Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,354,405 |
C→T |
100% |
intergenic (+430/‑130) |
gltD → / → gltF |
glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,354,405 | 0 | C | T | 97.5%
| 700.0
/ 4.6
| 202 | intergenic (+430/‑130) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/2); new base T (89/107); total (93/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
AAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAG > CP009273/3354258‑3354549
|
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atGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaa > 2:1986441/1‑150 (MQ=255)
aaTATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaataa < 2:1023519/150‑1 (MQ=255)
atatAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaataaa < 2:3779712/150‑1 (MQ=255)
ataAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAaataaata < 2:2063117/150‑1 (MQ=255)
taAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATAc > 1:2991218/1‑150 (MQ=255)
taAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATAc < 1:242335/150‑1 (MQ=255)
aaaaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACa > 2:2792246/1‑150 (MQ=255)
aaaaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACa > 2:1565987/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACAt > 1:866042/1‑150 (MQ=255)
aaaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACAt > 2:3641631/1‑150 (MQ=255)
aaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATc < 1:3230253/150‑1 (MQ=255)
aCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCa > 1:588102/1‑150 (MQ=255)
cAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGc < 1:3751769/150‑1 (MQ=255)
aaTATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCa > 1:2402872/1‑150 (MQ=255)
atatTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGt < 2:4611736/150‑1 (MQ=255)
atatTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGt > 1:691554/1‑150 (MQ=255)
ttatCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTgg < 1:3032797/150‑1 (MQ=255)
atCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCt < 1:4610027/150‑1 (MQ=255)
aTTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTg < 2:250807/150‑1 (MQ=255)
aTCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAAc > 1:4294633/1‑150 (MQ=255)
tCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACg < 2:2664403/150‑1 (MQ=255)
cTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGa < 1:3002952/150‑1 (MQ=255)
tatataTTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAg > 2:3291199/1‑150 (MQ=255)
tatatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGtt > 1:2189858/1‑150 (MQ=255)
tatatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGtt > 1:1579001/1‑150 (MQ=255)
atatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGtta > 1:2632028/1‑150 (MQ=255)
tatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttat < 1:3159772/150‑1 (MQ=255)
atTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatt > 1:1088420/1‑150 (MQ=255)
atTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatt > 1:2621959/1‑150 (MQ=255)
ttCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatttat < 1:1290029/150‑1 (MQ=255)
tCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTtatttatt > 1:347575/1‑150 (MQ=255)
ccTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTatttattt < 1:13807/150‑1 (MQ=255)
tATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTAc > 2:2715807/1‑150 (MQ=255)
aTTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACa < 2:3655613/150‑1 (MQ=255)
tttttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACAt < 1:4168445/150‑1 (MQ=255)
ttttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACAtt > 2:3847129/1‑150 (MQ=255)
tCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCCGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATGTATTTACATTcac > 2:3558345/1‑150 (MQ=255)
tCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcac < 1:1632701/150‑1 (MQ=255)
cgcAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAAc < 1:3733723/150‑1 (MQ=255)
aaaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGa > 2:1531314/1‑150 (MQ=255)
aaaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGa > 2:1263165/1‑150 (MQ=255)
aaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGat < 2:449770/150‑1 (MQ=255)
cATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 1:3333694/150‑1 (MQ=255)
cATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 1:1228046/150‑1 (MQ=255)
cATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 1:1009380/150‑1 (MQ=255)
ttCATGTAATGAATTATTATCACCAAAAACAAACTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAAATATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGATATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatattt < 2:885149/150‑3 (MQ=255)
aTGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGAtatatata > 2:2003894/1‑150 (MQ=255)
tGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGAtatatatat < 2:4108690/150‑2 (MQ=255)
gTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACt < 2:441950/150‑1 (MQ=255)
gTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACt < 1:1544803/150‑1 (MQ=255)
tAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTg < 2:2322666/150‑1 (MQ=255)
aTGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCt < 1:2537322/150‑1 (MQ=255)
aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCa < 1:1850384/150‑1 (MQ=255)
aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCa < 2:644951/150‑1 (MQ=255)
aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCa < 1:4363700/150‑1 (MQ=255)
ataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAg < 1:2571906/150‑1 (MQ=255)
aatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCt > 1:2684009/1‑150 (MQ=255)
aatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCt < 2:2246470/150‑1 (MQ=255)
atTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtt > 1:2813716/1‑150 (MQ=255)
atTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtt > 2:3339505/1‑150 (MQ=255)
tATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtttt < 1:3921050/150‑1 (MQ=255)
aTCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttttt < 1:633615/150‑1 (MQ=255)
ccacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttattt < 1:94803/150‑1 (MQ=255)
ccacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttattt < 2:3103139/150‑1 (MQ=255)
acaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttta < 1:1992285/150‑1 (MQ=255)
acaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttta > 2:1468747/1‑150 (MQ=255)
acaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttta < 1:794874/150‑1 (MQ=255)
accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaaaa < 1:621627/150‑1 (MQ=255)
accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaaaa < 1:2940370/150‑1 (MQ=255)
accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaaaa > 2:1294034/1‑150 (MQ=255)
caccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaat > 2:767605/1‑150 (MQ=255)
ccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaataa < 2:4322478/150‑1 (MQ=255)
ccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaataa < 2:3317492/150‑1 (MQ=255)
cACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAAtt < 2:2984996/150‑1 (MQ=255)
aCCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAAttt > 2:2651504/1‑150 (MQ=255)
cAGCACCTTATTATTCACATGATAGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAATTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGt < 1:775733/150‑1 (MQ=255)
aGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGtt > 1:2255611/1‑150 (MQ=255)
caacTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAAAGAGTTATTTATTTACATTCACATACCGTTATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttat < 1:482144/147‑1 (MQ=255)
cACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCGGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttat < 2:492404/150‑1 (MQ=255)
cACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttat > 2:81813/1‑150 (MQ=255)
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GAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCTAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTC < SRR19973072.4352016/150‑1 (MQ=60)
AATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCA < SRR19973072.1854434/150‑1 (MQ=60)
AATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCA < SRR19973072.4372869/150‑1 (MQ=60)
AATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCA < SRR19973072.1854387/150‑1 (MQ=60)
ATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAG < SRR19973072.2577467/150‑1 (MQ=60)
AATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCT < SRR19973072.4197852/150‑1 (MQ=60)
AATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCT > SRR19973072.2689730/1‑150 (MQ=60)
AATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCT > SRR19973072.3235015/1‑150 (MQ=60)
ATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTT > SRR19973072.2819743/1‑150 (MQ=60)
TATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTT < SRR19973072.3929237/150‑1 (MQ=60)
ATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTT > SRR19973072.666948/1‑150 (MQ=60)
ATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTT < SRR19973072.635061/150‑1 (MQ=60)
ATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTT > SRR19973072.2991952/1‑150 (MQ=60)
CCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTT < SRR19973072.95046/150‑1 (MQ=60)
CCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTT < SRR19973072.2413430/150‑1 (MQ=60)
ACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTA < SRR19973072.1996578/150‑1 (MQ=60)
ACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTA < SRR19973072.796570/150‑1 (MQ=60)
CAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAA < SRR19973072.4153453/150‑1 (MQ=60)
AAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAA > SRR19973072.2638662/1‑150 (MQ=60)
ACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAA < SRR19973072.623048/150‑1 (MQ=60)
ACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAA < SRR19973072.2946659/150‑1 (MQ=60)
ACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTT < SRR19973072.7251/150‑1 (MQ=60)
CCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTG < SRR19973072.237720/150‑1 (MQ=60)
CAGCACCTTATTATTCACATGATAGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAATTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGT < SRR19973072.777381/150‑1 (MQ=60)
AGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTT > SRR19973072.2260467/1‑150 (MQ=60)
CAACTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAAAGAGTTATTTATTTACATTCACATACCGTTATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTAT < SRR19973072.483276/150‑1 (MQ=60)
TATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATA < SRR19973072.1569327/150‑1 (MQ=60)
ATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATAT > SRR19973072.1345288/1‑150 (MQ=60)
CACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTT > SRR19973072.1845305/1‑150 (MQ=60)
ATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCAT < SRR19973072.2798222/150‑1 (MQ=60)
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TGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATAGATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAAATTGTTATTAAGGATATGTTCATA > SRR19973072.894707/1‑150 (MQ=60)
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CGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTT > SRR19973072.1383357/1‑150 (MQ=60)
GTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTT < SRR19973072.1355446/150‑1 (MQ=60)
TAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTT > SRR19973072.255940/1‑150 (MQ=60)
TAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTT > SRR19973072.633125/1‑150 (MQ=60)
TAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTT > SRR19973072.633359/1‑150 (MQ=60)
TAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTT > SRR19973072.633380/1‑150 (MQ=60)
AACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTT < SRR19973072.515556/150‑1 (MQ=60)
AACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTT < SRR19973072.515554/150‑1 (MQ=60)
CTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCA < SRR19973072.2515875/150‑1 (MQ=60)
AAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAG > SRR19973072.2217483/1‑150 (MQ=60)
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TTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACC < SRR19973072.1095666/150‑1 (MQ=60)
TATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCT < SRR19973072.1507696/150‑1 (MQ=60)
TATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCT < SRR19973072.1507752/150‑1 (MQ=60)
TATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCT < SRR19973072.422229/150‑1 (MQ=60)
TATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCT < SRR19973072.3744179/150‑1 (MQ=60)
|
CAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCT > CP009273/3354256‑3354554
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
