Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F56 I0 R1
|
543 |
285.0 |
9366284 |
95.7% |
8963533 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,215,174 |
G→T |
42.9% |
pseudogene (118/2648 nt) |
ycgH → |
pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,215,174 | 0 | G | T | 42.9%
| 169.4
/ 299.1
| 226 | pseudogene (118/2648 nt) | ycgH | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/64); new base T (58/39); total (123/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.50e-01 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TTTGTTAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTA > CP009273/1215026‑1215322
|
tttgttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATgaag > 1:3117477/1‑149 (MQ=255)
tgttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATgaataa > 2:1335397/1‑149 (MQ=255)
gttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGaataat < 1:4581818/149‑1 (MQ=255)
gttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGaataat < 2:2737727/149‑1 (MQ=255)
gttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGATCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGAATGATGAAGAAt > 2:4014045/1‑149 (MQ=255)
ttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATc < 2:757705/149‑1 (MQ=255)
tCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCg > 1:1329254/1‑149 (MQ=255)
tCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCg > 1:3665761/1‑149 (MQ=255)
tCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCg < 2:2402/149‑1 (MQ=255)
ccAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGa > 2:3266148/1‑149 (MQ=255)
aatgaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGAtt > 2:2899949/1‑149 (MQ=255)
tgaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGa < 1:2638413/149‑1 (MQ=255)
gaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGaa > 2:652024/1‑149 (MQ=255)
gaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGaa > 1:398882/1‑149 (MQ=255)
aatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGaaa < 2:4662306/149‑1 (MQ=255)
gatggTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCaa > 1:612765/1‑149 (MQ=255)
gTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGat < 1:4062956/149‑1 (MQ=255)
gTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGat < 1:4062900/149‑1 (MQ=255)
gTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGat < 1:2523177/149‑1 (MQ=255)
ttAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGata < 1:4331573/149‑1 (MQ=255)
tAATATATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGTTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGTGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGTATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGataa < 2:2834322/149‑1 (MQ=255)
aaTCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGataat > 1:3035553/1‑149 (MQ=255)
tATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATc > 1:1619144/1‑149 (MQ=255)
tATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGATAGGGAATTATTGCACTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACCATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCATATATGACTGAGGAAGAATCGCCGATAGAAAACAAAGataatcaac > 1:1618954/1‑145 (MQ=255)
aTGAAACTCAAAAAACTCCCCGTGTTTAGTTTGTGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATATTATAATTTCATATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATcc < 1:1743/149‑1 (MQ=255)
gAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTAGTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGa < 2:422165/149‑1 (MQ=255)
aaCTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATa < 2:649223/149‑1 (MQ=255)
cTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAg > 1:4555946/1‑149 (MQ=255)
aaaCTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATgg < 1:2088/149‑1 (MQ=255)
aaCTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGga < 1:268190/149‑1 (MQ=255)
aCTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGgag > 2:3066332/1‑149 (MQ=255)
cTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGgaga < 1:57376/149‑1 (MQ=255)
cTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTAGTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGgaga < 2:4200999/149‑1 (MQ=255)
tCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGagag > 2:2174072/1‑149 (MQ=255)
tCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGagag > 1:3395707/1‑149 (MQ=255)
tCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGagag > 1:4293017/1‑149 (MQ=255)
cccGGTTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTa < 2:1800965/149‑1 (MQ=255)
cccGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTa < 1:1440018/149‑1 (MQ=255)
cccGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTa < 2:4134791/149‑1 (MQ=255)
cGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATc < 2:2320815/149‑1 (MQ=255)
ggTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTa > 2:1728439/1‑149 (MQ=255)
ttAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAAcc < 1:960931/149‑1 (MQ=255)
ttGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGa < 2:876548/149‑1 (MQ=255)
ttGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGa > 2:4528711/1‑149 (MQ=255)
tGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGaa < 1:1708388/149‑1 (MQ=255)
gACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGAc > 1:1799353/1‑149 (MQ=255)
gACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGAc > 2:3801736/1‑149 (MQ=255)
aCTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACg > 1:122979/1‑149 (MQ=255)
tATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGaaa < 2:1493090/149‑1 (MQ=255)
aTTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAg > 1:1572861/1‑149 (MQ=255)
gCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCa > 2:3287715/1‑149 (MQ=255)
gCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCa < 2:3721389/149‑1 (MQ=255)
ctctGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCAt < 1:663956/149‑1 (MQ=255)
ggTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGa > 2:547922/1‑149 (MQ=255)
gTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGaa > 2:2531980/1‑149 (MQ=255)
aaTGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGa < 1:2920528/149‑1 (MQ=255)
aTGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGAt > 2:3133362/1‑149 (MQ=255)
tatGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACgg > 2:3046130/1‑149 (MQ=255)
atGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGACATGCTGTGAAAGTGGATGACGgt > 1:4150325/1‑149 (MQ=255)
tGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGgtg < 2:1178017/149‑1 (MQ=255)
acacAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAAc < 1:1150805/149‑1 (MQ=255)
acaATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTg > 2:827001/1‑149 (MQ=255)
acaATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTg > 2:827231/1‑149 (MQ=255)
acaATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTg < 1:1043291/149‑1 (MQ=255)
acaATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTg > 1:2600371/1‑149 (MQ=255)
caATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTgg < 2:3758252/149‑1 (MQ=255)
aaTTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGa < 1:1830799/149‑1 (MQ=255)
aaTTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGa > 1:3237747/1‑149 (MQ=255)
aTTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGat > 2:2898266/1‑149 (MQ=255)
gttgGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGatata < 1:1825522/149‑1 (MQ=255)
gatgatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaa > 1:383955/1‑149 (MQ=255)
atgatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaat > 2:3491482/1‑149 (MQ=255)
tgatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATTTataaata < 2:4405282/149‑1 (MQ=255)
gatTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATataaataa < 1:2711894/149‑1 (MQ=255)
atTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAaataat < 2:462233/149‑1 (MQ=255)
tataGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGc > 2:1658713/1‑149 (MQ=255)
ataGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGcc > 1:3213671/1‑149 (MQ=255)
ataGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGcc > 2:565953/1‑149 (MQ=255)
taGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCa > 2:3885094/1‑149 (MQ=255)
aGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAg < 2:1768573/149‑1 (MQ=255)
tataATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAgtg < 2:2496638/149‑1 (MQ=255)
taATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGtgtg > 2:2228711/1‑149 (MQ=255)
aTTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGtgat < 1:20029/149‑1 (MQ=255)
aTTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGtgat < 2:912524/149‑1 (MQ=255)
ttCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGtgatga < 2:1083865/149‑1 (MQ=255)
tataTGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAg < 2:950650/149‑1 (MQ=255)
tatGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtg > 2:144460/1‑149 (MQ=255)
tatGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtg > 1:500100/1‑149 (MQ=255)
tatGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtg > 1:2345225/1‑149 (MQ=255)
atGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtgg < 1:652012/149‑1 (MQ=255)
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tGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAgtggt < 1:2330415/149‑1 (MQ=255)
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cTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGAt < 2:1912771/149‑1 (MQ=255)
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aagaaTCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCt > 1:1038043/1‑149 (MQ=255)
agaaTCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCtt < 1:4449666/149‑1 (MQ=255)
gaaTCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTa > 2:3690916/1‑149 (MQ=255)
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TTTGTTAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTA > CP009273/1215026‑1215322
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
