Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
248,486 |
C→A |
88.9% |
intergenic (+46/‑6) |
dinB → / → yafN |
DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 248,486 | 0 | C | A | 88.9%
| 437.2
/ 54.7
| 180 | intergenic (+46/‑6) | dinB/yafN | DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/10); new base A (61/99); total (71/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCG > CP009273/248342‑248630
|
tGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACt > 1:1413196/1‑148 (MQ=255)
gggATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTg > 1:2239227/1‑148 (MQ=255)
ggttGAACGCCGCGGCGGGCGGGGTGTGAGTCTGGTGGGGCTGCTTGTGACGTTTCTTGACCCGGAAATGTAAACACAACTGGTGCTGTGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGt < 1:2422899/145‑1 (MQ=255)
gATGTACGCCGCGGCGGGCGCGGGGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGGATATTATGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACGGTa < 2:3081301/148‑1 (MQ=255)
gATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTa < 2:2196399/148‑1 (MQ=255)
cgccgcGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATc > 2:2492995/1‑148 (MQ=255)
cgccgcGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTGGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATAGTATTCTGTATATTCTGGTGTGCCTTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATc > 2:2492810/1‑148 (MQ=255)
gccgcGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCg > 1:2554177/1‑148 (MQ=255)
gccgcGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCg > 1:2263835/1‑148 (MQ=255)
gccgcGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCg > 1:2263834/1‑148 (MQ=255)
ccgcGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGa < 2:3239167/148‑1 (MQ=255)
ccgcGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGa < 2:1163128/148‑1 (MQ=255)
cgcgGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGaa < 2:3034382/148‑1 (MQ=255)
gcggcgGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAAt < 1:1789068/148‑1 (MQ=255)
gcgggcgCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATtct < 2:519314/148‑1 (MQ=255)
gggcgCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCg < 1:2693145/148‑1 (MQ=255)
gcgcGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCt < 2:78977/148‑1 (MQ=255)
gtgCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAAt < 1:143454/148‑1 (MQ=255)
gCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCg < 1:1016191/148‑1 (MQ=255)
cGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCgg < 2:2397228/148‑1 (MQ=255)
gTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGATGGTATAACTGGATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGt < 2:1858553/148‑1 (MQ=255)
gTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGt < 2:292142/148‑1 (MQ=255)
gTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGt < 1:2240636/148‑1 (MQ=255)
ggtggGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAat < 2:1795052/148‑1 (MQ=255)
gtggGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAata < 1:596930/148‑1 (MQ=255)
gggCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCa > 1:799235/1‑148 (MQ=255)
gggCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCa > 2:1495988/1‑148 (MQ=255)
cTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTg < 2:267077/148‑1 (MQ=255)
cTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTg < 1:2684766/148‑1 (MQ=255)
tGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGa < 2:865964/148‑1 (MQ=255)
gTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTaaa < 1:2690417/148‑1 (MQ=255)
gTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTaaa < 2:1686627/148‑1 (MQ=255)
tGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTaaaaa < 2:2991929/148‑1 (MQ=255)
tGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTaaaaa < 2:2196741/148‑1 (MQ=255)
gCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAAc < 1:2305833/148‑1 (MQ=255)
tGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCa > 2:1743083/1‑148 (MQ=255)
acacGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGc < 2:332739/145‑1 (MQ=255)
cccGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCt < 2:2669668/148‑1 (MQ=255)
cGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTaa < 2:1081326/148‑1 (MQ=255)
cGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTaa < 2:1081345/148‑1 (MQ=255)
cGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGAATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTaa > 1:969328/1‑148 (MQ=255)
gCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTaaa < 1:719041/148‑1 (MQ=255)
gCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTaaa < 1:2373190/148‑1 (MQ=255)
cAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAAt < 2:599287/148‑1 (MQ=255)
tGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACtt < 1:1147648/148‑1 (MQ=255)
gAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTa > 2:3129349/1‑148 (MQ=255)
gAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTa < 1:2488246/148‑1 (MQ=255)
gAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTa < 1:1670322/148‑1 (MQ=255)
gAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTa < 2:397773/148‑1 (MQ=255)
gAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTa < 1:3244239/148‑1 (MQ=255)
gAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTa > 2:1907248/1‑148 (MQ=255)
aaaGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTAt > 2:2096754/1‑148 (MQ=255)
aGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTg < 2:2121452/148‑1 (MQ=255)
aGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTg < 2:1731592/148‑1 (MQ=255)
aGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTg < 2:2262997/148‑1 (MQ=255)
aGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTg < 2:2263835/148‑1 (MQ=255)
gACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGa < 1:2818200/148‑1 (MQ=255)
aCAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATACATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGAt > 2:2583519/1‑148 (MQ=255)
cTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAAc < 1:1242575/148‑1 (MQ=255)
ggTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCg < 1:934326/148‑1 (MQ=255)
gTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCgg < 1:360776/148‑1 (MQ=255)
cTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTg > 2:1566114/1‑148 (MQ=255)
gggATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCg > 1:1338563/1‑148 (MQ=255)
ggATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCgg > 2:1323870/1‑148 (MQ=255)
ggATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAAACCAGCTAAATACTTTATTGATCAAACGGTTGCgg > 2:3105542/1‑148 (MQ=255)
ggATTATGATGTATATTATTATGTATAGTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCgg < 2:446455/148‑1 (MQ=255)
tATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGttct > 1:1731229/1‑148 (MQ=255)
tATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGttct > 1:1475501/1‑148 (MQ=255)
tATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGttct < 1:820474/148‑1 (MQ=255)
gatgTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGttctttc < 2:1404246/148‑1 (MQ=255)
atgTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGttctttct > 2:1475781/1‑148 (MQ=255)
atgTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGttctttct > 2:2523830/1‑148 (MQ=255)
gTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCtaa < 2:2159412/148‑1 (MQ=255)
gTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCtaa > 2:1537221/1‑148 (MQ=255)
gTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCtaa > 1:1158196/1‑148 (MQ=255)
atatTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCtaata < 1:2583259/148‑1 (MQ=255)
tattattatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCtaataa < 1:2852180/145‑1 (MQ=255)
tattatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCg < 2:840971/148‑1 (MQ=255)
attatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGc > 1:1553058/1‑148 (MQ=255)
tatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGccc > 1:396269/1‑148 (MQ=255)
tatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGccc > 1:3085026/1‑148 (MQ=255)
atatTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAg > 2:802963/1‑148 (MQ=255)
tatTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAgg < 1:1990324/148‑1 (MQ=255)
ggTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtct > 1:2351063/1‑148 (MQ=255)
tgtgCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATctct < 1:1051676/148‑1 (MQ=255)
tgtgCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATctct < 2:68423/148‑1 (MQ=255)
tgtgCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATctct < 1:2704503/148‑1 (MQ=255)
gtgCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCtt < 1:1155356/148‑1 (MQ=255)
ttattaTGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTg > 2:706289/1‑148 (MQ=255)
tattatGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGc > 1:1208644/1‑148 (MQ=255)
tattatGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGc > 1:1263098/1‑148 (MQ=255)
tattatGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGc > 1:1263617/1‑148 (MQ=255)
ttatGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCa > 1:549180/1‑148 (MQ=255)
tGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAgcg > 2:2574203/1‑148 (MQ=255)
tGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAgcg > 2:2823449/1‑148 (MQ=255)
aGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCa < 2:1077331/148‑1 (MQ=255)
aGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCa < 2:1076110/148‑1 (MQ=255)
gggTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCAt > 2:1084774/1‑148 (MQ=255)
ggTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCAtt > 2:476904/1‑148 (MQ=255)
tataACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCg > 1:2135014/1‑148 (MQ=255)
|
TGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCG > CP009273/248342‑248630
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCG > CP009273/248337‑248630
|
AAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCACAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATA > SRR19973070.2363723/1‑150 (MQ=60)
AAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCACAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATA > SRR19973070.2363703/1‑150 (MQ=60)
CCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACT < SRR19973070.368046/150‑1 (MQ=60)
CCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACT > SRR19973070.1422854/1‑150 (MQ=60)
CTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTG > SRR19973070.2254004/1‑150 (MQ=60)
GGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTA > SRR19973070.2890779/1‑150 (MQ=60)
GGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTA > SRR19973070.1270640/1‑150 (MQ=60)
GGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTA > SRR19973070.1413763/1‑150 (MQ=60)
GGTTGAACGCCGCGGCGGGCGGGGTGTGAGTCTGGTGGGGCTGCTTGTGACGTTTCTTGACCCGGAAATGTAAACACAACTGGTGCTGTGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTAT < SRR19973070.2438829/150‑1 (MQ=60)
ACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCG > SRR19973070.2570873/1‑150 (MQ=60)
ACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCG > SRR19973070.2278858/1‑150 (MQ=60)
ACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCG > SRR19973070.2278857/1‑150 (MQ=60)
ACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCG > SRR19973070.2278013/1‑150 (MQ=60)
GCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTC < SRR19973070.1801431/150‑1 (MQ=60)
GCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCG < SRR19973070.989790/150‑1 (MQ=60)
GGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCT < SRR19973070.2710588/150‑1 (MQ=60)
GGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCT < SRR19973070.155462/150‑1 (MQ=60)
TGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATC > SRR19973070.2858431/1‑150 (MQ=60)
GTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCG < SRR19973070.144689/150‑1 (MQ=60)
GCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGT < SRR19973070.1023408/150‑1 (MQ=60)
GTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCA < SRR19973070.2255425/150‑1 (MQ=60)
GTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCA < SRR19973070.2255404/150‑1 (MQ=60)
TGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAAGA < SRR19973070.2727316/150‑1 (MQ=60)
GTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATC < SRR19973070.601080/150‑1 (MQ=60)
TGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATNTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCA > SRR19973070.1688419/1‑150 (MQ=60)
TGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCA > SRR19973070.804746/1‑150 (MQ=60)
CTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAG < SRR19973070.2702176/150‑1 (MQ=60)
TGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTA > SRR19973070.2691029/1‑150 (MQ=60)
GTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAA < SRR19973070.2707847/150‑1 (MQ=60)
GCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCC < SRR19973070.2321167/150‑1 (MQ=60)
GACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCT > SRR19973070.2291642/1‑150 (MQ=60)
CCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGAATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAA > SRR19973070.976247/1‑150 (MQ=60)
CGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAAT < SRR19973070.271673/150‑1 (MQ=60)
GCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATA < SRR19973070.2388881/150‑1 (MQ=60)
GCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATA < SRR19973070.724166/150‑1 (MQ=60)
GCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATAGTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATA < SRR19973070.2388800/150‑1 (MQ=60)
AAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACT < SRR19973070.3279017/150‑1 (MQ=60)
TGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTA < SRR19973070.1155633/150‑1 (MQ=60)
GAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATT < SRR19973070.836203/150‑1 (MQ=60)
GAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATT < SRR19973070.2504406/150‑1 (MQ=60)
GAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATT < SRR19973070.1681783/150‑1 (MQ=60)
GAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATT < SRR19973070.3265152/150‑1 (MQ=60)
GAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATT < SRR19973070.1958440/150‑1 (MQ=60)
AGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGAT > SRR19973070.2428120/1‑150 (MQ=60)
AGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGAT < SRR19973070.588485/150‑1 (MQ=60)
GACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATC < SRR19973070.2836418/150‑1 (MQ=60)
CTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCG < SRR19973070.1251284/150‑1 (MQ=60)
GGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGT < SRR19973070.940992/150‑1 (MQ=60)
GTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTT < SRR19973070.674106/150‑1 (MQ=60)
GTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTG < SRR19973070.363415/150‑1 (MQ=60)
CTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCG > SRR19973070.1347767/1‑150 (MQ=60)
CTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCG > SRR19973070.1347757/1‑150 (MQ=60)
GATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTC > SRR19973070.1157639/1‑150 (MQ=60)
ATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCT > SRR19973070.259918/1‑150 (MQ=60)
ATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCT > SRR19973070.1485822/1‑150 (MQ=60)
ATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCT > SRR19973070.1743237/1‑150 (MQ=60)
ATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCT < SRR19973070.390858/150‑1 (MQ=60)
TATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTT < SRR19973070.826070/150‑1 (MQ=60)
TATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTT < SRR19973070.826069/150‑1 (MQ=60)
ATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAA > SRR19973070.1166294/1‑150 (MQ=60)
ATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAA > SRR19973070.1166296/1‑150 (MQ=60)
GTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTTAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATA > SRR19973070.2330108/1‑150 (MQ=60)
ATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAAT < SRR19973070.2600143/150‑1 (MQ=60)
ATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAAT < SRR19973070.2164169/150‑1 (MQ=60)
TATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATC > SRR19973070.2506100/1‑150 (MQ=60)
TATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATC > SRR19973070.1072758/1‑150 (MQ=60)
TATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATC < SRR19973070.2870651/150‑1 (MQ=60)
CTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGC > SRR19973070.1563985/1‑150 (MQ=60)
ATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCC > SRR19973070.3104867/1‑150 (MQ=60)
ATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCC > SRR19973070.1451879/1‑150 (MQ=60)
ATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCC > SRR19973070.399184/1‑150 (MQ=60)
ATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCC > SRR19973070.399438/1‑150 (MQ=60)
TATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGAT < SRR19973070.2003843/150‑1 (MQ=60)
TATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGAT < SRR19973070.2003800/150‑1 (MQ=60)
CTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCT > SRR19973070.2366648/1‑150 (MQ=60)
GGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCT < SRR19973070.2706778/150‑1 (MQ=60)
GTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTT < SRR19973070.968343/150‑1 (MQ=60)
TGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTA < SRR19973070.2721994/150‑1 (MQ=60)
TGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTA < SRR19973070.1059074/150‑1 (MQ=60)
GTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAA < SRR19973070.1163421/150‑1 (MQ=60)
GTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGCCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAA < SRR19973070.1163422/150‑1 (MQ=60)
ATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGC > SRR19973070.1271945/1‑150 (MQ=60)
ATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGC > SRR19973070.1217135/1‑150 (MQ=60)
ATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGC > SRR19973070.1272050/1‑150 (MQ=60)
ATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGC > SRR19973070.1272467/1‑150 (MQ=60)
TATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCA > SRR19973070.552833/1‑150 (MQ=60)
TATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGATAAATACTTTATAGATCAACCGGTTTCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGCATATCTATTAAGTGCAAGCG > SRR19973070.1647086/1‑150 (MQ=60)
GGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCG > SRR19973070.2149274/1‑150 (MQ=60)
|
AAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCG > CP009273/248337‑248630
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |