Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,087,360 |
G→T |
49.1% |
P129Q (CCG→CAG) |
pgaA ← |
biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,087,360 | 0 | G | T | 49.1%
| 115.3
/ inf
| 244 | P129Q (CCG→CAG) | pgaA | biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/60); new base T (66/54); total (130/114) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CCGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTG > CP009273/1087211‑1087508
|
gCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATGATCCTTATTTtgctgc > 2:1372006/1‑150 (MQ=255)
gCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGc > 1:439465/1‑150 (MQ=255)
ccAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTgctgct > 2:87709/1‑150 (MQ=255)
ttATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCATCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCagt < 2:3756397/150‑2 (MQ=255)
taGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGcc > 1:2199795/1‑150 (MQ=255)
aGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCt > 2:3261121/1‑150 (MQ=255)
aGGCTTCTGCGAGAAAATTGGATTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGATTATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCt > 2:354004/1‑150 (MQ=255)
gCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCttt < 2:1662423/150‑1 (MQ=255)
cTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCtttt < 2:3023346/150‑1 (MQ=255)
cTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCtttt < 2:1800312/150‑1 (MQ=255)
cTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCGCCAGAGAGAGCGCCtttt < 2:3147929/150‑1 (MQ=255)
ttCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTg > 2:2805543/1‑150 (MQ=255)
ttCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTg > 2:2719547/1‑150 (MQ=255)
tCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGc > 1:16903/1‑150 (MQ=255)
cTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGcc > 2:1081015/1‑150 (MQ=255)
cTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGcc < 1:1226973/150‑1 (MQ=255)
aGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAgt < 1:2332000/150‑1 (MQ=255)
gTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAgtg > 1:367400/1‑150 (MQ=255)
aaaTTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTa > 2:479617/1‑150 (MQ=255)
aTTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAg < 2:3433110/150‑1 (MQ=255)
tGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCg > 2:3949399/1‑150 (MQ=255)
tGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCg < 1:2529726/150‑1 (MQ=255)
ggCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGa > 1:3762045/1‑150 (MQ=255)
cTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGt > 1:3334143/1‑150 (MQ=255)
ttGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGttt < 2:2403225/150‑1 (MQ=255)
ttGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGttt < 1:2858680/150‑1 (MQ=255)
cTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAttgtt < 1:3660324/150‑1 (MQ=255)
cTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAttgtt > 2:1468839/1‑150 (MQ=255)
cTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGATTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAttgtt < 2:3091688/150‑1 (MQ=255)
agagTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAg > 1:3980664/1‑150 (MQ=255)
gagTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAgg < 1:954473/150‑1 (MQ=255)
agTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCCTTGTTGCAGGt > 2:433530/1‑150 (MQ=255)
tAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCTCAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTAc < 1:1590218/150‑1 (MQ=255)
ctgctTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATa < 1:3516133/150‑1 (MQ=255)
tgctTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATaa > 2:1839322/1‑150 (MQ=255)
tAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGa > 2:4172252/1‑150 (MQ=255)
tAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGa > 1:741901/1‑150 (MQ=255)
tAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGa < 1:1504612/150‑1 (MQ=255)
aaGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGAc < 1:3830339/150‑1 (MQ=255)
aaGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGAc < 1:3182598/150‑1 (MQ=255)
aaGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGAc < 1:682156/150‑1 (MQ=255)
aCCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACa > 2:2072641/1‑150 (MQ=255)
ccAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAg > 2:2467878/1‑150 (MQ=255)
cgcAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGc > 1:3566224/1‑150 (MQ=255)
cgcAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGc > 1:2647868/1‑150 (MQ=255)
tATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGTTTAAATTTTGTCCCCGTTTATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGTGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAAc < 1:3633851/150‑1 (MQ=255)
tATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAAc < 1:3633972/150‑1 (MQ=255)
aGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCAcgcg > 2:117714/1‑150 (MQ=255)
tGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCt < 2:2123188/150‑1 (MQ=255)
ccAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGt > 2:3311122/1‑150 (MQ=255)
cAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTa < 2:3819528/150‑1 (MQ=255)
aGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTaa < 2:3486387/150‑1 (MQ=255)
aGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTaa < 2:1956746/150‑1 (MQ=255)
aGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTaa < 2:3486449/150‑1 (MQ=255)
aGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTaa > 2:3267185/1‑150 (MQ=255)
gCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTCCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCCTTGATGCAGGTAACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCAAAACCACCCGCTGGTAAt > 1:4128187/1‑150 (MQ=255)
aTCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTg < 1:1223739/150‑1 (MQ=255)
cTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCt < 1:2969097/150‑1 (MQ=255)
tGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtg < 1:3518041/150‑1 (MQ=255)
gCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtga < 1:3152593/150‑1 (MQ=255)
ccAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgat > 2:3009320/1‑150 (MQ=255)
cAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgatg > 1:110048/1‑150 (MQ=255)
aGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgatga > 1:1275223/1‑150 (MQ=255)
aGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgatga > 1:1293405/1‑150 (MQ=255)
aGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTGGCCACCGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgatga < 1:808380/150‑1 (MQ=255)
gggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGAc < 1:2915384/150‑1 (MQ=255)
gggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGAc < 2:652989/150‑1 (MQ=255)
gggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGAc < 2:368977/150‑1 (MQ=255)
gggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGAc < 2:1307203/150‑1 (MQ=255)
ggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACg > 2:784509/1‑150 (MQ=255)
ggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACg < 2:4037925/150‑1 (MQ=255)
tAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTa > 1:3574249/1‑150 (MQ=255)
aaaaTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAg > 1:156281/1‑150 (MQ=255)
aaaaTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAg > 1:157292/1‑150 (MQ=255)
aaaaTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAg < 2:3218894/150‑1 (MQ=255)
aTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCgg > 2:524199/1‑150 (MQ=255)
aTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCgg > 2:3935200/1‑150 (MQ=255)
aTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGACTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCCGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCgg < 2:1810455/150‑1 (MQ=255)
gTCCCCGTTTATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGTGTGAGCGCCTTTTGCCACTGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATTAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGt < 1:3681700/150‑1 (MQ=255)
gTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGt > 1:838530/1‑150 (MQ=255)
tCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTa > 2:3232936/1‑150 (MQ=255)
tCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTa < 2:1115650/150‑1 (MQ=255)
cGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACg > 2:2630387/1‑150 (MQ=255)
gTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACgg < 2:3652918/150‑1 (MQ=255)
gTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACgg > 1:3486219/1‑150 (MQ=255)
gTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACgg > 1:1796388/1‑150 (MQ=255)
ttGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGt > 1:1853926/1‑150 (MQ=255)
ttGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGt < 2:574801/150‑1 (MQ=255)
tGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGta < 1:470126/150‑1 (MQ=255)
gATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaa > 2:2243149/1‑150 (MQ=255)
gATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaa < 1:2760428/150‑1 (MQ=255)
aTAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaat < 2:2833384/150‑1 (MQ=255)
tAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaata > 2:293855/1‑150 (MQ=255)
aaTCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaataa > 1:2842847/1‑150 (MQ=255)
aTCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAAc > 2:4076147/1‑150 (MQ=255)
tCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAAcc < 1:1943726/150‑1 (MQ=255)
ttATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGt < 1:970422/150‑1 (MQ=255)
aTTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGttt > 2:1644310/1‑150 (MQ=255)
tttGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTAt > 2:712906/1‑150 (MQ=255)
tttGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTAt > 2:712983/1‑150 (MQ=255)
|
CCGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTTG > CP009273/1087211‑1087508
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
