Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
404 |
265.1 |
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96.8% |
10143224 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 358 total aligned reads displayed.
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|
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TAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAG > SRR10918231.3171653/1‑151 (MQ=38)
AGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGT < SRR10918231.2405660/151‑1 (MQ=43)
AGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGT > SRR10918231.1125905/1‑151 (MQ=43)
AGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGT < SRR10918231.159305/151‑1 (MQ=43)
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ACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGA < SRR10918231.4296135/151‑1 (MQ=43)
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TGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTC > SRR10918231.913232/1‑151 (MQ=43)
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CGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCG < SRR10918231.4591272/151‑1 (MQ=25)
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TACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGG > SRR10918231.4624833/1‑151 (MQ=0)
ACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTG < SRR10918231.357223/151‑1 (MQ=0)
ACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGCCGGTTTTGCCGTCGCGCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGCGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGCGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGcc > SRR10918231.809509/1‑149 (MQ=0)
ACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTC < SRR10918231.1272577/151‑1 (MQ=0)
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ACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGG > SRR10918231.2938349/1‑151 (MQ=0)
GGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTC > SRR10918231.953052/1‑151 (MQ=0)
cttcgccagaacgccccctatgcttttgttctttttttcaagcagaggacggcatacgagatcttcaccagtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatcTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTG < SRR10918231.1907672/48‑1 (MQ=0)
TGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGC > SRR10918231.1557470/1‑151 (MQ=0)
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GCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCA > SRR10918231.2150961/1‑151 (MQ=0)
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TGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATC < SRR10918231.1652963/151‑1 (MQ=0)
tcgacagtggtgccgtcggtcagcttgaagtaaagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGA < SRR10918231.4827678/110‑1 (MQ=0)
cgacgttggtgccggcggtcagctttaagtacaactccgagtgataataGATCGGCAGGCCGTCTTTATTGGTCAGCGGGATGGTGTAGATAATATCGCCGCCTTCAGTCACCGACGAGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAG < SRR10918231.1266677/102‑1 (MQ=0)
GACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgg < SRR10918231.4494989/151‑3 (MQ=0)
ttacttgctttttccgtgctgacgtcggcgtacgacagcttcacgagtgcctggagttcagacgtgtgctctaccgatcTGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccg < SRR10918231.2219981/72‑35 (MQ=0)
gtggtgccgtcggtcagcgtgaagtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGT < SRR10918231.750179/116‑1 (MQ=0)
GTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGT < SRR10918231.3341309/151‑1 (MQ=0)
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GTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAgggtgtcggtgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatg > SRR10918231.2542750/1‑65 (MQ=0)
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GTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGATAGTGTCCGAGATCTCAACGGTAGCCGGGCCACCCAAGGCCAGCTTCTCGAAGGTGGCACCCGGAACTGTAGCGTCGGTAACACTG > CP009974/1898461‑1898758
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
