Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 468 total aligned reads displayed.
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|
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GTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAG > SRR10918230.3633103/1‑151 (MQ=43)
TAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAG < SRR10918230.2890587/151‑1 (MQ=38)
AGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGT < SRR10918230.5186869/151‑1 (MQ=33)
AGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGT < SRR10918230.1266799/151‑1 (MQ=33)
ACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGA < SRR10918230.807714/151‑1 (MQ=31)
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gtgctcttccgatctACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCT < SRR10918230.78352/136‑1 (MQ=4)
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TTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCT < SRR10918230.2068518/151‑1 (MQ=29)
TGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGGCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTC > SRR10918230.4384556/1‑151 (MQ=28)
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TCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGC > SRR10918230.2808668/1‑151 (MQ=31)
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CGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCG > SRR10918230.5391782/1‑151 (MQ=27)
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tctAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCT < SRR10918230.4340808/148‑1 (MQ=12)
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cacgGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTG < SRR10918230.889261/147‑1 (MQ=0)
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CCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGC < SRR10918230.1951702/151‑1 (MQ=0)
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GGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTC > SRR10918230.456114/1‑151 (MQ=0)
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GCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGC > SRR10918230.1153514/1‑151 (MQ=0)
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ttttttttttttcaagcagaagacggcatacgatattgatgtccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCC < SRR10918230.922266/73‑1 (MQ=0)
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TGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATC > SRR10918230.4638916/1‑151 (MQ=0)
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GTGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGGGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCgtcgg < SRR10918230.4498146/151‑6 (MQ=0)
ttttttttttcaagcaggagacggcatacgagtttgatgtccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctggtcacGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgac < SRR10918230.397578/69‑31 (MQ=0)
TGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGT > SRR10918230.865111/1‑151 (MQ=0)
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GTTTTGCCGTCGCTCAGGGGGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGT < SRR10918230.3530004/151‑1 (MQ=0)
TTTGCCGTCGGTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcg < SRR10918230.4181552/151‑9 (MQ=0)
gccgtcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtg < SRR10918230.1910471/121‑12 (MQ=0)
gccgtcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtg > SRR10918230.248855/31‑140 (MQ=0)
tcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtgacat > SRR10918230.3518589/27‑136 (MQ=0)
tcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtgacat > SRR10918230.609261/27‑136 (MQ=0)
TCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtgacat > SRR10918230.33891/1‑136 (MQ=0)
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TAAGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGTTTGGCCACCACTTCACTGATAGTGTCCGAGATCTCAACGGTAGCCGGGCCACCCAAGGCCAGCTTCTCGAAGGTGGCACCCGGAACTGTAGCGTCGGTAACACTGA > SRR10918230.3589699/1‑151 (MQ=0)
AGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgaggtgatgcc > SRR10918230.573572/1‑63 (MQ=0)
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GTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGATAGTGTCCGAGATCTCAACGGTAGCCGGGCCACCCAAGGCCAGCTTCTCGAAGGTGGCACCCGGAACTGTAGCGTCGGTAACACTGAG > CP009974/1898461‑1898760
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
