Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
13092066 |
97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 344 total aligned reads displayed.
CGCCGGGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAA > CP009974/3847410‑3847706
|
CGCCGGGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCAC < SRR10918232.6268227/151‑1 (MQ=60)
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GGGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGC < SRR10918232.5002242/151‑1 (MQ=60)
GGGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGC > SRR10918232.3914960/1‑151 (MQ=60)
GGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCC > SRR10918232.3374005/1‑151 (MQ=60)
GGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCC > SRR10918232.3375142/1‑151 (MQ=60)
GGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCC > SRR10918232.61635/1‑151 (MQ=60)
GGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCC < SRR10918232.3011696/151‑1 (MQ=60)
GGAAGATGACTGCGCGCGGATCACGCGGTTGATGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCC < SRR10918232.2958553/151‑1 (MQ=60)
AAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGT > SRR10918232.5078321/1‑151 (MQ=60)
AAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGT > SRR10918232.829809/1‑151 (MQ=60)
AGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTT > SRR10918232.6503362/1‑151 (MQ=60)
GATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCTCACCCGCCGTTC > SRR10918232.4923252/1‑151 (MQ=60)
ATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCA > SRR10918232.6004708/1‑151 (MQ=60)
GACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACC < SRR10918232.2720561/151‑1 (MQ=60)
GACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACC < SRR10918232.2720587/151‑1 (MQ=60)
gggccgccgctttcggatttgcgggtatccccgctggtccgcagcttggggggggacactgctgtggggttggacacaggccggcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCG < SRR10918232.3063616/65‑1 (MQ=0)
CGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGC > SRR10918232.1995512/1‑151 (MQ=60)
GCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCC < SRR10918232.2441349/151‑1 (MQ=60)
GCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCC < SRR10918232.2080646/151‑1 (MQ=60)
GCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCagatcggcacagcacac > SRR10918232.4907064/1‑134 (MQ=60)
CGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCG > SRR10918232.3729636/1‑151 (MQ=60)
CGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCC < SRR10918232.3706276/151‑1 (MQ=60)
CGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCC > SRR10918232.5961132/1‑151 (MQ=60)
GGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCG > SRR10918232.5126918/1‑151 (MQ=60)
ATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCT < SRR10918232.2684912/151‑1 (MQ=60)
CACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTAC > SRR10918232.266559/1‑151 (MQ=60)
CACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTAC < SRR10918232.1441636/151‑1 (MQ=60)
CACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTAC < SRR10918232.1052459/151‑1 (MQ=60)
GGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTAT < SRR10918232.1302198/151‑1 (MQ=60)
GTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATT > SRR10918232.3625281/1‑151 (MQ=60)
cgggtaaacccgctccttcttcgggtcgagggcggcatacggtcggtcattccgtgcaggcagttgagtcgtgtggtctttcgatGCGAAGGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTC < SRR10918232.943462/66‑1 (MQ=0)
TGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCG < SRR10918232.1325587/151‑1 (MQ=60)
GGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTCCACCGATGCCGCCGCTCCCCTATTCGCGGG > SRR10918232.2381746/1‑151 (MQ=60)
GGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTA > SRR10918232.4102543/1‑151 (MQ=60)
cctgccgatctacGCCTTGGAGGCTGGCGTCGCGTGGACAGGCGGCTGGTACTGGACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAA < SRR10918232.4368088/138‑1 (MQ=45)
AGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACC < SRR10918232.3191216/151‑1 (MQ=60)
GGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGC < SRR10918232.3667288/151‑1 (MQ=60)
actcccccgcccacccagattggttgggcacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCT < SRR10918232.3584481/92‑1 (MQ=26)
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CAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCT < SRR10918232.5849719/151‑1 (MQ=60)
CAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCT < SRR10918232.1626465/151‑1 (MQ=60)
CAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCT < SRR10918232.4258691/151‑1 (MQ=60)
AAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA < SRR10918232.1933454/151‑1 (MQ=60)
ggcatacgagatgacattccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCCGCTCCTAC < SRR10918232.4024261/97‑1 (MQ=0)
cccgctcctacacagatcggttgtggacacacatcggtgtttgggcacaggccgccgtgTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA < SRR10918232.5696425/92‑1 (MQ=26)
gcacgggggtggccacaggtcggtgatcatgcggaggccgccgtgcaggcgcgtgttttCCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCC < SRR10918232.4003008/92‑1 (MQ=25)
cgctcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACC > SRR10918232.4991708/55‑151 (MQ=0)
cgctcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACC > SRR10918232.1131795/55‑151 (MQ=0)
CTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaca < SRR10918232.5084540/151‑4 (MQ=60)
ggcgtgcgtgatgacaggtcgggactggggtgcagacgggtgttttggcgatctTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCT < SRR10918232.1375209/97‑1 (MQ=25)
TGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACTGATGCCGCCGCTACCGTACTCGCGGGTAGACCCTCTCCTGCACCGG > SRR10918232.1818634/1‑151 (MQ=57)
tgtggctggcagcaggcgggaggcgagacgacggcccgtgactggagtccggtcgactgctgaagcgaCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGA < SRR10918232.1579215/83‑1 (MQ=0)
tcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTccaccagc > SRR10918232.4095019/52‑143 (MQ=10)
tcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGA > SRR10918232.4347077/52‑151 (MQ=4)
GGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagat > SRR10918232.1446234/1‑145 (MQ=59)
ggtggtggacacaggtcggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGAT > SRR10918232.4427191/40‑151 (MQ=0)
GAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagatt < SRR10918232.3343413/151‑8 (MQ=57)
