Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,087,360 |
G→T |
47.8% |
P129Q (CCG→CAG) |
pgaA ← |
biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,087,360 | 0 | G | T | 47.8%
| 152.6
/ inf
| 244 | P129Q (CCG→CAG) | pgaA | biofilm adhesin polysaccharide PGA secretin; OM porin; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/53); new base T (57/60); total (131/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CCGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTT > CP009273/1087211‑1087507
|
cGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCgg > 2:2395355/1‑150 (MQ=255)
aGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCagagaga > 1:2182060/1‑150 (MQ=255)
gATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCagagagag > 2:4281048/1‑150 (MQ=255)
atatAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAgc < 1:1031550/150‑1 (MQ=255)
tctaGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAgcg < 2:3268071/148‑1 (MQ=255)
tataGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAgcg < 1:1152833/150‑1 (MQ=255)
ataGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAgcgc < 1:2858258/150‑1 (MQ=255)
ataGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAgcgc > 1:2924363/1‑150 (MQ=255)
aGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCt > 2:4044630/1‑150 (MQ=255)
aGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCt > 1:855214/1‑150 (MQ=255)
ggCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCtt < 2:95361/150‑1 (MQ=255)
cTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGcc > 2:3788631/1‑150 (MQ=255)
cTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGcc > 2:1525519/1‑150 (MQ=255)
cTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCAGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGcc < 2:3248899/150‑1 (MQ=255)
tGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCca < 2:3213124/150‑1 (MQ=255)
tGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCca < 2:556977/150‑1 (MQ=255)
cGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCcaca < 1:1895075/150‑1 (MQ=255)
cGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCcaca > 1:1067072/1‑150 (MQ=255)
cGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCcaca > 1:2693138/1‑150 (MQ=255)
gAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAg > 1:4295429/1‑150 (MQ=255)
gAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAg > 2:3583233/1‑150 (MQ=255)
tAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAgtgt > 1:1330275/1‑150 (MQ=255)
aaTTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTaa > 1:1768690/1‑150 (MQ=255)
aaTTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTaa > 1:628304/1‑150 (MQ=255)
tGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGtttt < 1:1548198/150‑1 (MQ=255)
ccGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGcc < 2:129630/150‑1 (MQ=255)
ggTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAt < 1:2966014/150‑1 (MQ=255)
ggTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAt > 1:1829649/1‑150 (MQ=255)
tGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCAttg > 2:3113078/1‑150 (MQ=255)
cAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCa < 2:4157137/150‑1 (MQ=255)
agagTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAg > 2:2080660/1‑150 (MQ=255)
agagTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAg < 1:3974209/150‑1 (MQ=255)
agTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGt > 1:4208111/1‑150 (MQ=255)
gTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGtt > 1:264372/1‑150 (MQ=255)
gTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGtt < 1:1973706/150‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTa < 1:1526874/150‑1 (MQ=255)
aaGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACg < 2:1520405/150‑1 (MQ=255)
aaGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACg < 2:1837369/150‑1 (MQ=255)
aGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGa > 1:479768/1‑150 (MQ=255)
aGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGa > 2:829738/1‑150 (MQ=255)
aGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGa > 2:3562352/1‑150 (MQ=255)
gctTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAg < 1:3225109/150‑1 (MQ=255)
ttAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCg > 1:4510366/1‑150 (MQ=255)
ttAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCg > 1:3070700/1‑150 (MQ=255)
aaGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGAc < 2:3292340/150‑1 (MQ=255)
aaGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGAc > 2:583469/1‑150 (MQ=255)
aGTTTAACCAGCGCTGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCATTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACg < 1:131277/150‑1 (MQ=255)
gTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACgg > 2:1595271/1‑150 (MQ=255)
gTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACgg < 1:3724044/150‑1 (MQ=255)
tttAACCAGCGGAGTATCATAGTGTCCAGCATGTGCCTGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATTATCGTTATTTTGCGGCTCCTGAGTGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTATGCGAGTTTTGCCTTTGTTGCTGTTTACGATAAGCGACGGc < 2:4228382/150‑1 (MQ=255)
tAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGa > 2:939478/1‑150 (MQ=255)
aCCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACa < 1:3642262/150‑1 (MQ=255)
aCCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACa > 1:1800085/1‑150 (MQ=255)
ccAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAg < 1:3568309/150‑1 (MQ=255)
ccAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAg > 2:3093917/1‑150 (MQ=255)
ccAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAg < 1:3568742/150‑1 (MQ=255)
cAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGc > 1:13766/1‑150 (MQ=255)
gcgcAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTg > 1:3868360/1‑150 (MQ=255)
gcAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCa < 1:3460116/150‑1 (MQ=255)
gcAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCa < 1:3460170/150‑1 (MQ=255)
aGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATa < 2:1509332/150‑1 (MQ=255)
aGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATa < 2:3968242/150‑1 (MQ=255)
cATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCAc > 2:1373713/1‑150 (MQ=255)
aGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCAcgcg > 2:4189875/1‑150 (MQ=255)
aGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCAcgcg > 2:3073257/1‑150 (MQ=255)
tGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCt < 2:1855648/150‑1 (MQ=255)
tGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCt < 2:2944682/150‑1 (MQ=255)
tGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCt > 2:2866130/1‑150 (MQ=255)
tGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCt < 2:2681176/150‑1 (MQ=255)
gACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTg < 1:3831764/150‑1 (MQ=255)
ccAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGt > 1:2053672/1‑150 (MQ=255)
cAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTa > 2:1812699/1‑150 (MQ=255)
aGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTaa < 1:2740515/150‑1 (MQ=255)
aGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTaa > 1:2276374/1‑150 (MQ=255)
gCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAAt > 2:39018/1‑150 (MQ=255)
gCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtga < 2:1247229/150‑1 (MQ=255)
ccAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTTATTGCtgat < 2:2333262/150‑1 (MQ=255)
ccAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgat > 1:488391/1‑150 (MQ=255)
cAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCtgatg > 2:2683151/1‑150 (MQ=255)
gggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGAc < 1:4338952/150‑1 (MQ=255)
gggTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGAc > 1:4404895/1‑150 (MQ=255)
gTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACgg > 1:1709714/1‑150 (MQ=255)
gTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACgg < 1:4367664/150‑1 (MQ=255)
aaaaTTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGTCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAg > 2:3683277/1‑150 (MQ=255)
gTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACATTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGt < 2:849779/150‑1 (MQ=255)
gTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGt > 2:469182/1‑150 (MQ=255)
gTTGATAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACgg > 2:4382733/1‑150 (MQ=255)
ttGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGt > 1:3998642/1‑150 (MQ=255)
tGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGta > 1:2820144/1‑150 (MQ=255)
aTAATCCTTATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaat < 2:4634000/150‑1 (MQ=255)
tAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaata > 2:1025935/1‑150 (MQ=255)
aaTCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGtaataa < 1:4629520/150‑1 (MQ=255)
aTCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAAc > 2:2506619/1‑150 (MQ=255)
cTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTg < 2:1362543/150‑1 (MQ=255)
ttATTTTGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGt > 2:4502751/1‑150 (MQ=255)
ttATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGt < 2:380048/150‑1 (MQ=255)
tATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGtt > 1:1293529/1‑150 (MQ=255)
ttttGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTa < 1:2367900/150‑1 (MQ=255)
ttGCTGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATc > 2:104783/1‑150 (MQ=255)
tgctgcTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCt < 1:2710337/150‑1 (MQ=255)
|
CCGCCAGTTTATAGATATAGGCTTCTGCGAGTAAATTGGCTTTGTCCGGTGCTCCAGAGTTAAGCTGCTTAAGTTTAACCAGCGCAGTATCATAGTGACCAGCATCTGCCAGGGTTAAAATTTGTCCCCGTTGATAATCCTTATTTTGCGGCTCCAGAGAGAGCGCCTTTTGCCACAGTGTAAGCGAGTTTTGCCATTGTTGCAGGTTACGATAAGCGACGGCGACAGCTGCATAACCACGCGCTGGTAATTGCTGATGACGGTAGCGGTTGTAAACGGTAATAACCTGTTTATCTT > CP009273/1087211‑1087507
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
