Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F488 I0 R1
|
1275 |
300.1 |
10328444 |
91.0% |
9398884 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,354,405 |
C→T |
100% |
intergenic (+430/‑130) |
gltD → / → gltF |
glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,354,405 | 0 | C | T | 100.0%
| 448.3
/ NA
| 134 | intergenic (+430/‑130) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (61/73); total (61/73) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCA > CP009273/3354264‑3354544
|
aaTATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaataa < 2:2022335/150‑1 (MQ=255)
tataAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTaaataaat > 2:1099142/1‑150 (MQ=255)
aaaaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACa < 2:4132635/150‑1 (MQ=255)
aaaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACAt < 1:1067651/150‑1 (MQ=255)
aaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATcc < 1:611017/150‑1 (MQ=255)
aaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATccc < 2:2887865/150‑1 (MQ=255)
aCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCa < 1:981396/150‑1 (MQ=255)
attatCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTg < 2:568856/150‑1 (MQ=255)
attatCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTg < 1:1747807/150‑1 (MQ=255)
attatCATTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTg < 2:1750166/150‑1 (MQ=255)
atCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCt < 2:3708945/150‑1 (MQ=255)
atCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCt < 1:4158344/150‑1 (MQ=255)
atCCTTAATTATATATATATTTTCCTATTTTTCAGCTCAAACATTCATTTAATTAATAATTATCAACACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTTACTATAAAATTTATTTAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCt < 1:669900/150‑1 (MQ=255)
atCCTTAATTATATATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTAATTATTCACATGATCGTAACTATAAAAATTATTAAATAAATACATCACAGCAAGTTGGCt > 1:2481570/1‑150 (MQ=255)
ccTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAt > 2:1255239/1‑150 (MQ=255)
ccTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAt < 1:20416/150‑1 (MQ=255)
ccTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAt > 1:1151469/1‑150 (MQ=255)
cTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAtt < 1:2971049/150‑1 (MQ=255)
cTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAtt < 1:2971022/150‑1 (MQ=255)
cTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAtt < 2:2265743/150‑1 (MQ=255)
ttAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAttt < 1:5014444/150‑1 (MQ=255)
tAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTc < 2:2818986/150‑1 (MQ=255)
ttATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAGGTTGGCTATTTCTGa < 1:192937/150‑1 (MQ=255)
cTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGa > 1:2264670/1‑150 (MQ=255)
tatataTTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACAGTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAg < 2:3018675/150‑1 (MQ=255)
atatatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGt > 2:3830943/1‑150 (MQ=255)
tatatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGtt < 1:1651711/150‑1 (MQ=255)
tatatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGtt < 1:385136/150‑1 (MQ=255)
atatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGtta > 1:3490294/1‑150 (MQ=255)
atTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatt < 1:3880476/150‑1 (MQ=255)
atTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatt > 1:1989272/1‑150 (MQ=255)
ttCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatttat > 2:1434521/1‑150 (MQ=255)
tCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTtatttatt < 2:3540199/150‑1 (MQ=255)
tCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTtatttatt > 2:3469956/1‑150 (MQ=255)
tttttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACAt < 1:2796800/150‑1 (MQ=255)
ttttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATGTATTTACAtt > 2:4555722/1‑150 (MQ=255)
tttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTc < 2:493617/150‑1 (MQ=255)
cAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcaca > 1:1722800/1‑150 (MQ=255)
cAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcaca > 1:632681/1‑150 (MQ=255)
aGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACaa > 2:2076987/1‑150 (MQ=255)
gcgcAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACaaa < 2:4237818/150‑1 (MQ=255)
gcgcAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACaaa < 1:963831/150‑1 (MQ=255)
gcgcAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTCATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACaaa < 1:3544325/150‑1 (MQ=255)
aTTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatata < 2:120/150‑1 (MQ=255)
tCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatatata < 1:4888441/150‑1 (MQ=255)
gTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAATATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACt < 2:973363/150‑1 (MQ=255)
aaTGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGc < 1:864759/150‑1 (MQ=255)
gAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTc < 2:90868/150‑1 (MQ=255)
gAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTc < 1:3870485/150‑1 (MQ=255)
taatTATCACCACGAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACTGATATATATACTGCTGCAGc > 2:3893756/1‑150 (MQ=255)
atTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtt < 2:748164/150‑1 (MQ=255)
atTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtt > 2:2385215/1‑150 (MQ=255)
tATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtttt > 1:2832242/1‑150 (MQ=255)
tCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTtttta > 2:3515547/1‑150 (MQ=255)
tCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTtttta < 1:1448173/150‑1 (MQ=255)
tCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTtttta < 2:1737044/150‑1 (MQ=255)
caccacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttat > 1:4514649/1‑150 (MQ=255)
accacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt < 1:5099429/150‑1 (MQ=255)
accacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt < 1:5099422/150‑1 (MQ=255)
accacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt < 1:1622819/150‑1 (MQ=255)
cacaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttt < 2:551967/150‑1 (MQ=255)
cacaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttt < 1:1549242/150‑1 (MQ=255)
cacaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttt > 2:4070151/1‑150 (MQ=255)
acaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttta < 2:2227227/150‑1 (MQ=255)
acaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttta > 2:4578614/1‑150 (MQ=255)
caAACCACCTCACCAGCACCTTATTAGTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaa < 2:290143/150‑1 (MQ=255)
aaaCCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaa > 2:1274205/1‑150 (MQ=255)
aaaCCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaa > 2:3395567/1‑150 (MQ=255)
aaaCCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaa > 2:3395635/1‑150 (MQ=255)
aaaCCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaa > 1:3074257/1‑150 (MQ=255)
aaCCACCTCACCAGCCCCTTATTAGTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACACACAGATATATATACTGCTTCAGCGTTTTATTTTaaaa > 2:378605/1‑150 (MQ=255)
accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaaaa > 2:2455150/1‑150 (MQ=255)
accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaaaa > 1:1417695/1‑150 (MQ=255)
accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaaaa > 1:1417875/1‑150 (MQ=255)
ccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaataa > 1:2591950/1‑150 (MQ=255)
tCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaataaat < 1:600122/150‑1 (MQ=255)
tCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaataaat > 2:1183197/1‑150 (MQ=255)
tCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaataaat > 2:453663/1‑150 (MQ=255)
tCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaataaat < 1:2550216/150‑1 (MQ=255)
aCCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAAttt < 1:1743725/150‑1 (MQ=255)
aGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAAAAAATTTGta > 1:4124884/1‑149 (MQ=255)
cACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttat > 2:613248/1‑150 (MQ=255)
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TTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAG < SRR19973063.3778479/150‑1 (MQ=60)
TTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAG < SRR19973063.3778475/150‑1 (MQ=60)
TATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGG > SRR19973063.3452692/1‑150 (MQ=60)
TATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCAAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATATTAAAAAATAAAGTTGTTCTTAATG > SRR19973063.3452812/1‑150 (MQ=60)
ATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGTA > SRR19973063.2958618/1‑150 (MQ=60)
ATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAACTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGA < SRR19973063.2139938/150‑1 (MQ=60)
TATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATA > SRR19973063.852123/1‑150 (MQ=60)
TGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATA < SRR19973063.3195437/150‑1 (MQ=60)
GTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTT > SRR19973063.4792592/1‑150 (MQ=60)
AACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTT < SRR19973063.1258976/150‑1 (MQ=60)
ACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTC < SRR19973063.1873796/150‑1 (MQ=60)
ACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTC < SRR19973063.1873681/150‑1 (MQ=60)
CTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCACGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTGATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCA > SRR19973063.3941952/1‑150 (MQ=60)
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CAAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCA > CP009273/3354256‑3354544
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
