1 (MQ=60)
GTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGT > SRR3722129.1200275/1‑151 (MQ=60)
gtataagagacaGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTG < SRR3722129.1061653/139‑1 (MQ=60)
TTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTG < SRR3722129.389880/150‑1 (MQ=60)
TATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACG > SRR3722129.79727/1‑151 (MQ=60)
TATCGCCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACG > SRR3722129.35768/1‑151 (MQ=60)
CCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGctgtctcttatacacatct > SRR3722129.661939/1‑132 (MQ=60)
CCTCAATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGTT > SRR3722129.57788/1‑151 (MQ=60)
AATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGTTCGGA < SRR3722129.1128488/151‑1 (MQ=60)
AATGGTGGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGTTCGGA < SRR3722129.1305897/151‑1 (MQ=60)
GGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGTTCGGATCGCTG > SRR3722129.1208855/1‑151 (MQ=60)
GGCCTGGACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGTTCGGATCGCTG > SRR3722129.4793/1‑151 (MQ=60)
ACGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGTTCGGATCGCTGGGCGTCT > SRR3722129.119472/1‑151 (MQ=60)
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ATTTGGTCCGATTTGATCACCGTGTTCAGCTATCTCGACAGCATCACGCTCTGGCATTACAACGGCACTGAAGCTGGCGCTGCGGTGGTGAAAAACGTCACCATGGGCAGTCTGTTGTTTGCGATTATCGCCTCAATGGTGGCCTGGGCGTTGATTCGCAACCTGCCTGGTTTACTGGAAGTGCTGGTGCTCTCGCGACTGAATATGCGCCAGGGCGCGTCGTATGCCATTACTACCATCCTTAACTACATCATTATTGCTGTTGGTGCGATGACGGTGTTCGGATCGCTGGGCGTCT > NZ_CP009273/484416‑484713
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
