Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,789,381 |
C→A |
100% |
L15I (CTC→ATC) |
waaC → |
ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,789,381 | 0 | C | A | 97.9%
| 612.8
/ 3.7
| 195 | L15I (CTC→ATC) | waaC | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base A (101/90); total (103/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGC > CP009273/3789237‑3789525
|
ggTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATcc > 2:1438185/1‑148 (MQ=255)
ggTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATcc < 1:995050/148‑1 (MQ=255)
ggTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATcc > 1:893350/1‑148 (MQ=255)
ggTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATcc > 1:2044601/1‑148 (MQ=255)
tGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCAt > 1:3186257/1‑148 (MQ=255)
gACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATa < 2:146603/148‑1 (MQ=255)
gACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATa < 2:882297/148‑1 (MQ=255)
ggCTGGGGAGGTTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCTACGCGATATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACg < 2:3747723/147‑1 (MQ=255)
cTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGtt > 2:3563167/1‑148 (MQ=255)
tGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTg < 2:3624678/148‑1 (MQ=255)
ggTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGcac > 1:3050327/1‑148 (MQ=255)
ttATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGcactc > 1:3679410/1‑148 (MQ=255)
tATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGcactca < 2:1577505/148‑1 (MQ=255)
tATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGcactca > 2:126156/1‑148 (MQ=255)
tCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGcactcact > 1:1433439/1‑148 (MQ=255)
aCCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGa < 2:970234/148‑1 (MQ=255)
ccAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGAt > 1:1814417/1‑148 (MQ=255)
gagCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGcc < 1:3731605/148‑1 (MQ=255)
gagCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGcc > 1:3799084/1‑148 (MQ=255)
agCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGccc > 2:2724874/1‑148 (MQ=255)
accTTAATCGACAAAACTCCCCAGCGCGAACTCGAAGAACTCAACCCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGAAATCACTGATcccc > 2:3480943/3‑148 (MQ=255)
gCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCca > 1:1493120/1‑148 (MQ=255)
cTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCcag > 2:714639/1‑148 (MQ=255)
ttAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCcagc < 1:1199108/148‑1 (MQ=255)
cGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCa > 1:1659427/1‑148 (MQ=255)
cGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCa < 2:2154243/148‑1 (MQ=255)
cATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTtatc < 2:3810180/109‑1 (MQ=255)
cATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTtatc > 1:3810289/1‑109 (MQ=255)
cATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTtatc > 1:3808767/1‑109 (MQ=255)
cATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATc < 1:1013922/148‑1 (MQ=255)
aTTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATcc < 2:3229406/148‑1 (MQ=255)
tACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCa > 2:616800/1‑148 (MQ=255)
tACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCa > 1:826508/1‑148 (MQ=255)
aCTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAg < 2:1804109/148‑1 (MQ=255)
aCTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAg > 2:2427744/1‑148 (MQ=255)
aCTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAg > 2:2427900/1‑148 (MQ=255)
ccccAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGa > 1:3532274/1‑148 (MQ=255)
ccccAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGa < 1:1826623/148‑1 (MQ=255)
aGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTaa < 1:3649152/148‑1 (MQ=255)
cgTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGttt < 2:2577519/148‑1 (MQ=255)
gTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTg < 1:3575138/148‑1 (MQ=255)
gTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTg < 1:2178205/148‑1 (MQ=255)
tACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAATAGGAAGCCTGACGTATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATACATACGTTGACCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGa > 1:2853039/1‑148 (MQ=255)
aCTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGAc > 2:630226/1‑148 (MQ=255)
gaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGggtgg > 2:258393/1‑148 (MQ=255)
aaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGggtggt < 2:2606324/148‑1 (MQ=255)
tCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGga < 2:487827/148‑1 (MQ=255)
cgcgCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGgacgaa > 2:3354541/1‑148 (MQ=255)
cgcgCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGgaagaa > 2:379776/1‑148 (MQ=255)
gcgcTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGaagaag < 1:979224/148‑1 (MQ=255)
gcgcTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGaagaag < 1:1914840/148‑1 (MQ=255)
cgcTATTGTTACCAGAGGAAGCCTGTCGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAgg < 1:1119123/148‑1 (MQ=255)
cgcTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAgg < 1:232616/148‑1 (MQ=255)
cTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGt < 2:1245627/148‑1 (MQ=255)
tATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCACTCCCCGGGATGAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGtt > 2:383124/1‑148 (MQ=255)
tATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGtt > 2:3028028/1‑148 (MQ=255)
tATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGtt > 2:382772/1‑148 (MQ=255)
tATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGtt > 2:383115/1‑148 (MQ=255)
tATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGGCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGtt < 1:3464268/148‑1 (MQ=255)
tGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGc > 1:1258001/1‑148 (MQ=255)
tGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGc > 1:1380064/1‑148 (MQ=255)
tGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGc > 1:1728013/1‑148 (MQ=255)
ttACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGcac < 1:311443/148‑1 (MQ=255)
ttACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGcac > 1:3074632/1‑148 (MQ=255)
cAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGa < 1:1943337/148‑1 (MQ=255)
aaGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGAt < 2:1570543/148‑1 (MQ=255)
aaGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGAt < 1:68151/148‑1 (MQ=255)
aaGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGAt < 1:2963793/148‑1 (MQ=255)
agGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGAttcc < 2:2916563/148‑1 (MQ=255)
aaGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGAttccttc > 2:1365667/1‑148 (MQ=255)
gCCTGACGGAAGCGGGGTTTGTTCGTTAAAACATCGTCGAAGGGCTATGTTATCCATACGTTGCCCCCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTCAGTATGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTGCGCACAGATtccttcct > 2:2219585/1‑148 (MQ=255)
ggATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGc > 1:1571011/1‑148 (MQ=255)
tGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGCTGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGc < 2:3210930/148‑1 (MQ=255)
gCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGcc > 2:1127389/1‑148 (MQ=255)
ggTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGtt > 2:1102170/1‑148 (MQ=255)
ttttGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGa > 2:3817676/1‑148 (MQ=255)
ttttGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGa > 2:912197/1‑148 (MQ=255)
tttGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAg > 1:1557875/1‑148 (MQ=255)
ttAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTAt > 2:3793212/1‑148 (MQ=255)
tAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTAtt > 2:3301069/1‑148 (MQ=255)
tAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTAtt > 1:1511633/1‑148 (MQ=255)
aCATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCtg > 1:1380153/1‑148 (MQ=255)
aCATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCtg < 1:1575069/148‑1 (MQ=255)
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CCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATTGGCCATGTTATCCATAAGTTGCCCGCACTAACTGATGCCCATCAGGCAATCCCAGGTATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCAAAGAATCCTTCCTGGC > SRR19973069.637914/1‑150 (MQ=60)
CCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGC < SRR19973069.3169970/150‑1 (MQ=60)
ACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGC > SRR19973069.1581701/1‑150 (MQ=60)
ACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGC > SRR19973069.1581587/1‑150 (MQ=60)
ACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGC > SRR19973069.1581744/1‑150 (MQ=60)
CGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCT < SRR19973069.3586366/150‑1 (MQ=60)
CGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTT < SRR19973069.3689476/150‑1 (MQ=60)
CGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTT < SRR19973069.2561296/150‑1 (MQ=60)
CGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTT < SRR19973069.3222564/150‑1 (MQ=60)
GTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAG > SRR19973069.1568516/1‑150 (MQ=60)
atgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgaTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCG < SRR19973069.726946/117‑1 (MQ=60)
atgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgaTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCG < SRR19973069.2945581/117‑1 (MQ=60)
TTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCCGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCG < SRR19973069.1303511/150‑1 (MQ=60)
TTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCG < SRR19973069.193656/150‑1 (MQ=60)
TCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTA < SRR19973069.382291/150‑1 (MQ=60)
TCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTA < SRR19973069.898023/150‑1 (MQ=60)
GTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATT > SRR19973069.1522079/1‑150 (MQ=60)
AAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTG > SRR19973069.1389772/1‑150 (MQ=60)
AAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTG > SRR19973069.1389780/1‑150 (MQ=60)
ACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTG < SRR19973069.1585774/150‑1 (MQ=60)
ACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTG < SRR19973069.2539605/150‑1 (MQ=60)
GTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAAT > SRR19973069.3011362/1‑150 (MQ=60)
CGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATAC > SRR19973069.1058550/1‑150 (MQ=60)
GGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCG < SRR19973069.453740/150‑1 (MQ=60)
GGGCGATGTTATCCATACGGTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCG < SRR19973069.453745/150‑1 (MQ=60)
GATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGG > SRR19973069.1526442/1‑150 (MQ=60)
GATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGG > SRR19973069.737648/1‑150 (MQ=60)
GATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGG > SRR19973069.2206266/1‑150 (MQ=60)
GATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGG > SRR19973069.1526437/1‑150 (MQ=60)
TGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGCG > SRR19973069.2766230/1‑150 (MQ=60)
TGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGCG > SRR19973069.3291266/1‑150 (MQ=60)
TGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGCG > SRR19973069.1183030/1‑150 (MQ=60)
GTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTAGTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGCGT < SRR19973069.3503426/150‑1 (MQ=60)
TATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGCGTAA > SRR19973069.2452566/1‑150 (MQ=60)
TATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGCGTAA > SRR19973069.1062330/1‑150 (MQ=60)
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TAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGCGTAA > CP009273/3789233‑3789529
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
