Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
336 |
367.5 |
14491858 |
96.8% |
14028118 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 502 total aligned reads displayed.
GTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGATAGTGTCCGAGATCTCAACGGTAGCCGGGCCACCCAAGGCCAGCTTCTCGAAGGTGGCACCCGGAACTGTAGCGTCGGTAACACTGAGC > CP009974/1898461‑1898761
|
TAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAG > SRR10918235.1026944/1‑151 (MQ=35)
TAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAG < SRR10918235.27931/151‑1 (MQ=35)
ACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGA > SRR10918235.427117/1‑151 (MQ=31)
ACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGA < SRR10918235.3369587/151‑1 (MQ=29)
CGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGAT > SRR10918235.1309762/1‑151 (MQ=29)
GTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATC < SRR10918235.7229440/151‑1 (MQ=43)
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TGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTC < SRR10918235.5134255/151‑1 (MQ=43)
GTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCG < SRR10918235.2068876/151‑1 (MQ=31)
GTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCG > SRR10918235.6275679/1‑151 (MQ=31)
GTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCG > SRR10918235.6860453/1‑151 (MQ=31)
GTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGCCAGCGTGATGGGGTACGTGATCTCC > SRR10918235.736332/1‑151 (MQ=36)
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CCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCC < SRR10918235.2415384/151‑1 (MQ=41)
CCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCC > SRR10918235.5870259/1‑151 (MQ=29)
CCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCC < SRR10918235.3710773/151‑1 (MQ=27)
CGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCG > SRR10918235.3002869/1‑151 (MQ=25)
CGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCG > SRR10918235.6660618/1‑151 (MQ=25)
GGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCT > SRR10918235.2625031/1‑151 (MQ=32)
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ACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGA < SRR10918235.1692764/151‑1 (MQ=3)
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GGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACC < SRR10918235.1582989/151‑1 (MQ=5)
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GCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACG < SRR10918235.2761069/151‑1 (MQ=6)
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AGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGG > SRR10918235.2017096/1‑151 (MQ=5)
GTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGG > SRR10918235.2132/1‑151 (MQ=3)
TACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTCGTTGTTGATCGGCAGGCCGTATTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGT < SRR10918235.617454/151‑1 (MQ=1)
ACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTC < SRR10918235.5287620/151‑1 (MQ=0)
GTGCCGGTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCA < SRR10918235.1444942/151‑1 (MQ=0)
TGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAG > SRR10918235.3891245/1‑151 (MQ=0)
CCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCT > SRR10918235.396128/1‑151 (MQ=0)
CATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTT < SRR10918235.906276/151‑1 (MQ=0)
CATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGAACTGTGGATGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATATCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTT < SRR10918235.2682997/151‑1 (MQ=0)
TTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGG < SRR10918235.593574/151‑1 (MQ=0)
TTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGG > SRR10918235.461807/1‑151 (MQ=0)
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CGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTC < SRR10918235.4349082/151‑1 (MQ=0)
ggtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCG < SRR10918235.5585071/106‑1 (MQ=0)
GTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGT > SRR10918235.5250797/1‑151 (MQ=0)
ATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGA < SRR10918235.2250408/151‑1 (MQ=0)
ATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCgtcgg > SRR10918235.5280766/1‑146 (MQ=0)
ggagagtggtgccgacggtaagcttgaagtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTATTGATCAGCGTGATGGTGTATGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAG < SRR10918235.1147706/111‑1 (MQ=0)
TGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAG > SRR10918235.3795509/1‑151 (MQ=0)
gacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgg < SRR10918235.3327700/112‑3 (MQ=0)
cagtggtgccgtcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggt > SRR10918235.6627667/38‑147 (MQ=0)
gtggtgccgtcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGT < SRR10918235.485640/116‑1 (MQ=0)
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TAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcatccaccgccgagttgatgc > SRR10918235.1215412/1‑64 (MQ=0)
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TAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttcgcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttcatgc > SRR10918235.1097965/1‑64 (MQ=0)
AGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGTTTGGCCACCACTTCACTGATAGTGTCCGAGATCTCAACGGTAGCCGGGCCACCCAAGGCCAGCTTCTCGAAGGTGGCACCCGGAACTGTAGCGTCGGTAACACTGAGC > SRR10918235.3895659/1‑151 (MQ=0)
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GTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGATAGTGTCCGAGATCTCAACGGTAGCCGGGCCACCCAAGGCCAGCTTCTCGAAGGTGGCACCCGGAACTGTAGCGTCGGTAACACTGAGC > CP009974/1898461‑1898761
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
