Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,118,591 |
C→A |
8.6% |
G47C (GGT→TGT) |
yceB ← |
lipoprotein, DUF1439 family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,118,591 | 0 | C | A | 8.6%
| 472.8
/ 17.0
| 139 | G47C (GGT→TGT) | yceB | lipoprotein, DUF1439 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/63); new base A (5/7); total (69/70) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTCCT > CP009273/1118444‑1118738
|
ttCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTTGGTGGTAAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGa > 2:1572277/1‑148 (MQ=255)
gTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACAAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCtt < 2:2211436/148‑1 (MQ=255)
tCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGaa > 2:726137/1‑148 (MQ=255)
cTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGAGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTAAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAattat > 1:1324267/1‑148 (MQ=255)
tACCGAACAGGGAGTTCTTGTCCGGTTTGGGGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCTGGTTTGTCAGAAAAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAattatt < 1:1908682/148‑1 (MQ=255)
tACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGTTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATCTGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAattatt < 2:1316971/148‑1 (MQ=255)
tACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGACTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAattatt < 2:878134/148‑1 (MQ=255)
aCCGAACTGGTTGTTATTGTCCAGTGTGGGGTCTCGGTTTTGGGTAACTTTTTTCGGCTCTTCGCGACAATTTTGGCTGGTCTGGTTTTTCATAAAAATTGGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAAttatta < 1:416577/148‑1 (MQ=255)
gAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGt < 2:2890493/148‑1 (MQ=255)
aaCAGGGAGTTCATGTCCAGTTTGGCGTCTCCGGTTAGGTTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGtt < 2:1021988/148‑1 (MQ=255)
actggtaGTTCTTGTCCAGTTTGGCGTCTCGGTTTTGGGTAACCTTATTCGGATCTTCGCTACAAATTTGGGTGTTCTGGTTTTTAATAACATTATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGttt < 1:3484498/142‑1 (MQ=255)
accgggTGTTCTTGTCCAGTTTGGCGTCTCCGGTTTGGGTAACCTTTTTCGGCTCTTCGCGACAAATTTGGCTGGTCAGTTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCACCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGttt < 2:3274255/145‑1 (MQ=255)
aCAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATAGGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGttt < 2:1423698/148‑1 (MQ=255)
ttCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCg > 1:832055/1‑148 (MQ=255)
ttCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCg > 1:832056/1‑148 (MQ=255)
tCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGa > 2:171871/1‑148 (MQ=255)
aTGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACAGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACt > 2:447820/1‑148 (MQ=255)
gTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTCTTATGTTTCGCAAGCGACTgg > 2:2124197/1‑148 (MQ=255)
gTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACAGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTgg > 1:3375887/1‑148 (MQ=255)
tttGGCGTCTCCGTTTCGGGAAACCTTTTGCGGCTCTTCGCGACCAATTGGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATAGGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAAtt < 2:418523/147‑1 (MQ=255)
aTTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAAtt > 1:1920221/1‑148 (MQ=255)
tcCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCg > 1:2860570/1‑148 (MQ=255)
ccGGTTCGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTGGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCgg < 2:2022798/148‑1 (MQ=255)
cGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGt < 2:2091771/148‑1 (MQ=255)
cGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGt > 2:1592740/1‑148 (MQ=255)
cGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGt > 1:2651906/1‑148 (MQ=255)
ggTTAGGTAAACCTTCTGCGGCTCTCCGCCACCATTTTGGCTGGTCAGGTTTGACATAACAATAGGGGCGACAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTg < 2:2713447/148‑1 (MQ=255)
gTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGa < 2:2314627/148‑1 (MQ=255)
ttAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGAt > 1:127103/1‑148 (MQ=255)
ttAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGAt > 1:127087/1‑148 (MQ=255)
tAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATg > 2:254271/1‑148 (MQ=255)
tAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATg > 1:994168/1‑148 (MQ=255)
tAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATg > 2:254446/1‑148 (MQ=255)
tAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATg > 1:453114/1‑148 (MQ=255)
gggTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGgt > 1:3507829/1‑148 (MQ=255)
tAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTa > 1:3317568/1‑148 (MQ=255)
aCCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTAtt > 2:3492484/1‑148 (MQ=255)
ccTTTTTGGGCTCTGCGCTACAATTTTGGTGGGTCGTTTTTGACATAACATTCGGGGCGACCCCCACGCCGGTTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTg < 1:2162681/148‑1 (MQ=255)
ccTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTg > 2:2802957/1‑148 (MQ=255)
tATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGt > 1:2845676/1‑148 (MQ=255)
tATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGt > 1:2242448/1‑148 (MQ=255)
tATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGt < 2:3501280/148‑1 (MQ=255)
tCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAg > 1:103675/1‑148 (MQ=255)
tCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAg > 1:103653/1‑148 (MQ=255)
tCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAg > 1:1902405/1‑148 (MQ=255)
cGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGt > 1:1786292/1‑148 (MQ=255)
cGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATAGGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGt < 2:2038487/148‑1 (MQ=255)
cgcgACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACa > 1:398811/1‑148 (MQ=255)
aCCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCa > 1:1955593/1‑148 (MQ=255)
aTTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGa > 2:791241/1‑148 (MQ=255)
ttGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGc < 2:880230/148‑1 (MQ=255)
ttGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGc > 2:2555921/1‑148 (MQ=255)
gcgggTCTGTTTTGTCACAACAATATGGGCGACACCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAgg < 1:3189026/145‑1 (MQ=255)
cgggTCTGTTTTGTCACAACATTTGGGGCGACCGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGc < 1:413355/146‑1 (MQ=255)
ggTCTGTTTTGTCACACCAATCGGGGCGTCCGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCa < 1:2939374/148‑1 (MQ=255)
ggTCAGTTTGGTCACAACAATATGGGCGTCCGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCa < 1:250530/148‑1 (MQ=255)
ggTCAGGTTTGTCAGAACAATAGGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCa < 2:2814884/148‑1 (MQ=255)
gTCTGGTTGGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCAc < 2:217837/148‑1 (MQ=255)
tCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACt > 1:785120/1‑148 (MQ=255)
gTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACg > 1:2315781/1‑148 (MQ=255)
tttGTCATAACATTTGGGGCGTCCCCCACGCCGTGTTAACCGATATCTTTTGAGAATTTATTTTTTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGa < 1:2349871/148‑1 (MQ=255)
ttGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGAt > 2:570273/1‑148 (MQ=255)
ttGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGAt > 2:2356341/1‑148 (MQ=255)
tGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACAGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATc > 1:2117193/1‑148 (MQ=255)
tGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACAGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGACAACGAGCAGGCCACTGACGATc > 1:2021469/1‑148 (MQ=255)
gTCATAACAATCGGGGCGACCCCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCa < 1:2113222/148‑1 (MQ=255)
tCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCaa > 2:595093/1‑148 (MQ=255)
tCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCaa > 2:595105/1‑148 (MQ=255)
tCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTAGTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCaa > 2:3254799/1‑148 (MQ=255)
gAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGc > 2:668919/1‑148 (MQ=255)
gAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGc > 2:2453580/1‑148 (MQ=255)
caaCAATTTGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGc < 1:2947930/147‑1 (MQ=255)
aaCAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCa > 1:2435510/1‑148 (MQ=255)
aaCAATAGGGGCTCCCCCCACGCCGGGTAAACAGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCa < 1:56833/148‑1 (MQ=255)
aCAATCGGGGCGACACCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGTAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAg < 2:2150733/148‑1 (MQ=255)
catgatGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACAGATATCTTGTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGc < 2:3106099/144‑1 (MQ=255)
cAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGc > 2:2529927/1‑148 (MQ=255)
atatGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCgg > 1:2151954/1‑148 (MQ=255)
tatGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGc > 1:3466385/1‑148 (MQ=255)
tatGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGc < 2:1763881/148‑1 (MQ=255)
tGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCaa > 1:3304520/1‑148 (MQ=255)
gggCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCaaa < 1:171871/148‑1 (MQ=255)
tCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATaaaa > 1:167835/1‑148 (MQ=255)
cAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATaaaaa < 1:515800/148‑1 (MQ=255)
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gCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACt < 1:254284/148‑1 (MQ=255)
gCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACt < 1:254446/148‑1 (MQ=255)
gCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACt < 2:2651906/148‑1 (MQ=255)
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cGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCAt < 2:2880356/148‑1 (MQ=255)
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ggTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATgg > 1:2473200/1‑148 (MQ=255)
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tataCCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTa < 2:836782/145‑1 (MQ=255)
aCCTATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTc < 1:1351064/148‑1 (MQ=255)
aCCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTc < 1:2284787/148‑1 (MQ=255)
aCCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTc > 1:2018421/1‑148 (MQ=255)
ccGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTcc > 1:651240/1‑148 (MQ=255)
ccGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTcc > 2:1609744/1‑148 (MQ=255)
cGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTCCt > 1:2088380/1‑148 (MQ=255)
|
GTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTCCT > CP009273/1118444‑1118738
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
