Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
404 |
265.1 |
10478538 |
96.8% |
10143224 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 276 total aligned reads displayed.
AGTTGCGCCGGGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCA > CP009974/3847405‑3847705
|
AGTTGCGCCGGGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATC < SRR10918231.151094/151‑1 (MQ=60)
gacactctcttttatgtcagttaaggattttttttgttttcaagcagaagacggcatacgagatcgtcaccagtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCC < SRR10918231.2983619/45‑1 (MQ=0)
GGGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGC > SRR10918231.1434550/1‑151 (MQ=60)
GGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCC < SRR10918231.1052188/151‑1 (MQ=60)
GAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCG > SRR10918231.3055089/1‑151 (MQ=60)
GAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCG > SRR10918231.2525829/1‑151 (MQ=60)
GAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCG > SRR10918231.3367079/1‑151 (MQ=60)
GAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCG > SRR10918231.2525696/1‑151 (MQ=60)
AGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTT < SRR10918231.4592854/151‑1 (MQ=60)
GCTGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTC < SRR10918231.2587227/151‑1 (MQ=60)
caccgttgccgccgccaacgtattggcgggtcaccccgctcctaaacacattggtgatggacacaaatcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCAGCCATTCA < SRR10918231.750869/63‑1 (MQ=0)
ATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCA > SRR10918231.1142582/1‑151 (MQ=60)
TGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGAT < SRR10918231.2481893/151‑1 (MQ=60)
TGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGAT < SRR10918231.4071658/151‑1 (MQ=60)
cggccgcttccgatctcgcgggagatcccggccctagactcattggtgttggtcacccttcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCAGCCATTCACTGTTGCT < SRR10918231.405454/71‑1 (MQ=0)
CGTGGATCACGCGGTTGCTGGGTGTAGAGGCTCACGCCTTGGAGGTTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCG < SRR10918231.1441956/151‑1 (MQ=60)
CGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCTTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCC < SRR10918231.890633/151‑1 (MQ=60)
GGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCG > SRR10918231.937141/1‑151 (MQ=60)
GGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCG > SRR10918231.938864/1‑151 (MQ=60)
GGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCG < SRR10918231.5189743/151‑1 (MQ=60)
GATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGC > SRR10918231.1191355/1‑151 (MQ=60)
GATCACGCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGC < SRR10918231.4783443/151‑1 (MQ=60)
ccgcgtattgccggggaaacaggcgtctagacgggttggtggcggacccacatcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTCC‑‑ACCCGCCatgcactgttgctgccgcca < SRR10918231.5044159/78‑21 (MQ=0)
TCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTA > SRR10918231.3652285/1‑151 (MQ=60)
TCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTA < SRR10918231.940609/151‑1 (MQ=60)
CACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTAC < SRR10918231.3803893/151‑1 (MQ=60)
ACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACC < SRR10918231.3964129/151‑1 (MQ=60)
CGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTA < SRR10918231.2455235/151‑1 (MQ=60)
gcagtaccggaggcgcgggttagcccgctcctacacagattgctgggggacacgcatcggtggttggacacaggccgccgtgTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTAT < SRR10918231.2230119/69‑1 (MQ=30)
GGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTAT < SRR10918231.2966375/151‑1 (MQ=60)
GTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATT < SRR10918231.1700661/151‑1 (MQ=60)
GTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATT > SRR10918231.1800037/1‑151 (MQ=60)
TTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTC > SRR10918231.4304343/1‑151 (MQ=60)
TGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCcatgcgggcgctaccgttttcg > SRR10918231.1496158/1‑129 (MQ=60)
GCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGC < SRR10918231.2362458/151‑1 (MQ=60)
CTGGGGGTAGAGGCCCAAGCCTCGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGCCCTCTCGTACTGCACCTGTAGGAGCGTGTTTCCCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCG < SRR10918231.541810/151‑1 (MQ=60)
GGGGTAGAGGCTCAAGGCTTGGAGGCTTGAGTCGGGTGAACAGGCGTCTGGTGCTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGT < SRR10918231.959400/151‑1 (MQ=49)
GGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTA > SRR10918231.3123612/1‑151 (MQ=60)
TAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTCCC‑‑ACCCGCCGTTCcgtcatgcctccgctcccgtattcgcggttaaaa > SRR10918231.2349266/1‑117 (MQ=60)
TAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAC > SRR10918231.176315/1‑151 (MQ=60)
TAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAC > SRR10918231.176687/1‑151 (MQ=60)
AGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACC < SRR10918231.4672417/151‑1 (MQ=60)
GCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCT < SRR10918231.3963934/151‑1 (MQ=60)
gtaaacccgctcctacacagattggtggtggacacacctcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTC < SRR10918231.2800471/90‑1 (MQ=0)
TCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCC < SRR10918231.625199/151‑1 (MQ=60)
CAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGACAGGGCCGGCCCCGCTGGCCA‑‑CTCCTGACCCGCCGTTCACCGGTGCCGCCGCTGCAGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCT > SRR10918231.1533446/1‑151 (MQ=60)
GCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACC > SRR10918231.4650294/1‑151 (MQ=60)
CCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC > SRR10918231.4482983/1‑151 (MQ=60)
CCTAGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC < SRR10918231.861525/151‑1 (MQ=60)
cgctcgtacacagattggtggttgacacacagcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACACC < SRR10918231.2765079/97‑1 (MQ=25)
cgctcctaccgagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACC < SRR10918231.2374177/97‑1 (MQ=25)
gctcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacca < SRR10918231.1393588/98‑5 (MQ=0)
gctcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGAATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccc > SRR10918231.1587571/54‑147 (MQ=0)
gctactacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacca < SRR10918231.1393354/98‑5 (MQ=10)
tcggcagtggccacaggtcggtggttggcccctcgccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTG < SRR10918231.3240988/110‑1 (MQ=11)
TGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGG < SRR10918231.1563270/151‑1 (MQ=52)
tcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGA > SRR10918231.2036594/52‑151 (MQ=4)
cggtggtggacacaggtcggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGA > SRR10918231.2044004/41‑151 (MQ=0)
cggtggtggacacaggtcggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGA < SRR10918231.1340859/111‑1 (MQ=0)
GGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCcccacacat > SRR10918231.4885871/1‑142 (MQ=60)
cgtacacagagtggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccggcgtgTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGAT < SRR10918231.2856662/98‑1 (MQ=12)
cctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGAT > SRR10918231.3916911/51‑151 (MQ=7)
GAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagatt < SRR10918231.2961417/151‑8 (MQ=57)
GAGGCTGGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCCCCTGTAGTAGCGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagatt < SRR10918231.5254235/151‑8 (MQ=33)
gggtggacacaggtcggttgttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTG < SRR10918231.3821090/114‑1 (MQ=0)
GCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccgatgggg > SRR10918231.1582989/1‑141 (MQ=55)
ggacacacctctggggttggacacaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCcgagaccggaagagcgggcgtctgcactccagtgccgggtgaaggg > SRR10918231.554069/34‑105 (MQ=0)
cagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtgg > SRR10918231.101310/45‑138 (MQ=26)
agattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCGTGCTGGCCAATTTCG‑‑ACCCGTCGTGCACCGTTGCCGCTGCTTCCGTATTGGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggg > SRR10918231.305651/44‑137 (MQ=7)
attggtggagcacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtgg < SRR10918231.1945289/110‑17 (MQ=0)
GTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagattggtggtgga < SRR10918231.1657367/151‑17 (MQ=30)
GTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGAAAACCCGCTCCTACaccgcttgctggcgga > SRR10918231.4870746/1‑135 (MQ=43)
gaggtcggtggttggtcacagggcgtcgtgtcggcGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtggtggtggac < SRR10918231.1912888/116‑12 (MQ=14)
tggagttcagacgtgtgctcttccgatctTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACA < SRR10918231.4406004/122‑1 (MQ=29)
ggccggtgcttggccgcaggccggcgtgcaggagcgtgctcACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACAC < SRR10918231.4490184/110‑1 (MQ=39)
acatcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACgaccccaacagcgttgctcccgccatcgtattcgcgtgcacaccccctctgccacaggttgctggaggacaaaa > SRR10918231.3452826/25‑77 (MQ=0)
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tcggtgattgggcgcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAG > SRR10918231.5183281/25‑151 (MQ=0)
