Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,217,818 |
G→T |
6.5% |
V54F (GTT→TTT) |
yjbB → |
putative Na+/Pi‑cotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,217,818 | 0 | G | T | 6.5%
| 1199.2
/ 32.4
| 312 | V54F (GTT→TTT) | yjbB | putative Na+/Pi‑cotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (147/144); new base T (12/9); total (159/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GCTTCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGA > CP009273/4217670‑4217966
|
ctTCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGt < 2:2337077/149‑1 (MQ=255)
ttCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCttt < 2:3359336/149‑1 (MQ=255)
ttCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGtt > 2:2417990/1‑149 (MQ=255)
tCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGATAGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGAGTTa > 2:3908578/1‑149 (MQ=255)
tCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTa > 2:2021184/1‑149 (MQ=255)
tCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTa > 2:190097/1‑149 (MQ=255)
cACCTGCTGTCGGCCGTCGCCCGGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAAGGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACGGCCCTTCGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTAc < 1:2990772/149‑1 (MQ=255)
ccTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTGTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCg > 1:3143073/1‑149 (MQ=255)
cTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGc > 2:2262854/1‑149 (MQ=255)
cTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGc > 2:710560/1‑149 (MQ=255)
cTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACt > 2:4283485/1‑149 (MQ=255)
tttCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTg < 2:2149555/149‑1 (MQ=255)
ttCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTgg > 1:4131044/1‑149 (MQ=255)
tCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGt < 2:2772449/149‑1 (MQ=255)
tGCCGGCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTATGGCGCGTCTTCGGCGCGCTTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTAc < 1:1000499/149‑1 (MQ=255)
ccGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACag < 2:1789038/149‑1 (MQ=255)
gCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAg > 2:1832184/1‑149 (MQ=255)
gCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAg < 2:4100785/149‑1 (MQ=255)
cccTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGt > 2:440853/1‑149 (MQ=255)
cccTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGt < 2:4189962/149‑1 (MQ=255)
gctgGTCGGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATg < 1:2235965/149‑1 (MQ=255)
ggTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTCATGcca > 2:4362495/1‑149 (MQ=255)
ggTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGcca > 1:3785304/1‑149 (MQ=255)
tCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGccacc > 2:2489674/1‑149 (MQ=255)
tGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGccaccac < 1:3400152/149‑1 (MQ=255)
gggggACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGGCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTGTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGccaccacc > 2:1151624/1‑149 (MQ=255)
gggACTCATTTTGTTCGAACCGGCGTAATGCGGGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCTAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCAt < 1:2402407/149‑1 (MQ=255)
gACTCATCTTGTCCGACCCGGCGTATGGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTCCTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGc < 1:2076156/149‑1 (MQ=255)
gACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGc > 2:2723862/1‑149 (MQ=255)
aCTCATATTGTGCGAACCGGCGTAAGGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACGGTCCTTCGCCGGAGCGTCTAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCt < 1:77629/149‑1 (MQ=255)
cATATTGTTCGAACCGGCGTAAGGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGt < 1:3829042/149‑1 (MQ=255)
atatTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTg < 2:2648028/149‑1 (MQ=255)
tatTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGa < 1:683753/149‑1 (MQ=255)
tCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGt < 2:2924447/149‑1 (MQ=255)
gAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGttt < 2:1851042/149‑1 (MQ=255)
aaCCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTg > 1:591904/1‑149 (MQ=255)
aaCCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTg < 2:4560996/149‑1 (MQ=255)
ggCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGc > 2:446295/1‑149 (MQ=255)
gTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCa > 2:2132909/1‑149 (MQ=255)
gTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCa > 2:3023323/1‑149 (MQ=255)
gTAATGCGCGTCGTCGGCGCGCGTTTGCGTAGTGTCCTTAGCCGGAGCGTCTAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCa < 1:2004920/149‑1 (MQ=255)
gcgcGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATc < 1:110094/149‑1 (MQ=255)
cgcgTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCt < 2:4363680/149‑1 (MQ=255)
cgcgTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCt < 2:1119864/149‑1 (MQ=255)
cgcgTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCt < 1:235198/149‑1 (MQ=255)
cgTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTgg < 1:47839/149‑1 (MQ=255)
cgTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTgg < 2:885384/149‑1 (MQ=255)
cgTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCAGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTgg > 1:2678201/1‑149 (MQ=255)
gTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGt > 1:1161603/1‑149 (MQ=255)
gTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGt < 2:3649378/149‑1 (MQ=255)
cGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGccc < 1:3525196/149‑1 (MQ=255)
cGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGccc < 2:4151176/149‑1 (MQ=255)
cGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGccc > 1:1722562/1‑149 (MQ=255)
cGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGccc < 1:1499499/149‑1 (MQ=255)
gcgcgTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAGGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGc > 1:441597/1‑149 (MQ=255)
gcgcgTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGc > 1:2520341/1‑149 (MQ=255)
cgcgTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCa < 1:3671178/149‑1 (MQ=255)
gcgTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCAc > 2:2546870/1‑149 (MQ=255)
tttGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCgg > 2:2513579/1‑149 (MQ=255)
tttGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCgg > 2:4180243/1‑149 (MQ=255)
ttGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGc < 2:4677257/149‑1 (MQ=255)
tGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGct < 2:1578060/149‑1 (MQ=255)
gCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGctc < 2:132397/149‑1 (MQ=255)
cTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTc > 1:282085/1‑149 (MQ=255)
cTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTc > 1:4124342/1‑149 (MQ=255)
ccTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATtg > 2:1471731/1‑149 (MQ=255)
aGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCt > 1:1301774/1‑149 (MQ=255)
gCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTg > 1:3774626/1‑149 (MQ=255)
gCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTg > 1:1886566/1‑149 (MQ=255)
ccGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTgg < 2:511569/149‑1 (MQ=255)
ccGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTgg > 2:3468917/1‑149 (MQ=255)
ccGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCCTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTgg > 2:1702251/1‑149 (MQ=255)
cGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTggg < 2:3240039/149‑1 (MQ=255)
ggAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGt > 2:3762388/1‑149 (MQ=255)
gTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGa < 1:2633407/149‑1 (MQ=255)
gTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGa < 1:386653/149‑1 (MQ=255)
cGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATg > 1:561156/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaaGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGTGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTc > 1:2735405/1‑149 (MQ=255)
aaaaaaGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCg > 1:1364305/1‑149 (MQ=255)
aaaaaGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCgg < 1:4202480/149‑1 (MQ=255)
aaaGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGa < 1:4060342/149‑1 (MQ=255)
aaGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGAc < 2:1007355/149‑1 (MQ=255)
ccGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGgc < 2:938838/149‑1 (MQ=255)
gCTCGCCTTGTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGgcgc < 2:3093005/149‑1 (MQ=255)
cTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCt < 2:2851046/149‑1 (MQ=255)
cGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTaa < 1:1226309/149‑1 (MQ=255)
ccTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATg < 1:4694473/149‑1 (MQ=255)
cTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATgg > 1:659549/1‑149 (MQ=255)
ttttGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGgc < 2:828547/149‑1 (MQ=255)
cgcgGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTa < 1:830800/149‑1 (MQ=255)
ggggATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATtc < 1:2610860/149‑1 (MQ=255)
gggATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATtct > 1:2962891/1‑149 (MQ=255)
ggATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATtctc > 1:930556/1‑149 (MQ=255)
ggATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGAGGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATtctc > 2:734539/1‑149 (MQ=255)
aTCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCAc < 1:1543413/149‑1 (MQ=255)
tCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCAcc < 1:2894511/149‑1 (MQ=255)
tCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCAcc > 1:4459617/1‑149 (MQ=255)
gCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTc < 1:3284285/149‑1 (MQ=255)
cGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCg < 2:4326681/149‑1 (MQ=255)
gTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGa < 1:2259152/149‑1 (MQ=255)
|
GCTTCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGA > CP009273/4217670‑4217966
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
