Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
747,973 |
C→A |
100% |
P93P (CCG→CCT) |
ybgD ← |
putative fimbrial‑like adhesin protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 747,973 | 0 | C | A | 97.5%
| 754.3
/ 8.8
| 242 | P93P (CCG→CCT) | ybgD | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/2); new base A (109/127); total (113/129) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TGAACCTAATACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACCGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATGTTTTTATCAATATCTTCTGGA > CP009273/747829‑748117
|
gAACCTAATACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCa < 2:2416920/148‑1 (MQ=255)
gAACCTAATACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCa < 2:2102207/148‑1 (MQ=255)
aaCCTAATACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCAt > 1:2880953/1‑148 (MQ=255)
aaCCTAATACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCAt < 1:1876895/148‑1 (MQ=255)
aCCTAATACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCAtt < 1:445374/148‑1 (MQ=255)
ccTAATACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTc > 1:2612319/1‑148 (MQ=255)
ccTAATACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTc < 2:618795/148‑1 (MQ=255)
aaTACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGc > 1:3098713/1‑148 (MQ=255)
aaTACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGc > 1:467675/1‑148 (MQ=255)
aTACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCt > 1:2530936/1‑148 (MQ=255)
tACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTa < 1:1021950/148‑1 (MQ=255)
aCGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTAc > 1:1244437/1‑148 (MQ=255)
gTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTg > 2:1477046/1‑148 (MQ=255)
gTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTg > 2:1605285/1‑148 (MQ=255)
gTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTg < 2:2574307/148‑1 (MQ=255)
ttACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGt > 1:204397/1‑148 (MQ=255)
cGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGa < 1:3479400/148‑1 (MQ=255)
tttttGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAgcag > 1:1479956/1‑148 (MQ=255)
tttttGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAgcag > 1:356883/1‑148 (MQ=255)
tttttGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAgcag > 1:1997392/1‑148 (MQ=255)
tttttGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAgcag > 1:2135506/1‑148 (MQ=255)
ttttGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAgcagg > 1:376454/1‑148 (MQ=255)
ttttGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAgcagg > 2:1715242/1‑148 (MQ=255)
ttttGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAgcagg > 2:876235/1‑148 (MQ=255)
ttGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAgcaggca > 2:2647317/1‑148 (MQ=255)
tCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGAt < 2:2608760/148‑1 (MQ=255)
ccATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACCGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATc > 1:1117636/1‑148 (MQ=255)
ccATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATc > 2:3574593/1‑148 (MQ=255)
aTCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATcac < 2:1676776/148‑1 (MQ=255)
tCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATcaca < 1:3676199/148‑1 (MQ=255)
tCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATcaca > 2:378251/1‑148 (MQ=255)
aGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGt > 1:3273279/1‑148 (MQ=255)
gTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGtt > 1:676524/1‑148 (MQ=255)
tCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTg > 2:1781083/1‑148 (MQ=255)
tCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTg > 2:6861/1‑148 (MQ=255)
cGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGa < 1:2570316/148‑1 (MQ=255)
acacCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCa < 2:3466579/148‑1 (MQ=255)
acacCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCa < 2:1634287/148‑1 (MQ=255)
acCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCacg < 1:901190/148‑3 (MQ=255)
ccccAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAAt < 2:1140341/148‑1 (MQ=255)
ccAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGt < 1:1020774/148‑1 (MQ=255)
ccAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGt > 1:2360590/1‑148 (MQ=255)
aGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCg < 1:1905861/148‑1 (MQ=255)
gTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGa > 1:2316090/1‑148 (MQ=255)
ttCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGcc > 2:1773528/1‑148 (MQ=255)
tCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCa < 2:3129520/148‑1 (MQ=255)
tCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCa > 2:3581765/1‑148 (MQ=255)
ccTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACtt < 1:1690234/148‑1 (MQ=255)
gCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTAt < 2:3663058/148‑1 (MQ=255)
cACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTAtt > 1:1344203/1‑148 (MQ=255)
tGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTAACGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTTCt > 2:498298/1‑148 (MQ=255)
ggTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTa > 2:447029/1‑148 (MQ=255)
tgtTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTatg > 2:533805/1‑148 (MQ=255)
gtTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTatga > 2:3725295/1‑148 (MQ=255)
cTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCt < 1:3794787/148‑1 (MQ=255)
caacaaAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTcc < 2:3635144/148‑1 (MQ=255)
caacaaAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTcc < 2:28017/148‑1 (MQ=255)
caaAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCgg < 2:1405952/148‑1 (MQ=255)
gCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTtat < 2:1499655/148‑1 (MQ=255)
gCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTtat < 2:1500155/148‑1 (MQ=255)
gCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTtat < 2:288111/148‑1 (MQ=255)
cGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTtata < 2:1885041/148‑1 (MQ=255)
cGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTtata < 2:2639648/148‑1 (MQ=255)
gCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATggg < 1:1800117/148‑1 (MQ=255)
cACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGACACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGt < 1:548585/148‑1 (MQ=255)
ccAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTg < 1:2457726/148‑1 (MQ=255)
cAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGt < 2:2286596/148‑1 (MQ=255)
ttGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGt > 2:1251198/1‑148 (MQ=255)
gCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTc < 2:370881/148‑1 (MQ=255)
gCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTc < 2:3263740/148‑1 (MQ=255)
ccGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTcc > 2:305085/1‑148 (MQ=255)
tGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAg > 1:2833104/1‑148 (MQ=255)
tGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAg > 1:30276/1‑148 (MQ=255)
cTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGAt < 1:2654272/148‑1 (MQ=255)
cTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTACGCTAGCGTTGTCAGTAGCAGGCAGATCAGAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGAt < 1:708552/148‑1 (MQ=255)
aTCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCt > 2:2069825/1‑148 (MQ=255)
tCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTa > 2:3755332/1‑148 (MQ=255)
gAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATg < 2:2471028/148‑1 (MQ=255)
gAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATg < 1:2263710/148‑1 (MQ=255)
gAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATg < 1:1337013/148‑1 (MQ=255)
aaGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATGt < 2:1244437/148‑1 (MQ=255)
aGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATGtt < 1:3459551/148‑1 (MQ=255)
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ggTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATGttt > 1:3356515/1‑148 (MQ=255)
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TGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGAT < SRR19973069.2353732/150‑1 (MQ=60)
GTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATG < SRR19973069.2446265/150‑1 (MQ=60)
CTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCC < SRR19973069.3819382/150‑1 (MQ=60)
CAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAAATTTGGAAACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCG > SRR19973069.2048690/1‑150 (MQ=60)
ACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACCGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGT > SRR19973069.867820/1‑150 (MQ=60)
AAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTT > SRR19973069.468435/1‑150 (MQ=60)
AAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTT < SRR19973069.1901525/150‑1 (MQ=60)
GCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTT < SRR19973069.1812793/150‑1 (MQ=60)
CACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTG > SRR19973069.2604789/1‑150 (MQ=60)
CACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTG > SRR19973069.2604809/1‑150 (MQ=60)
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CCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTC > SRR19973069.2183454/1‑150 (MQ=60)
CAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCG < SRR19973069.1834060/150‑1 (MQ=60)
CAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCG < SRR19973069.1560116/150‑1 (MQ=60)
AGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGACTGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGT > SRR19973069.2069586/1‑150 (MQ=60)
AGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGT > SRR19973069.3583973/1‑150 (MQ=60)
AGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGT > SRR19973069.3584084/1‑150 (MQ=60)
CTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTG > SRR19973069.2949312/1‑150 (MQ=60)
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CGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAG < SRR19973069.6972/150‑1 (MQ=60)
CTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCT < SRR19973069.2313749/150‑1 (MQ=60)
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CTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTACGCTAGCGTTGTCAGTAGCAGGCAGATCAGAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCT < SRR19973069.713528/150‑1 (MQ=60)
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TCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATG < SRR19973069.1315330/150‑1 (MQ=60)
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GAAGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATGTT < SRR19973069.1816882/150‑1 (MQ=60)
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AGGTTACGCCAACTTTGGATACAGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATGTTTT < SRR19973069.3481948/150‑1 (MQ=60)
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AGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATGTTTTTATCAATATCTTCTGGATGAAT > SRR19973069.525192/1‑150 (MQ=60)
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CGGCTGAACCTAATACGATGTTACCGTCATTTTTGTCCATCAGTCGTACACCGACCCCAGTTGCTTCGCCTGCACTGGTGTTGCTCAACAAAGGCGTAGCACCAGTTGTCTTAGCCGTGCTATCGAAGGTTACGCCAACTTTGGATACCGGCATTCCGCTACCGTTGTCAGAAGCAGGCAGATCACAGTTGATCAAGCGAATGTCGACGGCCACTTTATTGCTATGATGCTCCCGGTTTATATGGGTTGTCGTGACTTGTCCAAGATCTATGTTTTTATCAATATCTTCTGGATGAAT > CP009273/747825‑748122
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |