Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F78 I0 R1
|
626 |
241.3 |
10389380 |
77.7% |
8072548 |
149.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,084,103 |
A→T |
24.7% |
L404* (TTA→TAA) |
pgaB ← |
poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine (PGA) N‑deacetylase outer membrane export lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,084,103 | 0 | A | T | 24.7%
| 470.3
/ 177.8
| 223 | L404* (TTA→TAA) | pgaB | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine (PGA) N‑deacetylase outer membrane export lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/89); new base T (28/27); total (107/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CAAGATCTTCATATAACATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCAAATGCC > CP009273/1083954‑1084252
|
aaGATCTTCATATAACATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTaa > 2:2580175/1‑150 (MQ=255)
aGATCTTCATATAACATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTAt < 1:292686/150‑1 (MQ=255)
aGATCTTCATATAACATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAAt < 1:343618/150‑1 (MQ=255)
tCTTCATATAACATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATAcc < 2:3860833/150‑1 (MQ=255)
tCTTCATATAACATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATAcc < 1:1448907/150‑1 (MQ=255)
aaCATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCAc < 1:1261468/150‑1 (MQ=255)
aaCATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCAc > 2:265090/1‑150 (MQ=255)
aaCATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCAc < 1:3857622/150‑1 (MQ=255)
aCATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACg > 1:2840289/1‑150 (MQ=255)
cATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGc > 1:10018/1‑150 (MQ=255)
aTGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCa < 1:2918654/150‑1 (MQ=255)
aTGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCa < 2:1275320/150‑1 (MQ=255)
gCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATa > 1:212263/1‑150 (MQ=255)
ccAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAg > 2:3244992/1‑150 (MQ=255)
aaCTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGAt < 1:1454297/150‑1 (MQ=255)
ttGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGtt < 1:3549157/150‑1 (MQ=255)
tgtgCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGttt > 1:914044/1‑150 (MQ=255)
tgtgCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGttt > 2:4979524/1‑150 (MQ=255)
tgtgCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGttt < 2:707557/150‑1 (MQ=255)
gtgCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTa < 1:3058559/150‑1 (MQ=255)
tgCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTac < 1:5141374/150‑1 (MQ=255)
tgCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTac < 1:4817851/150‑1 (MQ=255)
ctctGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTacac < 2:3953774/150‑1 (MQ=255)
tGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTg > 2:2576163/1‑150 (MQ=255)
gACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGa < 1:3940187/150‑1 (MQ=255)
tctGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCg > 1:2717616/1‑150 (MQ=255)
tctGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCg > 1:4679422/1‑150 (MQ=255)
gTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGt < 2:2440580/150‑1 (MQ=255)
tCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGt > 2:2059825/1‑150 (MQ=255)
tCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTAATAGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGt > 2:895038/1‑150 (MQ=255)
gAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTaa > 2:676769/1‑150 (MQ=255)
gAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTaa > 2:1145699/1‑150 (MQ=255)
aGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTg > 1:1939978/1‑150 (MQ=255)
gagagaCGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAg > 1:46778/1‑150 (MQ=255)
agaCGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCa < 2:161982/150‑1 (MQ=255)
agaCGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCa < 1:4182495/150‑1 (MQ=255)
agaCGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCa < 2:597363/150‑1 (MQ=255)
tGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGa < 2:3596376/150‑1 (MQ=255)
tGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGa > 1:4968841/1‑150 (MQ=255)
tGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGa < 2:676436/150‑1 (MQ=255)
gATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGAc > 1:1753675/1‑150 (MQ=255)
atatTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACt < 2:4452324/150‑1 (MQ=255)
atatTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACt > 2:2219514/1‑150 (MQ=255)
tatTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTCCTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAACGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTa < 2:2715400/150‑1 (MQ=255)
atTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTaa > 1:887353/1‑150 (MQ=255)
tGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAGGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTaaaa < 1:2346048/150‑1 (MQ=255)
tGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTaaaa > 1:2704128/1‑150 (MQ=255)
cAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGTGTACGTAATTGCCAGGCAACACGACTAAAAatat > 2:4959180/1‑150 (MQ=255)
ggATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCt < 1:4720034/150‑1 (MQ=255)
tttGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCa < 1:2530376/150‑1 (MQ=255)
ttGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCAt < 1:199885/150‑1 (MQ=255)
ttGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCAt < 2:3509552/150‑1 (MQ=255)
tgCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTgg < 2:1825474/150‑1 (MQ=255)
cTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTa > 1:963885/1‑150 (MQ=255)
ttttttCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAg > 1:1016180/1‑150 (MQ=255)
ttttCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCa > 1:4390762/1‑150 (MQ=255)
tttCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCaa < 2:1504005/150‑1 (MQ=255)
ttCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCaaa > 2:1526638/1‑150 (MQ=255)
tctcCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAAc < 2:3051282/150‑1 (MQ=255)
ccccTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGAt > 2:565723/1‑150 (MQ=255)
ccccTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGAt > 2:829265/1‑150 (MQ=255)
ccccTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGAt < 1:2750393/150‑1 (MQ=255)
gTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGa > 2:7450/1‑150 (MQ=255)
ttGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGaa < 2:1459336/150‑1 (MQ=255)
gTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAAcc > 1:4775062/1‑150 (MQ=255)
tAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCa < 1:4800541/150‑1 (MQ=255)
tAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCa < 1:4800645/150‑1 (MQ=255)
aaGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAg > 2:1511077/1‑150 (MQ=255)
gTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGAc < 1:1626269/150‑1 (MQ=255)
tATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGAcc > 2:4553755/1‑150 (MQ=255)
tATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATAACGaaaccaaacc > 2:278807/1‑150 (MQ=255)
aTTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACct < 2:2519611/150‑1 (MQ=255)
aTTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACct < 2:4112242/150‑1 (MQ=255)
tttACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACctct > 2:4221588/1‑150 (MQ=255)
tttACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACctct > 2:1021237/1‑150 (MQ=255)
tACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAGCGATTTGGAAACCAGACCTCttt > 1:3513277/1‑150 (MQ=255)
tACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCttt > 1:2164136/1‑150 (MQ=255)
aCTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTg < 2:1093783/150‑1 (MQ=255)
aCTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTg < 2:3691700/150‑1 (MQ=255)
aCTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCCGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTg > 2:4705515/1‑150 (MQ=255)
tCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGAc > 2:928255/1‑150 (MQ=255)
gcgTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCa < 2:5111182/150‑1 (MQ=255)
gcgTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCa < 2:478293/150‑1 (MQ=255)
gTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATGGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGc > 2:1503730/1‑150 (MQ=255)
tAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGccc < 2:2013841/150‑1 (MQ=255)
ggATCTAAATCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCa > 2:3079731/1‑150 (MQ=255)
aTCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATc < 1:606014/150‑1 (MQ=255)
aaTCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGAt < 1:1007215/150‑1 (MQ=255)
aTCCCAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATc < 2:4625372/150‑1 (MQ=255)
tCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCa > 1:1364446/1‑150 (MQ=255)
cAGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCa > 2:2461121/1‑150 (MQ=255)
cAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCa > 1:4540564/1‑150 (MQ=255)
aGCTTTATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCaa > 1:1122032/1‑150 (MQ=255)
aGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCaa > 1:4070279/1‑150 (MQ=255)
gCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCaaa > 1:1919925/1‑150 (MQ=255)
cTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCAAAt < 1:699872/150‑1 (MQ=255)
cTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCAAAt < 1:2939616/150‑1 (MQ=255)
cTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCAAAt < 1:2580175/150‑1 (MQ=255)
ttAATACAGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCAAATg < 2:1764224/150‑1 (MQ=255)
aaTACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCAAATGcc > 1:3796751/1‑150 (MQ=255)
|
CAAGATCTTCATATAACATGCCAACTTGTGCTCTGACTCTGTCATCGAAAGGAGAGAGACGGTGATATTGTTCAGGATGAATTTGTGCTTTTTTCTCCCCTGTTGGTAAGTATTTTACTCGCGTTAATGTGGGATCTAAATCCCAGCTTAATACCGGCATCCACGCATAGATGTTTACACCTGAGCGGGTACGTAATTGCCAGGCAACCCGACTAAAAATATCTGCTTTCATTGGTAGCAAACGATTTGGAAACCAGACCTCTTTGACCAGCCCATCACCATCGGGATCAGCAAATGCC > CP009273/1083954‑1084252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
