Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,215,174 |
G→T |
14.3% |
pseudogene (118/2648 nt) |
ycgH → |
pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,215,174 | 0 | G | T | 14.3%
| 778.3
/ 87.4
| 261 | pseudogene (118/2648 nt) | ycgH | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (118/104); new base T (21/18); total (139/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TTTGTTAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTA > CP009273/1215026‑1215322
|
tgttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATgaagaa < 2:2105869/149‑1 (MQ=255)
gttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAAt > 2:495067/1‑149 (MQ=255)
aaTCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGc > 1:566419/1‑149 (MQ=255)
aTCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGcc < 1:788523/149‑1 (MQ=255)
aTCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGcc > 1:3531528/1‑149 (MQ=255)
aatgaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGAtt < 2:4730928/149‑1 (MQ=255)
atgaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTg > 1:2467773/1‑149 (MQ=255)
gatggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTCATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCaa > 2:4026609/1‑149 (MQ=255)
gatggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCaa > 1:2698795/1‑149 (MQ=255)
gatggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCaa > 1:2698769/1‑149 (MQ=255)
gatggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCaa < 1:1389513/149‑1 (MQ=255)
tggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAg < 2:2445561/149‑1 (MQ=255)
tggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAg < 2:2516129/149‑1 (MQ=255)
tttAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGat < 1:2353246/148‑1 (MQ=255)
tAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGataa < 1:1492186/149‑1 (MQ=255)
tAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGataa > 2:3538756/1‑149 (MQ=255)
aaTCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGataat > 2:4393044/1‑149 (MQ=255)
aaTCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGataat < 2:2450010/149‑1 (MQ=255)
aTCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGataata > 1:4361264/1‑149 (MQ=255)
tATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATc < 1:4779295/149‑1 (MQ=255)
aTGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATcc < 1:1355181/149‑1 (MQ=255)
aTGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATcc > 2:2991534/1‑149 (MQ=255)
gAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGa < 2:2280445/149‑1 (MQ=255)
aaaCTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGAt > 2:2355612/1‑149 (MQ=255)
aaCTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATa < 1:902042/149‑1 (MQ=255)
cTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAg < 2:1466742/149‑1 (MQ=255)
cTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAg > 2:677437/1‑149 (MQ=255)
tGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTCATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGt > 1:3216263/1‑149 (MQ=255)
gAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTa > 2:528369/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaCTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTaa < 1:1651550/149‑1 (MQ=255)
aaaaaCTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAAt > 2:1565704/1‑149 (MQ=255)
aaaaCTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATg > 1:3558255/1‑149 (MQ=255)
aaCTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGga < 2:3900979/149‑1 (MQ=255)
aaCTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGga < 1:3079645/149‑1 (MQ=255)
cTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGgaga > 1:4279506/1‑149 (MQ=255)
ccccGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGt < 1:5179480/149‑1 (MQ=255)
cccGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTa < 1:3555185/149‑1 (MQ=255)
ccGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAATTAATGGAGAGTAt > 1:833431/1‑149 (MQ=255)
ccGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTAt > 2:2701700/1‑149 (MQ=255)
gggTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCt < 1:3815479/149‑1 (MQ=255)
gTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTaa > 1:4020703/1‑149 (MQ=255)
gTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTaa < 2:1345111/149‑1 (MQ=255)
tttAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAAc < 2:2015659/149‑1 (MQ=255)
aGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCAc < 1:1635541/149‑1 (MQ=255)
aGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCAc < 1:1452220/149‑1 (MQ=255)
gTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACt > 1:31506/1‑149 (MQ=255)
ggACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGa < 1:3322804/149‑1 (MQ=255)
gACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGAc < 1:4546902/149‑1 (MQ=255)
aCTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACg > 1:1575949/1‑149 (MQ=255)
ttGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGc < 2:1163436/149‑1 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGcc > 2:791576/1‑149 (MQ=255)
tGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCt > 1:4852567/1‑149 (MQ=255)
tGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCt > 1:2249095/1‑149 (MQ=255)
gCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCtgt < 1:2218663/149‑1 (MQ=255)
gCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCtgt < 1:1565710/149‑1 (MQ=255)
gTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGaa > 1:1031899/1‑149 (MQ=255)
gTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGaa > 2:4482268/1‑149 (MQ=255)
aTGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGAt < 1:2078351/149‑1 (MQ=255)
aTGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGAt > 1:3668241/1‑149 (MQ=255)
tGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATg > 1:976752/1‑149 (MQ=255)
gCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGgtgt < 2:95918/149‑1 (MQ=255)
gCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGgtgt > 1:4192688/1‑149 (MQ=255)
acacAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAAc < 2:631924/149‑1 (MQ=255)
acaATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTg > 1:285393/1‑149 (MQ=255)
aaTTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGa > 2:1892463/1‑149 (MQ=255)
aaTTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGa < 1:2109836/149‑1 (MQ=255)
aTTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGat > 2:3478957/1‑149 (MQ=255)
ttgttgGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATTACGGTGTAACTTGata > 2:3572310/1‑149 (MQ=255)
ttgttgGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGata > 2:5098427/1‑149 (MQ=255)
ttgttgGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGata > 2:4052378/1‑149 (MQ=255)
gttgGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGatata < 1:1900168/149‑1 (MQ=255)
ttgGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGatatat < 1:4333446/149‑1 (MQ=255)
gatgatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaa > 2:478652/1‑149 (MQ=255)
gatgatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaa < 2:4444121/149‑1 (MQ=255)
gatgatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaa > 2:4195447/1‑149 (MQ=255)
atgatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaat > 2:2724272/1‑149 (MQ=255)
atgatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaat < 2:4525498/149‑1 (MQ=255)
gatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaataa > 2:1680128/1‑149 (MQ=255)
gatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaataa < 1:3935461/149‑1 (MQ=255)
tataGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGc < 2:5051811/149‑1 (MQ=255)
ataGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGcc < 2:1580121/149‑1 (MQ=255)
taGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCa > 2:3965618/1‑149 (MQ=255)
gTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAgt > 1:5080764/1‑149 (MQ=255)
gTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAgt > 1:1027849/1‑149 (MQ=255)
gTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAgt > 1:3623960/1‑149 (MQ=255)
aTTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGtgat < 2:1625391/149‑1 (MQ=255)
aTTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGtgat < 1:3480062/149‑1 (MQ=255)
tttCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGtgatg > 1:1980688/1‑149 (MQ=255)
tataTGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAg > 2:3549274/1‑149 (MQ=255)
tatGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATTCCAGTGTGATGACTAgtg > 2:3643234/1‑149 (MQ=255)
tatGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtg > 2:2651098/1‑149 (MQ=255)
atGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtgg > 2:1064452/1‑149 (MQ=255)
gACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtggtg > 1:2985978/1‑149 (MQ=255)
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aCTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGa < 2:3837041/149‑1 (MQ=255)
gatgaAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATgg > 2:3219308/1‑149 (MQ=255)
atgaATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGa < 2:3139765/149‑1 (MQ=255)
agaaTCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCtt > 1:2909049/1‑149 (MQ=255)
|
TTTGTTAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTA > CP009273/1215026‑1215322
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
