Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
13092066 |
97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 458 total aligned reads displayed.
GTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGATAGTGTCCGAGATCTCAACGGTAGCCGGGCCACCCAAGGCCAGCTTCTCGAAGGTGGCACCCGGAACTGTAGCGTCGGTAACACTGAG > CP009974/1898461‑1898760
|
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TAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAG < SRR10918232.535861/151‑1 (MQ=35)
AGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGT > SRR10918232.3892415/1‑151 (MQ=33)
GACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTG > SRR10918232.5629668/1‑151 (MQ=34)
GACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTG < SRR10918232.1977658/151‑1 (MQ=34)
ACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGA < SRR10918232.2431161/151‑1 (MQ=43)
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CGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGAT < SRR10918232.3431559/151‑1 (MQ=29)
CGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGAT < SRR10918232.2923827/151‑1 (MQ=29)
GGTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCAATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATC < SRR10918232.2844719/151‑1 (MQ=28)
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TGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTC > SRR10918232.6531867/1‑151 (MQ=29)
GTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCG < SRR10918232.549798/151‑1 (MQ=31)
GTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCG > SRR10918232.3058602/1‑151 (MQ=31)
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CGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCG < SRR10918232.251522/151‑1 (MQ=27)
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GGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCCTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCC > SRR10918232.1641662/1‑151 (MQ=34)
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CAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTC > SRR10918232.2279332/1‑151 (MQ=17)
GTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGG < SRR10918232.6070291/151‑1 (MQ=24)
GTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGG < SRR10918232.839659/151‑1 (MQ=10)
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ccacgGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGT < SRR10918232.503352/146‑1 (MQ=0)
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GGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTC < SRR10918232.4822101/151‑1 (MQ=0)
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tgtttttttttttcaagcagaagacggcatacgagatgacattccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatcTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCAC < SRR10918232.1601564/73‑1 (MQ=0)
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CGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTC < SRR10918232.3601805/151‑1 (MQ=0)
AGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGGGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGCTAGCTTGGCCACGACTTCA > SRR10918232.2669252/1‑151 (MQ=0)
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ATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGA < SRR10918232.4758854/151‑1 (MQ=0)
ATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCgtcgg < SRR10918232.460404/151‑6 (MQ=0)
TGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCgtcggg > SRR10918232.3691422/1‑145 (MQ=0)
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agtggtgccgtcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtg > SRR10918232.677283/37‑146 (MQ=0)
NGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCgtcggtggtg > SRR10918232.3663730/1‑141 (MQ=0)
GTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGT > SRR10918232.1888835/1‑151 (MQ=0)
tggtgccgtcggtgagcttgaagtaacgctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTC < SRR10918232.3799213/117‑1 (MQ=0)
TTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATATCGCCGCCTTCGGTGAacgaaggggtagtgggctgcttggctactacttcgtcggtagtctcc > SRR10918232.5416307/1‑104 (MQ=0)
tttttttttcaagcagaagacggcatacgagatgacattccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcgg < SRR10918232.544879/76‑10 (MQ=0)
gtgccgtcggtcagcttgaagtaaagctccggGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcgg < SRR10918232.250372/119‑10 (MQ=0)
tgccgtcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggt < SRR10918232.2472876/120‑11 (MQ=0)
gccgtcggtcagcttgaagtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCgtcgagggtgtcggtc > SRR10918232.5976735/31‑135 (MQ=0)
CCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtga < SRR10918232.5138406/151‑13 (MQ=0)
cgtcggtcagcttgaagtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCgtcgagggtgtcggtcac > SRR10918232.6534280/29‑133 (MQ=0)
cgtcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtgac > SRR10918232.1866520/29‑138 (MQ=0)
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GTAAGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGTTTGGCCACCACTTCACTGATAGTGTCCGAGATCTCAACGGTAGCCGGGCCACCCAAGGCCAGCTTCTCGAAGGTGGCACCCGGAACTGTAGCGTCGGTAACACTG < SRR10918232.1408902/151‑1 (MQ=0)
AGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcacctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaccagcagagttgatgcc > SRR10918232.2084039/1‑57 (MQ=0)
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GTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGATAGTGTCCGAGATCTCAACGGTAGCCGGGCCACCCAAGGCCAGCTTCTCGAAGGTGGCACCCGGAACTGTAGCGTCGGTAACACTGAG > CP009974/1898461‑1898760
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |