Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,087,360 |
G→T |
13.5% |
P129Q (CCG→CAG) |
pgaA ← |
biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,087,360 | 0 | G | T | 13.5%
| 829.8
/ 70.5
| 244 | P129Q (CCG→CAG) | pgaA | biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/91); new base T (11/22); total (131/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CCGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGC > CP009273/1087211‑1087509
|
gCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTtgctgc > 2:1381800/1‑150 (MQ=255)
ccAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCt > 1:124356/1‑150 (MQ=255)
ccAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCt > 1:3882474/1‑150 (MQ=255)
cAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTc > 1:4205153/1‑150 (MQ=255)
aGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTcc < 1:640805/150‑1 (MQ=255)
aGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTcc > 2:1248584/1‑150 (MQ=255)
ttATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCaga < 2:4023678/150‑1 (MQ=255)
aGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCagagaga > 2:1549202/1‑150 (MQ=255)
ggCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCtt < 1:949280/150‑1 (MQ=255)
gCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCttt > 1:1337241/1‑150 (MQ=255)
ttCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTg > 2:65650/1‑150 (MQ=255)
gCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCcac < 2:468796/150‑1 (MQ=255)
aGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAgt > 2:1752648/1‑150 (MQ=255)
aGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAgt > 2:395708/1‑150 (MQ=255)
tAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAgtgt < 2:1434693/150‑1 (MQ=255)
aaaTTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTa > 2:3412759/1‑150 (MQ=255)
aaaTTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTa < 1:3019953/150‑1 (MQ=255)
aTTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAg < 2:1853094/150‑1 (MQ=255)
aTTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAg < 2:3585721/150‑1 (MQ=255)
ttGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGc > 1:2120510/1‑150 (MQ=255)
gCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAg < 1:2425331/150‑1 (MQ=255)
cTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGTTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGt < 2:874407/150‑1 (MQ=255)
cTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGt > 1:1616391/1‑150 (MQ=255)
cTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGt > 1:2796783/1‑150 (MQ=255)
cTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGt > 1:2797097/1‑150 (MQ=255)
ttGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGttt < 1:2646042/150‑1 (MQ=255)
ttGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGttt < 1:4531309/150‑1 (MQ=255)
ccGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGcc < 2:4296536/150‑1 (MQ=255)
cGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAgtgt < 2:1134614/135‑1 (MQ=255)
cGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAgtgt > 1:1134614/1‑135 (MQ=255)
gTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAtt < 2:3096154/150‑1 (MQ=255)
tGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAttg > 1:2918413/1‑150 (MQ=255)
cTCCAGAGTTAAGCTGNTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGNGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAttgtt > 2:2582362/1‑150 (MQ=255)
tCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAttgttg < 2:3284044/150‑1 (MQ=255)
tCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAttgttg > 1:4496888/1‑150 (MQ=255)
agagTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAg > 2:3699604/1‑150 (MQ=255)
gagTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAgg < 1:43561/150‑1 (MQ=255)
gagTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAgg < 1:1744045/150‑1 (MQ=255)
agTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGt < 1:4030247/150‑1 (MQ=255)
agTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGACATTGTTGCAGGt > 2:2710722/1‑150 (MQ=255)
ttAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTa < 2:2830201/150‑1 (MQ=255)
aaGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACg < 2:2322766/150‑1 (MQ=255)
aGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGa < 1:4036686/150‑1 (MQ=255)
aGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGa > 2:128241/1‑150 (MQ=255)
ctgctTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATa > 2:3304350/1‑150 (MQ=255)
tgctTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATac < 1:1997034/150‑2 (MQ=255)
tgctTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATaa < 1:2313282/150‑1 (MQ=255)
tgctTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATaa < 1:2312953/150‑1 (MQ=255)
gctTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAg > 2:4247123/1‑150 (MQ=255)
ctTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGc < 2:3211707/150‑1 (MQ=255)
ttAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCg > 1:698693/1‑150 (MQ=255)
tAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGa > 2:3002850/1‑150 (MQ=255)
aaGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGAc > 2:303679/1‑150 (MQ=255)
aCCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACa < 2:3381194/150‑1 (MQ=255)
aGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCt > 1:1111491/1‑150 (MQ=255)
aGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCt > 1:3106272/1‑150 (MQ=255)
aTAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCAcg > 1:3033685/1‑150 (MQ=255)
tGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCt < 1:2456292/150‑1 (MQ=255)
aCCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTgg > 2:2408944/1‑150 (MQ=255)
cAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTa > 1:3494513/1‑150 (MQ=255)
cTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCt < 1:3330972/150‑1 (MQ=255)
tGCCAGGGTTAAATTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtg < 1:3676452/150‑1 (MQ=255)
tGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtg < 2:3703599/150‑1 (MQ=255)
gCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtga < 1:4235585/150‑1 (MQ=255)
ccAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgat < 2:2263683/150‑1 (MQ=255)
cAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgatg > 2:3116082/1‑150 (MQ=255)
cAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgatg > 2:4336236/1‑150 (MQ=255)
aGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgatga < 2:1760865/150‑1 (MQ=255)
ggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACg > 1:819395/1‑150 (MQ=255)
ggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACg < 2:2222809/150‑1 (MQ=255)
ggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACg < 2:219335/150‑1 (MQ=255)
ggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACg > 1:4312085/1‑150 (MQ=255)
ggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACg > 1:2588355/1‑150 (MQ=255)
ttAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGt < 1:3236848/150‑1 (MQ=255)
ttAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGt > 1:947381/1‑150 (MQ=255)
tAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTTTTTTTCGGCTCCAGAGAGTGCGCCTTTTGCCACAGTTTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATTACGGTa < 1:3520301/150‑1 (MQ=255)
aaaaTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAg > 2:4143655/1‑150 (MQ=255)
aaaTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGc > 2:3295900/1‑150 (MQ=255)
aaaTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGc < 2:2008866/150‑1 (MQ=255)
aaaTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGc > 2:1502118/1‑150 (MQ=255)
gTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGt > 1:768442/1‑150 (MQ=255)
ccccGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTaa < 2:2198065/150‑1 (MQ=255)
cccGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTaaa < 2:29881/150‑1 (MQ=255)
cccGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTaaa > 2:1613948/1‑150 (MQ=255)
cccGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTaaa < 2:29759/150‑1 (MQ=255)
cGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACg > 1:2784020/1‑150 (MQ=255)
cGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACg > 1:730819/1‑150 (MQ=255)
cGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACg > 1:1403954/1‑150 (MQ=255)
cGTAGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACg > 1:3605815/1‑150 (MQ=255)
gtagATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCATTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACgg < 2:4575335/147‑1 (MQ=255)
tGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGta < 1:1786144/150‑1 (MQ=255)
tGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGta < 1:517709/150‑1 (MQ=255)
gATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaa > 2:1590590/1‑150 (MQ=255)
gATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaa > 2:4388241/1‑150 (MQ=255)
aaTCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaataa > 1:1794933/1‑150 (MQ=255)
aTCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAAc > 2:2604524/1‑150 (MQ=255)
ccTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCt > 2:3220362/1‑150 (MQ=255)
aTTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCCTTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGttt > 2:3908530/1‑150 (MQ=255)
gCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCtt > 1:3816500/1‑150 (MQ=255)
gCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCtt < 1:3089926/150‑1 (MQ=255)
|
CCGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTGC > CP009273/1087211‑1087509
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