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AAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtagagggggagagcgcacgtcggaacgccacacaccggcgtggaggtcgtaggccgccctcg > SRR10918231.2408534/1‑89 (MQ=1)
AAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGCAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGACGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGcctccccgcg > SRR10918231.4314379/1‑141 (MQ=56)
AAGGGCCGGCCCTGCTCGCCAACCTCC‑‑ACCCGTCGTTCCACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCG < SRR10918231.1248921/151‑1 (MQ=60)
gaGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTC‑‑ACGCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGA < SRR10918231.2100578/149‑1 (MQ=60)
AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCAGCTACCGTATacgcgcgtgaccccgctccggagcacgattggtggcatgggcagcacgggcagtgtgagcgggcagttctgtaggggaggcgtttcaactgc > SRR10918231.2425697/1‑59 (MQ=0)
GGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGCAG > SRR10918231.900088/1‑151 (MQ=60)
GCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCCCAGGCCGTCGTGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGA > SRR10918231.2192219/1‑151 (MQ=59)
CCGGCCCTGCTGGCCACTTTTC‑‑GCCCGCCGTCCACTGTTGCCGCTGCTGTCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAG < SRR10918231.3758771/151‑1 (MQ=60)
CCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG > SRR10918231.566505/1‑151 (MQ=46)
CCGGCCCTGCTGGCCAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAG < SRR10918231.245346/151‑1 (MQ=60)
CGGCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG < SRR10918231.2314817/151‑1 (MQ=55)
CGGCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGACGGGGCACAGGCCGGAGTGTCTGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG > SRR10918231.4211124/1‑151 (MQ=34)
CGGCCCTGCTGGCCAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGCTCGAGGATGGACACAGGCCGGTTGCGGGGCGCAGGGCGCCGTGCAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAGAGG > SRR10918231.2688426/1‑151 (MQ=28)
GGCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACTCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGGAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAGGGGC > SRR10918231.739190/1‑151 (MQ=52)
GCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAGAGGCC < SRR10918231.2588763/151‑1 (MQ=56)
GCCCTGCTGGCCAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCC < SRR10918231.3137020/151‑1 (MQ=60)
CCCTGCTGGCGAATTACC‑‑CCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGGATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAT < SRR10918231.1178726/151‑1 (MQ=60)
CCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGgccagcccgccgggtagaggggggtttacccgagcggaagagg > SRR10918231.1786980/1‑108 (MQ=34)
CCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCG < SRR10918231.2812526/151‑1 (MQ=56)
CCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATC > SRR10918231.1027945/1‑151 (MQ=60)
CCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATC > SRR10918231.1028152/1‑151 (MQ=60)
CCTGCTGGCCAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg < SRR10918231.4956388/151‑3 (MQ=60)
CCTGCTGGCCAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg < SRR10918231.4957478/151‑3 (MQ=60)
TGCTGGCCAATCTCC‑‑GCCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCCCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggct < SRR10918231.2258442/151‑5 (MQ=60)
GGCCAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgc < SRR10918231.2067390/151‑9 (MQ=60)
GCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCC < SRR10918231.4073791/151‑1 (MQ=60)
CAATTGCC‑‑ACCCGCGGTTCACCGTTGCCGCTCCTCCCGTATTCGCGGGTAACCCCGCCCCTCCGCCGGATCGAGGAGGGAACCAGGTCGGTGG‑GGGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGT < SRR10918231.396324/151‑1 (MQ=60)
CAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGagatcggaagagca > SRR10918231.1167252/1‑137 (MQ=60)
CAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctgg < SRR10918231.1206174/151‑12 (MQ=60)
AATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTG > SRR10918231.4330046/1‑151 (MQ=60)
ATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggcc > SRR10918231.1961722/1‑138 (MQ=54)
TTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGGCCAGGCCGTCGGGTAGGAGCGGGTTTACCGGCGAAGgggccggcaacactgggca > SRR10918231.3417928/1‑132 (MQ=48)
TTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCA < SRR10918231.3337855/151‑1 (MQ=60)
TTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCA > SRR10918231.4235712/1‑151 (MQ=60)
TCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggcca > SRR10918231.4843840/1‑137 (MQ=60)
|
AGTTGCGCCGGGAAGATGACTGCGCGCGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCA > CP009974/3847405‑3847705
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
