Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F78 I0 R1
|
626 |
241.3 |
10389380 |
77.7% |
8072548 |
149.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,215,174 |
G→T |
13.8% |
pseudogene (118/2648 nt) |
ycgH → |
pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,215,174 | 0 | G | T | 13.8%
| 661.3
/ 74.2
| 230 | pseudogene (118/2648 nt) | ycgH | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/107); new base T (19/13); total (109/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
GTTTGTTAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTAT > CP009273/1215025‑1215323
|
gtttgttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATgaag > 2:4504707/1‑150 (MQ=255)
gtttgttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATgaag > 2:4504306/1‑150 (MQ=255)
gttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATc < 1:3650328/150‑1 (MQ=255)
ttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCg < 2:304619/150‑1 (MQ=255)
aTCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCg > 2:1916626/1‑150 (MQ=255)
aTCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCg < 2:2997074/150‑1 (MQ=255)
ccAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGAt > 1:4743059/1‑150 (MQ=255)
cAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGAtt < 1:2812461/150‑1 (MQ=255)
cAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGAtt > 1:989802/1‑150 (MQ=255)
cAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGAtt < 1:4413917/150‑1 (MQ=255)
cAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGAtt > 1:1667870/1‑150 (MQ=255)
cAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGAtt > 1:2277117/1‑150 (MQ=255)
atgaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGa < 1:1915204/150‑1 (MQ=255)
atgaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGAGGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGa < 2:4802468/150‑1 (MQ=255)
tgaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGaa > 1:4596663/1‑150 (MQ=255)
gaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGaaa < 2:4081247/150‑1 (MQ=255)
gaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGaaa < 2:3251820/150‑1 (MQ=255)
aatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAAt > 1:561400/1‑150 (MQ=255)
aatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAAt < 2:5009168/150‑1 (MQ=255)
tggatggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCa > 1:1996540/1‑150 (MQ=255)
tggatggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCa > 2:2655407/1‑150 (MQ=255)
tggatggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCa > 2:716298/1‑150 (MQ=255)
atggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAg > 2:1650423/1‑150 (MQ=255)
atggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAg < 1:2124458/150‑1 (MQ=255)
ggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGat < 2:3432386/150‑1 (MQ=255)
gTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGata < 1:2924087/150‑1 (MQ=255)
gTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGata < 2:1593629/150‑1 (MQ=255)
ttAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGTGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGataa < 1:936830/150‑1 (MQ=255)
aTCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGAtaataa < 2:1137349/150‑1 (MQ=255)
tATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATcc < 1:3054891/150‑1 (MQ=255)
tATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATcc > 1:1883467/1‑150 (MQ=255)
tATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATcc < 2:4106376/150‑1 (MQ=255)
gAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGAt < 2:1469600/150‑1 (MQ=255)
gAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGAt > 1:1753106/1‑150 (MQ=255)
aaaCTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATa > 1:3115967/1‑150 (MQ=255)
aaCTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATaa > 2:278949/1‑150 (MQ=255)
aCTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAg < 1:1816970/150‑1 (MQ=255)
aaaaCTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATgg < 2:5561/150‑1 (MQ=255)
aaaaCTCCCCGGGTTTAGTGTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATgg < 2:2345044/150‑1 (MQ=255)
aaaaCTCCCCGGGTTGAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATgg < 1:3579660/150‑1 (MQ=255)
cccGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTAt > 1:1173992/1‑150 (MQ=255)
cGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCt > 1:2079280/1‑150 (MQ=255)
ggTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTaa > 2:1744433/1‑150 (MQ=255)
tAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCAc > 1:1511712/1‑150 (MQ=255)
aGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACt > 2:1427970/1‑150 (MQ=255)
ttGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGaa > 2:4808952/1‑150 (MQ=255)
ggACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGAc < 2:2053338/150‑1 (MQ=255)
ggACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGAc < 1:1183473/150‑1 (MQ=255)
gACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACg > 2:4817480/1‑150 (MQ=255)
gACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACg < 2:3877655/150‑1 (MQ=255)
cTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATATCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGaa > 1:4776460/1‑150 (MQ=255)
ttGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGcc > 1:4524693/1‑150 (MQ=255)
gCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCAt < 2:2362450/150‑1 (MQ=255)
ctGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCt > 1:1435883/1‑150 (MQ=255)
tggtggtggGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCtg < 2:256631/150‑1 (MQ=255)
ggTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGaa > 2:3293054/1‑150 (MQ=255)
ggTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTg < 2:4268610/150‑1 (MQ=255)
aaTGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGAt < 2:2100159/150‑1 (MQ=255)
tGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGa > 1:4971658/1‑150 (MQ=255)
tGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGa > 1:4971621/1‑150 (MQ=255)
gCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGAc < 1:2291776/150‑1 (MQ=255)
gCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGAc < 1:23932/150‑1 (MQ=255)
atatGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACgg > 1:2282030/1‑150 (MQ=255)
atatGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACgg > 1:374986/1‑150 (MQ=255)
atGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGgtg > 1:594152/1‑150 (MQ=255)
gCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTa > 1:77643/1‑150 (MQ=255)
aaCACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAAc < 1:3014430/150‑1 (MQ=255)
aaCACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAAc < 1:416372/150‑1 (MQ=255)
cacaATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTg > 1:1784810/1‑150 (MQ=255)
caATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATTGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGa > 1:5153568/1‑150 (MQ=255)
caATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCATATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGa < 2:2228255/150‑1 (MQ=255)
aTTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGata > 2:4684425/1‑150 (MQ=255)
aTTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGata < 2:731002/150‑1 (MQ=255)
ttgttgGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGatat < 2:4440543/150‑1 (MQ=255)
gttgGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGatatat < 1:384800/150‑1 (MQ=255)
tgGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataa < 1:1020586/150‑1 (MQ=255)
gatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAaataat > 1:3882301/1‑150 (MQ=255)
atTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATg < 1:3962882/150‑1 (MQ=255)
tataGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGcc > 2:315219/1‑150 (MQ=255)
ataGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCa > 2:3868224/1‑150 (MQ=255)
aGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAgt > 1:2357184/1‑150 (MQ=255)
gTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAgtg > 1:245106/1‑150 (MQ=255)
ataATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGtgtg < 1:3272853/150‑1 (MQ=255)
aaTTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGtgat > 1:1414061/1‑150 (MQ=255)
aTTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGtgatg < 2:594152/150‑1 (MQ=255)
aTTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGtgatg < 1:2655407/150‑1 (MQ=255)
atGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtggt > 2:666909/1‑150 (MQ=255)
atGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtggt > 2:3177383/1‑150 (MQ=255)
atGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtggt < 1:5017918/150‑1 (MQ=255)
tGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtggtg < 1:4504306/150‑1 (MQ=255)
tGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtggtg < 1:2197830/150‑1 (MQ=255)
gACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGTAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGa > 1:3489081/1‑150 (MQ=255)
aCTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAATATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGAt < 2:4779165/150‑1 (MQ=255)
cTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATg > 1:818057/1‑150 (MQ=255)
tgatgaAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATgg < 2:4403989/150‑1 (MQ=255)
tgatgaAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATgg < 2:3815417/150‑1 (MQ=255)
aagaaTCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCtt > 2:519823/1‑150 (MQ=255)
agaaTCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTa < 2:4980258/150‑1 (MQ=255)
gaaTCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTAt > 1:4946398/1‑150 (MQ=255)
gaaTCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGAGGTGATGGATCTTAt > 2:364203/1‑150 (MQ=255)
|
GTTTGTTAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTAT > CP009273/1215025‑1215323
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
