Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,354,405 |
C→T |
100% |
intergenic (+430/‑130) |
gltD → / → gltF |
glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,354,405 | 0 | C | T | 100.0%
| 1312.4
/ ‑6.7
| 395 | intergenic (+430/‑130) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (179/215); minor base A (1/0); total (180/215) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
AAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAA > CP009273/3354258‑3354551
|
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aaTATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATTAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTAtt < 2:5051911/150‑1 (MQ=255)
aaTATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTAtt > 2:3442524/1‑150 (MQ=255)
atatGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATttatta > 2:3978653/1‑150 (MQ=255)
atatGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATATATta > 1:3992671/1‑150 (MQ=255)
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tGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaat > 2:2935397/1‑150 (MQ=255)
tGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaat > 1:2687223/1‑150 (MQ=255)
gAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaata < 2:876524/150‑1 (MQ=255)
gAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaata < 2:3115658/150‑1 (MQ=255)
aaTATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaataa > 1:593636/1‑150 (MQ=255)
aaTATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaataa < 2:3471425/150‑1 (MQ=255)
aaaaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACa < 2:2983337/150‑1 (MQ=255)
aaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATc > 2:1119354/1‑150 (MQ=255)
aaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATcc < 1:501487/150‑1 (MQ=255)
aaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATcc > 2:739438/1‑150 (MQ=255)
aaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAAATATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACAAGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATcc > 2:4517558/1‑150 (MQ=255)
aCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCa < 1:466283/150‑1 (MQ=255)
aCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATAACCACAAACAACCTCACAAGCACCTTATTATTAACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATAAATcaca > 2:1078307/1‑150 (MQ=255)
aCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTACTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCa < 2:4048017/150‑1 (MQ=255)
cAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGc > 1:115381/1‑150 (MQ=255)
cAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGc > 1:4168052/1‑150 (MQ=255)
atatatTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCaa > 2:2866122/1‑150 (MQ=255)
atatatTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCaa > 2:4341083/1‑150 (MQ=255)
ttatCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTgg < 2:5013622/150‑1 (MQ=255)
atCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCt > 2:1747105/1‑150 (MQ=255)
tCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGAAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTa > 1:3105836/1‑150 (MQ=255)
aTTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTg > 1:1449672/1‑150 (MQ=255)
tATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGaa > 2:3688393/1‑150 (MQ=255)
cTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGa > 1:4644128/1‑150 (MQ=255)
tatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttat > 2:3582862/1‑150 (MQ=255)
tatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttat < 1:2277162/150‑1 (MQ=255)
atTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatt < 2:2783077/150‑1 (MQ=255)
atTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatt > 1:1882591/1‑150 (MQ=255)
ttttCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttattt < 2:2526354/150‑1 (MQ=255)
tCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTtatttatt < 1:3864537/150‑1 (MQ=255)
cTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTAtttattta > 1:1306251/1‑150 (MQ=255)
cTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTAtttattta < 2:4630734/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACa > 2:4404960/1‑150 (MQ=255)
ttttCAGCGCACACATTCCTGTAATGAATAATTCTCACCACAACCCACCTCACCAGCACCGTCTTATTCACCTGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACAtt < 2:5243322/150‑1 (MQ=255)
tttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTc < 1:2660432/150‑1 (MQ=255)
ttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTca > 2:1582310/1‑150 (MQ=255)
aGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACaa > 2:2603197/1‑150 (MQ=255)
aGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACaa > 1:811548/1‑150 (MQ=255)
cgcAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAAc < 1:1364132/150‑1 (MQ=255)
cgcAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAAc > 2:3373130/1‑150 (MQ=255)
cAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAg < 1:1790413/150‑1 (MQ=255)
cAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAg < 1:2130083/150‑1 (MQ=255)
aaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGat < 2:388483/150‑1 (MQ=255)
cATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 2:2190069/150‑1 (MQ=255)
cATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 1:1071023/150‑1 (MQ=255)
cATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 1:3028098/150‑1 (MQ=255)
aTTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatata > 2:1393290/1‑150 (MQ=255)
aTTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatata < 1:1659620/150‑1 (MQ=255)
ttCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatatat < 1:1943935/150‑1 (MQ=255)
ttCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatatat < 1:2215430/150‑1 (MQ=255)
cATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatatatat < 1:4476999/150‑1 (MQ=255)
aTGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGAtatatata > 2:1887012/1‑150 (MQ=255)
tGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATAc < 1:2746626/150‑1 (MQ=255)
aTGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCt < 2:1815673/150‑1 (MQ=255)
aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATCTATATACTGCTTCa > 2:617567/1‑150 (MQ=255)
taatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGc > 1:231070/1‑150 (MQ=255)
aatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCt > 1:1906449/1‑150 (MQ=255)
atTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGATATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtt > 1:101784/1‑150 (MQ=255)
ttATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttt < 1:530294/150‑1 (MQ=255)
aTCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttttt > 2:2657042/1‑150 (MQ=255)
aTCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttttt < 1:322201/150‑1 (MQ=255)
caccacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttat < 2:2090039/150‑1 (MQ=255)
caccacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttat < 2:692014/150‑1 (MQ=255)
accacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt < 1:2904016/150‑1 (MQ=255)
aCCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAAttt < 1:3610603/150‑1 (MQ=255)
aCCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAAttt > 1:4742081/1‑150 (MQ=255)
aGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGtt < 1:480556/150‑1 (MQ=255)
cACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttat > 2:3165424/1‑150 (MQ=255)
cACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttat > 2:1631169/1‑150 (MQ=255)
cACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttat < 1:973416/150‑1 (MQ=255)
cACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttat < 2:2824748/150‑1 (MQ=255)
ccTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttatta < 1:3802351/150‑1 (MQ=255)
ccTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttatta < 1:775474/150‑1 (MQ=255)
ttattaTTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAg < 2:4747126/150‑1 (MQ=255)
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tattatTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAgg < 2:4206245/150‑1 (MQ=255)
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CCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTA < SRR19973062.3775393/150‑1 (MQ=60)
CCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTA > SRR19973062.876041/1‑150 (MQ=60)
CCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTA < SRR19973062.3821812/150‑1 (MQ=60)
CCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTA < SRR19973062.778945/150‑1 (MQ=60)
CCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTA > SRR19973062.5305246/1‑150 (MQ=60)
CCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTA < SRR19973062.4210144/150‑1 (MQ=60)
TATTATTCACATGATCGTAAATATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCATCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTTCTTCAGCTTTTTATTTTTAAAAATAAATTTGTTATTAAGG < SRR19973062.4864718/150‑1 (MQ=60)
ATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGA > SRR19973062.2269238/1‑150 (MQ=60)
ATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATAT > SRR19973062.2321483/1‑150 (MQ=60)
ATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATAT < SRR19973062.2297187/150‑1 (MQ=60)
ATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATAT < SRR19973062.1791439/150‑1 (MQ=60)
ATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATAT < SRR19973062.5227756/150‑1 (MQ=60)
TTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCATCAAGTTGTCTATTTCTTAACGAGTTATTTATTTACATTCACTAACAGATATATTTACTGATTCATCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATG < SRR19973062.183596/150‑1 (MQ=60)
TTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATG < SRR19973062.183409/150‑1 (MQ=60)
TTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAACTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATG < SRR19973062.5124446/150‑1 (MQ=60)
TCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGT < SRR19973062.2691780/150‑1 (MQ=60)
TCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGT < SRR19973062.5095830/150‑1 (MQ=60)
TCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGT > SRR19973062.3332961/1‑150 (MQ=60)
ACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTC > SRR19973062.3444848/1‑150 (MQ=60)
ACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTC > SRR19973062.2416724/1‑150 (MQ=60)
TGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATA < SRR19973062.1665119/150‑1 (MQ=60)
TGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATA < SRR19973062.2310155/150‑1 (MQ=60)
GATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATAT < SRR19973062.4805620/150‑1 (MQ=60)
ATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATG > SRR19973062.4775196/1‑150 (MQ=60)
TCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGT < SRR19973062.2168273/150‑1 (MQ=60)
TCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGT < SRR19973062.922613/150‑1 (MQ=60)
TCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGT < SRR19973062.3844686/150‑1 (MQ=60)
CGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTT < SRR19973062.4672502/150‑1 (MQ=60)
CGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTT > SRR19973062.3287442/1‑150 (MQ=60)
CGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTT > SRR19973062.3287452/1‑150 (MQ=60)
GTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTT < SRR19973062.1173103/150‑1 (MQ=60)
GTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTT > SRR19973062.5188752/1‑150 (MQ=60)
TAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTT < SRR19973062.2865710/150‑1 (MQ=60)
TAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTT < SRR19973062.1516314/150‑1 (MQ=60)
TAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTT < SRR19973062.5286274/150‑1 (MQ=60)
TAACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTT < SRR19973062.1516586/150‑1 (MQ=60)
AACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTT < SRR19973062.1201916/150‑1 (MQ=60)
AACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTT > SRR19973062.2271102/1‑150 (MQ=60)
ACTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTC < SRR19973062.3531912/150‑1 (MQ=60)
CTATAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCA < SRR19973062.811682/150‑1 (MQ=60)
TAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAA < SRR19973062.4427500/150‑1 (MQ=60)
TAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAA < SRR19973062.2616967/150‑1 (MQ=60)
TAAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAA < SRR19973062.2616968/150‑1 (MQ=60)
AAAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAA < SRR19973062.2408808/150‑1 (MQ=60)
AAATTTATTAACTAAATACA‑TCCCAGCCAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAG < SRR19973062.3600986/150‑1 (MQ=60)
AAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAG < SRR19973062.197139/150‑1 (MQ=60)
AAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAG < SRR19973062.1244015/150‑1 (MQ=60)
AAATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAG < SRR19973062.5328834/150‑1 (MQ=60)
AATTTATTAAATAAATACATTCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAG < SRR19973062.5003893/150‑1 (MQ=60)
ATTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGAAAGTTGGATATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGTATATTTTAATATGTTTTTAAAAAAGAA > SRR19973062.3428360/1‑150 (MQ=60)
TTTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAAC > SRR19973062.2948270/1‑150 (MQ=60)
TTATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTAAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAATGATATTTTCATATGTTTTTCAAAAAtaaac > SRR19973062.4229632/1‑145 (MQ=60)
TATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCT < SRR19973062.2197182/150‑1 (MQ=60)
TATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCT < SRR19973062.4624461/150‑1 (MQ=60)
TATTAAATAAATACA‑TCCCAGAAAGTTTTATATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCT < SRR19973062.3612784/150‑1 (MQ=60)
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CAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACA‑TCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCT > CP009273/3354256‑3354554
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