cacaccaattgctgctgcacgcacatcgctcgttgaacacacgccgcccTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattg < SRR10918232.5959974/102‑10 (MQ=21)
acacagattggtggtggccacacagcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattgg < SRR10918232.5499264/104‑11 (MQ=21)
acacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattgg > SRR10918232.3825152/48‑141 (MQ=15)
tacgagatgacattccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatcTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtggt < SRR10918232.5416935/102‑5 (MQ=25)
gtggacacaggtcggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACGCCGGAatagg > SRR10918232.6102716/36‑146 (MQ=0)
CTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagattggtg < SRR10918232.705405/151‑12 (MQ=49)
tggacacaggtcggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtggtg < SRR10918232.1410807/117‑6 (MQ=0)
acagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtg > SRR10918232.546512/46‑139 (MQ=24)
ggacacaggtcggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtggtgg > SRR10918232.4826325/34‑145 (MQ=0)
cagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagatttgtgg > SRR10918232.1592097/45‑138 (MQ=26)
gattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtg < SRR10918232.3523066/109‑16 (MQ=3)
gattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtg > SRR10918232.1379972/43‑136 (MQ=5)
gattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtg > SRR10918232.1724083/43‑136 (MQ=5)
attggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGTCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtgg > SRR10918232.3452161/42‑135 (MQ=0)
attggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtgg > SRR10918232.1042357/42‑135 (MQ=0)
GTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagattgggggtgga > SRR10918232.3030531/1‑135 (MQ=40)
ttggtggtggacacacatcggtggttgggcactggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtgga < SRR10918232.890100/111‑18 (MQ=0)
ttggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtgga > SRR10918232.6468754/41‑134 (MQ=0)
ttggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtgga < SRR10918232.3866010/111‑18 (MQ=0)
caggtcggtggttggtcaccggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtggtggtggac < SRR10918232.6438569/123‑12 (MQ=0)
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gaGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGA > SRR10918232.1980649/3‑151 (MQ=42)
GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAG > SRR10918232.1463994/1‑151 (MQ=60)
GCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGCAGAG > SRR10918232.4525430/1‑151 (MQ=37)
CCGGCTCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG < SRR10918232.4622975/151‑1 (MQ=60)
CCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG > SRR10918232.6230932/1‑151 (MQ=46)
CCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGCTCGATGGTGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGCCGGGTAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAGAG > SRR10918232.4073619/1‑151 (MQ=27)
CGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACGGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG > SRR10918232.2123720/1‑151 (MQ=53)
GCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTGCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGgcccgtcctcggggtagcgtcggggttacccgagagggggcg > SRR10918232.491874/1‑109 (MQ=43)
CCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGCAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAT > SRR10918232.1040851/1‑151 (MQ=52)
CCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATC > SRR10918232.5393563/1‑151 (MQ=60)
CCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGCTGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg < SRR10918232.211869/151‑3 (MQ=60)
CCTGCGGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGGATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg < SRR10918232.3748461/151‑3 (MQ=51)
CTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggc > SRR10918232.2272047/1‑148 (MQ=54)
CTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggc < SRR10918232.2491164/151‑4 (MQ=54)
TGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcc > SRR10918232.6374904/1‑147 (MQ=60)
GCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAA > SRR10918232.2581661/1‑151 (MQ=59)
GCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGAGGATCCAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGGGTAGGAGCGGGTTTACCAGCGAAaacacaggctc > SRR10918232.4788395/1‑140 (MQ=34)
TGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcccta > SRR10918232.3116309/1‑144 (MQ=55)
TGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcccta > SRR10918232.2497952/1‑144 (MQ=55)
TGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACC > SRR10918232.2032551/1‑151 (MQ=60)
GCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCGCAGGCCGCCCTGTAGGAGCGGAGTTACCCGCGgacaggccggccccact > SRR10918232.4054103/1‑134 (MQ=26)
GCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGTCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctact < SRR10918232.4943811/151‑10 (MQ=60)
GCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctact > SRR10918232.2271185/1‑142 (MQ=55)
GCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGACGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctact < SRR10918232.4937560/151‑10 (MQ=60)
CCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctg < SRR10918232.3945214/151‑11 (MQ=60)
CAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGcgccggccggcgtgttgggagcgggagagcacacgtctggactccagttacggg > SRR10918232.1094784/1‑97 (MQ=33)
CAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGT < SRR10918232.642790/151‑1 (MQ=60)
CAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGT < SRR10918232.3381448/151‑1 (MQ=60)
CAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGT < SRR10918232.3379310/151‑1 (MQ=60)
CAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctgg > SRR10918232.5708366/1‑140 (MQ=60)
ATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggcc > SRR10918232.4734040/1‑138 (MQ=60)
TTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAAGCCTGATCGAGTATGGACACAGGTCGGTGGCGGGcccctgacgggctggtagtagcgggtttagccgccaagtgcacacctctgcacgccct > SRR10918232.237480/1‑93 (MQ=20)
CTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaa < SRR10918232.2647485/151‑16 (MQ=60)
|
CGCCGGGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAA > CP009974/3847410‑3847706
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
