Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F5 I175 R1
|
328 |
64.7 |
2582366 |
96.2% |
2484236 |
120.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
4,616,725 |
C→T |
L333L (CTG→TTG) |
radA → |
DNA repair protein RadA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 4,616,725 | 0 | C | T | 98.7%
| 271.8
/ ‑3.9
| 74 | L333L (CTG→TTG) | radA | DNA repair protein RadA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (35/38); total (35/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-01 |
GCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACT > NZ_CP009273/4616597‑4616851
|
gcggcgATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGAGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACaaaa > 2:465326/1‑139 (MQ=255)
cggcgATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAAc > 1:1075881/1‑139 (MQ=255)
cggcgATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAAc > 2:243861/1‑139 (MQ=255)
aGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCa < 1:1257739/139‑1 (MQ=255)
aCCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGaa < 2:120098/120‑1 (MQ=255)
aCCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGaa > 1:120098/1‑120 (MQ=255)
aCCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATcc > 1:1034070/1‑139 (MQ=255)
cTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCctg > 2:808067/1‑139 (MQ=255)
ggTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 1:299364/139‑1 (MQ=255)
ggTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 2:428681/139‑1 (MQ=255)
gTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctggc > 2:1276121/1‑139 (MQ=255)
aGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTg < 1:194269/139‑1 (MQ=255)
aGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTg < 1:1276121/139‑1 (MQ=255)
tGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCa > 1:119431/1‑139 (MQ=255)
tGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCa > 1:982480/1‑139 (MQ=255)
tGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCa < 2:119431/139‑1 (MQ=255)
aTGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 1:1200159/138‑1 (MQ=255)
aTGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 1:808067/138‑1 (MQ=255)
gtggtATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGt > 1:1238201/1‑138 (MQ=255)
gtATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTgg < 1:1118762/109‑1 (MQ=255)
gtATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTgg > 2:1118762/1‑109 (MQ=255)
gtATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACg < 2:923726/139‑1 (MQ=255)
tATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACgg < 1:229180/139‑1 (MQ=255)
aTGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 2:490132/119‑1 (MQ=255)
aTGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg > 1:490132/1‑119 (MQ=255)
ggaaggaaCGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACggtggt < 1:243861/139‑1 (MQ=255)
ggaaggaaCGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACggtggt < 1:540351/139‑1 (MQ=255)
aggaaCGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGTCGCTGGTCGATCACTAGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTg > 1:582021/1‑139 (MQ=255)
gTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGc < 1:713771/139‑1 (MQ=255)
gTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGc < 2:673096/139‑1 (MQ=255)
aCTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:887962/139‑1 (MQ=255)
aCTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:923795/139‑1 (MQ=255)
aCTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:1093443/139‑1 (MQ=255)
ctgctgGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt > 1:560251/1‑138 (MQ=255)
gtggAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtg > 1:1133247/1‑139 (MQ=255)
gaTTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGttt > 2:227945/1‑139 (MQ=255)
aGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCg > 2:588981/1‑67 (MQ=255)
aGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCg < 1:588981/67‑1 (MQ=255)
tGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGt > 2:834255/1‑139 (MQ=255)
tCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTcgg < 2:560251/139‑1 (MQ=255)
aTCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTg > 1:892421/1‑80 (MQ=255)
aTCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTg < 2:892421/80‑1 (MQ=255)
aTCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACg < 1:1108055/90‑1 (MQ=255)
aTCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACg > 2:1108055/1‑90 (MQ=255)
aCTCGGTGATGGCGATCCCGCGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAGACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTGACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGt < 2:1133247/139‑1 (MQ=255)
cTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg > 2:518529/1‑68 (MQ=255)
cTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 1:518529/68‑1 (MQ=255)
cGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTg > 1:643350/1‑137 (MQ=255)
gatgatGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAg > 2:999716/1‑139 (MQ=255)
atgatgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAgg < 2:634381/139‑1 (MQ=255)
atgatgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAgg < 1:628393/139‑1 (MQ=255)
atgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTTGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgtg > 1:1128416/1‑108 (MQ=255)
atgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGAtgtg < 2:1128416/108‑1 (MQ=255)
tgGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAAc < 1:834255/139‑1 (MQ=255)
cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 2:986432/68‑1 (MQ=255)
cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 2:36137/68‑1 (MQ=255)
cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc > 1:986432/1‑68 (MQ=255)
cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc > 1:36137/1‑68 (MQ=255)
cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCg > 1:770120/1‑93 (MQ=255)
cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCg < 2:770120/93‑1 (MQ=255)
cGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCg > 2:1261032/1‑138 (MQ=255)
gcgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGa < 1:1198929/139‑1 (MQ=255)
gcgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGa < 2:671313/139‑1 (MQ=255)
cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg > 1:1149866/1‑44 (MQ=255)
cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTgctgg < 2:1149866/44‑1 (MQ=255)
cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc < 1:948414/55‑1 (MQ=255)
cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAc > 2:948414/1‑55 (MQ=255)
cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt > 2:593207/1‑82 (MQ=255)
cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGAt < 1:593207/82‑1 (MQ=255)
cgTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGAc > 1:228423/1‑139 (MQ=255)
gTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACt > 1:1278099/1‑139 (MQ=255)
gTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACt > 1:733110/1‑139 (MQ=255)
tGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGc < 2:434522/76‑1 (MQ=255)
tGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGc > 1:434522/1‑76 (MQ=255)
|
GCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACT > NZ_CP009273/4616597‑4616851
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGT > NZ_CP009273/4616581‑4616873
|
GCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAAC < SRR3722129.790698/151‑1 (MQ=60)
GCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAAC < SRR3722129.400914/151‑1 (MQ=60)
GCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAAC < SRR3722129.167953/151‑1 (MQ=60)
TTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACC > SRR3722129.1090955/1‑151 (MQ=60)
TTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAAC < SRR3722129.961346/150‑1 (MQ=60)
TTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAAC < SRR3722129.912025/150‑1 (MQ=60)
TTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAAC < SRR3722129.620293/150‑1 (MQ=60)
cagaagacggcatacgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCC < SRR3722129.597691/89‑1 (MQ=60)
GCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTctgtctctt > SRR3722129.121741/1‑142 (MQ=60)
GCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCT > SRR3722129.1048632/1‑151 (MQ=60)
GATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGtctcttatacacatctccgagccc > SRR3722129.43479/1‑126 (MQ=60)
gagatgtgtataagagacagCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTG < SRR3722129.1134371/131‑1 (MQ=60)
GAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGtctcttatacacatctccgagcccacg > SRR3722129.1189505/1‑123 (MQ=60)
AAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGC < SRR3722129.1275233/151‑1 (MQ=60)
agaagacggcatacgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAC < SRR3722129.526102/91‑1 (MQ=60)
CGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAC > SRR3722129.996381/1‑151 (MQ=60)
CGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAC < SRR3722129.303641/151‑1 (MQ=60)
CGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCAC > SRR3722129.121071/1‑151 (MQ=60)
gtaattcatttgTGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGTTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATAATGGCGAGCCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTAGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTTGCTGTGTTGCACCG < SRR3722129.579150/139‑1 (MQ=60)
GCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagact > SRR3722129.240889/1‑117 (MQ=60)
GCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTC > SRR3722129.1255392/1‑150 (MQ=60)
CAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGG < SRR3722129.196977/151‑1 (MQ=60)
CAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGG < SRR3722129.1293840/151‑1 (MQ=60)
GTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCtgtctctt > SRR3722129.497210/1‑142 (MQ=60)
tttttttcaagcagaagacggcatacgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGG < SRR3722129.961823/78‑1 (MQ=60)
GATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGG < SRR3722129.819703/150‑1 (MQ=60)
GATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGG < SRR3722129.1216924/150‑1 (MQ=60)
GTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGTCGCTGGTCGATCACTAGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGC > SRR3722129.590612/1‑151 (MQ=60)
ccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAA < SRR3722129.1123538/112‑1 (MQ=60)
GTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAA < SRR3722129.232431/151‑1 (MQ=60)
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GGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGC < SRR3722129.247324/151‑1 (MQ=60)
GAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATC > SRR3722129.568570/1‑150 (MQ=60)
CGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATG < SRR3722129.724252/151‑1 (MQ=60)
GTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGT > SRR3722129.1149026/1‑151 (MQ=60)
gagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTT < SRR3722129.601985/105‑1 (MQ=60)
CACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTT < SRR3722129.900593/151‑1 (MQ=60)
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GGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgt > SRR3722129.905103/1‑102 (MQ=60)
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ATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTTGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTctgtctcttatacacatctcc > SRR3722129.1144138/1‑130 (MQ=60)
CTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgtatgccgtcttct > SRR3722129.1000376/1‑90 (MQ=60)
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CCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgtatgc > SRR3722129.440832/1‑98 (MQ=60)
CGCGTGGCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTTAC < SRR3722129.1215670/151‑1 (MQ=60)
GCAGTGGGGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCctgtctcttatacacatctccgagc > SRR3722129.108770/1‑126 (MQ=60)
GGTTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCtctccctctgtttttgtgacctttttctccttctttcctttccccgacacccgttccgccttagcgttacggctggctctgtt > SRR3722129.524000/1‑68 (MQ=60)
|
GCAATTTTCTTAAGTCGCGGCGATGAAGTGACCTCCGGTAGCTCAGTGATGGTGGTATGGGAAGGAACGCGTCCACTGCTGGTGGAGATTCAGGCGCTGGTCGATCACTCGATGATGGCGAACCCACGCCGCGTGGCAGTGGGGCTGGAACAAAACCGTCTGGCAATCCTGCTGGCTGTGTTGCACCGTCACGGTGGTCTGCAAATGGCCGATCAGGATGTGTTTGTGAACGTGGTCGGCGGCGTGAAGGTAACCGAAACCAGTGCCGACTTAGCGTTACTGCTGGCGATGGT > NZ_CP009273/4616581‑4616873
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
